Published May 20, 2011 | Version v1
Publication Open

No evidence for association between SLC11A1and visceral leishmaniasis in India

Creators

  • 1. Banaras Hindu University
  • 2. Institute of Medical Sciences
  • 3. Telethon Kids Institute
  • 4. University of Western Australia
  • 5. Centre for Cellular and Molecular Biology
  • 6. University of Cambridge

Description

Abstract Background SLC11A1 has pleiotropic effects on macrophage function and remains a strong candidate for infectious disease susceptibility. 5' and/or 3' polymorphisms have been associated with tuberculosis, leprosy, and visceral leishmaniasis (VL). Most studies undertaken to date were under-powered, and none has been replicated within a population. Association with tuberculosis has replicated variably across populations. Here we investigate SLC11A1 and VL in India. Methods Nine polymorphisms (rs34448891, rs7573065, rs2276631, rs3731865, rs17221959, rs2279015, rs17235409, rs17235416, rs17229009) that tag linkage disequilibrium blocks across SLC11A1 were genotyped in primary family-based (313 cases; 176 families) and replication (941 cases; 992 controls) samples. Family- and population-based analyses were performed to look for association between SLC11A1 variants and VL. Quantitative RT/PCR was used to compare SLC11A1 expression in mRNA from paired splenic aspirates taken before and after treatment from 24 VL patients carrying different genotypes at the functional promoter GT n polymorphism (rs34448891). Results No associations were observed between VL and polymorphisms at SLC11A1 that were either robust to correction for multiple testing or replicated across primary and replication samples. No differences in expression of SLC11A1 were observed when comparing pre- and post-treatment samples, or between individuals carrying different genotypes at the GT n repeat. Conclusions This is the first well-powered study of SLC11A1 as a candidate for VL, which we conclude does not have a major role in regulating VL susceptibility in India.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

خلفية مجردة SLC11A1 له تأثيرات متعددة الاتجاهات على وظيفة البلعم ويظل مرشحًا قويًا لقابلية الإصابة بالأمراض المعدية. ارتبط تعدد الأشكال 5' و/أو 3' بالسل والجذام وداء الليشمانيات الحشوي (VL). كانت معظم الدراسات التي أجريت حتى الآن تعاني من نقص الطاقة، ولم يتم تكرار أي منها بين السكان. تكرر الارتباط بالسل بشكل مختلف بين السكان. هنا نتحقق من SLC11A1 و VL في الهند. الطرق التسعة تعدد الأشكال (rs34448891، rs7573065، rs2276631، rs3731865، rs17221959، rs2279015، rs17235409، rs17235416، rs17229009) التي وضعت علامات على كتل اختلال التوازن عبر SLC11A1 في العينات الأولية القائمة على الأسرة (313 حالة ؛ 176 عائلة) والتكرار (941 حالة ؛ 992 عنصر تحكم). تم إجراء تحليلات قائمة على الأسرة والسكان للبحث عن الارتباط بين متغيرات SLC11A1 و VL. تم استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل/تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي لمقارنة تعبير SLC11A1 في الحمض النووي الريبوزي المرسال من رشفات الطحال المقترنة المأخوذة قبل وبعد العلاج من 24 مريضًا من VL يحملون أنماطًا وراثية مختلفة في المروج الوظيفي GT n تعدد الأشكال (rs34448891). النتائج لم يلاحظ وجود ارتباطات بين التعلم الافتراضي وتعدد الأشكال في SLC11A1 والتي كانت إما قوية للتصحيح لإجراء اختبارات متعددة أو تم تكرارها عبر العينات الأولية والنسخ المتماثل. لم يلاحظ أي اختلافات في التعبير عن SLC11A1 عند مقارنة عينات ما قبل وبعد العلاج، أو بين الأفراد الذين يحملون أنماط جينية مختلفة في تكرار GTn. الاستنتاجات هذه هي أول دراسة مدعومة جيدًا لـ SLC11A1 كمرشح للتعلم الافتراضي، والتي نستنتج أنه ليس لها دور رئيسي في تنظيم قابلية التأثر بالتعلم الافتراضي في الهند.

Translated Description (French)

Résumé Contexte Le SLC11A1 a des effets pléiotropes sur la fonction des macrophages et reste un candidat solide pour la sensibilité aux maladies infectieuses. Les polymorphismes 5' et/ou 3' ont été associés à la tuberculose, à la lèpre et à la leishmaniose viscérale (CV). La plupart des études entreprises à ce jour étaient sous-alimentées, et aucune n'a été reproduite au sein d'une population. L'association avec la tuberculose s'est reproduite de manière variable d'une population à l'autre. Ici, nous étudions SLC11A1 et VL en Inde. Méthodes Neuf polymorphismes (rs34448891, rs7573065, rs2276631, rs3731865, rs17221959, rs2279015, rs17235409, rs17235416, rs17229009) qui marquent les blocs de déséquilibre de liaison à travers SLC11A1 ont été génotypés dans des échantillons primaires basés sur la famille (313 cas ; 176 familles) et la réplication (941 cas ; 992 contrôles). Des analyses basées sur la famille et la population ont été effectuées pour rechercher une association entre les variants SLC11A1 et la CV. La RT/PCR quantitative a été utilisée pour comparer l'expression de SLC11A1 dans l'ARNm à partir d'aspirats spléniques appariés pris avant et après le traitement chez 24 patients VL porteurs de différents génotypes au niveau du polymorphisme du promoteur fonctionnel GT n (rs34448891). Résultats Aucune association n'a été observée entre la CV et les polymorphismes à SLC11A1 qui étaient robustes à la correction pour plusieurs tests ou répliqués dans les échantillons primaires et de réplication. Aucune différence dans l'expression de SLC11A1 n'a été observée lors de la comparaison d'échantillons avant et après le traitement, ou entre des individus portant différents génotypes à la répétition GT n. Conclusions Il s'agit de la première étude bien menée sur le SLC11A1 en tant que candidat à la CV, dont nous concluons qu'il n'a pas de rôle majeur dans la régulation de la sensibilité à la CV en Inde.

Translated Description (Spanish)

Resumen Antecedentes SLC11A1 tiene efectos pleiotrópicos sobre la función de los macrófagos y sigue siendo un fuerte candidato para la susceptibilidad a enfermedades infecciosas. Los polimorfismos 5' y/o 3' se han asociado con tuberculosis, lepra y leishmaniasis visceral (VL). La mayoría de los estudios realizados hasta la fecha tenían poca potencia, y ninguno se ha replicado dentro de una población. La asociación con la tuberculosis se ha replicado de manera variable entre las poblaciones. Aquí investigamos SLC11A1 y VL en India. Métodos Nueve polimorfismos (rs34448891, rs7573065, rs2276631, rs3731865, rs17221959, rs2279015, rs17235409, rs17235416, rs17229009) que marcan los bloques de desequilibrio de ligamiento a través de SLC11A1 se genotiparon en muestras basadas en familias primarias (313 casos; 176 familias) y replicación (941 casos; 992 controles). Se realizaron análisis basados en la familia y la población para buscar asociación entre las variantes de SLC11A1 y VL. Se utilizó RT/PCR cuantitativa para comparar la expresión de SLC11A1 en ARNm de aspirados esplénicos emparejados tomados antes y después del tratamiento de 24 pacientes con VL que portaban diferentes genotipos en el polimorfismo del promotor funcional GT n (rs34448891). Resultados No se observaron asociaciones entre VL y polimorfismos en SLC11A1 que fueran robustos para la corrección de múltiples pruebas o replicados en muestras primarias y de replicación. No se observaron diferencias en la expresión de SLC11A1 cuando se compararon muestras previas y posteriores al tratamiento, o entre individuos que portaban diferentes genotipos en la repetición de GT n. Conclusiones Este es el primer estudio bien desarrollado de SLC11A1 como candidato para VL, que concluimos que no tiene un papel importante en la regulación de la susceptibilidad a VL en la India.

Files

1471-2350-12-71.pdf

Files (413.7 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:9e85e1beadb910caa3076311f27825be
413.7 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
لا يوجد دليل على وجود ارتباط بين SLC11A1 وداء الليشمانيات الحشوي في الهند
Translated title (French)
Aucune preuve d'association entre le SLC11A1 et la leishmaniose viscérale en Inde
Translated title (Spanish)
No hay evidencia de asociación entre SLC11A1 y la leishmaniasis visceral en la India

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2124694964
DOI
10.1186/1471-2350-12-71

Is supplement to
https://openalex.org/W4290290927 (Other)
https://openalex.org/W3159545061 (Other)
https://openalex.org/W2790827978 (Other)
https://openalex.org/W2526654304 (Other)
https://openalex.org/W2366069092 (Other)
https://openalex.org/W2184475467 (Other)
https://openalex.org/W2078792789 (Other)
https://openalex.org/W2044539991 (Other)
https://openalex.org/W2033791925 (Other)
https://openalex.org/W2026378453 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1596604198
  • https://openalex.org/W1880476205
  • https://openalex.org/W1964424489
  • https://openalex.org/W1965305293
  • https://openalex.org/W1973425803
  • https://openalex.org/W1977945634
  • https://openalex.org/W1978892915
  • https://openalex.org/W1991797817
  • https://openalex.org/W2031722061
  • https://openalex.org/W2034057157
  • https://openalex.org/W2039608769
  • https://openalex.org/W2041552396
  • https://openalex.org/W2063504630
  • https://openalex.org/W2071674805
  • https://openalex.org/W2071729689
  • https://openalex.org/W2085512017
  • https://openalex.org/W2099408858
  • https://openalex.org/W2140656310
  • https://openalex.org/W2142073962
  • https://openalex.org/W2153690513
  • https://openalex.org/W2155203064
  • https://openalex.org/W2161633633
  • https://openalex.org/W2171429463
  • https://openalex.org/W2269182001
  • https://openalex.org/W2315295323
  • https://openalex.org/W2362353843
  • https://openalex.org/W4243694157