Characterization of Microsatellite Markers in Crossbred Ducks
Creators
- 1. Assam Agricultural University
Description
Background: Chicken represents a valuable genetic resource and protein source, it remains a potential threat to human health as they serve as a reservoir for diseases and food borne pathogens. Diversification of the poultry production is one of the viable options to enhance the food production with less susceptibility to the threats from the emerging diseases and changing climatic conditions. Ducks are promising species suitable for the diversification and will be complimentary with an adaption potential from small to commercial farming. Majority of ducks in the country are desi type with a meagre proportion of improved duck strains. genetic characterization by developing duck specific microsatellite markers and designing suitable improvement program are required to be undertaken at the earliest. The microsatellite markers are extensively used for assessing genetic structure, diversity, and relationships. Information about genetic diversity of indigenous duck breeds is important to design effective improvement and conservation strategies. Therefore, the current studies aim at genetic characterization and evaluation of growth, production and reproduction traits of the crosses of local duck population besides undertaking a suitable duck improvement program. Methods: Spectrophotometric evaluation of DNA extraction, Electrophoretic evaluation of DNA extraction , microsatellite primers- Presently, a panel of 10 informative duck microsatellite markers were identified from database as reported by Alyethodi and Kumar (2010) and Huang et al., (2006) and used for the studies, Polymerase chain reaction (PCR) , Documentation of PCR products by Agarose Gel Electrophoresis, Metaphor agarose gel electrophoresis(MAGE)of microsatellites alleles, Determination of molecular size of microsatellite alleles and genotypes, Statistical analysis of population genetics data, Data on genotype of all experimental birds at ten microsatellites were compiled and analyzed using POPGENE® 3.1 software (Yeh et al., 1999) for their population genetics parameters. Results: The study was conducted at College of Veterinary Science, Assam Agricultural University, Khanapara, Guwahati, Assam, India. In this study, the genomic DNA was isolated and characterized microsatellite loci in crossbred duck (Pati x White Pekin). Ten microsatellites were used to detect polymorphisms in 50 cross bred ducks. A total of 28 nos of alleles were observed and all loci were polymorphic. The number of alleles ranged from 2 to 5 with an average of 2.6 ±0.08 per microsatellite locus. The observed and expected heterozygosity of these polymorphic makers ranged from 0.00 to 0.42 with an average number of 0.047 and 0.41 to 0.82 with an average number of 0.57, respectively. The Polymorphic markers consist of observed heterozygosities of loci were less than 0.50. The polymorphism information content (PIC) of 10 loci ranged from 0.32 to 0.78 with an average of 0.477. Microsatellite markers will be useful tool for constructing the genetic linkage map of the duck as well as comparative mapping with the chicken.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
معلومات أساسية: يمثل الدجاج موردًا وراثيًا ومصدرًا للبروتين، ولا يزال يشكل تهديدًا محتملاً لصحة الإنسان لأنه يعمل كمستودع للأمراض ومسببات الأمراض التي تنقلها الأغذية. يعد تنويع إنتاج الدواجن أحد الخيارات القابلة للتطبيق لتعزيز إنتاج الغذاء مع تقليل التعرض للتهديدات الناجمة عن الأمراض الناشئة والظروف المناخية المتغيرة. البط هي أنواع واعدة مناسبة للتنويع وستكون مكملة مع إمكانية التكيف من الزراعة الصغيرة إلى التجارية. غالبية البط في البلاد من نوع DESI مع نسبة ضئيلة من سلالات البط المحسنة. يجب إجراء التوصيف الجيني من خلال تطوير علامات الأقمار الصناعية الدقيقة الخاصة بالبط وتصميم برنامج تحسين مناسب في أقرب وقت ممكن. تُستخدم علامات الأقمار الصناعية الدقيقة على نطاق واسع لتقييم البنية الوراثية والتنوع والعلاقات. تعد المعلومات حول التنوع الجيني لسلالات البط الأصلية مهمة لتصميم استراتيجيات فعالة للتحسين والحفظ. لذلك، تهدف الدراسات الحالية إلى التوصيف الوراثي وتقييم سمات النمو والإنتاج والتكاثر لصلبان مجموعات البط المحلية إلى جانب تنفيذ برنامج مناسب لتحسين البط. الطرق: التقييم الطيفي الضوئي لاستخراج الحمض النووي، والتقييم الكهربي لاستخراج الحمض النووي، وبادئات الأقمار الصناعية الدقيقة - في الوقت الحاضر، تم تحديد لوحة من 10 علامات للأقمار الصناعية الدقيقة للبط من قاعدة البيانات كما أفاد Alyethodi و Kumar (2010) و Huang et al.، (2006) واستخدمت للدراسات، تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ، توثيق منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل بواسطة Agarose Gel Electrophoresis، metaphor agarose gel electrophoresis(MAGE)of microsatellites alleles، تحديد الحجم الجزيئي لأليلات الأقمار الصناعية الدقيقة والأنماط الجينية، التحليل الإحصائي لبيانات علم الوراثة السكانية، تم تجميع وتحليل البيانات المتعلقة بالنمط الجيني لجميع الطيور التجريبية في عشرة أقمار صناعية دقيقة باستخدام برنامج POPGENE ® 3.1 (Yeh et al.، 1999) لمعلمات علم الوراثة السكانية الخاصة بها. النتائج: أجريت الدراسة في كلية العلوم البيطرية، جامعة آسام الزراعية، خانابارا، جواهاتي، آسام، الهند. في هذه الدراسة، تم عزل الحمض النووي الجيني وتمييز مواضع الأقمار الصناعية الدقيقة في البط المهجن (Pati x White Pekin). تم استخدام عشرة أقمار صناعية صغيرة للكشف عن تعدد الأشكال في 50 بطة متزاوجة. ولوحظ ما مجموعه 28 عددًا من الأليلات وكانت جميع المواضع متعددة الأشكال. تراوح عدد الأليلات من 2 إلى 5 بمتوسط 2.6 ±0.08 لكل موقع ساتل صغير. تراوح تباين الزيجوت الملحوظ والمتوقع بين 0.00 إلى 0.42 بمتوسط عدد 0.047 و 0.41 إلى 0.82 بمتوسط عدد 0.57 على التوالي. تتكون العلامات متعددة الأشكال من زيجوتات متغايرة ملحوظة من المواضع كانت أقل من 0.50. تراوح محتوى معلومات تعدد الأشكال (PIC) من 10 مواضع من 0.32 إلى 0.78 بمتوسط 0.477. ستكون علامات الأقمار الصناعية الدقيقة أداة مفيدة لبناء خريطة الربط الجيني للبط بالإضافة إلى رسم الخرائط المقارنة مع الدجاج.Translated Description (French)
Contexte : Le poulet représente une ressource génétique et une source de protéines précieuses, il reste une menace potentielle pour la santé humaine car il sert de réservoir pour les maladies et les agents pathogènes d'origine alimentaire. La diversification de la production avicole est l'une des options viables pour améliorer la production alimentaire avec moins de sensibilité aux menaces des maladies émergentes et des conditions climatiques changeantes. Les canards sont des espèces prometteuses adaptées à la diversification et seront complémentaires avec un potentiel d'adaptation de la petite agriculture à l'agriculture commerciale. La majorité des canards du pays sont de type desi avec une faible proportion de souches de canard améliorées. La caractérisation génétique en développant des marqueurs microsatellites spécifiques au canard et en concevant un programme d'amélioration approprié doit être entreprise au plus tôt. Les marqueurs microsatellites sont largement utilisés pour évaluer la structure génétique, la diversité et les relations. L'information sur la diversité génétique des races de canards indigènes est importante pour concevoir des stratégies d'amélioration et de conservation efficaces. Par conséquent, les études actuelles visent à la caractérisation génétique et à l'évaluation des traits de croissance, de production et de reproduction des croisements de la population locale de canards en plus d'entreprendre un programme approprié d'amélioration des canards. Méthodes : Évaluation spectrophotométrique de l'extraction d'ADN, Évaluation électrophorétique de l'extraction d'ADN, amorces microsatellites - Actuellement, un panel de 10 marqueurs microsatellites informatifs de canard a été identifié à partir de la base de données telle que rapportée par Alyethodi et Kumar (2010) et Huang et al., (2006) et utilisé pour les études, Réaction en chaîne de la polymérase (PCR) , Documentation des produits PCR par électrophorèse sur gel d'agarose, électrophorèse sur gel d'agarose métaphore (MAGE)des allèles microsatellites, Détermination de la taille moléculaire des allèles microsatellites et des génotypes, Analyse statistique des données de génétique des populations, Les données sur le génotype de tous les oiseaux expérimentaux à dix microsatellites ont été compilées et analysées à l'aide du logiciel POPGENE ® 3.1 (Yeh et al., 1999) pour leurs paramètres de génétique des populations. Résultats : L'étude a été menée au College of Veterinary Science, Assam Agricultural University, Khanapara, Guwahati, Assam, Inde. Dans cette étude, l'ADN génomique a été isolé et a caractérisé des loci microsatellites chez le canard croisé (Pati x White Pekin). Dix microsatellites ont été utilisés pour détecter des polymorphismes chez 50 canards croisés. Un total de 28 nos d'allèles ont été observés et tous les loci étaient polymorphes. Le nombre d'allèles variait de 2 à 5 avec une moyenne de 2,6 ±0,08 par locus microsatellite. L'hétérozygotie observée et attendue de ces polymorphes variait de 0,00 à 0,42 avec un nombre moyen de 0,047 et de 0,41 à 0,82 avec un nombre moyen de 0,57, respectivement. Les marqueurs polymorphes consistent en des hétérozygosités observées de loci inférieures à 0,50. Le contenu en information sur le polymorphisme (CIP) de 10 loci variait de 0,32 à 0,78 avec une moyenne de 0,477. Les marqueurs microsatellites seront un outil utile pour construire la carte de liaison génétique du canard ainsi que la cartographie comparative avec le poulet.Translated Description (Spanish)
Antecedentes: El pollo representa un valioso recurso genético y fuente de proteínas, sigue siendo una amenaza potencial para la salud humana, ya que sirve como reservorio de enfermedades y patógenos transmitidos por los alimentos. La diversificación de la producción avícola es una de las opciones viables para mejorar la producción de alimentos con menos susceptibilidad a las amenazas de las enfermedades emergentes y las condiciones climáticas cambiantes. Los patos son especies prometedoras adecuadas para la diversificación y se complementarán con un potencial de adaptación de la agricultura pequeña a la comercial. La mayoría de los patos en el país son de tipo desi con una escasa proporción de cepas de pato mejoradas. La caracterización genética mediante el desarrollo de marcadores de microsatélites específicos de pato y el diseño de un programa de mejora adecuado deben llevarse a cabo lo antes posible. Los marcadores de microsatélites se utilizan ampliamente para evaluar la estructura genética, la diversidad y las relaciones. La información sobre la diversidad genética de las razas indígenas de patos es importante para diseñar estrategias eficaces de mejora y protección. Por lo tanto, los estudios actuales tienen como objetivo la caracterización genética y la evaluación de los rasgos de crecimiento, producción y reproducción de los cruces de la población local de patos, además de emprender un programa adecuado de mejora del pato. Métodos: Evaluación espectrofotométrica de la extracción de ADN, Evaluación electroforética de la extracción de ADN, cebadores de microsatélites- Actualmente, se identificó un panel de 10 marcadores de microsatélites de pato informativos de la base de datos según lo informado por Alyethodi y Kumar (2010) y Huang et al., (2006) y se utilizó para los estudios, Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) , Documentación de productos de PCR mediante electroforesis en gel de agarosa, electroforesis en gel de agarosa Metáfora (MAGE)de alelos de microsatélites, Determinación del tamaño molecular de los alelos y genotipos de microsatélites, Análisis estadístico de datos de genética de poblaciones, Los datos sobre el genotipo de todas las aves experimentales en diez microsatélites se compilaron y analizaron utilizando el software POPGENE® 3.1 (Yeh et al., 1999) para sus parámetros genéticos de población. Resultados: El estudio se realizó en la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Agrícola de Assam, Khanapara, Guwahati, Assam, India. En este estudio, se aisló el ADN genómico y se caracterizaron los loci de microsatélites en el pato cruzado (Pati x White Pekin). Se utilizaron diez microsatélites para detectar polimorfismos en 50 patos cruzados. Se observaron un total de 28 nos de alelos y todos los loci eran polimórficos. El número de alelos varió de 2 a 5 con una media de 2,6 ±0,08 por locus de microsatélite. La heterocigosidad observada y esperada de estos marcadores polimórficos varió de 0.00 a 0.42 con un número promedio de 0.047 y 0.41 a 0.82 con un número promedio de 0.57, respectivamente. Los marcadores polimórficos consisten en heterocigosis observadas de loci que fueron inferiores a 0,50. El contenido de información de polimorfismo (PIC) de 10 loci varió de 0.32 a 0.78 con una media de 0.477. Los marcadores microsatélites serán una herramienta útil para construir el mapa de vinculación genética del pato, así como el mapeo comparativo con el pollo.Files
Final-article-attachemnt-with-doi-B-5075-6089603e9087340b9bdcbbb1.pdf.pdf
Files
(143.5 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:d5e290364113654f8223435efce3b2f4
|
143.5 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- توصيف علامات الأقمار الصناعية الدقيقة في البط الهجين
- Translated title (French)
- Caractérisation des marqueurs microsatellites chez les canards croisés
- Translated title (Spanish)
- Caracterización de marcadores microsatélite en patos mestizos
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4385660324
- DOI
- 10.18805/ijar.b-5075
References
- https://openalex.org/W2093440867
- https://openalex.org/W2142644281
- https://openalex.org/W2807001586