Published April 8, 2013 | Version v1
Publication Open

Complete genome sequence of acute viral necrosis virus associated with massive mortality outbreaks in the Chinese scallop, Chlamys farreri

Creators

  • 1. Chinese Academy of Fishery Sciences
  • 2. University of Gothenburg
  • 3. Ifremer

Description

Acute viral necrosis virus (AVNV) is the causative agent of a serious disease resulting in high mortality in cultured Chinese scallops, Chlamys farreri. We have sequenced and analyzed the complete genome of AVNV.The AVNV genome is a linear, double-stranded DNA molecule of 210,993 bp with a nucleotide composition of 38.5% G + C. A total of 123 open reading frames were predicted to encode functional proteins, ranging from 41 to 1,878 amino acid residues. The DNA sequence of AVNV is 97% identical to that of ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1), and the amino acid sequences of the encoded proteins of these two viruses are 94-100% identical. The genomic organization of AVNV is similar to that of OsHV-1, and consists of two unique regions (170.4 kb and 3.4 kb, respectively), each flanked by two inverted repeats (7.6 kb and 10.2 kb, respectively), with a third unique region (1.5 kb) situated between the two internal repeats.Our results indicate that AVNV is a variant of OsHV-1. The AVNV genome sequence provides information useful for understanding the evolution and divergence of OsHV-1 in marine molluscs.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فيروس النخر الفيروسي الحاد (AVNV) هو العامل المسبب لمرض خطير يؤدي إلى ارتفاع معدل الوفيات في الأسقلوب الصيني المستزرع، Chlamys farreri. لقد قمنا بتسلسل وتحليل الجينوم الكامل لـ AVNV. جينوم AVNV هو جزيء حمض نووي خطي مزدوج الجديلة يبلغ 210,993 نقطة أساس مع تركيبة نيوكليوتيد تبلغ 38.5 ٪ G + C. تم التنبؤ بما مجموعه 123 إطار قراءة مفتوح لترميز البروتينات الوظيفية، والتي تتراوح من 41 إلى 1,878 بقايا الأحماض الأمينية. يتطابق تسلسل الحمض النووي لـ AVNV بنسبة 97 ٪ مع تسلسل فيروس الهربس الأوستريدي 1 (OsHV -1)، وتتطابق تسلسلات الأحماض الأمينية للبروتينات المشفرة لهذين الفيروسين بنسبة 94-100 ٪. التنظيم الجيني لـ AVNV مشابه للتنظيم الجيني لـ OsHV -1، ويتكون من منطقتين فريدتين (170.4 كيلو بايت و 3.4 كيلو بايت، على التوالي)، كل منهما محاطة بتكرارين مقلوبين (7.6 كيلو بايت و 10.2 كيلو بايت، على التوالي)، مع منطقة فريدة ثالثة (1.5 كيلو بايت) تقع بين التكرارين الداخليين. تشير نتائجنا إلى أن AVNV هو متغير من OsHV -1. يوفر تسلسل جينوم AVNV معلومات مفيدة لفهم تطور وتباعد OsHV -1 في الرخويات البحرية.

Translated Description (French)

Le virus de la nécrose virale aiguë (AVNV) est l'agent responsable d'une maladie grave entraînant une mortalité élevée chez les pétoncles chinois de culture, Chlamys farreri. Nous avons séquencé et analysé le génome complet d'AVNV.Le génome d'AVNV est une molécule d'ADN double brin linéaire de 210 993 pb avec une composition nucléotidique de 38,5 % G + C. Au total, 123 cadres de lecture ouverts ont été prévus pour coder des protéines fonctionnelles, allant de 41 à 1 878 résidus d'acides aminés. La séquence d'ADN de l'AVNV est identique à 97% à celle de l'herpèsvirus ostréidien 1 (OsHV-1), et les séquences d'acides aminés des protéines codées de ces deux virus sont identiques à 94-100%. L'organisation génomique de l'AVNV est similaire à celle de l'OsHV-1, et se compose de deux régions uniques (170,4 kb et 3,4 kb, respectivement), chacune flanquée de deux répétitions inversées (7,6 kb et 10,2 kb, respectivement), avec une troisième région unique (1,5 kb) située entre les deux répétitions internes. Nos résultats indiquent que l'AVNV est une variante de l'OsHV-1. La séquence du génome de l'AVNV fournit des informations utiles pour comprendre l'évolution et la divergence de l'OsHV-1 chez les mollusques marins.

Translated Description (Spanish)

El virus de la necrosis viral aguda (AVNV) es el agente causante de una enfermedad grave que resulta en una alta mortalidad en vieiras chinas cultivadas, Chlamys farreri. Hemos secuenciado y analizado el genoma completo de AVNV. El genoma de AVNV es una molécula de ADN bicatenario lineal de 210.993 pb con una composición de nucleótidos del 38,5% de G + C. Se predijo que un total de 123 marcos de lectura abiertos codificarían proteínas funcionales, que oscilan entre 41 y 1.878 residuos de aminoácidos. La secuencia de ADN de AVNV es 97% idéntica a la del herpesvirus ostreido 1 (OsHV-1), y las secuencias de aminoácidos de las proteínas codificadas de estos dos virus son 94-100% idénticas. La organización genómica de AVNV es similar a la de OsHV-1, y consta de dos regiones únicas (170,4 kb y 3,4 kb, respectivamente), cada una flanqueada por dos repeticiones invertidas (7,6 kb y 10,2 kb, respectivamente), con una tercera región única (1,5 kb) situada entre las dos repeticiones internas. Nuestros resultados indican que AVNV es una variante de OsHV-1. La secuencia del genoma de AVNV proporciona información útil para comprender la evolución y divergencia de OsHV-1 en moluscos marinos.

Files

1743-422X-10-110.pdf

Files (1.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:ec2324c122cf38d148c51aa3d355565b
1.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تسلسل الجينوم الكامل لفيروس النخر الفيروسي الحاد المرتبط بتفشي الوفيات على نطاق واسع في الأسقلوب الصيني، كلاميس فاريري
Translated title (French)
Séquence complète du génome du virus de la nécrose virale aiguë associée à des épidémies massives de mortalité chez le pétoncle chinois, Chlamys farreri
Translated title (Spanish)
Secuencia genómica completa del virus de la necrosis viral aguda asociada con brotes de mortalidad masiva en la vieira china, Chlamys farreri

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2150249482
DOI
10.1186/1743-422x-10-110

Is supplement to
https://openalex.org/W4312203868 (Other)
https://openalex.org/W4210644918 (Other)
https://openalex.org/W2378282666 (Other)
https://openalex.org/W2144905317 (Other)
https://openalex.org/W2109942348 (Other)
https://openalex.org/W2071019422 (Other)
https://openalex.org/W2069013776 (Other)
https://openalex.org/W2059637021 (Other)
https://openalex.org/W2038264393 (Other)
https://openalex.org/W2033128239 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1676708411
  • https://openalex.org/W1731704781
  • https://openalex.org/W1967111288
  • https://openalex.org/W1969634046
  • https://openalex.org/W1974236546
  • https://openalex.org/W1975578460
  • https://openalex.org/W1984266682
  • https://openalex.org/W1987883967
  • https://openalex.org/W1988135643
  • https://openalex.org/W2019343097
  • https://openalex.org/W2020156885
  • https://openalex.org/W2023569608
  • https://openalex.org/W2024071250
  • https://openalex.org/W2037845374
  • https://openalex.org/W2040301120
  • https://openalex.org/W2043940059
  • https://openalex.org/W2050256043
  • https://openalex.org/W2051959195
  • https://openalex.org/W2054604776
  • https://openalex.org/W2055963627
  • https://openalex.org/W2056113253
  • https://openalex.org/W2056393889
  • https://openalex.org/W2056650797
  • https://openalex.org/W2059457159
  • https://openalex.org/W2060757404
  • https://openalex.org/W2078419626
  • https://openalex.org/W2092614008
  • https://openalex.org/W2096870882
  • https://openalex.org/W2106319968
  • https://openalex.org/W2107754649
  • https://openalex.org/W2113929983
  • https://openalex.org/W2118130619
  • https://openalex.org/W2124201165
  • https://openalex.org/W2125739732
  • https://openalex.org/W2135178491
  • https://openalex.org/W2157946867
  • https://openalex.org/W2157989648
  • https://openalex.org/W2165051109
  • https://openalex.org/W2165192676
  • https://openalex.org/W2172046285
  • https://openalex.org/W2181953052