Published January 15, 2023
| Version v1
Publication
Open
Genetic landscape and personalized tracking of tumor mutations in Vietnamese women with breast cancer
Creators
- 1. Agricultural Genetics Institute
- 2. University Medical Center HCMC
- 3. Viet Duc Hospital
- 4. Trường ĐH Nguyễn Tất Thành
- 5. Ho Chi Minh City Medicine and Pharmacy University
Description
Breast cancer is the leading cause of cancer death in Vietnamese women, but its mutational landscape and actionable alterations for targeted therapies remain unknown. After treatment, a sensitive biomarker to complement conventional imaging to monitor patients is also lacking. In this prospective multi-center study, 134 early-stage breast cancer patients eligible for curative-intent surgery were recruited. Genomic DNA from tumor tissues and paired white blood cells were sequenced to profile all tumor-derived mutations in 95 cancer-associated genes. Our bioinformatic algorithm was then utilized to identify top mutations for individual patients. Serial plasma samples were collected before surgery and at scheduled visits after surgery. Personalized assay tracking the selected mutations were performed to detect circulating tumor DNA (ctDNA) in the plasma. We found that the mutational landscape of the Vietnamese was largely similar to other Asian cohorts, showing higher TP53 mutation frequency than in Caucasians. Alterations in PIK3CA and PI3K signaling were dominant, particularly in our triple-negative subgroup. Using top-ranked mutations, we detected ctDNA in pre-operative plasma in 24.6-43.5% of the hormone-receptor-positive groups and 76.9-80.8% of the hormone-receptor-negative groups. The detection rate was associated with breast cancer subtypes and clinicopathological features that increased the risk of relapse. Interim analysis after a 15-month follow-up revealed post-operative detection of ctDNA in all three patients that had recurrence, with a lead time of 7-13 months ahead of clinical diagnosis. Our personalized assay is streamlined and affordable with promising clinical utility in residual cancer surveillance. We also generated the first somatic variant dataset for Vietnamese breast cancer women that could lay the foundation for precision cancer medicine in Vietnam.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
سرطان الثدي هو السبب الرئيسي للوفاة بالسرطان لدى النساء الفيتناميات، لكن مشهده الطفري والتغييرات القابلة للتنفيذ للعلاجات المستهدفة لا تزال غير معروفة. بعد العلاج، هناك نقص أيضًا في مؤشر حيوي حساس لاستكمال التصوير التقليدي لمراقبة المرضى. في هذه الدراسة المستقبلية متعددة المراكز، تم توظيف 134 مريضًا بسرطان الثدي في مرحلة مبكرة مؤهلين للجراحة العلاجية. تم تسلسل الحمض النووي الجيني من أنسجة الورم وخلايا الدم البيضاء المقترنة لتشخيص جميع الطفرات المشتقة من الورم في 95 جينًا مرتبطًا بالسرطان. ثم تم استخدام خوارزميتنا المعلوماتية الحيوية لتحديد الطفرات العليا للمرضى الأفراد. تم جمع عينات البلازما التسلسلية قبل الجراحة وفي الزيارات المجدولة بعد الجراحة. تم إجراء اختبار شخصي لتتبع الطفرات المختارة للكشف عن الحمض النووي للورم الدائر (ctDNA) في البلازما. وجدنا أن المشهد الطفري للفيتناميين كان مشابهًا إلى حد كبير للفئات الآسيوية الأخرى، مما يدل على ارتفاع وتيرة طفرة TP53 مقارنة بالقوقازيين. كانت التغييرات في إشارات PIK3CA و PI3K مهيمنة، لا سيما في مجموعتنا الفرعية الثلاثية السلبية. باستخدام الطفرات ذات التصنيف الأعلى، اكتشفنا ctDNA في البلازما قبل الجراحة في 24.6-43.5 ٪ من المجموعات الإيجابية لمستقبلات الهرمونات و 76.9-80.8 ٪ من المجموعات السلبية لمستقبلات الهرمونات. ارتبط معدل الكشف بالأنواع الفرعية لسرطان الثدي والسمات السريرية المرضية التي زادت من خطر الانتكاس. كشف التحليل المؤقت بعد متابعة لمدة 15 شهرًا عن الكشف بعد الجراحة عن ctDNA في جميع المرضى الثلاثة الذين تعرضوا للتكرار، مع مهلة 7-13 شهرًا قبل التشخيص السريري. فحصنا الشخصي مبسط وبأسعار معقولة مع فائدة سريرية واعدة في مراقبة السرطان المتبقية. كما أنشأنا أول مجموعة بيانات جسدية متغيرة للنساء الفيتناميات المصابات بسرطان الثدي والتي يمكن أن تضع الأساس لطب السرطان الدقيق في فيتنام.Translated Description (French)
Le cancer du sein est la principale cause de décès par cancer chez les femmes vietnamiennes, mais son paysage mutationnel et ses modifications exploitables pour les thérapies ciblées restent inconnus. Après le traitement, il manque également un biomarqueur sensible pour compléter l'imagerie conventionnelle afin de surveiller les patients. Dans cette étude prospective multicentrique, 134 patientes atteintes d'un cancer du sein à un stade précoce éligibles à une chirurgie à visée curative ont été recrutées. L'ADN génomique des tissus tumoraux et des globules blancs appariés a été séquencé pour profiler toutes les mutations dérivées de tumeurs dans 95 gènes associés au cancer. Notre algorithme bioinformatique a ensuite été utilisé pour identifier les principales mutations chez les patients individuels. Des échantillons de plasma en série ont été prélevés avant la chirurgie et lors des visites programmées après la chirurgie. Un test personnalisé de suivi des mutations sélectionnées a été effectué pour détecter l'ADN tumoral circulant (ADNc) dans le plasma. Nous avons constaté que le paysage mutationnel des Vietnamiens était largement similaire à celui d'autres cohortes asiatiques, montrant une fréquence de mutation TP53 plus élevée que chez les Caucasiens. Les altérations de la signalisation PIK3CA et PI3K étaient dominantes, en particulier dans notre sous-groupe triple négatif. À l'aide de mutations de premier rang, nous avons détecté l'ADNtc dans le plasma préopératoire dans 24,6-43,5 % des groupes positifs aux récepteurs hormonaux et 76,9-80,8 % des groupes négatifs aux récepteurs hormonaux. Le taux de détection était associé à des sous-types de cancer du sein et à des caractéristiques clinico-pathologiques qui augmentaient le risque de rechute. L'analyse intermédiaire après un suivi de 15 mois a révélé une détection post-opératoire de l'ADNct chez les trois patients récidivants, avec un délai de 7 à 13 mois avant le diagnostic clinique. Notre test personnalisé est rationalisé et abordable avec une utilité clinique prometteuse dans la surveillance du cancer résiduel. Nous avons également généré le premier ensemble de données sur les variantes somatiques pour les femmes vietnamiennes atteintes d'un cancer du sein qui pourrait jeter les bases d'une médecine anticancéreuse de précision au Vietnam.Translated Description (Spanish)
El cáncer de mama es la principal causa de muerte por cáncer en las mujeres vietnamitas, pero su panorama mutacional y las alteraciones accionables para las terapias dirigidas siguen siendo desconocidos. Después del tratamiento, también falta un biomarcador sensible para complementar las imágenes convencionales para monitorear a los pacientes. En este estudio prospectivo multicéntrico, se reclutaron 134 pacientes con cáncer de mama en etapa temprana elegibles para cirugía de intención curativa. El ADN genómico de los tejidos tumorales y los glóbulos blancos emparejados se secuenciaron para perfilar todas las mutaciones derivadas de tumores en 95 genes asociados al cáncer. Nuestro algoritmo bioinformático se utilizó para identificar las principales mutaciones para pacientes individuales. Se recogieron muestras de plasma en serie antes de la cirugía y en las visitas programadas después de la cirugía. Se realizó un ensayo personalizado de seguimiento de las mutaciones seleccionadas para detectar el ADN tumoral circulante (ADNct) en el plasma. Descubrimos que el panorama mutacional de los vietnamitas era muy similar al de otras cohortes asiáticas, mostrando una mayor frecuencia de mutación de TP53 que en los caucásicos. Las alteraciones en la señalización de PIK3CA y PI3K fueron dominantes, particularmente en nuestro subgrupo triple negativo. Usando mutaciones de alto rango, detectamos ctDNA en plasma preoperatorio en 24.6-43.5% de los grupos positivos para receptores hormonales y 76.9-80.8% de los grupos negativos para receptores hormonales. La tasa de detección se asoció con subtipos de cáncer de mama y características clínico-patológicas que aumentaron el riesgo de recaída. El análisis provisional después de un seguimiento de 15 meses reveló la detección postoperatoria de ADNct en los tres pacientes que tuvieron recurrencia, con un tiempo de espera de 7-13 meses antes del diagnóstico clínico. Nuestro ensayo personalizado es ágil y asequible con una utilidad clínica prometedora en la vigilancia del cáncer residual. También generamos el primer conjunto de datos de variantes somáticas para mujeres vietnamitas con cáncer de mama que podría sentar las bases para la medicina de precisión contra el cáncer en Vietnam.Files
1878-0261.13356.pdf
Files
(15.9 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:c2b5f55947b24352b741a27a99ddb6a2
|
15.9 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- المشهد الوراثي والتتبع الشخصي لطفرات الورم لدى النساء الفيتناميات المصابات بسرطان الثدي
- Translated title (French)
- Paysage génétique et suivi personnalisé des mutations tumorales chez les femmes vietnamiennes atteintes d'un cancer du sein
- Translated title (Spanish)
- Panorama genético y seguimiento personalizado de mutaciones tumorales en mujeres vietnamitas con cáncer de mama
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4311021435
- DOI
- 10.1002/1878-0261.13356
References
- https://openalex.org/W1965011588
- https://openalex.org/W1983466841
- https://openalex.org/W2031257280
- https://openalex.org/W2044702943
- https://openalex.org/W2096283457
- https://openalex.org/W2108234281
- https://openalex.org/W2119180969
- https://openalex.org/W2131271579
- https://openalex.org/W2141563900
- https://openalex.org/W2168133698
- https://openalex.org/W2375577403
- https://openalex.org/W2517421365
- https://openalex.org/W2560367415
- https://openalex.org/W2565936848
- https://openalex.org/W2608738563
- https://openalex.org/W2614443510
- https://openalex.org/W2804413675
- https://openalex.org/W2896872272
- https://openalex.org/W2939548416
- https://openalex.org/W2962063966
- https://openalex.org/W2964980115
- https://openalex.org/W2990870977
- https://openalex.org/W2998790771
- https://openalex.org/W3098138586
- https://openalex.org/W3109124091
- https://openalex.org/W3116378180
- https://openalex.org/W3128646645
- https://openalex.org/W3135041256
- https://openalex.org/W3155880520
- https://openalex.org/W3159598242
- https://openalex.org/W3165332872
- https://openalex.org/W3170766837
- https://openalex.org/W4223536862
- https://openalex.org/W4225784185
- https://openalex.org/W4226371129
- https://openalex.org/W4281993923
- https://openalex.org/W4285277007
- https://openalex.org/W4394666350