Published February 18, 2021
| Version v1
Publication
Open
Endemic chikungunya fever in Kenyan children: a prospective cohort study
Creators
- 1. Kenya Medical Research Institute
- 2. Washington State University
- 3. University of Oxford
Description
Abstract Background Chikungunya fever (CHIKF) was first described in Tanzania in 1952. Several epidemics including East Africa have occurred, but there are no descriptions of longitudinal surveillance of endemic disease. Here, we estimate the incidence of CHIKF in coastal Kenya and describe the associated viral phylogeny. Methods We monitored acute febrile illnesses among 3500 children visiting two primary healthcare facilities in coastal Kenya over a 5-year period (2014–2018). Episodes were linked to a demographic surveillance system and blood samples obtained. Cross-sectional sampling in a community survey of a different group of 435 asymptomatic children in the same study location was done in 2016. Reverse-transcriptase PCR was used for chikungunya virus (CHIKV) screening, and viral genomes sequenced for phylogenetic analyses. Results We found CHIKF to be endemic in this setting, associated with 12.7% (95% CI 11.60, 13.80) of all febrile presentations to primary healthcare. The prevalence of CHIKV infections among asymptomatic children in the community survey was 0.7% (95% CI 0.22, 2.12). CHIKF incidence among children < 1 year of age was 1190 cases/100,000-person years and 63 cases/100,000-person years among children aged ≥10 years. Recurrent CHIKF episodes, associated with fever and viraemia, were observed among 19 of 170 children with multiple febrile episodes during the study period. All sequenced viral genomes mapped to the ECSA genotype albeit distinct from CHIKV strains associated with the 2004 East African epidemic. Conclusions CHIKF may be a substantial public health burden in primary healthcare on the East African coast outside epidemic years, and recurrent infections are common.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
خلفية مجردة تم وصف حمى شيكونغونيا (CHIKF) لأول مرة في تنزانيا في عام 1952. حدثت العديد من الأوبئة بما في ذلك شرق أفريقيا، ولكن لا توجد أوصاف للمراقبة الطولية للأمراض المتوطنة. هنا، نقدر حدوث تشيكف في كينيا الساحلية ووصف السلالة الفيروسية المرتبطة بها. الطرق راقبنا الأمراض الحموية الحادة بين 3500 طفل يزورون مرفقين للرعاية الصحية الأولية في ساحل كينيا على مدى 5 سنوات (2014–2018). تم ربط الحلقات بنظام المراقبة الديموغرافية وعينات الدم التي تم الحصول عليها. تم أخذ عينات مستعرضة في مسح مجتمعي لمجموعة مختلفة من 435 طفلاً بدون أعراض في نفس موقع الدراسة في عام 2016. تم استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي لفحص فيروس الشيكونغونيا (CHIKV)، وتسلسل الجينوم الفيروسي للتحليلات الوراثية. النتائج وجدنا أن CHIKF متوطن في هذا الوضع، ويرتبط بنسبة 12.7 ٪ (95 ٪ CI 11.60، 13.80) من جميع العروض الحموية للرعاية الصحية الأولية. كان معدل انتشار عدوى فيروس تشيك بين الأطفال عديمي الأعراض في المسح المجتمعي 0.7 ٪ (95 ٪ CI 0.22، 2.12). كان معدل حدوث تشيكف بين الأطفال الذين تقل أعمارهم عن سنة واحدة 1190 حالة/100000 شخص في السنة و 63 حالة/100000 شخص في السنة بين الأطفال الذين تزيد أعمارهم عن 10 سنوات. لوحظت نوبات تشيكف المتكررة، المرتبطة بالحمى وفيريميا الدم، بين 19 من 170 طفلاً يعانون من نوبات حموية متعددة خلال فترة الدراسة. تم تعيين جميع الجينومات الفيروسية المتسلسلة إلى النمط الجيني لوكالة الفضاء الأوروبية وإن كانت متميزة عن سلالات تشيكف المرتبطة بوباء شرق إفريقيا عام 2004. الاستنتاجات قد يكون CHIKF عبئًا كبيرًا على الصحة العامة في الرعاية الصحية الأولية على ساحل شرق إفريقيا خارج سنوات الوباء، والالتهابات المتكررة شائعة.Translated Description (French)
Résumé Contexte La fièvre chikungunya (CHIKF) a été décrite pour la première fois en Tanzanie en 1952. Plusieurs épidémies, y compris en Afrique de l'Est, se sont produites, mais il n'existe aucune description de la surveillance longitudinale des maladies endémiques. Ici, nous estimons l'incidence du CHIKF sur la côte kenyane et décrivons la phylogénie virale associée. Méthodes Nous avons suivi les maladies fébriles aiguës chez 3 500 enfants visitant deux établissements de soins de santé primaires sur une période de 5 ans (2014–2018). Les épisodes ont été liés à un système de surveillance démographique et des échantillons de sang ont été obtenus. Un échantillonnage transversal dans une enquête communautaire portant sur un groupe différent de 435 enfants asymptomatiques dans le même lieu d'étude a été effectué en 2016. La PCR par transcriptase inverse a été utilisée pour le dépistage du virus du chikungunya (CHIKV) et les génomes viraux ont été séquencés pour les analyses phylogénétiques. Résultats Nous avons constaté que le CHIKF était endémique dans ce contexte, associé à 12,7 % (IC à 95 % 11,60, 13,80) de toutes les présentations fébriles aux soins de santé primaires. La prévalence des infections à CHIKV chez les enfants asymptomatiques dans l'enquête communautaire était de 0,7 % (IC à 95 % 0,22 ; 2,12). L'incidence du CHIKF chez les enfants < 1 an était de 1190 cas/100 000 personnes-années et de 63 cas/100 000 personnes-années chez les enfants âgés de ≥10 ans. Des épisodes récurrents de CHIKF, associés à de la fièvre et à de la virémie, ont été observés chez 19 des 170 enfants présentant de multiples épisodes fébriles au cours de la période d'étude. Tous les génomes viraux séquencés cartographiés au génotype de l'ECSA, bien que distincts des souches de CHIKV associées à l'épidémie de 2004 en Afrique de l'Est. Conclusions Le CHIKF peut constituer un fardeau important pour la santé publique en matière de soins de santé primaires sur la côte est-africaine en dehors des années d'épidémie, et les infections récurrentes sont courantes.Translated Description (Spanish)
Antecedentes La fiebre chikungunya (CHIKF) se describió por primera vez en Tanzania en 1952. Se han producido varias epidemias, incluida África Oriental, pero no hay descripciones de la vigilancia longitudinal de las enfermedades endémicas. Aquí, estimamos la incidencia de CHIKF en la costa de Kenia y describimos la filogenia viral asociada. Métodos Monitoreamos enfermedades febriles agudas entre 3500 niños que visitaron dos centros de atención primaria en la costa de Kenia durante un período de 5 años (2014–2018). Los episodios se vincularon a un sistema de vigilancia demográfica y se obtuvieron muestras de sangre. En 2016 se realizó un muestreo transversal en una encuesta comunitaria de un grupo diferente de 435 niños asintomáticos en el mismo lugar de estudio. Se utilizó PCR de transcriptasa inversa para la detección del virus chikungunya (CHIKV) y se secuenciaron los genomas virales para los análisis filogenéticos. Resultados Encontramos que CHIKF es endémico en este entorno, asociado con el 12.7% (95% CI 11.60, 13.80) de todas las presentaciones febriles a la atención primaria de salud. La prevalencia de infecciones por CHIKV entre los niños asintomáticos en la encuesta comunitaria fue del 0,7% (IC del 95%: 0,22; 2,12). La incidencia de CHIKF entre niños < 1 año de edad fue de 1190 casos/100.000 años-persona y 63 casos/100.000 años-persona entre niños ≥10 años. Se observaron episodios recurrentes de CHIKF, asociados con fiebre y viremia, en 19 de 170 niños con episodios febriles múltiples durante el período de estudio. Todos los genomas virales secuenciados se asignaron al genotipo ECSA, aunque distintos de las cepas de CHIKV asociadas con la epidemia de África Oriental de 2004. Conclusiones CHIKF puede ser una carga sustancial para la salud pública en la atención primaria de salud en la costa de África Oriental fuera de los años epidémicos, y las infecciones recurrentes son comunes.Files
s12879-021-05875-5.pdf
Files
(2.1 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:2ee08e4e8eb6a6d4be1ddfb14596780a
|
2.1 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- حمى الشيكونغونيا المتوطنة لدى الأطفال الكينيين: دراسة جماعية مستقبلية
- Translated title (French)
- Endemic chikungunya fever in Kenyan children : a prospective cohort study
- Translated title (Spanish)
- Fiebre endémica de chikungunya en niños kenianos: un estudio de cohorte prospectivo
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3131729556
- DOI
- 10.1186/s12879-021-05875-5
References
- https://openalex.org/W1623633165
- https://openalex.org/W1974514807
- https://openalex.org/W2017160806
- https://openalex.org/W2047727462
- https://openalex.org/W2052431991
- https://openalex.org/W2062504884
- https://openalex.org/W2067506266
- https://openalex.org/W2070568063
- https://openalex.org/W2070608209
- https://openalex.org/W2101253844
- https://openalex.org/W2101661555
- https://openalex.org/W2105260527
- https://openalex.org/W2108882567
- https://openalex.org/W2141918346
- https://openalex.org/W2154286248
- https://openalex.org/W2156205184
- https://openalex.org/W2158927525
- https://openalex.org/W2217224039
- https://openalex.org/W2259698181
- https://openalex.org/W2343303131
- https://openalex.org/W2463878667
- https://openalex.org/W2470441134
- https://openalex.org/W2509643246
- https://openalex.org/W2591784983
- https://openalex.org/W2616925143
- https://openalex.org/W2618808153
- https://openalex.org/W268526039
- https://openalex.org/W2754904057
- https://openalex.org/W2791080369
- https://openalex.org/W2897492290
- https://openalex.org/W2901502504
- https://openalex.org/W2911184439
- https://openalex.org/W2921204183
- https://openalex.org/W2949867654
- https://openalex.org/W2956544170
- https://openalex.org/W3014720962
- https://openalex.org/W331838728