Published April 30, 2020
| Version v1
Publication
Open
Repurposing of known anti-virals as potential inhibitors for SARS-CoV-2 main protease using molecular docking analysis
Description
The new SARS-CoV-2 coronavirus is the causative agent of the COVID-19 pandemic outbreak that affected more than 190 countries worldwide with more than 292,000 confirmed cases and over 12,700 deaths. There is at the moment no vaccine or effective treatment for this disease which constitutes a serious global health problem. It is of interest to use a structure based virtual screening approach for the identification of potential inhibitors of the main protease of SARS-CoV-2 (Mpro) from antiviral drugs used to treat other viral disease such as human immunodeficiency virus (HIV) and hepatitis C virus (HCV) infections. The crystallographic structure with PDB ID: 6LU7 of Mpro in complex with the inhibitor N3 was used as a model in the virtual screening of 33 protease inhibitors collected from the ChEMBL chemical database. Molecular docking analysis was performed using the standard AutoDock vina protocol followed by ranking and selection of compounds based on their binding affinity. We report 10 candidates with optimal binding features to the active site of the protease for further consideration as potential drugs to treat patients infected with the emerging COVID-19 disease.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
فيروس كورونا سارس- كوف-2 الجديد هو العامل المسبب لتفشي جائحة كوفيد-19 التي أثرت على أكثر من 190 دولة في جميع أنحاء العالم مع أكثر من 292000 حالة مؤكدة وأكثر من 12700 حالة وفاة. لا يوجد في الوقت الحالي لقاح أو علاج فعال لهذا المرض الذي يشكل مشكلة صحية عالمية خطيرة. من المهم استخدام نهج فحص افتراضي قائم على الهيكل لتحديد المثبطات المحتملة للبروتياز الرئيسي لـ SARS - CoV -2 (MPRO) من الأدوية المضادة للفيروسات المستخدمة لعلاج الأمراض الفيروسية الأخرى مثل عدوى فيروس نقص المناعة البشرية (HIV) والتهاب الكبد الوبائي (HCV). تم استخدام البنية البلورية مع معرف PDB: 6LU7 من Mpro في المركب مع المانع N3 كنموذج في الفحص الافتراضي لـ 33 مثبطات الأنزيم البروتيني التي تم جمعها من قاعدة البيانات الكيميائية ChEMBL. تم إجراء تحليل الالتحام الجزيئي باستخدام بروتوكول VINA القياسي لـ AutoDock متبوعًا بترتيب واختيار المركبات بناءً على تقاربها الملزم. نبلغ عن 10 مرشحين بميزات الربط المثلى للموقع النشط للبروتياز لمزيد من الدراسة كأدوية محتملة لعلاج المرضى المصابين بمرض COVID -19 الناشئ.Translated Description (French)
Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 est l'agent responsable de l'épidémie de pandémie de COVID-19 qui a touché plus de 190 pays dans le monde avec plus de 292 000 cas confirmés et plus de 12 700 décès. Il n'existe actuellement aucun vaccin ou traitement efficace contre cette maladie qui constitue un grave problème de santé mondial. Il est intéressant d'utiliser une approche de dépistage virtuel basée sur la structure pour identifier les inhibiteurs potentiels de la principale protéase du SRAS-CoV-2 (Mpro) à partir de médicaments antiviraux utilisés pour traiter d'autres maladies virales telles que les infections par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et le virus de l'hépatite C (VHC). La structure cristallographique avec PDB ID : 6LU7 de Mpro en complexe avec l'inhibiteur N3 a été utilisée comme modèle dans le criblage virtuel de 33 inhibiteurs de protéase collectés à partir de la base de données chimique ChEMBL. L'analyse de l'amarrage moléculaire a été réalisée en utilisant le protocole standard AutoDock vina suivi du classement et de la sélection des composés en fonction de leur affinité de liaison. Nous rapportons 10 candidats présentant des caractéristiques de liaison optimales au site actif de la protéase pour un examen plus approfondi en tant que médicaments potentiels pour traiter les patients infectés par la maladie émergente de la COVID-19.Translated Description (Spanish)
El nuevo coronavirus SARS-CoV-2 es el agente causal del brote de pandemia de COVID-19 que afectó a más de 190 países en todo el mundo con más de 292.000 casos confirmados y más de 12.700 muertes. Por el momento no existe una vacuna o tratamiento eficaz para esta enfermedad que constituye un grave problema de salud mundial. Es de interés utilizar un enfoque de detección virtual basado en la estructura para la identificación de inhibidores potenciales de la proteasa principal del SARS-CoV-2 (Mpro) a partir de medicamentos antivirales utilizados para tratar otras enfermedades virales, como las infecciones por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y el virus de la hepatitis C (VHC). La estructura cristalográfica con PDB ID: 6LU7 de Mpro en complejo con el inhibidor N3 se utilizó como modelo en el cribado virtual de 33 inhibidores de proteasa recogidos de la base de datos química ChEMBL. El análisis de acoplamiento molecular se realizó utilizando el protocolo estándar AutoDock vina seguido de la clasificación y selección de compuestos en función de su afinidad de unión. Presentamos 10 candidatos con características de unión óptimas al sitio activo de la proteasa para su posterior consideración como posibles fármacos para tratar a pacientes infectados con la enfermedad emergente COVID-19.Files
97320630016301.pdf.pdf
Files
(4.5 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:f84286c474c380cd82297415daa6887a
|
4.5 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- إعادة استخدام مضادات الفيروسات المعروفة كمثبطات محتملة لإنزيم بروتياز سارس- كوف-2 الرئيسي باستخدام تحليل الالتحام الجزيئي
- Translated title (French)
- Réutilisation d'antiviraux connus comme inhibiteurs potentiels de la protéase principale du SRAS-CoV-2 à l'aide de l'analyse d'amarrage moléculaire
- Translated title (Spanish)
- Reutilización de antivirales conocidos como inhibidores potenciales de la proteasa principal del SARS-CoV-2 mediante análisis de acoplamiento molecular
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3014314231
- DOI
- 10.6026/97320630016301
References
- https://openalex.org/W2032646124
- https://openalex.org/W2105668062
- https://openalex.org/W2122041141
- https://openalex.org/W2130479394
- https://openalex.org/W2134967712
- https://openalex.org/W2155478691
- https://openalex.org/W2169678694
- https://openalex.org/W2188127456
- https://openalex.org/W2558999090
- https://openalex.org/W2999318660
- https://openalex.org/W3009828946
- https://openalex.org/W3010956505
- https://openalex.org/W3012379316
- https://openalex.org/W3012440244
- https://openalex.org/W3012546754
- https://openalex.org/W3013953493