The data on molecular docking of cinnamic acid amide on dengue viral target NS2B/NS3
Description
A natural occurring class compound, cinnamic acid is composed of a benzene ring, an alkene double bond and an acrylic acid functional group. Due to the feasibility of its structure modifications with a variety of compounds, cinnamic acids have been actively explored to improve their biological efficacy. Cinnamic acid derivatives have been reported to exhibit an antimicrobial property. Despite the beneficial properties of cinnamic acid derivatives, the antiviral activity of the amide derivatives especially against the dengue virus is poorly defined. Herein, the cinnamic amide derivatives were evaluated for their potential as an anti-dengue virus through the in-silico analysis of the derivatives. This data aimed to analyze the interactions of the derivatives against the non-structural protein of viral target, dengue virus type 2 (DENV-2) NS2B/N3. The evaluation was based on binding affinity, interaction type (bond type and distance) and interaction with amino acids. Three derivatives (CAA15, CAA16 and CAA17) with the best docking score were reported. Enhanced understanding of the interaction acquired from this analysis provide a useful information on for the prediction of the binding behavior affinity of cinnamic amide derivatives and is ultimately useful in the rational design of drugs to synthesis new compounds with the potential benefits against DENV-2.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
يتكون حمض السيناميك، وهو مركب من فئة طبيعية، من حلقة بنزين ورابطة مزدوجة من الألكين ومجموعة وظيفية من حمض الأكريليك. نظرًا لجدوى تعديلات هيكلها مع مجموعة متنوعة من المركبات، تم استكشاف الأحماض السيناميكية بنشاط لتحسين فعاليتها البيولوجية. تم الإبلاغ عن أن مشتقات حمض القرفة تظهر خاصية مضادة للميكروبات. على الرغم من الخصائص المفيدة لمشتقات حمض القرفة، فإن النشاط المضاد للفيروسات لمشتقات الأميد خاصة ضد فيروس حمى الضنك غير محدد بشكل جيد. هنا، تم تقييم مشتقات أميد القرفة لإمكانياتها كفيروس مضاد لحمى الضنك من خلال التحليل السيليكي للمشتقات. تهدف هذه البيانات إلى تحليل تفاعلات المشتقات مقابل البروتين غير الهيكلي للهدف الفيروسي، فيروس حمى الضنك من النوع 2 (DENV -2) NS2B/N3. استند التقييم إلى التقارب الملزم ونوع التفاعل (نوع الرابطة والمسافة) والتفاعل مع الأحماض الأمينية. تم الإبلاغ عن ثلاثة مشتقات (CAA15 و CAA16 و CAA17) مع أفضل درجة إرساء. يوفر الفهم المعزز للتفاعل المكتسب من هذا التحليل معلومات مفيدة للتنبؤ بتقارب السلوك الملزم لمشتقات الأميد السينمائي وهو مفيد في النهاية في التصميم العقلاني للأدوية لتوليف مركبات جديدة مع الفوائد المحتملة ضد DENV -2.Translated Description (French)
Composé de classe naturelle, l'acide cinnamique est composé d'un cycle benzénique, d'une double liaison alcène et d'un groupe fonctionnel acide acrylique. En raison de la faisabilité de ses modifications de structure avec une variété de composés, les acides cinnamiques ont été activement explorés pour améliorer leur efficacité biologique. Il a été rapporté que les dérivés de l'acide cinnamique présentaient une propriété antimicrobienne. Malgré les propriétés bénéfiques des dérivés de l'acide cinnamique, l'activité antivirale des dérivés amides notamment contre le virus de la dengue est mal définie. Ici, les dérivés d'amide cinnamique ont été évalués pour leur potentiel en tant que virus anti-dengue par l'analyse in-silico des dérivés. Ces données visaient à analyser les interactions des dérivés contre la protéine non structurelle de la cible virale, le virus de la dengue de type 2 (DENV-2) NS2B/N3. L'évaluation était basée sur l'affinité de liaison, le type d'interaction (type de liaison et distance) et l'interaction avec les acides aminés. Trois dérivés (CAA15, CAA16 et CAA17) avec le meilleur score d'amarrage ont été rapportés. Une meilleure compréhension de l'interaction acquise à partir de cette analyse fournit des informations utiles pour la prédiction de l'affinité du comportement de liaison des dérivés d'amide cinnamique et est finalement utile dans la conception rationnelle de médicaments pour synthétiser de nouveaux composés avec les avantages potentiels contre DENV-2.Translated Description (Spanish)
Un compuesto de clase natural, el ácido cinámico está compuesto por un anillo de benceno, un doble enlace de alqueno y un grupo funcional de ácido acrílico. Debido a la viabilidad de sus modificaciones estructurales con una variedad de compuestos, los ácidos cinámicos se han explorado activamente para mejorar su eficacia biológica. Se ha informado que los derivados del ácido cinámico exhiben una propiedad antimicrobiana. A pesar de las propiedades beneficiosas de los derivados del ácido cinámico, la actividad antiviral de los derivados de amida, especialmente contra el virus del dengue, está poco definida. En la presente, los derivados de amida cinámica se evaluaron por su potencial como virus anti-dengue a través del análisis in silico de los derivados. Estos datos tuvieron como objetivo analizar las interacciones de los derivados contra la proteína no estructural de la diana viral, el virus del dengue tipo 2 (DENV-2) NS2B/N3. La evaluación se basó en la afinidad de unión, el tipo de interacción (tipo de enlace y distancia) y la interacción con los aminoácidos. Se informaron tres derivados (CAA15, CAA16 y CAA17) con la mejor puntuación de acoplamiento. La comprensión mejorada de la interacción adquirida a partir de este análisis proporciona una información útil para la predicción de la afinidad del comportamiento de unión de los derivados de amida cinámica y, en última instancia, es útil en el diseño racional de fármacos para sintetizar nuevos compuestos con los beneficios potenciales contra DENV-2.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- بيانات الالتحام الجزيئي لأميد حمض السيناميك على الهدف الفيروسي لحمى الضنك NS2B/NS3
- Translated title (French)
- Les données sur l'amarrage moléculaire de l'amide de l'acide cinnamique sur la cible virale de la dengue NS2B/NS3
- Translated title (Spanish)
- Los datos sobre el acoplamiento molecular de la amida del ácido cinámico en el objetivo viral del dengue NS2B/NS3
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4220920646
- DOI
- 10.1016/j.dib.2022.108036
References
- https://openalex.org/W1968167549
- https://openalex.org/W2083791825
- https://openalex.org/W2101706577
- https://openalex.org/W2169678694
- https://openalex.org/W3047987759