Published October 1, 2022
| Version v1
Publication
Highly sensitive detection of EGFR L858R mutation at the mRNA level
Creators
- 1. Vietnam Military Medical University
- 2. Hanoi Medical University
- 3. Viet Duc Hospital
- 4. National Hospital of Pediatrics
- 5. Karolinska Institutet
Description
The missense mutation EGFR L858R implies increased sensitivity to EGFR tyrosine kinase inhibitor (TKIs) therapy, despite a significant non-response rate. Currently, detection of EGFR L858R mutation is mostly DNA based, therefore, the allele-specific expression level of the mutated gene and its clinical relevance is hidden. Based on the extendable blocking probes and hot-start protocol for reverse transcription, we have developed and validated a novel one-step realtime RT-PCR assay that enables detection of EGFR L858R mutation at the mRNA level. This RNA-based assay was able to detect the EGFR L858R mutation in a 10,000-fold excess of its wildtype counterpart, indicating an analytical sensitivity of 0.01%. In comparison to the reference DNA-based assay, the RNA-based assay further detected the EGFR L858R mutation in significantly additional formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples (19.2% vs 15.0%). Interestingly, our data showed that the relative mRNA levels of EGFR L858R mutation varied greatly in tumor tissues (∼4 logs); and the circulating mRNA of EGFR L858R mutation was detectable in plasma of NSCLC patients. This novel RNA-based PCR assay provides a simple and ultrasensitive tool for detection of EGFR L858R mutation at the mRNA level as a new class of biomarkers.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تشير الطفرة الخاطئة EGFR L858R إلى زيادة الحساسية لعلاج مثبطات التيروزين كيناز (TKIs) EGFR، على الرغم من معدل عدم الاستجابة الكبير. في الوقت الحالي، يعتمد الكشف عن طفرة EGFR L858R في الغالب على الحمض النووي، وبالتالي، فإن مستوى التعبير الخاص بالأليل للجين المتحور وأهميته السريرية مخفي. استنادًا إلى مسابير الحجب القابلة للتمديد وبروتوكول البدء الساخن للنسخ العكسي، قمنا بتطوير والتحقق من صحة اختبار RT - PCR الجديد من خطوة واحدة في الوقت الفعلي والذي يتيح الكشف عن طفرة EGFR L858R على مستوى mRNA. تمكن هذا الاختبار القائم على الحمض النووي الريبي من اكتشاف طفرة EGFR L858R في زيادة قدرها 10000 ضعف عن نظيره من النوع البري، مما يشير إلى حساسية تحليلية بنسبة 0.01 ٪. وبالمقارنة مع الاختبار المرجعي القائم على الحمض النووي، كشف الاختبار القائم على الحمض النووي الريبوزي عن طفرة EGFR L858R في عينات إضافية من البارافين المثبت بالفورمالين (FFPE) (19.2 ٪ مقابل 15.0 ٪). ومن المثير للاهتمام أن بياناتنا أظهرت أن مستويات الحمض النووي الريبوزي المرسال النسبية لطفرة EGFR L858R تختلف اختلافًا كبيرًا في أنسجة الورم (4 سجلات )؛ وأن الحمض النووي الريبوزي المرسال المتداول لطفرة EGFR L858R كان قابلاً للاكتشاف في بلازما مرضى سرطان الرئة ذي الخلايا غير الصغيرة. يوفر اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل القائم على الحمض النووي الريبوزي أداة بسيطة وفائقة الحساسية للكشف عن طفرة EGFR L858R على مستوى الحمض النووي الريبوزي المرسال كفئة جديدة من المؤشرات الحيوية.Translated Description (French)
La mutation faux-sens EGFR L858R implique une sensibilité accrue au traitement par inhibiteur de l'EGFR tyrosine kinase (ITK), malgré un taux de non-réponse significatif. Actuellement, la détection de la mutation EGFR L858R est principalement basée sur l'ADN, par conséquent, le niveau d'expression spécifique de l'allèle du gène muté et sa pertinence clinique sont cachés. Sur la base des sondes de blocage extensibles et du protocole de démarrage à chaud pour la transcription inverse, nous avons développé et validé un nouveau test RT-PCR en temps réel en une étape qui permet de détecter la mutation EGFR L858R au niveau de l'ARNm. Ce test à base d'ARN a permis de détecter la mutation EGFR L858R dans un excès de 10 000 fois par rapport à son homologue de type sauvage, indiquant une sensibilité analytique de 0,01%. Par rapport au test à base d'ADN de référence, le test à base d'ARN a en outre détecté la mutation EGFR L858R dans des échantillons supplémentaires significativement fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) (19,2 % contre 15,0 %). Fait intéressant, nos données ont montré que les niveaux relatifs d'ARNm de la mutation EGFR L858R variaient considérablement dans les tissus tumoraux (∼4 logs) ; et l'ARNm circulant de la mutation EGFR L858R était détectable dans le plasma des patients atteints de CBNPC. Ce nouveau test PCR basé sur l'ARN fournit un outil simple et ultrasensible pour la détection de la mutation EGFR L858R au niveau de l'ARNm en tant que nouvelle classe de biomarqueurs.Translated Description (Spanish)
La mutación sin sentido EGFR L858R implica una mayor sensibilidad a la terapia con inhibidores de la tirosina quinasa (TKI) de EGFR, a pesar de una tasa de no respuesta significativa. Actualmente, la detección de la mutación L858R del EGFR se basa principalmente en el ADN, por lo tanto, el nivel de expresión específico del alelo del gen mutado y su relevancia clínica están ocultos. Basándonos en las sondas de bloqueo extensibles y el protocolo de inicio en caliente para la transcripción inversa, hemos desarrollado y validado un nuevo ensayo RT-PCR en tiempo real de una etapa que permite la detección de la mutación EGFR L858R a nivel de ARNm. Este ensayo basado en ARN fue capaz de detectar la mutación EGFR L858R en un exceso de 10.000 veces de su contraparte de tipo salvaje, lo que indica una sensibilidad analítica del 0,01%. En comparación con el ensayo basado en ADN de referencia, el ensayo basado en ARN detectó además la mutación EGFR L858R en muestras incluidas en parafina fijadas en formalina (FFPE) significativamente adicionales (19.2% frente a 15.0%). Curiosamente, nuestros datos mostraron que los niveles relativos de ARNm de la mutación L858R de EGFR variaban mucho en los tejidos tumorales (~4 logs); y el ARNm circulante de la mutación L858R de EGFR era detectable en el plasma de pacientes con NSCLC. Este nuevo ensayo de PCR basado en ARN proporciona una herramienta simple y ultrasensible para la detección de la mutación L858R de EGFR a nivel de ARNm como una nueva clase de biomarcadores.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- الكشف شديد الحساسية عن طفرة EGFR L858R على مستوى الحمض النووي الريبوزي المرسال
- Translated title (French)
- Détection très sensible de la mutation EGFR L858R au niveau de l'ARNm
- Translated title (Spanish)
- Detección altamente sensible de la mutación L858R de EGFR a nivel de ARNm
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4283748253
- DOI
- 10.1016/j.ab.2022.114799
References
- https://openalex.org/W1619850371
- https://openalex.org/W1970738520
- https://openalex.org/W1981692037
- https://openalex.org/W1984852348
- https://openalex.org/W1989660002
- https://openalex.org/W1992176720
- https://openalex.org/W1996283758
- https://openalex.org/W2043696829
- https://openalex.org/W2045060432
- https://openalex.org/W2070011883
- https://openalex.org/W2087058708
- https://openalex.org/W2100794900
- https://openalex.org/W2120669034
- https://openalex.org/W2138244788
- https://openalex.org/W2145068848
- https://openalex.org/W2145497412
- https://openalex.org/W2161821474
- https://openalex.org/W2163863646
- https://openalex.org/W2166084034
- https://openalex.org/W2170442437
- https://openalex.org/W2414722525
- https://openalex.org/W2782141464
- https://openalex.org/W2964780169
- https://openalex.org/W3022757788
- https://openalex.org/W3148191309