Published November 1, 2021 | Version v1
Publication Open

An Evaluation of Phosphate Buffer Saline as an Alternative Liquid-Based Medium for HPV DNA Detection

Creators

  • 1. Chiang Mai University

Description

HPV detection has been proposed as part of the co-testing which improves the sensitivity of cervical screening. However, the commercially liquid-based medium adds cost in low-resource areas. This study aimed to evaluate the performance of ice-cold phosphate buffer saline (PBS) for HPV detection.HPV DNA from SiHa cells (with 1-2 copies of HPV16 per cell) preserved in ice-cold PBS or PreserveCyt solution at different time points (24, 36, 48, 72, 120 and 168 h) was tested in triplicate using Cobas 4800. The threshold cycle (Ct) values of both solutions were compared. An estimated false negative rate of PBS was also assessed by using the difference in Ct values between both solutions (∆Ct) and Ct values of HPV16-positive PreserveCyt clinical samples (Ctsample) at corresponding time points. Samples with a (Ctsample+∆Ct) value > 40.5 (the cutoff of HPV16 DNA by Cobas 4800) were considered as false negativity.The Ct values of HPV16 DNA of SiHa cells collected in PBS were higher than PreserveCyt ranging from 0.43 to 2.36 cycles depending on incubation times. There was no significant difference at 24, 72, 120, and 168 h. However, the Ct values were statistically significantly higher for PBS than PreserveCyt at 36 h (31.00 vs 29.26), and 48 h (31.06 vs 28.70). A retrospective analysis in 47 clinical PreserveCyt collected samples that were positive for HPV16 DNA found that 1 case (2%) would become negative if collected in ice-cold PBS.The PBS might be an alternative collecting medium for HPV detection in the low-resource areas. Further evaluations are warranted.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم اقتراح الكشف عن فيروس الورم الحليمي البشري كجزء من الاختبار المشترك الذي يحسن حساسية فحص عنق الرحم. ومع ذلك، فإن الوسيط السائل تجاريًا يضيف تكلفة في المناطق منخفضة الموارد. تهدف هذه الدراسة إلى تقييم أداء محلول الفوسفات الملحي البارد (PBS) للكشف عن فيروس الورم الحليمي البشري. تم اختبار الحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري من خلايا SiHa (مع 1-2 نسخ من فيروس الورم الحليمي البشري 16 لكل خلية) المحفوظة في محلول PBS بارد أو محلول PreserveCyt في نقاط زمنية مختلفة (24، 36، 48، 72، 120 و 168 ساعة) في ثلاث نسخ باستخدام Cobas 4800. تمت مقارنة قيم دورة العتبة (Ct) لكلا المحلولين. كما تم تقييم معدل سلبي كاذب مقدر لـ PBS باستخدام الفرق في قيم Ct بين كلا المحلولين (Ct) وقيم Ct لعينات PreserveCyt السريرية الإيجابية لفيروس الورم الحليمي البشري 16 (Ctsample) في النقاط الزمنية المقابلة. اعتبرت العينات التي تحتوي على قيمة (Ctsample + Ct) > 40.5 (قطع الحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري 16 بواسطة Cobas 4800) سلبية كاذبة. كانت قيم Ct للحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري 16 لخلايا SiHa التي تم جمعها في PBS أعلى من PreserveCyt التي تتراوح من 0.43 إلى 2.36 دورة اعتمادًا على أوقات الحضانة. لم يكن هناك فرق كبير في 24 و 72 و 120 و 168 ساعة. ومع ذلك، كانت قيم Ct أعلى إحصائيًا بشكل ملحوظ لـ PBS من PreserveCyt عند 36 ساعة (31.00 مقابل 29.26)، و 48 ساعة (31.06 مقابل 28.70). وجد تحليل بأثر رجعي في 47 عينة سريرية جمعتها PreserveCyt كانت إيجابية للحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري 16 أن حالة واحدة (2 ٪) ستصبح سلبية إذا تم جمعها في PBS البارد. قد يكون PBS وسيلة تجميع بديلة للكشف عن فيروس الورم الحليمي البشري في المناطق منخفضة الموارد. هناك ما يبرر إجراء المزيد من التقييمات.

Translated Description (French)

La détection du VPH a été proposée dans le cadre du co-test qui améliore la sensibilité du dépistage cervical. Cependant, le milieu à base de liquide commercial ajoute des coûts dans les zones à faibles ressources. Cette étude visait à évaluer la performance de la solution saline tampon au phosphate (PBS) glacée pour la détection du VPH. L'ADN du VPH provenant de cellules SiHa (avec 1 à 2 copies du VPH16 par cellule) conservées dans une solution PBS ou PreserveCyt glacée à différents moments (24, 36, 48, 72, 120 et 168 h) a été testé en triple à l'aide de Cobas 4800. Les valeurs de cycle de seuil (Ct) des deux solutions ont été comparées. Un taux estimé de faux négatifs de PBS a également été évalué en utilisant la différence des valeurs de Ct entre les deux solutions (∆Ct) et les valeurs de Ct des échantillons cliniques PreserveCyt positifs pour HPV16 (Ctsample) aux points de temps correspondants. Les échantillons avec une valeur (Ctsample +∆Ct) > 40,5 (le seuil de coupure de l'ADN HPV16 par Cobas 4800) ont été considérés comme une fausse négativité. Les valeurs Ct de l'ADN HPV16 des cellules SiHa collectées dans PBS étaient supérieures à PreserveCyt allant de 0,43 à 2,36 cycles en fonction des temps d'incubation. Il n'y avait pas de différence significative à 24, 72, 120 et 168 h. Cependant, les valeurs de Ct étaient statistiquement significativement plus élevées pour le PBS que pour PreserveCyt à 36 h (31,00 vs 29,26) et 48 h (31,06 vs 28,70). Une analyse rétrospective dans 47 échantillons cliniques collectés par PreserveCyt qui étaient positifs pour l'ADN du VPH16 a révélé qu'un cas (2 %) deviendrait négatif s'il était collecté dans du PBS glacé. Le PBS pourrait être un milieu de collecte alternatif pour la détection du VPH dans les zones à faibles ressources. D'autres évaluations sont justifiées.

Translated Description (Spanish)

Se ha propuesto la detección del VPH como parte de la prueba conjunta que mejora la sensibilidad del cribado cervical. Sin embargo, el medio de base líquida comercial añade coste en zonas de bajos recursos. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el rendimiento de la solución salina amortiguadora de fosfato (PBS) helada para la detección del VPH. El ADN del VPH de células SiHa (con 1-2 copias de VPH16 por célula) conservado en PBS helado o solución PreserveCyt en diferentes puntos de tiempo (24, 36, 48, 72, 120 y 168 h) se probó por triplicado utilizando Cobas 4800. Se compararon los valores del ciclo umbral (Ct) de ambas soluciones. También se evaluó una tasa estimada de falsos negativos de PBS mediante el uso de la diferencia en los valores de Ct entre ambas soluciones (∆Ct) y los valores de Ct de las muestras clínicas PreserveCyt positivas para HPV16 (Ctsample) en los puntos de tiempo correspondientes. Las muestras con un valor (Ctsample +∆Ct) > 40.5 (el punto de corte del ADN de HPV16 por Cobas 4800) se consideraron como falsa negatividad. Los valores de Ct del ADN de HPV16 de las células SiHa recolectadas en PBS fueron más altos que PreserveCyt y oscilaron entre 0.43 y 2.36 ciclos dependiendo de los tiempos de incubación. No hubo diferencia significativa a las 24, 72, 120 y 168 h. Sin embargo, los valores de Ct fueron estadísticamente significativamente más altos para PBS que PreserveCyt a las 36 h (31.00 vs 29.26) y 48 h (31.06 vs 28.70). Un análisis retrospectivo en 47 muestras clínicas recolectadas por PreserveCyt que fueron positivas para el ADN del VPH16 encontró que 1 caso (2%) se volvería negativo si se recolectaba en PBS enfriado con hielo. El PBS podría ser un medio de recolección alternativo para la detección del VPH en las áreas de bajos recursos. Se justifican evaluaciones adicionales.

Files

article_89836_01a002dc0d5cef5ad1498fdd846564f3.pdf.pdf

Files (686.9 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:944a202003a156c41d1419800173e77f
686.9 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم محلول ملحي عازل للفوسفات كوسيط بديل قائم على السائل للكشف عن الحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري
Translated title (French)
Une évaluation de la solution tampon de phosphate comme milieu liquide alternatif pour la détection de l'ADN du VPH
Translated title (Spanish)
Una evaluación de la solución salina amortiguadora de fosfato como medio alternativo a base de líquidos para la detección del ADN del VPH

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3216868872
DOI
10.31557/apjcp.2021.22.11.3441

Is supplement to
https://openalex.org/W4250710516 (Other)
https://openalex.org/W3082997830 (Other)
https://openalex.org/W2552746408 (Other)
https://openalex.org/W2391607001 (Other)
https://openalex.org/W2376286873 (Other)
https://openalex.org/W2366409741 (Other)
https://openalex.org/W2364463881 (Other)
https://openalex.org/W2351086876 (Other)
https://openalex.org/W1986823072 (Other)
https://openalex.org/W113517384 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1516155064
  • https://openalex.org/W1964927845
  • https://openalex.org/W1975091119
  • https://openalex.org/W1975948867
  • https://openalex.org/W1977600219
  • https://openalex.org/W1979738213
  • https://openalex.org/W1980145630
  • https://openalex.org/W2005755499
  • https://openalex.org/W2037811667
  • https://openalex.org/W2121918097
  • https://openalex.org/W2134196049
  • https://openalex.org/W2147366181
  • https://openalex.org/W2327814204
  • https://openalex.org/W2412556504
  • https://openalex.org/W2530212003
  • https://openalex.org/W3100489779
  • https://openalex.org/W3128646645