Published September 1, 2005
| Version v1
Publication
Open
Molecular Epidemiology of SARS-associated Coronavirus, Beijing
Creators
- 1. Institute of Microbiology
- 2. Institut Pasteur
- 3. Beijing Institute of Education
- 4. Université de Caen Normandie
- 5. Chinese Center For Disease Control and Prevention
Description
Single nucleotide variations (SNVs) at 5 loci (17564, 21721, 22222, 23823, and 27827) were used to define the molecular epidemiologic characteristics of severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV) from Beijing patients. Five fragments targeted at the SNV loci were amplified directly from clinical samples by using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), before sequencing the amplified products. Analyses of 45 sequences obtained from 29 patients showed that the GGCTC motif dominated among samples collected from March to early April 2003; the TGTTT motif predominanted afterwards. The switch from GGCTC to TGTTT was observed among patients belonging to the same cluster, which ruled out the possibility of the coincidental superposition of 2 epidemics running in parallel in Beijing. The Beijing isolates underwent the same change pattern reported from Guangdong Province. The same series of mutations occurring in separate geographic locations and at different times suggests a dominant process of viral adaptation to the host.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تم استخدام اختلافات النيوكليوتيدات المفردة (SNVs) في 5 مواضع (17564 و 21721 و 22222 و 23823 و 27827) لتحديد الخصائص الوبائية الجزيئية لفيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة (SARS - CoV) من مرضى بكين. تم تضخيم خمسة أجزاء مستهدفة في مواقع SNV مباشرة من العينات السريرية باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي (RT - PCR)، قبل تسلسل المنتجات المضخمة. أظهرت تحليلات 45 تسلسلًا تم الحصول عليها من 29 مريضًا أن عزر GGCTC كان سائدًا بين العينات التي تم جمعها من مارس إلى أوائل أبريل 2003 ؛ وساد عزر TGTTT بعد ذلك. لوحظ التحول من GGCTC إلى TGTTT بين المرضى الذين ينتمون إلى نفس المجموعة، مما استبعد إمكانية التراكب العرضي لوباءين يعملان بالتوازي في بكين. خضعت عزلات بكين لنفس نمط التغيير الذي تم الإبلاغ عنه من مقاطعة قوانغدونغ. تشير نفس سلسلة الطفرات التي تحدث في مواقع جغرافية منفصلة وفي أوقات مختلفة إلى عملية مهيمنة للتكيف الفيروسي مع المضيف.Translated Description (French)
Des variations mononucléotidiques (SNV) à 5 locus (17564, 21721, 22222, 23823 et 27827) ont été utilisées pour définir les caractéristiques épidémiologiques moléculaires du coronavirus associé au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) chez les patients de Beijing. Cinq fragments ciblant les locus SNV ont été amplifiés directement à partir d'échantillons cliniques en utilisant l'amplification en chaîne par transcription inverse et polymérase (RT-PCR), avant de séquencer les produits amplifiés. Les analyses de 45 séquences obtenues auprès de 29 patients ont montré que le motif GGCTC dominait parmi les échantillons prélevés de mars à début avril 2003 ; le motif TGTTT prédominait par la suite. Le passage du GGCTC au TGTTT a été observé chez des patients appartenant au même cluster, ce qui excluait la possibilité de la superposition fortuite de 2 épidémies se déroulant en parallèle à Pékin. Les isolats de Beijing ont subi le même changement que celui signalé dans la province du Guangdong. La même série de mutations se produisant dans des endroits géographiques distincts et à des moments différents suggère un processus dominant d'adaptation virale à l'hôte.Translated Description (Spanish)
Se utilizaron variaciones de un solo nucleótido (SNV) en 5 loci (17564, 21721, 22222, 23823 y 27827) para definir las características epidemiológicas moleculares del coronavirus asociado al síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV) de pacientes de Beijing. Cinco fragmentos dirigidos a los loci de SNV se amplificaron directamente a partir de muestras clínicas mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR), antes de secuenciar los productos amplificados. Los análisis de 45 secuencias obtenidas de 29 pacientes mostraron que el motivo GGCTC predominó entre las muestras recolectadas de marzo a principios de abril de 2003; el motivo TGTTT predominó después. El cambio de GGCTC a TGTTT se observó entre los pacientes que pertenecen al mismo grupo, lo que descartó la posibilidad de la superposición coincidente de 2 epidemias que se ejecutan en paralelo en Beijing. Los aislamientos de Pekín sufrieron el mismo patrón de cambio informado desde la provincia de Guangdong. La misma serie de mutaciones que ocurren en ubicaciones geográficas separadas y en diferentes momentos sugiere un proceso dominante de adaptación viral al huésped.Files
04-0773.pdf.pdf
Files
(224.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:1b0885f711f457b2b8812a6675aa8c2b
|
224.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- علم الأوبئة الجزيئي لفيروس كورونا المرتبط بالسارس، بكين
- Translated title (French)
- Épidémiologie moléculaire du coronavirus associé au SRAS, Pékin
- Translated title (Spanish)
- Epidemiología molecular del coronavirus asociado al SARS, Beijing
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2168542894
- DOI
- 10.3201/eid1109.040773
References
- https://openalex.org/W1967669339
- https://openalex.org/W1986037681
- https://openalex.org/W2022372613
- https://openalex.org/W2034740482
- https://openalex.org/W2104548316
- https://openalex.org/W2115475305
- https://openalex.org/W2116586125
- https://openalex.org/W2125251240
- https://openalex.org/W2132260239
- https://openalex.org/W2141877163
- https://openalex.org/W2142196405
- https://openalex.org/W2156744480
- https://openalex.org/W2169198329
- https://openalex.org/W2365154983
- https://openalex.org/W96734778