Published August 9, 2023
| Version v1
Publication
Open
Indian Red Jungle fowl reveals a genetic relationship with South East Asian Red Jungle fowl and Indian native chicken breeds as evidenced through whole mitochondrial genome sequences
- 1. Directorate of Poultry Research
- 2. Czech University of Life Sciences Prague
Description
Background: Native chickens are dispersed in a wide geographical range and have hereditary assets that are kept by farmers for various purposes. Mitochondrial DNA (mtDNA) is a widely utilized marker in molecular studies because of its quick advancement, matrilineal legacy, and simple molecular structure. Method and Results: We performed NGS sequencing to investigate mitochondrial genomes and to evaluate the hereditary connections, diversity, and measure of gene stream estimation in Indian native chicken breeds and Red Jungle fowl. The chicken breeds were genotyped using the D-loop region and 23 haplotypes were identified. When compared to Indian native breeds, more haplotypes were identified in the NADH dehydrogenase subunits, Cytochrome c oxidase, Cytochrome b, ATP synthase subunit 6, and Ribosomal RNA genes. The phylogenetic examination indicated that the analyzed chicken breeds were divided into six significant clades, namely A, B, C, D, E, and F, of which the F clade indicated the domestication of chicken breeds in India. Additionally, our work affirmed that the Indian Red Jungle Fowl is the origin for both reference Red Jungle Fowl as well as all Indian breeds, which is reflected in the dendrogram as well as network analysis based on the whole mtDNA and D-loop region. Indian Red Jungle Fowl is distributed as an outgroup, suggesting that this ancestry was reciprocally monophyletic. Conclusion: The mtDNA sequences of Indian native chickens provided novel insights into adaptation mechanisms and the significance of important mtDNA variations in understanding the maternal lineages of native birds.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الخلفية: ينتشر الدجاج الأصلي في نطاق جغرافي واسع وله أصول وراثية يحتفظ بها المزارعون لأغراض مختلفة. الحمض النووي الميتوكوندري (mtDNA) هو علامة مستخدمة على نطاق واسع في الدراسات الجزيئية بسبب تقدمه السريع وإرثه الأمومي وبنيته الجزيئية البسيطة. الطريقة والنتائج: أجرينا تسلسل NGS للتحقيق في جينومات الميتوكوندريا وتقييم الروابط الوراثية والتنوع وقياس تقدير تيار الجينات في سلالات الدجاج الهندية الأصلية وطيور الغابة الحمراء. تم تحديد سلالات الدجاج باستخدام المنطقة D - loop وتم تحديد 23 نمطًا فرديًا. عند مقارنتها بالسلالات الأصلية الهندية، تم تحديد المزيد من الأنماط الفردية في الوحدات الفرعية لإنزيم نازعة الهيدروجين NADH، وأوكسيداز السيتوكروم c، و Cytochrome b، و ATP synthase subunit 6، وجينات RNA الريبوسومية. أشار الفحص الوراثي إلى أن سلالات الدجاج التي تم تحليلها كانت مقسمة إلى ستة فروع مهمة، وهي A و B و C و D و E و F، والتي أشار الفرع F منها إلى تدجين سلالات الدجاج في الهند. بالإضافة إلى ذلك، أكد عملنا أن طائر الغابة الحمراء الهندي هو أصل كل من طائر الغابة الحمراء المرجعي وكذلك جميع السلالات الهندية، وهو ما ينعكس في الرسم البياني وكذلك تحليل الشبكة بناءً على منطقة mtDNA و D - loop بأكملها. يتم توزيع طيور الغابة الحمراء الهندية كمجموعة خارجية، مما يشير إلى أن هذا الأصل كان أحادي العرق بشكل متبادل. الاستنتاج: قدمت تسلسلات mtDNA للدجاج الهندي الأصلي رؤى جديدة حول آليات التكيف وأهمية اختلافات mtDNA المهمة في فهم سلالات الأمهات للطيور الأصلية.Translated Description (French)
Contexte : Les poulets indigènes sont dispersés dans une large gamme géographique et ont des actifs héréditaires qui sont conservés par les agriculteurs à des fins diverses. L'ADN mitochondrial (ADNmt) est un marqueur largement utilisé dans les études moléculaires en raison de sa progression rapide, de son héritage matrilinéaire et de sa structure moléculaire simple. Méthode et résultats : Nous avons effectué un séquençage NGS pour étudier les génomes mitochondriaux et évaluer les connexions héréditaires, la diversité et la mesure de l'estimation du flux de gènes chez les races de poulet indigènes indiennes et la volaille de la jungle rouge. Les races de poulet ont été génotypées à l'aide de la région D-loop et 23 haplotypes ont été identifiés. Par rapport aux races indigènes indiennes, plus d'haplotypes ont été identifiés dans les sous-unités de la NADH déshydrogénase, la cytochrome c oxydase, le cytochrome b, la sous-unité 6 de l'ATP synthase et les gènes de l'ARN ribosomal. L'examen phylogénétique a indiqué que les races de poulet analysées étaient divisées en six clades significatifs, à savoir A, B, C, D, E et F, dont le clade F indiquait la domestication des races de poulet en Inde. De plus, notre travail a affirmé que la volaille de la jungle rouge indienne est à l'origine de la volaille de la jungle rouge de référence ainsi que de toutes les races indiennes, ce qui se reflète dans le dendrogramme ainsi que dans l'analyse du réseau basée sur l'ensemble de l'ADNmt et de la région de la boucle D. Indian Red Jungle Fowl est distribué en tant qu'outgroup, suggérant que cette ascendance était réciproquement monophylétique. Conclusion : Les séquences d'ADNmt des poulets indigènes indiens ont fourni de nouvelles informations sur les mécanismes d'adaptation et l'importance des variations importantes de l'ADNmt dans la compréhension des lignées maternelles des oiseaux indigènes.Translated Description (Spanish)
Antecedentes: Los pollos nativos están dispersos en un amplio rango geográfico y tienen activos hereditarios que son mantenidos por los agricultores para diversos fines. El ADN mitocondrial (ADNmt) es un marcador ampliamente utilizado en estudios moleculares debido a su rápido avance, legado matrilineal y estructura molecular simple. Método y resultados: Realizamos la secuenciación de NGS para investigar los genomas mitocondriales y evaluar las conexiones hereditarias, la diversidad y la medida de la estimación del flujo génico en razas de pollos nativos de la India y aves de la Selva Roja. Las razas de pollos se genotipificaron utilizando la región D-loop y se identificaron 23 haplotipos. En comparación con las razas nativas de la India, se identificaron más haplotipos en las subunidades de NADH deshidrogenasa, citocromo c oxidasa, citocromo b, subunidad 6 de ATP sintasa y genes de ARN ribosómico. El examen filogenético indicó que las razas de pollos analizadas se dividieron en seis clados significativos, a saber, A, B, C, D, E y F, de los cuales el clado F indicó la domesticación de razas de pollos en la India. Además, nuestro trabajo afirmó que el ave roja de la selva india es el origen tanto del ave roja de la selva de referencia como de todas las razas indias, lo que se refleja en el dendrograma y en el análisis de la red basado en todo el ADN mitocondrial y la región del bucle D. Indian Red Jungle Fowl se distribuye como un grupo externo, lo que sugiere que esta ascendencia era recíprocamente monofilética. Conclusión: Las secuencias de ADNmt de pollos nativos de la India proporcionaron nuevos conocimientos sobre los mecanismos de adaptación y la importancia de las importantes variaciones de ADNmt en la comprensión de los linajes maternos de las aves nativas.Files
pdf.pdf
Files
(3.2 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:f94d6630b9f7bf517003644e3dfdf33f
|
3.2 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يكشف طيور الغابة الحمراء الهندية عن علاقة وراثية مع طيور الغابة الحمراء في جنوب شرق آسيا وسلالات الدجاج الهندية الأصلية كما يتضح من تسلسل جينوم الميتوكوندريا الكامل
- Translated title (French)
- La volaille de la jungle rouge indienne révèle une relation génétique avec la volaille de la jungle rouge d'Asie du Sud-Est et les races de poulet indigènes indiennes, comme en témoignent les séquences du génome mitochondrial entier
- Translated title (Spanish)
- Las aves de la Selva Roja de la India revelan una relación genética con las razas de aves de la Selva Roja del sudeste asiático y de pollos nativos de la India, como se evidencia a través de las secuencias del genoma mitocondrial completo
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4385705179
- DOI
- 10.3389/fgene.2023.1083976
References
- https://openalex.org/W1539897408
- https://openalex.org/W1553898600
- https://openalex.org/W1750514349
- https://openalex.org/W1772639160
- https://openalex.org/W1919772617
- https://openalex.org/W1954269708
- https://openalex.org/W1966608405
- https://openalex.org/W1972344755
- https://openalex.org/W1987904006
- https://openalex.org/W1990041146
- https://openalex.org/W1990924404
- https://openalex.org/W1993825566
- https://openalex.org/W1997422422
- https://openalex.org/W2002946733
- https://openalex.org/W2007634014
- https://openalex.org/W2010324884
- https://openalex.org/W2010855562
- https://openalex.org/W2011357368
- https://openalex.org/W2019467041
- https://openalex.org/W2023636926
- https://openalex.org/W2023699618
- https://openalex.org/W2031533956
- https://openalex.org/W2034361080
- https://openalex.org/W2036886339
- https://openalex.org/W2041311368
- https://openalex.org/W2041783341
- https://openalex.org/W2042695519
- https://openalex.org/W2043132117
- https://openalex.org/W2046567458
- https://openalex.org/W2054816141
- https://openalex.org/W2059841932
- https://openalex.org/W2062910525
- https://openalex.org/W2064165399
- https://openalex.org/W2067755006
- https://openalex.org/W2069972348
- https://openalex.org/W2075923653
- https://openalex.org/W2081802571
- https://openalex.org/W2084188422
- https://openalex.org/W2084771490
- https://openalex.org/W2088587174
- https://openalex.org/W2090724158
- https://openalex.org/W2094647834
- https://openalex.org/W2095348310
- https://openalex.org/W2096420865
- https://openalex.org/W2097382368
- https://openalex.org/W2099324944
- https://openalex.org/W2102234847
- https://openalex.org/W2109291482
- https://openalex.org/W2111714293
- https://openalex.org/W2112407746
- https://openalex.org/W2120649642
- https://openalex.org/W2126825986
- https://openalex.org/W2131644190
- https://openalex.org/W2144417208
- https://openalex.org/W2144775551
- https://openalex.org/W2146396346
- https://openalex.org/W2154008279
- https://openalex.org/W2165174396
- https://openalex.org/W2166664098
- https://openalex.org/W2168542656
- https://openalex.org/W2168760068
- https://openalex.org/W2247820333
- https://openalex.org/W2318750704
- https://openalex.org/W2323011265
- https://openalex.org/W2331472299
- https://openalex.org/W2346854546
- https://openalex.org/W2468289322
- https://openalex.org/W2620454603
- https://openalex.org/W2799524357
- https://openalex.org/W2801845109
- https://openalex.org/W2804007336
- https://openalex.org/W2968211632
- https://openalex.org/W3000026723
- https://openalex.org/W3006722672
- https://openalex.org/W3041381745
- https://openalex.org/W3042525083
- https://openalex.org/W3042788199
- https://openalex.org/W4205683046
- https://openalex.org/W4231030399
- https://openalex.org/W4240602421
- https://openalex.org/W597207415
- https://openalex.org/W93588716