Published May 13, 2016
| Version v1
Publication
Open
Transcriptome analysis of dormant tomonts of the marine fish ectoparasitic ciliate Cryptocaryon irritans under low temperature
Creators
- 1. Chinese Academy of Fishery Sciences
- 2. Zhejiang Ocean University
Description
Cryptocaryon irritans, a species of obligatory ciliate ectoparasite, can infect various species of marine teleost fish. Cryptocaryon irritans that fall to the seabed or aquarium bottom in winter can form "dormant tomonts" and wake up when the temperature rises the next year. Abundant studies and analyses on the dormant tomonts were carried out at the transcriptome level, in order to investigate the molecular mechanism of C. irritans tomonts entering the dormant state under low-temperature conditions. The paired-end sequencing strategy was used to better assemble the entire transcriptome de novo. All clean sequencing reads from each of the three libraries (Group A: untreated blank control; Group B: treated for 24 h at 12 °C; and Group C: developed for 24 h at 25 °C) were respectively mapped back to the transcriptome assembly using the bioinformatics software. In this study, 25,695,034, 21,944,467, and 28,722,875 paired-end clean reads were obtained respectively from the three cDNA libraries of the C. irritans tomont by Illumina paired-end sequencing technology. A total of 25,925 unique transcript fragments (unigenes) were assembled, with an average length of 839 bp. Differentially expressed genes (DEGs) were scrutinized; in Group B/A pairwise comparison, 343 genes presented differential expression, including 265 up-regulated genes and 78 down-regulated genes in Group B; in Group C/A pairwise comparison, there were 567 DEGs, including 548 up-regulated genes and 19 down-regulated genes in Group C; and in Group B/C pairwise comparison, 185 genes showed differential expression, including 145 up-regulated genes and 40 down-regulated genes in Group B. This is the first transcriptomic analytical study of the C. irritans tomonts under low temperature. It can be concluded that most of the genes required for its cell survival under low temperature, or for cell entry into a deeper dormancy state were discovered, and that they might be considered as candidate genes to develop the diagnostic and control measures for cryptocaryoniasis.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يمكن أن تصيب مهيجات كريبتوكاريون، وهي نوع من الطفيليات الخارجية المهدبة الإلزامية، أنواعًا مختلفة من أسماك عن بعد البحرية. يمكن أن تشكل مهيجات كريبتوكاريون التي تسقط على قاع البحر أو الحوض المائي في فصل الشتاء "طماطم نائمة" وتستيقظ عندما ترتفع درجة الحرارة في العام التالي. تم إجراء دراسات وتحليلات وفيرة على الطماطم الخاملة على مستوى الترانسكريبتوم، من أجل التحقيق في الآلية الجزيئية لـ C. irritans tomonts التي تدخل الحالة الخاملة في ظل ظروف درجات الحرارة المنخفضة. تم استخدام استراتيجية التسلسل المزدوج الطرف لتجميع النسخة الكاملة من جديد بشكل أفضل. تم تعيين جميع قراءات التسلسل النظيف من كل من المكتبات الثلاث (المجموعة أ: تحكم فارغ غير معالج ؛ المجموعة ب: تمت معالجتها لمدة 24 ساعة عند 12 درجة مئوية ؛ والمجموعة ج: تم تطويرها لمدة 24 ساعة عند 25 درجة مئوية) على التوالي إلى مجموعة transcriptome باستخدام برنامج المعلوماتية الحيوية. في هذه الدراسة، تم الحصول على 25،695،034 و 21،944،467 و 28،722،875 قراءة نظيفة مقترنة على التوالي من مكتبات cDNA الثلاث لـ C. irritans tomont بواسطة تقنية التسلسل المقترنة بـ Illumina. تم تجميع ما مجموعه 25925 شظية نصية فريدة (أحادية الجين)، بمتوسط طول 839 نقطة أساس. تم فحص الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي (DEGs) ؛ في المقارنة الزوجية للمجموعة ب/أ، قدم 343 جينًا تعبيرًا تفاضليًا، بما في ذلك 265 جينًا منظمًا و 78 جينًا منظمًا في المجموعة ب ؛ في المقارنة الزوجية للمجموعة ج/أ، كان هناك 567 DEGs، بما في ذلك 548 جينًا منظمًا و 19 جينًا منظمًا في المجموعة ج ؛ وفي المقارنة الزوجية للمجموعة ب/ج، أظهر 185 جينًا تعبيرًا تفاضليًا، بما في ذلك 145 جينًا منظمًا و 40 جينًا منظمًا في المجموعة ب. هذه هي أول دراسة تحليلية نصية لـ C. تهيج الجينات تحت درجة حرارة منخفضة. يمكن استنتاج أنه تم اكتشاف معظم الجينات اللازمة لبقاء الخلية تحت درجة حرارة منخفضة، أو لدخول الخلية في حالة سكون أعمق، وأنه يمكن اعتبارها جينات مرشحة لتطوير تدابير التشخيص والسيطرة على داء خفيات النوى.Translated Description (French)
Cryptocaryon irritans, une espèce d'ectoparasite cilié obligatoire, peut infecter diverses espèces de poissons téléostéens marins. Les irritants cryptocaryoniques qui tombent au fond des mers ou des aquariums en hiver peuvent former des « tomontes dormants » et se réveiller lorsque la température augmente l'année suivante. Des études et des analyses abondantes sur les tomontes dormants ont été réalisées au niveau du transcriptome, afin d'étudier le mécanisme moléculaire des tomontes C. irritans entrant à l'état dormant dans des conditions de basse température. La stratégie de séquençage par paires a été utilisée pour mieux assembler l'ensemble du transcriptome de novo. Toutes les lectures de séquençage nettes de chacune des trois bibliothèques (Groupe A : témoin à blanc non traité ; Groupe B : traité pendant 24 h à 12 °C ; et Groupe C : développé pendant 24 h à 25 °C) ont été respectivement mappées à l'ensemble du transcriptome à l'aide du logiciel de bioinformatique. Dans cette étude, 25 695 034, 21 944 467 et 28 722 875 lectures nettes à extrémités appariées ont été obtenues respectivement à partir des trois bibliothèques d'ADNc du C. irritans tomont par la technologie de séquençage à extrémités appariées Illumina. Au total, 25 925 fragments de transcription uniques (unigènes) ont été assemblés, d'une longueur moyenne de 839 pb. Les gènes exprimés différemment (DEG) ont été examinés ; dans la comparaison par paires du groupe B/A, 343 gènes présentaient une expression différentielle, dont 265 gènes régulés à la hausse et 78 gènes régulés à la baisse dans le groupe B ; dans la comparaison par paires du groupe C/A, il y avait 567 DEG, dont 548 gènes régulés à la hausse et 19 gènes régulés à la baisse dans le groupe C ; et dans la comparaison par paires du groupe B/C, 185 gènes présentaient une expression différentielle, dont 145 gènes régulés à la hausse et 40 gènes régulés à la baisse dans le groupe B. Il s'agit de la première étude analytique transcriptomique des tomates de C. irritans à basse température. On peut conclure que la plupart des gènes nécessaires à sa survie cellulaire à basse température ou à l'entrée des cellules dans un état de dormance plus profond ont été découverts et qu'ils pourraient être considérés comme des gènes candidats pour développer les mesures de diagnostic et de contrôle de la cryptocaryonose.Translated Description (Spanish)
Cryptocaryon irritans, una especie de ectoparásito ciliado obligatorio, puede infectar varias especies de peces teleósteos marinos. Cryptocaryon irritans que caen al fondo del mar o al fondo del acuario en invierno pueden formar "tomontos inactivos" y despertarse cuando la temperatura sube al año siguiente. Se llevaron a cabo abundantes estudios y análisis sobre los tomontes latentes a nivel del transcriptoma, con el fin de investigar el mecanismo molecular de los tomontes de C. irritans que entran en estado latente en condiciones de baja temperatura. La estrategia de secuenciación de extremos emparejados se utilizó para ensamblar mejor todo el transcriptoma de novo. Todas las lecturas de secuenciación limpias de cada una de las tres bibliotecas (Grupo A: control en blanco no tratado; Grupo B: tratado durante 24 h a 12 °C; y Grupo C: desarrollado durante 24 h a 25 °C) se mapearon respectivamente al ensamblaje del transcriptoma utilizando el software bioinformático. En este estudio, se obtuvieron 25,695,034, 21,944,467 y 28,722,875 lecturas limpias de extremos emparejados, respectivamente, de las tres bibliotecas de ADNc de C. irritans tomont mediante la tecnología de secuenciación de extremos emparejados de Illumina. Se ensamblaron un total de 25.925 fragmentos de transcripción únicos (unigenes), con una longitud media de 839 pb. Se analizaron los genes expresados diferencialmente (DEG); en la comparación por pares del Grupo B/A, 343 genes presentaron expresión diferencial, incluidos 265 genes regulados positivamente y 78 genes regulados negativamente en el Grupo B; en la comparación por pares del Grupo C/A, hubo 567 DEG, incluidos 548 genes regulados positivamente y 19 genes regulados negativamente en el Grupo C; y en la comparación por pares del Grupo B/C, 185 genes mostraron expresión diferencial, incluidos 145 genes regulados positivamente y 40 genes regulados negativamente en el Grupo B. Este es el primer estudio analítico transcriptómico de los tomates de C. irritans a baja temperatura. Se puede concluir que se descubrieron la mayoría de los genes necesarios para su supervivencia celular a baja temperatura, o para la entrada celular en un estado de latencia más profundo, y que podrían considerarse como genes candidatos para desarrollar las medidas de diagnóstico y control de la criptocarioniasis.Files
s13071-016-1550-1.pdf
Files
(1.8 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:8dc766dc7c0175aaa5bb565f745b8e5d
|
1.8 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحليل transcriptome من tomonts نائمة من الأسماك البحرية ectoparasitic مهدبات كريبتوكاريون المهيجات تحت درجة حرارة منخفضة
- Translated title (French)
- Analyse transcriptomique des tomontes dormants du poisson marin cilié ectoparasite Cryptocaryon irritans à basse température
- Translated title (Spanish)
- Análisis del transcriptoma de tomontes latentes del ectoparasitario de peces marinos Cryptocaryon irritans a baja temperatura
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2361950470
- DOI
- 10.1186/s13071-016-1550-1
References
- https://openalex.org/W1630261055
- https://openalex.org/W1746592235
- https://openalex.org/W1881752730
- https://openalex.org/W1964833692
- https://openalex.org/W1968363077
- https://openalex.org/W1969297835
- https://openalex.org/W1969417907
- https://openalex.org/W1970775166
- https://openalex.org/W1972367387
- https://openalex.org/W1978321015
- https://openalex.org/W1979069461
- https://openalex.org/W1988207317
- https://openalex.org/W1992690684
- https://openalex.org/W1993368711
- https://openalex.org/W1995782572
- https://openalex.org/W1998263994
- https://openalex.org/W1998802472
- https://openalex.org/W2004638792
- https://openalex.org/W2011051379
- https://openalex.org/W2011105566
- https://openalex.org/W2013578188
- https://openalex.org/W2016670137
- https://openalex.org/W2024936687
- https://openalex.org/W2028667451
- https://openalex.org/W2038485979
- https://openalex.org/W2049983013
- https://openalex.org/W2055116497
- https://openalex.org/W2065513095
- https://openalex.org/W2069538152
- https://openalex.org/W2070037610
- https://openalex.org/W2074397062
- https://openalex.org/W2079397215
- https://openalex.org/W2080464152
- https://openalex.org/W2083132125
- https://openalex.org/W2087527205
- https://openalex.org/W2098460664
- https://openalex.org/W2126419817
- https://openalex.org/W2141247767
- https://openalex.org/W2143987968
- https://openalex.org/W2154431984
- https://openalex.org/W2157497892
- https://openalex.org/W2161623089
- https://openalex.org/W2164154943
- https://openalex.org/W2167056881
- https://openalex.org/W2167702072
- https://openalex.org/W2170120488
- https://openalex.org/W2171437346
- https://openalex.org/W2172944808
- https://openalex.org/W2398807310
- https://openalex.org/W2418222144
- https://openalex.org/W2419130350
- https://openalex.org/W253174641
- https://openalex.org/W4249905364
- https://openalex.org/W67545376