Published October 2, 2013 | Version v1
Publication Open

Estimation of genetic diversity of the Kenyan yam (Dioscorea spp.) using microsatellite markers

Creators

  • 1. Kenya Agricultural Research Institute
  • 2. Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology
  • 3. International Institute of Tropical Agriculture

Description

Yam landraces in Kenya have not been fully characterized both at morphological and molecular level.Application of molecular markers can overcome this bottleneck.187 accessions comprising of 166 yam landraces and 21 Yam DNA samples from IITA, Nigeria were extracted from leaf samples grown at Muguga and genotyped at BeCA.DNA was extracted using CTAB method.Twelve (12) primer pairs were used for genotyping and PCR products detected on ABI-3730 capillary system.Data was analyzed for genetic diversity, ordination and analysis of molecular variance with GenAIEx software.A total of 131 alleles were amplified with a minimum of two alleles and a maximum of 13 alleles per primer with a minimum allele size of 64 bp and a maximum of 368 bp.Accessions from Eastern province had the highest number of unique alleles.Shannon's information index (I) was 0.1444 for West African samples and 0.2366 for Central province.Accession dispersion revealed four clusters with no distinct geographical pattern.Dense clustering of accessions was an indication of genetic relatedness.Analysis of molecular variance revealed that most variation of 88% (P<0.010) was found within populations or provinces.The simple sequence repeats (SSR) markers were polymorphic and were able to discriminate local yam landraces.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لم يتم تمييز سلالات يام في كينيا بشكل كامل على المستويين المورفولوجي والجزيئي. يمكن لتطبيق العلامات الجزيئية التغلب على هذا الاختناق. تم استخراج 187 ملحقًا يتكون من 166 سلالات يام و 21 عينة يام من الحمض النووي من IITA، نيجيريا من عينات الأوراق المزروعة في موجا والمنمطة وراثياً في BeCA. تم استخراج الحمض النووي باستخدام طريقة CTAB. تم استخدام اثني عشر (12) زوجًا تمهيديًا للتنميط الجيني ومنتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل المكتشفة على النظام الشعري ABI -3730. تم تحليل البيانات للتنوع الجيني، تنسيق وتحليل التباين الجزيئي مع برنامج GenAIEx. تم تضخيم ما مجموعه 131 أليلًا بحد أدنى اثنين من الأليلات وبحد أقصى 13 أليلًا لكل تمهيدي بحد أدنى لحجم الأليل 64 نقطة أساس وبحد أقصى 368 نقطة أساس. كان لدى الملحقات من المقاطعة الشرقية أكبر عدد من الأليلات الفريدة. كان مؤشر معلومات شانون (I) 0.1444 لعينات غرب إفريقيا و 0.2366 للمقاطعة الوسطى. كشف تشتت الانضمام عن أربع مجموعات بدون نمط جغرافي متميز. كان التجميع الكثيف للملحقات مؤشرًا على العلاقة الوراثية. كشف تحليل التباين الجزيئي أن معظم التباين يبلغ 88 ٪ (P<0.010 تم العثور عليها داخل السكان أو المقاطعات. كانت علامات تكرار التسلسل البسيطة (SSR) متعددة الأشكال وكانت قادرة على التمييز بين السلالات المحلية من اليام.

Translated Description (French)

Les landraces d'igname au Kenya n'ont pas été entièrement caractérisées à la fois au niveau morphologique et moléculaire. L'application de marqueurs moléculaires peut surmonter ce goulot d'étranglement.187 accessions comprenant 166 landraces d'igname et 21 échantillons d'ADN d'igname de l'IITA, au Nigéria, ont été extraites d'échantillons de feuilles cultivés à Muguga et génotypées à BeCA.DNA a été extraite en utilisant la méthode CTAB. Douze (12) paires d'amorces ont été utilisées pour le génotypage et les produits de PCR détectés sur le système capillaire ABI-3730. Les données ont été analysées pour la diversité génétique, ordination et analyse de la variance moléculaire avec le logiciel GenAIEx.Un total de 131 allèles ont été amplifiés avec un minimum de deux allèles et un maximum de 13 allèles par amorce avec une taille d'allèle minimale de 64 pb et un maximum de 368 pb.Les adhésions de la province de l'Est avaient le plus grand nombre d'allèles uniques.L' indice d'information de Shannon (I) était de 0,1444 pour les échantillons d'Afrique de l'Ouest et de 0,2366 pour la province centrale.La dispersion des adhésions a révélé quatre grappes sans motif géographique distinct.Le regroupement sensible des accessions était une indication de la parenté génétique.L' analyse de la variance moléculaire a révélé que la plupart des variations de 88 % (P<0,010) a été trouvé au sein des populations ou des provinces. Les marqueurs de répétition de séquence simple (SSR) étaient polymorphes et ont pu discriminer les races locales de l'igname.

Translated Description (Spanish)

Las variedades autóctonas de ñame en Kenia no se han caracterizado completamente tanto a nivel morfológico como molecular. La aplicación de marcadores moleculares puede superar este cuello de botella.187 Las accesiones que comprenden 166 variedades autóctonas de ñame y 21 muestras de ADN de ñame de IITA, Nigeria, se extrajeron de muestras de hojas cultivadas en Muguga y genotipadas en BeCA. El ADN se extrajo utilizando el método CTAB. Se utilizaron doce (12) pares de cebadores para genotipar y los productos de PCR detectados en el sistema capilar ABI-3730. Los datos se analizaron para determinar la diversidad genética. ordenación y análisis de la varianza molecular con el software GenAIEx. Se amplificaron un total de 131 alelos con un mínimo de dos alelos y un máximo de 13 alelos por cebador con un tamaño mínimo de alelo de 64 pb y un máximo de 368 pb. Las adhesiones de la provincia oriental tuvieron el mayor número de alelos únicos. El índice de información de Shannon (I) fue de 0,1444 para las muestras de África occidental y de 0,2366 para la provincia central. La dispersión de la adhesión reveló cuatro grupos sin un patrón geográfico distinto. La agrupación densa de accesiones fue una indicación de la relación genética. El análisis de la varianza molecular reveló que la mayor variación fue del 88% (P<0,010) se encontró dentro de poblaciones o provincias. Los marcadores de repeticiones de secuencia simple (SSR) eran polimórficos y podían discriminar las variedades locales de ñame.

Files

3E0261040531.pdf.pdf

Files (432.3 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:1d0b8c29d3b0b9580698d7d8798375bb
432.3 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقدير التنوع الجيني لليام الكيني (Dioscorea spp.) باستخدام علامات الأقمار الصناعية الدقيقة
Translated title (French)
Estimation de la diversité génétique de l'igname du Kenya (Dioscorea spp.) à l'aide de marqueurs microsatellites
Translated title (Spanish)
Estimación de la diversidad genética del ñame keniano (Dioscorea spp.) mediante marcadores microsatélite

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2594491562
DOI
10.5897/ajb2013.12362

Is supplement to
https://openalex.org/W61910038 (Other)
https://openalex.org/W4312775260 (Other)
https://openalex.org/W3127537681 (Other)
https://openalex.org/W2888199592 (Other)
https://openalex.org/W2189562566 (Other)
https://openalex.org/W2185546400 (Other)
https://openalex.org/W2181599636 (Other)
https://openalex.org/W2113924856 (Other)
https://openalex.org/W2041986719 (Other)
https://openalex.org/W2012825268 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Kenya

References

  • https://openalex.org/W2106727350