Published March 31, 2023 | Version v1
Publication Open

Analysis of genomic copy number variations through whole-genome scan in Chinese Qaidam cattle

Creators

  • 1. Qinghai University
  • 2. Northwest A&F University
  • 3. Ministry of Agriculture and Rural Affairs
  • 4. University of Veterinary and Animal Sciences

Description

Qaidam cattle (CDM) are indigenous breed inhabiting Northwest China. In the present study, we newly sequenced 20 Qaidam cattle to investigate the copy number variants (CNVs) based on the ARS-UMD1.2 reference genome. We generated the CNV region (CNVR) datasets to explore the genomic CNV diversity and population stratification. The other four cattle breeds (Xizang cattle, XZ; Kazakh cattle, HSK; Mongolian cattle, MG; and Yanbian cattle, YB) from the regions of North China embracing 43 genomic sequences were collected and are distinguished from each of the other diverse populations by deletions and duplications. We also observed that the number of duplications was significantly more than deletions in the genome, which may be less harmful to gene formation and function. At the same time, only 1.15% of CNVRs overlapped with the exon region. Population differential CNVRs and functional annotations between the Qaidam cattle population and other cattle breeds revealed the functional genes related to immunity (MUC6), growth (ADAMTSL3), and adaptability (EBF2). Our analysis has provided numerous genomic characteristics of some Chinese cattle breeds, which are valuable as customized biological molecular markers in cattle breeding and production.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ماشية القاعدة (CDM) هي سلالة أصلية تعيش في شمال غرب الصين. في الدراسة الحالية، قمنا حديثًا بتسلسل 20 من ماشية القاعدة للتحقيق في متغيرات أرقام النسخ (CNVs) بناءً على الجينوم المرجعي ARS-UMD1.2. أنشأنا مجموعات بيانات منطقة CNVR (CNVR) لاستكشاف التنوع الجيني لـ CNV والطبقات السكانية. تم جمع سلالات الماشية الأربعة الأخرى (ماشية Xizang، XZ ؛ الماشية الكازاخستانية، HSK ؛ الماشية المنغولية، MG ؛ وماشية Yanbian، YB) من مناطق شمال الصين التي تضم 43 تسلسلًا جينيًا ويتم تمييزها عن كل من المجموعات السكانية المتنوعة الأخرى عن طريق الحذف والازدواجية. كما لاحظنا أن عدد التكرارات كان أكثر بكثير من الحذف في الجينوم، والذي قد يكون أقل ضررًا بتكوين الجين ووظيفته. في الوقت نفسه، تداخلت 1.15 ٪ فقط من CNVRs مع منطقة الإكسون. كشفت التباينات السكانية CNVRs والشروح الوظيفية بين مجموعة ماشية القاعدة وسلالات الماشية الأخرى عن الجينات الوظيفية المتعلقة بالمناعة (MUC6) والنمو (ADAMTSL3) والقدرة على التكيف (EBF2). قدم تحليلنا العديد من الخصائص الجينية لبعض سلالات الماشية الصينية، والتي تعتبر ذات قيمة كعلامات جزيئية بيولوجية مخصصة في تربية الماشية وإنتاجها.

Translated Description (French)

Les bovins Qaidam (CDM) sont de race indigène habitant le nord-ouest de la Chine. Dans la présente étude, nous avons récemment séquencé 20 bovins Qaidam pour étudier les variants du nombre de copies (CNV) sur la base du génome de référence ARS-UMD1.2. Nous avons généré les ensembles de données de la région CNV (CNVR) pour explorer la diversité génomique du CNV et la stratification des populations. Les quatre autres races bovines (bovins Xizang, XZ ; bovins kazakhs, HSK ; bovins mongols, MG ; et bovins yanbiens, YB) des régions du nord de la Chine comprenant 43 séquences génomiques ont été collectées et se distinguent de chacune des autres populations diverses par des délétions et des duplications. Nous avons également observé que le nombre de duplications était significativement plus élevé que les délétions dans le génome, ce qui peut être moins nocif pour la formation et la fonction des gènes. Dans le même temps, seulement 1,15 % des CNVR se chevauchaient avec la région de l'exon. Les CNVR différentiels de population et les annotations fonctionnelles entre la population bovine Qaidam et d'autres races bovines ont révélé les gènes fonctionnels liés à l'immunité (MUC6), à la croissance (ADAMTSL3) et à l'adaptabilité (EBF2). Notre analyse a fourni de nombreuses caractéristiques génomiques de certaines races bovines chinoises, qui sont précieuses en tant que marqueurs moléculaires biologiques personnalisés dans l'élevage et la production de bovins.

Translated Description (Spanish)

El ganado Qaidam (CDM) es una raza autóctona que habita en el noroeste de China. En el presente estudio, secuenciamos recientemente 20 vacas Qaidam para investigar las variantes del número de copias (CNV) basadas en el genoma de referencia ARS-UMD1.2. Generamos los conjuntos de datos de la región CNV (CNVR) para explorar la diversidad genómica de la CNV y la estratificación de la población. Se recolectaron las otras cuatro razas de ganado (ganado Xizang, XZ; ganado kazajo, HSK; ganado mongol, MG; y ganado Yanbian, YB) de las regiones del norte de China que abarcan 43 secuencias genómicas y se distinguen de cada una de las otras poblaciones diversas por deleciones y duplicaciones. También observamos que el número de duplicaciones fue significativamente mayor que las deleciones en el genoma, lo que puede ser menos perjudicial para la formación y función de genes. Al mismo tiempo, solo el 1,15% de las CNVR se superpusieron con la región del exón. Las CNVR diferenciales de población y las anotaciones funcionales entre la población de ganado Qaidam y otras razas de ganado revelaron los genes funcionales relacionados con la inmunidad (MUC6), el crecimiento (ADAMTSL3) y la adaptabilidad (EBF2). Nuestro análisis ha proporcionado numerosas características genómicas de algunas razas de ganado chinas, que son valiosas como marcadores moleculares biológicos personalizados en la cría y producción de ganado.

Files

pdf.pdf

Files (3.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5f6abfc7745c06245af1440f69ed5c87
3.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل اختلافات رقم النسخة الجينومية من خلال مسح الجينوم الكامل في ماشية القاعدة الصينية
Translated title (French)
Analyse des variations du nombre de copies génomiques par balayage du génome entier chez les bovins Qaidam chinois
Translated title (Spanish)
Análisis de las variaciones del número de copias genómicas a través de la exploración del genoma completo en ganado Qaidam chino

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4362473374
DOI
10.3389/fvets.2023.1148070

Is supplement to
https://openalex.org/W4385625294 (Other)
https://openalex.org/W4380606846 (Other)
https://openalex.org/W2987420353 (Other)
https://openalex.org/W2901577576 (Other)
https://openalex.org/W2565533134 (Other)
https://openalex.org/W2322140034 (Other)
https://openalex.org/W2279034871 (Other)
https://openalex.org/W2009500583 (Other)
https://openalex.org/W1980714379 (Other)
https://openalex.org/W1491897707 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1984068087
  • https://openalex.org/W1992256913
  • https://openalex.org/W1994640436
  • https://openalex.org/W1998957301
  • https://openalex.org/W2005395185
  • https://openalex.org/W2083495092
  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2113600481
  • https://openalex.org/W2116126626
  • https://openalex.org/W2176074420
  • https://openalex.org/W2470880259
  • https://openalex.org/W2626058873
  • https://openalex.org/W2766716855
  • https://openalex.org/W2771774706
  • https://openalex.org/W2803556658
  • https://openalex.org/W2805177757
  • https://openalex.org/W2809761890
  • https://openalex.org/W2885874790
  • https://openalex.org/W2915050614
  • https://openalex.org/W2997875816
  • https://openalex.org/W3006074903
  • https://openalex.org/W3009962059
  • https://openalex.org/W3010102962
  • https://openalex.org/W3027192977
  • https://openalex.org/W3090690430
  • https://openalex.org/W3092716658
  • https://openalex.org/W3097602286
  • https://openalex.org/W3123351535
  • https://openalex.org/W3161118123
  • https://openalex.org/W3184957060
  • https://openalex.org/W3193172709
  • https://openalex.org/W3205474840
  • https://openalex.org/W4206718846
  • https://openalex.org/W4211239219
  • https://openalex.org/W4246021016
  • https://openalex.org/W4247053599
  • https://openalex.org/W4281746363
  • https://openalex.org/W4285588579
  • https://openalex.org/W4292314135