Published April 15, 2022 | Version v1
Publication Metadata-only

Genetic diversity and population structure of muscovy duck (<i>Cairina moschata</i>) from Nigeria

Creators

  • 1. Bayero University Kano
  • 2. Kunming Institute of Zoology
  • 3. Chinese Academy of Sciences
  • 4. University of Ilorin
  • 5. Bowen University
  • 6. Princeton University
  • 7. University of Ibadan
  • 8. South China Agricultural University
  • 9. Adekunle Ajasin University
  • 10. Federal College of Education, Kano
  • 11. Taraba State University
  • 12. University of Benin

Description

The domestic Muscovy duck ( Cairina moschata ) provide unique genetic resources patterned by both tropical environmental conditions and human activities, the evaluation of their genetic diversity and population structure will shade light on the mechanism of their remarkable adaptive capacities. We therefore analyzed the variation in mtDNA cytochrome b and nuclear DNA CYP2U1 sequences of 378 Nigerian Muscovy ducks (comprising of 287 de novo and 91 downloaded) plus 80 published sequences of Muscovy ducks from India. The results showed high haplotype diversity (0.800 ± 0.023) among Nigerian Muscovy duck populations with 91 distinct haplotypes for the nuclear DNA CYP2U1 gene but low (0.266 ± 0.033) for cytochrome b with 31 haplotypes. The median-joining networks of both markers grouped Nigerian Muscovy ducks into two; the first group consisting of only Nigerian Muscovy duck populations, and the second group Nigerian with Indian populations. Neutrality test results indicated that Nigerian populations experienced recent population expansion and/or genetic hitchhiking. A geographic signal was absent in line with previously studied poultry species in Nigeria. The most prominent haplotype dominated across all regions in Nigeria, which may be due to extensive genetic intermixing except for the Indian population ( F ST = 0.02550, P = 0.01075). This indicated low genetic differentiation between and within Nigerian Muscovy duck as revealed by the suitability of the nuclear DNA CYP2U1 gene.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

توفر بطة مسكوفي المحلية (كيرينا موسكاتا) موارد جينية فريدة من نوعها على غرار الظروف البيئية الاستوائية والأنشطة البشرية، وسيؤدي تقييم تنوعها الجيني وهيكلها السكاني إلى تسليط الضوء على آلية قدراتها التكيفية الرائعة. لذلك قمنا بتحليل الاختلاف في متدنا سيتوكروم ب والحمض النووي سيتوكروم ب تسلسل CYP2U1 من 378 بطة مسكوفي نيجيرية (تتألف من 287 دي نوفو و 91 تحميل) بالإضافة إلى 80 تسلسل المنشورة من بطة مسكوفي من الهند. أظهرت النتائج تنوعًا كبيرًا في النمط الفرداني (0.800 ± 0.023) بين مجموعات البط المسكوفي النيجيرية مع 91 نمطًا فردانيًا متميزًا لجين الحمض النووي CYP2U1 ولكنه منخفض (0.266 ± 0.033) للسيتوكروم ب مع 31 نمطًا فردانيًا. جمعت شبكات الوصل الوسيطة لكلا العلامتين البط المسكوفي النيجيري في مجموعتين ؛ المجموعة الأولى تتكون من مجموعات البط المسكوفي النيجيرية فقط، والمجموعة الثانية النيجيرية مع السكان الهنود. أشارت نتائج اختبار الحياد إلى أن السكان النيجيريين شهدوا توسعًا سكانيًا حديثًا و/أو توقفًا وراثيًا. كانت الإشارة الجغرافية غائبة بما يتماشى مع أنواع الدواجن التي تمت دراستها سابقًا في نيجيريا. سيطر النمط الفرداني الأبرز في جميع المناطق في نيجيريا، والذي قد يكون بسبب الاختلاط الوراثي الواسع باستثناء السكان الهنود ( F ST = 0.02550، P = 0.01075). يشير هذا إلى تمايز وراثي منخفض بين وداخل بطة مسكوفي النيجيرية كما يتضح من ملاءمة جين الحمض النووي CYP2U1.

Translated Description (French)

Le canard de Moscovie domestique ( Cairina moschata ) fournit des ressources génétiques uniques modelées à la fois par les conditions environnementales tropicales et les activités humaines. L'évaluation de leur diversité génétique et de la structure de leur population éclairera le mécanisme de leurs remarquables capacités d'adaptation. Nous avons donc analysé la variation des séquences du cytochrome b de l'ADNmt et de l'ADN nucléaire CYP2U1 de 378 canards musqués nigérians (comprenant 287 de novo et 91 téléchargés) plus 80 séquences publiées de canards musqués d'Inde. Les résultats ont montré une grande diversité d'haplotypes (0,800 ± 0,023) parmi les populations de canards musqués nigérians avec 91 haplotypes distincts pour le gène CYP2U1 de l'ADN nucléaire mais faible (0,266 ± 0,033) pour le cytochrome b avec 31 haplotypes. Les réseaux de jonction médians des deux marqueurs ont regroupé les canards de Moscovie nigérians en deux ; le premier groupe ne comprenant que des populations de canards de Moscovie nigérians et le second groupe nigérian avec des populations indiennes. Les résultats des tests de neutralité ont indiqué que les populations nigérianes ont récemment connu une expansion démographique et/ou une auto-stop génétique. Un signal géographique était absent en ligne avec les espèces de volaille précédemment étudiées au Nigeria. L'haplotype le plus important a dominé dans toutes les régions du Nigéria, ce qui peut être dû à un mélange génétique étendu, à l'exception de la population indienne ( F ST = 0,02550, P = 0,01075). Cela indiquait une faible différenciation génétique entre et au sein du canard de muscovie nigérian, comme le révèle la pertinence du gène CYP2U1 de l'ADN nucléaire.

Translated Description (Spanish)

El pato moscovita doméstico ( Cairina moschata ) proporciona recursos genéticos únicos modelados tanto por las condiciones ambientales tropicales como por las actividades humanas, la evaluación de su diversidad genética y estructura poblacional arrojará luz sobre el mecanismo de sus notables capacidades adaptativas. Por lo tanto, analizamos la variación en las secuencias de citocromo b de ADNmt y CYP2U1 de ADN nuclear de 378 patos moscovitas nigerianos (que comprenden 287 de novo y 91 descargados) más 80 secuencias publicadas de patos moscovitas de la India. Los resultados mostraron una alta diversidad de haplotipos (0,800 ± 0,023) entre las poblaciones de pato moscovita nigeriano con 91 haplotipos distintos para el gen CYP2U1 del ADN nuclear, pero baja (0,266 ± 0,033) para el citocromo b con 31 haplotipos. Las redes de unión mediana de ambos marcadores agruparon a los patos de Moscovia nigerianos en dos; el primer grupo consistía solo en poblaciones de patos de Moscovia nigerianos y el segundo grupo era nigeriano con poblaciones indias. Los resultados de la prueba de neutralidad indicaron que las poblaciones nigerianas experimentaron una expansión reciente de la población y/o autoestop genético. Una señal geográfica estaba ausente en línea con las especies de aves de corral previamente estudiadas en Nigeria. El haplotipo más prominente dominó en todas las regiones de Nigeria, lo que puede deberse a una extensa mezcla genética, excepto para la población india ( F ST = 0.02550, P = 0.01075). Esto indicó una baja diferenciación genética entre y dentro del pato moscovita nigeriano, como lo revela la idoneidad del gen CYP2U1 del ADN nuclear.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التنوع الوراثي والهيكل السكاني للبط المسكوفي (كيرينا<i> موسكاتا</i>) من نيجيريا
Translated title (French)
Diversité génétique et structure de la population de canard musqué (<i>Cairina moschata</i>) du Nigeria
Translated title (Spanish)
Diversidad genética y estructura poblacional del pato moscovita (<i>Cairina moschata</i>) de Nigeria

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4224085119
DOI
10.7717/peerj.13236

Is supplement to
https://openalex.org/W3158259315 (Other)
https://openalex.org/W3146762847 (Other)
https://openalex.org/W2765703796 (Other)
https://openalex.org/W2267163598 (Other)
https://openalex.org/W2159428651 (Other)
https://openalex.org/W2099673909 (Other)
https://openalex.org/W2090654517 (Other)
https://openalex.org/W2073392659 (Other)
https://openalex.org/W2042974272 (Other)
https://openalex.org/W2032892979 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Nigeria

References

  • https://openalex.org/W1696845245
  • https://openalex.org/W1969191135
  • https://openalex.org/W1986793031
  • https://openalex.org/W1990074132
  • https://openalex.org/W1992922201
  • https://openalex.org/W2018493427
  • https://openalex.org/W2025663177
  • https://openalex.org/W2030966943
  • https://openalex.org/W2069774888
  • https://openalex.org/W2070075144
  • https://openalex.org/W2071602741
  • https://openalex.org/W2080502292
  • https://openalex.org/W2093419633
  • https://openalex.org/W2096420865
  • https://openalex.org/W2097706568
  • https://openalex.org/W2100192967
  • https://openalex.org/W2100444509
  • https://openalex.org/W2105043724
  • https://openalex.org/W2111329465
  • https://openalex.org/W2121677860
  • https://openalex.org/W2127382459
  • https://openalex.org/W2137015675
  • https://openalex.org/W2138097636
  • https://openalex.org/W2140784970
  • https://openalex.org/W2142882621
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2153777689
  • https://openalex.org/W2154845780
  • https://openalex.org/W2168650324
  • https://openalex.org/W2566888536
  • https://openalex.org/W2580982724
  • https://openalex.org/W2703035126
  • https://openalex.org/W2791232458
  • https://openalex.org/W3008315687
  • https://openalex.org/W3015605610
  • https://openalex.org/W3126572064
  • https://openalex.org/W3135377894
  • https://openalex.org/W3165222900
  • https://openalex.org/W3179140062
  • https://openalex.org/W4248231884