Published January 1, 2023 | Version v1
Publication Open

MetChem: a new pipeline to explore structural similarity across metabolite modules

Creators

  • 1. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology
  • 2. National Research Centre
  • 3. University of Gondar
  • 4. Imperial College London
  • 5. National Research Council

Description

Computational analysis and interpretation of metabolomic profiling data remains a major challenge in translational research. Exploring metabolic biomarkers and dysregulated metabolic pathways associated with a patient phenotype could offer new opportunities for targeted therapeutic intervention. Metabolite clustering based on structural similarity has the potential to uncover common underpinnings of biological processes. To address this need, we have developed the MetChem package. MetChem is a quick and simple tool that allows to classify metabolites in structurally related modules, thus revealing their functional information.MetChem is freely available from the R archive CRAN (http://cran.r-project.org). The software is distributed under the GNU General Public License (version 3 or later).

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لا يزال التحليل الحسابي وتفسير بيانات التنميط الأيضي يمثلان تحديًا كبيرًا في البحث الانتقالي. يمكن أن يوفر استكشاف المؤشرات الحيوية الأيضية والمسارات الأيضية غير المنظمة المرتبطة بالنمط الظاهري للمريض فرصًا جديدة للتدخل العلاجي المستهدف. إن تجميع الأيض على أساس التشابه الهيكلي لديه القدرة على الكشف عن الأسس المشتركة للعمليات البيولوجية. لتلبية هذه الحاجة، قمنا بتطوير حزمة MetChem. MetChem هي أداة سريعة وبسيطة تسمح بتصنيف المستقلبات في وحدات ذات صلة هيكلية، وبالتالي الكشف عن معلوماتها الوظيفية. MetChem متاح مجانًا من أرشيف R CRAN (http://cran.r-project.org). يتم توزيع البرنامج بموجب رخصة جنو العمومية العامة (الإصدار 3 أو أحدث).

Translated Description (French)

L'analyse informatique et l'interprétation des données de profilage métabolomique restent un défi majeur dans la recherche translationnelle. L'exploration des biomarqueurs métaboliques et des voies métaboliques dérégulées associées à un phénotype de patient pourrait offrir de nouvelles opportunités d'intervention thérapeutique ciblée. Le regroupement des métabolites basé sur la similitude structurelle a le potentiel de découvrir les fondements communs des processus biologiques. Pour répondre à ce besoin, nous avons développé le package MetChem. MetChem est un outil simple et rapide qui permet de classer les métabolites dans des modules structurellement apparentés, révélant ainsi leurs informations fonctionnelles. MetChem est disponible gratuitement auprès du cran R archive (http://cran.r-project.org). Le logiciel est distribué sous licence publique générale GNU (version 3 ou ultérieure).

Translated Description (Spanish)

El análisis computacional y la interpretación de los datos de perfiles metabolómicos sigue siendo un gran desafío en la investigación traslacional. Explorar los biomarcadores metabólicos y las vías metabólicas desreguladas asociadas con el fenotipo de un paciente podría ofrecer nuevas oportunidades para la intervención terapéutica dirigida. La agrupación de metabolitos basada en la similitud estructural tiene el potencial de descubrir fundamentos comunes de los procesos biológicos. Para abordar esta necesidad, hemos desarrollado el paquete MetChem. MetChem es una herramienta rápida y sencilla que permite clasificar los metabolitos en módulos estructuralmente relacionados, revelando así su información funcional. MetChem está disponible gratuitamente en el archivo R CRAN (http://cran.r-project.org). El software se distribuye bajo la Licencia Pública General de GNU (versión 3 o posterior).

Files

vbad053.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
MetChem: خط أنابيب جديد لاستكشاف التشابه الهيكلي عبر وحدات الأيض
Translated title (French)
MetChem : un nouveau pipeline pour explorer la similitude structurelle entre les modules de métabolites
Translated title (Spanish)
MetChem: un nuevo canal para explorar la similitud estructural entre los módulos de metabolitos

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4366722840
DOI
10.1093/bioadv/vbad053

Is supplement to
https://openalex.org/W323632276 (Other)
https://openalex.org/W2748952813 (Other)
https://openalex.org/W2521903434 (Other)
https://openalex.org/W2418404479 (Other)
https://openalex.org/W2085913165 (Other)
https://openalex.org/W2024044986 (Other)
https://openalex.org/W2016858531 (Other)
https://openalex.org/W2011282322 (Other)
https://openalex.org/W2005550771 (Other)
https://openalex.org/W1753739957 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W1904334718
  • https://openalex.org/W1952812303
  • https://openalex.org/W1966327575
  • https://openalex.org/W1974639494
  • https://openalex.org/W1984320547
  • https://openalex.org/W1987791720
  • https://openalex.org/W1987971958
  • https://openalex.org/W1988433903
  • https://openalex.org/W2011899444
  • https://openalex.org/W2013684154
  • https://openalex.org/W2021536610
  • https://openalex.org/W2077058200
  • https://openalex.org/W2107470983
  • https://openalex.org/W2142826191
  • https://openalex.org/W2159899793
  • https://openalex.org/W2566205467
  • https://openalex.org/W2571111146
  • https://openalex.org/W2766501219
  • https://openalex.org/W2800321820
  • https://openalex.org/W2905917937
  • https://openalex.org/W2974971672
  • https://openalex.org/W3111316748
  • https://openalex.org/W3131285796
  • https://openalex.org/W3159995035
  • https://openalex.org/W3175241218
  • https://openalex.org/W3202758560
  • https://openalex.org/W4200624802
  • https://openalex.org/W4206447491
  • https://openalex.org/W4307262311
  • https://openalex.org/W4316669461