Published November 13, 2020
| Version v1
Publication
Open
Peer Review #1 of "Identification of L-asparaginases from Streptomyces strains with competitive activity and immunogenic profiles: a bioinformatic approach (v0.1)"
Creators
- 1. Universidad Nacional Autónoma de México
- 2. Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología
- 3. Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías
- 4. Universidad Marista de Mérida
Description
The enzyme L-asparaginase from Escherichia coli is a therapeutic enzyme that has been a cornerstone in the clinical treatment of acute lymphoblastic leukemia for the last decades.However, treatment effectiveness is limited by the highly immunogenic nature of the protein and its cross-reactivity towards L-glutamine.In this work, a bioinformatic approach was used to identify, select and computationally characterize L-asparaginases from Streptomyces through sequence-based screening analyses, immunoinformatics, homology modeling, and molecular docking studies.Based on its predicted low immunogenicity and excellent enzymatic activity, we selected a previously uncharacterized L-asparaginase from Streptomyces scabrisporus.Furthermore, two putative asparaginase binding sites were identified and a 3D model is proposed.These promising features allow us to propose L-asparaginase from S. scabrisporus as an alternative for the treatment of acute lymphocytic leukemia.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
إنزيم L - asparaginase من الإشريكية القولونية هو إنزيم علاجي كان حجر الزاوية في العلاج السريري لسرطان الدم الليمفاوي الحاد على مدى العقود الماضية. ومع ذلك، فإن فعالية العلاج محدودة بسبب الطبيعة المناعية العالية للبروتين وتفاعله المتصالب مع L - glutamine. في هذا العمل، تم استخدام نهج المعلوماتية الحيوية لتحديد واختيار وتوصيف L - asparaginases من Streptomyces من خلال تحليلات الفحص القائمة على التسلسل، والمعلوماتية المناعية، ونمذجة التماثل، ودراسات الالتحام الجزيئي. بناءً على مناعته المنخفضة المتوقعة والنشاط الإنزيمي الممتاز، اخترنا L - sparaginase غير المميز سابقًا من Streptomyces scabrisporus. وعلاوة على ذلك، تم تحديد موقعين لربط الأسباراغيناز الموضعي واقتراح نموذج ثلاثي الأبعاد. تسمح لنا هذه الميزات الواعدة باقتراح Lasaginase من S. scabrisporus كبديل لعلاج سرطان الدم الليمفاوي الحاد.Translated Description (French)
L'enzyme L-asparaginase d'Escherichia coli est une enzyme thérapeutique qui a été la pierre angulaire du traitement clinique de la leucémie lymphoblastique aiguë au cours des dernières décennies.Toutefois, l'efficacité du traitement est limitée par la nature hautement immunogène de la protéine et sa réactivité croisée vis-à-vis de la L-glutamine.Dans ce travail, une approche bioinformatique a été utilisée pour identifier, sélectionner et caractériser par calcul les L-asparaginases de Streptomyces par le biais d'analyses de criblage basées sur des séquences, d'immunoinformatique, de modélisation homologique et d'études d'amarrage moléculaire. Sur la base de sa faible immunogénicité prédite et de son excellente activité enzymatique, nous avons sélectionné une L-asparaginase précédemment non caractérisée de Streptomyces scabrisporus. De plus, deux sites de liaison présumés à l'asparaginase ont été identifiés et un modèle 3D est proposé. Ces caractéristiques prometteuses nous permettent de proposer la L-asparaginase de S. scabrisporus comme alternative pour le traitement de la leucémie lymphocytaire aiguë.Translated Description (Spanish)
La enzima L-asparaginasa de Escherichia coli es una enzima terapéutica que ha sido una piedra angular en el tratamiento clínico de la leucemia linfoblástica aguda durante las últimas décadas. Sin embargo, la efectividad del tratamiento está limitada por la naturaleza altamente inmunogénica de la proteína y su reactividad cruzada con la L-glutamina. En este trabajo, se utilizó un enfoque bioinformático para identificar, seleccionar y caracterizar computacionalmente las L-asparaginasas de Streptomyces a través de análisis de detección basados en secuencias, inmunoinformática, modelado de homología y estudios de acoplamiento molecular. Basándonos en su baja inmunogenicidad prevista y excelente actividad enzimática, seleccionamos una L-asparaginasa previamente no caracterizada de Streptomyces scabrisporus. Además, se identificaron dos sitios de unión a asparaginasa putativos y se propone un modelo 3D. Estas características prometedoras nos permiten proponer la L-asparaginasa de S. scabrisporus como una alternativa para el tratamiento de la leucemia linfocítica aguda.Files
submission.pdf
Files
(2.4 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:adcbd5b0d9ba018bbd7f197239ea39b4
|
2.4 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مراجعة الأقران رقم1 من "تحديد L - asparaginases من سلالات Streptomyces مع النشاط التنافسي والملامح المناعية: نهج المعلوماتية الحيوية (v0.1 )"
- Translated title (French)
- Examen par les pairs n °1 de « Identification des L-asparaginases à partir de souches de Streptomyces ayant une activité compétitive et des profils immunogènes : une approche bioinformatique (v0.1) »
- Translated title (Spanish)
- Revisión por pares #1 de "Identificación de L-asparaginasas de cepas de Streptomyces con actividad competitiva y perfiles inmunogénicos: un enfoque bioinformático (v0.1)"
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4247677019
- DOI
- 10.7287/peerj.10276v0.1/reviews/1
References
- https://openalex.org/W1693855124
- https://openalex.org/W1939338713
- https://openalex.org/W1965542498
- https://openalex.org/W2017897500
- https://openalex.org/W2041820677
- https://openalex.org/W2041979928
- https://openalex.org/W2058206198
- https://openalex.org/W2064940911
- https://openalex.org/W2076777942
- https://openalex.org/W2078446580
- https://openalex.org/W2079391392
- https://openalex.org/W2086279137
- https://openalex.org/W2090736922
- https://openalex.org/W2097606916
- https://openalex.org/W2098750651
- https://openalex.org/W2105668062
- https://openalex.org/W2116861668
- https://openalex.org/W2122779464
- https://openalex.org/W2123211765
- https://openalex.org/W2123246956
- https://openalex.org/W2125181056
- https://openalex.org/W2130479394
- https://openalex.org/W2135621733
- https://openalex.org/W2139915497
- https://openalex.org/W2155201844
- https://openalex.org/W2157539775
- https://openalex.org/W2171295581
- https://openalex.org/W2210413369
- https://openalex.org/W2215516645
- https://openalex.org/W2219273476
- https://openalex.org/W2224056471
- https://openalex.org/W2410872656
- https://openalex.org/W2473468364
- https://openalex.org/W2508355666
- https://openalex.org/W2582131811
- https://openalex.org/W2583001755
- https://openalex.org/W2588713552
- https://openalex.org/W2765095553
- https://openalex.org/W2767891136
- https://openalex.org/W2792570735
- https://openalex.org/W2795674273
- https://openalex.org/W2808297040
- https://openalex.org/W2903054310
- https://openalex.org/W2966571955
- https://openalex.org/W3001943231
- https://openalex.org/W4211240333
- https://openalex.org/W4231958845
- https://openalex.org/W4232414730
- https://openalex.org/W4249051009