Published May 2, 2014
| Version v1
Publication
Open
A whole genome SNP genotyping by DNA microarray and candidate gene association study for kidney stone disease
Creators
- 1. Siriraj Hospital
- 2. Mahidol University
- 3. National Science and Technology Development Agency
- 4. National Center for Genetic Engineering and Biotechnology
Description
Kidney stone disease (KSD) is a complex disorder with unknown etiology in majority of the patients. Genetic and environmental factors may cause the disease. In the present study, we used DNA microarray to genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) and performed candidate gene association analysis to determine genetic variations associated with the disease. A whole genome SNP genotyping by DNA microarray was initially conducted in 101 patients and 105 control subjects. A set of 104 candidate genes reported to be involved in KSD, gathered from public databases and candidate gene association study databases, were evaluated for their variations associated with KSD. Altogether 82 SNPs distributed within 22 candidate gene regions showed significant differences in SNP allele frequencies between the patient and control groups (P < 0.05). Of these, 4 genes including BGLAP, AHSG, CD44, and HAO1, encoding osteocalcin, fetuin-A, CD44-molecule and glycolate oxidase 1, respectively, were further assessed for their associations with the disease because they carried high proportion of SNPs with statistical differences of allele frequencies between the patient and control groups within the gene. The total of 26 SNPs showed significant differences of allele frequencies between the patient and control groups and haplotypes associated with disease risk were identified. The SNP rs759330 located 144 bp downstream of BGLAP where it is a predicted microRNA binding site at 3′UTR of PAQR6 – a gene encoding progestin and adipoQ receptor family member VI, was genotyped in 216 patients and 216 control subjects and found to have significant differences in its genotype and allele frequencies (P = 0.0007, OR 2.02 and P = 0.0001, OR 2.02, respectively). Our results suggest that these candidate genes are associated with KSD and PAQR6 comes into our view as the most potent candidate since associated SNP rs759330 is located in the miRNA binding site and may affect mRNA expression level.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
مرض حصوات الكلى (KSD) هو اضطراب معقد مع مسببات غير معروفة في غالبية المرضى. قد تسبب العوامل الوراثية والبيئية المرض. في الدراسة الحالية، استخدمنا المصفوفة الدقيقة للحمض النووي (DNA) لنمط تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) وأجرينا تحليلًا لارتباط الجينات المرشحة لتحديد الاختلافات الجينية المرتبطة بالمرض. تم إجراء تنميط جيني كامل لجينوم SNP بواسطة المصفوفة الدقيقة للحمض النووي في البداية في 101 مريض و 105 خاضعين للمراقبة. تم تقييم مجموعة من 104 جينات مرشحة تم الإبلاغ عن مشاركتها في KSD، تم جمعها من قواعد البيانات العامة وقواعد بيانات دراسة ارتباط الجينات المرشحة، لاختلافاتها المرتبطة بـ KSD. إجمالاً، أظهر 82 SNPs موزعة في 22 منطقة جينية مرشحة اختلافات كبيرة في ترددات أليل SNP بين المريض ومجموعات التحكم (P < 0.05). من بين هذه الجينات، تم تقييم 4 جينات بما في ذلك BGLAP و AHSG و CD44 و HAO1، التي تشفر أوستيوكالسين و fetuin - A و CD44 - molecule و glycolate oxidase 1، على التوالي، لارتباطها بالمرض لأنها تحمل نسبة عالية من SNPs مع اختلافات إحصائية في ترددات الأليل بين المريض ومجموعات التحكم داخل الجين. أظهر إجمالي 26 نوعًا من النيوكلوتايد فروقًا كبيرة في ترددات الأليل بين المريض والمجموعات الضابطة وتم تحديد الأنماط الفردية المرتبطة بمخاطر المرض. يقع SNP rs759330 في 144 نقطة أساس أسفل مجرى BGLAP حيث هو موقع ربط microRNA متوقع في 3′UTR من PAQR6 – وهو جين يشفر البروجستين وعضو عائلة مستقبلات adipoQ VI، تم تنميطه وراثيًا في 216 مريضًا و 216 مشاركًا في التحكم ووجد أن لديه اختلافات كبيرة في النمط الجيني وترددات الأليل (P = 0.0007، أو 2.02 و P = 0.0001، أو 2.02، على التوالي). تشير نتائجنا إلى أن هذه الجينات المرشحة مرتبطة بـ KSD و PAQR6 تأتي في رأينا باعتبارها المرشح الأكثر قوة لأن SNP rs759330 المرتبط يقع في موقع ربط miRNA وقد يؤثر على مستوى تعبير mRNA.Translated Description (French)
La maladie des calculs rénaux (MSR) est un trouble complexe dont l'étiologie est inconnue chez la majorité des patients. Des facteurs génétiques et environnementaux peuvent causer la maladie. Dans la présente étude, nous avons utilisé des microréseaux d'ADN pour génotyper des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et effectué une analyse d'association de gènes candidats pour déterminer les variations génétiques associées à la maladie. Un génotypage du SNP du génome entier par microréseau d'ADN a été initialement réalisé chez 101 patients et 105 sujets témoins. Un ensemble de 104 gènes candidats signalés comme étant impliqués dans la KSD, recueillis à partir de bases de données publiques et de bases de données d'études d'association de gènes candidats, ont été évalués pour leurs variations associées à la KSD. Au total, 82 SNP répartis dans 22 régions de gènes candidats ont montré des différences significatives dans les fréquences des allèles SNP entre le groupe patient et le groupe témoin (P < 0,05). Parmi ceux-ci, 4 gènes, dont BGLAP, AHSG, CD44 et HAO1, codant respectivement pour l'ostéocalcine, la fétuine-A, la molécule CD44 et la glycolate oxydase 1, ont été évalués plus avant pour leurs associations avec la maladie car ils portaient une proportion élevée de SNP avec des différences statistiques de fréquences d'allèles entre le patient et les groupes témoins au sein du gène. Le total de 26 SNP a montré des différences significatives de fréquences d'allèles entre le patient et les groupes témoins et des haplotypes associés au risque de maladie ont été identifiés. Le SNP rs759330 situé à 144 pb en aval de BGLAP où il s'agit d'un site de liaison au microARN prédit à 3′UTR de PAQR6 – un gène codant pour le progestatif et le membre VI de la famille des récepteurs adipoQ, a été génotypé chez 216 patients et 216 sujets témoins et s'est avéré avoir des différences significatives dans ses fréquences génotypiques et alléliques (P = 0,0007, OR 2,02 et P = 0,0001, OR 2,02, respectivement). Nos résultats suggèrent que ces gènes candidats sont associés à KSD et PAQR6 vient à notre avis comme le candidat le plus puissant puisque le SNP rs759330 associé est situé dans le site de liaison du miARN et peut affecter le niveau d'expression de l'ARNm.Translated Description (Spanish)
La enfermedad de cálculos renales (KSD) es un trastorno complejo con etiología desconocida en la mayoría de los pacientes. Los factores genéticos y ambientales pueden causar la enfermedad. En el presente estudio, utilizamos micromatrices de ADN para genotipar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y realizamos análisis de asociación de genes candidatos para determinar las variaciones genéticas asociadas con la enfermedad. Inicialmente se realizó un genotipado de SNP del genoma completo mediante micromatriz de ADN en 101 pacientes y 105 sujetos de control. Se evaluó un conjunto de 104 genes candidatos que se informó que estaban involucrados en KSD, recopilados de bases de datos públicas y bases de datos de estudios de asociación de genes candidatos, para determinar sus variaciones asociadas con KSD. En total, 82 SNP distribuidos en 22 regiones de genes candidatos mostraron diferencias significativas en las frecuencias alélicas de SNP entre los grupos de pacientes y de control (P < 0,05). De estos, 4 genes, incluidos BGLAP, AHSG, CD44 y HAO1, que codifican osteocalcina, fetuina-A, molécula CD44 y glicolato oxidasa 1, respectivamente, se evaluaron adicionalmente para determinar sus asociaciones con la enfermedad porque tenían una alta proporción de SNP con diferencias estadísticas de frecuencias alélicas entre el paciente y los grupos de control dentro del gen. El total de 26 SNP mostró diferencias significativas de frecuencias alélicas entre los grupos de pacientes y control y se identificaron haplotipos asociados con el riesgo de enfermedad. El SNP rs759330 ubicado 144 pb aguas abajo de BGLAP, donde es un sitio de unión a microARN predicho en 3'UTR de PAQR6, un gen que codifica la progestina y el miembro VI de la familia del receptor adipoQ, se genotipó en 216 pacientes y 216 sujetos de control y se encontró que tenía diferencias significativas en su genotipo y frecuencias alélicas (P = 0,0007, OR 2,02 y P = 0,0001, OR 2,02, respectivamente). Nuestros resultados sugieren que estos genes candidatos están asociados con KSD y PAQR6 se presenta como el candidato más potente, ya que el SNP rs759330 asociado se encuentra en el sitio de unión de miARN y puede afectar el nivel de expresión de ARNm.Files
1471-2350-15-50.pdf
Files
(360.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e5a8ba2ffe10eccd8a02233fc2761205
|
360.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التنميط الجيني الكامل لـ SNP بواسطة المصفوفة الدقيقة للحمض النووي ودراسة جمعية الجينات المرشحة لمرض حصوات الكلى
- Translated title (French)
- Une étude de génotypage du SNP du génome entier par microréseau d'ADN et d'association de gènes candidats pour la maladie des calculs rénaux
- Translated title (Spanish)
- Un genotipado de SNP del genoma completo mediante micromatriz de ADN y un estudio de asociación de genes candidatos para la enfermedad de cálculos renales
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2084600797
- DOI
- 10.1186/1471-2350-15-50
References
- https://openalex.org/W1502590013
- https://openalex.org/W1966004070
- https://openalex.org/W1972081682
- https://openalex.org/W1973798273
- https://openalex.org/W1980201225
- https://openalex.org/W1983956953
- https://openalex.org/W1985152279
- https://openalex.org/W1987586934
- https://openalex.org/W1988007754
- https://openalex.org/W1993331119
- https://openalex.org/W1997023851
- https://openalex.org/W2007398318
- https://openalex.org/W2008679807
- https://openalex.org/W2015967107
- https://openalex.org/W2028857317
- https://openalex.org/W2037722495
- https://openalex.org/W2042335889
- https://openalex.org/W2044152222
- https://openalex.org/W2044410462
- https://openalex.org/W2048702447
- https://openalex.org/W2050778130
- https://openalex.org/W2052362972
- https://openalex.org/W2063930122
- https://openalex.org/W2064825955
- https://openalex.org/W2070426370
- https://openalex.org/W2071167287
- https://openalex.org/W2073034320
- https://openalex.org/W2074516286
- https://openalex.org/W2077569218
- https://openalex.org/W2077924196
- https://openalex.org/W2078164946
- https://openalex.org/W2085182013
- https://openalex.org/W2108508548
- https://openalex.org/W2114068141
- https://openalex.org/W2123340910
- https://openalex.org/W2156729608
- https://openalex.org/W2161245845
- https://openalex.org/W2165654879
- https://openalex.org/W2169606150
- https://openalex.org/W94693846