Published April 22, 2024
| Version v1
Publication
Open
Intrinsic structural disorder on proteins is involved in the interactome evolution
Creators
- 1. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza
- 2. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
- 3. National University of Cuyo
Description
Abstract New mathematical tools help understand cell functions, adaptability, and evolvability to discover hidden variables to predict phenotypes that could be tested in wet labs in the future. Different models have been successfully used to discover the properties of the protein-protein interaction networks or interactomes. We found that in the hyperbolic Popularity-Similarity model, cellular proteins with the highest contents of structural intrinsic disorder cluster together in many different eukaryotic interactomes and not the prokaryotic E. coli, where proteins with high levels of intrinsic disorder are very low. We also found that the normalized theta variable from the Popularity-Similarity model for a protein family correlate to the seniority of the organisms under analysis.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تساعد الأدوات الرياضية الجديدة على فهم وظائف الخلايا والقدرة على التكيف والتطور لاكتشاف المتغيرات الخفية للتنبؤ بالأنماط الظاهرية التي يمكن اختبارها في المختبرات الرطبة في المستقبل. تم استخدام نماذج مختلفة بنجاح لاكتشاف خصائص شبكات التفاعل بين البروتين والبروتين أو التفاعلات. وجدنا أنه في نموذج التشابه والشعبية الزائدي، تتجمع البروتينات الخلوية التي تحتوي على أعلى محتويات من الاضطراب الهيكلي الداخلي معًا في العديد من التفاعلات حقيقيات النوى المختلفة وليس بدائيات النوى الإشريكية القولونية، حيث تكون البروتينات ذات المستويات العالية من الاضطراب الداخلي منخفضة جدًا. وجدنا أيضًا أن متغير ثيتا الطبيعي من نموذج الشعبية والتشابه لعائلة البروتين يرتبط بأقدمية الكائنات الحية قيد التحليل.Translated Description (French)
Résumé De nouveaux outils mathématiques aident à comprendre les fonctions cellulaires, l'adaptabilité et l'évolutivité pour découvrir des variables cachées afin de prédire les phénotypes qui pourraient être testés dans des laboratoires humides à l'avenir. Différents modèles ont été utilisés avec succès pour découvrir les propriétés des réseaux d'interaction protéine-protéine ou des interactomes. Nous avons constaté que dans le modèle hyperbolique Popularité-Similarité, les protéines cellulaires présentant les teneurs les plus élevées en trouble intrinsèque structurel se regroupent dans de nombreux interactomes eucaryotes différents et non dans E. coli procaryote, où les protéines présentant des niveaux élevés de trouble intrinsèque sont très faibles. Nous avons également constaté que la variable thêta normalisée du modèle Popularité-Similarité pour une famille de protéines est corrélée à l'ancienneté des organismes analysés.Translated Description (Spanish)
Resumen Las nuevas herramientas matemáticas ayudan a comprender las funciones celulares, la adaptabilidad y la capacidad de evolución para descubrir variables ocultas y predecir fenotipos que podrían probarse en laboratorios húmedos en el futuro. Se han utilizado con éxito diferentes modelos para descubrir las propiedades de las redes de interacción proteína-proteína o interactomas. Encontramos que en el modelo hiperbólico de Popularidad-Similitud, las proteínas celulares con los contenidos más altos de trastorno intrínseco estructural se agrupan en muchos interactomas eucariotas diferentes y no en la E. coli procariota, donde las proteínas con altos niveles de trastorno intrínseco son muy bajas. También encontramos que la variable theta normalizada del modelo de Popularidad-Similitud para una familia de proteínas se correlaciona con la antigüedad de los organismos bajo análisis.Files
latest.pdf.pdf
Files
(685.8 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:c9be41ddaee8f427b9fcc74e8b364af7
|
685.8 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يشارك الاضطراب الهيكلي الداخلي في البروتينات في التطور التفاعلي
- Translated title (French)
- Le trouble structurel intrinsèque sur les protéines est impliqué dans l'évolution de l'interactome
- Translated title (Spanish)
- El trastorno estructural intrínseco en las proteínas está involucrado en la evolución del interactoma
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4395010461
- DOI
- 10.21203/rs.3.rs-4269484/v1
References
- https://openalex.org/W1984567848
- https://openalex.org/W1993591356
- https://openalex.org/W2012357515
- https://openalex.org/W2016170088
- https://openalex.org/W2056782561
- https://openalex.org/W2124637492
- https://openalex.org/W2141545183
- https://openalex.org/W2156465034
- https://openalex.org/W2159845262
- https://openalex.org/W2167597870
- https://openalex.org/W2181823729
- https://openalex.org/W2338649679
- https://openalex.org/W2399281378
- https://openalex.org/W2593312397
- https://openalex.org/W2776322201
- https://openalex.org/W2888176580
- https://openalex.org/W2922229918
- https://openalex.org/W2949564348
- https://openalex.org/W2951184823
- https://openalex.org/W3094127021
- https://openalex.org/W3104062656
- https://openalex.org/W3112376646
- https://openalex.org/W3128572085