Published January 17, 2023
| Version v1
Publication
Open
KODAMA exploratory analysis in metabolic phenotyping
Creators
- 1. Catholic University of Health and Allied Sciences
- 2. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology
- 3. National Research Centre
- 4. University of Gondar
- 5. Interuniversity Consortium for Magnetic Resonance
- 6. University of Florence
- 7. Imperial College London
Description
KODAMA is a valuable tool in metabolomics research to perform exploratory analysis. The advanced analytical technologies commonly used for metabolic phenotyping, mass spectrometry, and nuclear magnetic resonance spectroscopy push out a bunch of high-dimensional data. These complex datasets necessitate tailored statistical analysis able to highlight potentially interesting patterns from a noisy background. Hence, the visualization of metabolomics data for exploratory analysis revolves around dimensionality reduction. KODAMA excels at revealing local structures in high-dimensional data, such as metabolomics data. KODAMA has a high capacity to detect different underlying relationships in experimental datasets and correlate extracted features with accompanying metadata. Here, we describe the main application of KODAMA exploratory analysis in metabolomics research.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
كوداما هي أداة قيمة في أبحاث الأيض لإجراء التحليل الاستكشافي. تدفع التقنيات التحليلية المتقدمة المستخدمة عادة في التنميط الظاهري الأيضي وقياس الطيف الكتلي وقياس الطيف بالرنين المغناطيسي النووي مجموعة من البيانات عالية الأبعاد. تتطلب مجموعات البيانات المعقدة هذه تحليلًا إحصائيًا مخصصًا قادرًا على تسليط الضوء على الأنماط التي يحتمل أن تكون مثيرة للاهتمام من خلفية صاخبة. وبالتالي، فإن تصور بيانات الأيض للتحليل الاستكشافي يدور حول تقليل الأبعاد. تتفوق كوداما في الكشف عن الهياكل المحلية في البيانات عالية الأبعاد، مثل بيانات الأيض. يتمتع كوداما بقدرة عالية على اكتشاف العلاقات الأساسية المختلفة في مجموعات البيانات التجريبية وربط الميزات المستخرجة بالبيانات الوصفية المصاحبة. هنا، نصف التطبيق الرئيسي لتحليل كوداما الاستكشافي في أبحاث الأيض.Translated Description (French)
KODAMA est un outil précieux dans la recherche métabolomique pour effectuer des analyses exploratoires. Les technologies analytiques avancées couramment utilisées pour le phénotypage métabolique, la spectrométrie de masse et la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire génèrent un tas de données de grande dimension. Ces ensembles de données complexes nécessitent une analyse statistique sur mesure capable de mettre en évidence des modèles potentiellement intéressants à partir d'un fond bruyant. Par conséquent, la visualisation des données métabolomiques pour l'analyse exploratoire tourne autour de la réduction de la dimensionnalité. KODAMA excelle dans la révélation de structures locales dans des données de grande dimension, telles que les données métabolomiques. KODAMA a une grande capacité à détecter différentes relations sous-jacentes dans les ensembles de données expérimentales et à corréler les caractéristiques extraites avec les métadonnées qui les accompagnent. Ici, nous décrivons la principale application de l'analyse exploratoire de KODAMA dans la recherche en métabolomique.Translated Description (Spanish)
KODAMA es una herramienta valiosa en la investigación metabolómica para realizar análisis exploratorios. Las tecnologías analíticas avanzadas comúnmente utilizadas para el fenotipado metabólico, la espectrometría de masas y la espectroscopia de resonancia magnética nuclear expulsan un montón de datos de alta dimensión. Estos conjuntos de datos complejos requieren un análisis estadístico personalizado capaz de resaltar patrones potencialmente interesantes de un fondo ruidoso. Por lo tanto, la visualización de los datos metabolómicos para el análisis exploratorio gira en torno a la reducción de la dimensionalidad. KODAMA se destaca por revelar estructuras locales en datos de alta dimensión, como los datos metabolómicos. KODAMA tiene una alta capacidad para detectar diferentes relaciones subyacentes en conjuntos de datos experimentales y correlacionar las características extraídas con los metadatos que las acompañan. A continuación, describimos la principal aplicación del análisis exploratorio de KODAMA en la investigación metabolómica.Files
pdf.pdf
Files
(1.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:ae212239fd5d7f36ea6f744a71386f10
|
1.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التحليل الاستكشافي لكوداما في التنميط الظاهري الأيضي
- Translated title (French)
- Analyse exploratoire de KODAMA dans le phénotypage métabolique
- Translated title (Spanish)
- Análisis exploratorio de KODAMA en fenotipado metabólico
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4316669461
- DOI
- 10.3389/fmolb.2022.1070394
References
- https://openalex.org/W1019079901
- https://openalex.org/W1493357981
- https://openalex.org/W1904334718
- https://openalex.org/W1975147762
- https://openalex.org/W1978461542
- https://openalex.org/W1984320547
- https://openalex.org/W2013684154
- https://openalex.org/W2019538911
- https://openalex.org/W2032217388
- https://openalex.org/W2040999940
- https://openalex.org/W2058610693
- https://openalex.org/W2077058200
- https://openalex.org/W2094414405
- https://openalex.org/W2096769282
- https://openalex.org/W2099624091
- https://openalex.org/W2100495367
- https://openalex.org/W2109363337
- https://openalex.org/W2117939261
- https://openalex.org/W2142826191
- https://openalex.org/W2149489931
- https://openalex.org/W2215675716
- https://openalex.org/W2294798173
- https://openalex.org/W2566205467
- https://openalex.org/W2571111146
- https://openalex.org/W2756827299
- https://openalex.org/W2767683865
- https://openalex.org/W2786672974
- https://openalex.org/W2792277871
- https://openalex.org/W2805310212
- https://openalex.org/W2888425870
- https://openalex.org/W2897604104
- https://openalex.org/W2900260518
- https://openalex.org/W2901390451
- https://openalex.org/W2902652978
- https://openalex.org/W2913710878
- https://openalex.org/W2922468682
- https://openalex.org/W2934399013
- https://openalex.org/W2971038840
- https://openalex.org/W3004010744
- https://openalex.org/W3008469932
- https://openalex.org/W3035279167
- https://openalex.org/W3111316748
- https://openalex.org/W3157424789
- https://openalex.org/W3170430114
- https://openalex.org/W3183807820
- https://openalex.org/W3200707343
- https://openalex.org/W3202758560
- https://openalex.org/W4200046226
- https://openalex.org/W4226048570
- https://openalex.org/W4236926072
- https://openalex.org/W4253987207
- https://openalex.org/W4296691261
- https://openalex.org/W4296736439
- https://openalex.org/W657879507