Published July 1, 2023 | Version v1
Publication Open

Genome wide association study for growth in Pakistani dromedary camels using genotyping-by-sequencing

Creators

  • 1. University of Veterinary and Animal Sciences
  • 2. University of Sydney
  • 3. AgResearch

Description

Growth performance and growth-related traits have a crucial role in livestock due to their influence on productivity. This genome-wide association study (GWAS) in Pakistani dromedary camels was conducted to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with growth at specific camel ages, and for selected SNPs, to investigate in detail how their effects change with increasing camel age. This is the first GWAS conducted on dromedary camels in this region.Two Pakistani breeds, Marecha and Lassi, were selected for this study. A genotypingby-sequencing method was used, and a total of 65,644 SNPs were identified. For GWAS, weight records data with several body weight traits, namely, birthweight, weaning weight, and weights of camels at 1, 2, 4, and 6 years of age were analysed by using model-based growth curve analysis. Age-specific weight data were analysed with a linear mixed model that included fixed effects of SNP genotype as well as sex.Based on the q-value method for false discovery control, for Marecha camels, five SNPs at q<0.01 and 96 at q<0.05 were significantly associated with the weight traits considered, while three (q<0.01) and seven (q<0.05) SNP associations were identified for Lassi camels. Several candidate genes harbouring these SNP were discovered.These results will help to better understand the genetic architecture of growth including how these genes are expressed at different phases of their life. This will serve to lay the foundations for applied breeding programs of camels by allowing the genetic selection of superior animals.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يلعب أداء النمو والسمات المتعلقة بالنمو دورًا حاسمًا في الثروة الحيوانية بسبب تأثيرها على الإنتاجية. أُجريت دراسة الارتباط على نطاق الجينوم (GWAS) في الإبل الباكستانية لتحديد الأشكال المتعددة للنيوكليوتيدات المفردة (SNPs) المرتبطة بالنمو في أعمار محددة للإبل، وبالنسبة إلى SNPs مختارة، للتحقيق بالتفصيل في كيفية تغير آثارها مع زيادة عمر الإبل. هذه هي أول دراسة الترابط الجينومي الكامل التي أجريت على الجمال الجملية في هذه المنطقة. تم اختيار سلالتين باكستانيتين، ماريشا ولاسي، لهذه الدراسة. تم استخدام طريقة التنميط الجيني حسب التسلسل، وتم تحديد ما مجموعه 65,644 SNPs. بالنسبة لـ GWAS، تم تحليل بيانات الوزن مع العديد من سمات وزن الجسم، وهي الوزن عند الولادة، ووزن الفطام، وأوزان الإبل في عمر 1 و 2 و 4 و 6 سنوات باستخدام تحليل منحنى النمو القائم على النموذج. تم تحليل بيانات الوزن الخاصة بالعمر باستخدام نموذج مختلط خطي تضمن تأثيرات ثابتة للنمط الجيني لـ SNP بالإضافة إلى الجنس. استنادًا إلى طريقة q - value للتحكم في الاكتشاف الخاطئ، بالنسبة لجمال ماريشا، تم ربط خمسة SNPs عند q<0.01 و 96 عند q<0.05 بشكل كبير بسمات الوزن التي تم أخذها في الاعتبار، في حين تم تحديد ثلاثة (q<0.01) وسبعة (q<0.05) ارتباطات SNP لجمال لاسي. تم اكتشاف العديد من الجينات المرشحة التي تحتوي على SNP. ستساعد هذه النتائج على فهم البنية الوراثية للنمو بشكل أفضل بما في ذلك كيفية التعبير عن هذه الجينات في مراحل مختلفة من حياتها. سيعمل هذا على إرساء الأسس لبرامج التربية التطبيقية للإبل من خلال السماح بالانتقاء الجيني للحيوانات المتفوقة.

Translated Description (French)

Les performances de croissance et les traits liés à la croissance ont un rôle crucial dans l'élevage en raison de leur influence sur la productivité. Cette étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) chez les dromadaires pakistanais a été menée pour identifier les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) associés à la croissance à des âges spécifiques du chameau, et pour certains SNP, pour étudier en détail comment leurs effets changent avec l'augmentation de l'âge du chameau. Il s'agit du premier GWAS mené sur des chameaux dromadaires dans cette région. Deux races pakistanaises, Marecha et Lassi, ont été sélectionnées pour cette étude. Une méthode de génotypage par séquençage a été utilisée, et un total de 65 644 SNP ont été identifiés. Pour le GWAS, les données des enregistrements de poids avec plusieurs traits de poids corporel, à savoir le poids à la naissance, le poids de sevrage et le poids des chameaux à 1, 2, 4 et 6 ans ont été analysées à l'aide d'une analyse de courbe de croissance basée sur un modèle. Les données de poids spécifiques à l'âge ont été analysées avec un modèle mixte linéaire qui comprenait des effets fixes du génotype SNP ainsi que du sexe. Sur la base de la méthode de la valeur q pour le contrôle des fausses découvertes, pour les chameaux Marecha, cinq SNP à q<0,01 et 96 à q<0,05 étaient significativement associés aux traits de poids considérés, tandis que trois (q<0,01) et sept (q<0,05) associations SNP ont été identifiées pour les chameaux Lassi. Plusieurs gènes candidats hébergeant ces SNP ont été découverts. Ces résultats aideront à mieux comprendre l'architecture génétique de la croissance, y compris la façon dont ces gènes sont exprimés à différentes phases de leur vie. Cela servira à jeter les bases de programmes d'élevage appliqué de chameaux en permettant la sélection génétique d'animaux supérieurs.

Translated Description (Spanish)

El rendimiento del crecimiento y los rasgos relacionados con el crecimiento tienen un papel crucial en la ganadería debido a su influencia en la productividad. Este estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) en camellos dromedarios paquistaníes se realizó para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) asociados con el crecimiento a edades específicas de camello, y para SNP seleccionados, para investigar en detalle cómo cambian sus efectos con el aumento de la edad del camello. Este es el primer GWAS realizado en camellos dromedarios en esta región. Se seleccionaron dos razas paquistaníes, Marecha y Lassi, para este estudio. Se utilizó un método de genotipificación por secuenciación y se identificaron un total de 65 644 SNP. Para GWAS, se analizaron los datos de registros de peso con varios rasgos de peso corporal, a saber, el peso al nacer, el peso al destete y el peso de los camellos a los 1, 2, 4 y 6 años de edad mediante el análisis de la curva de crecimiento basado en modelos. Los datos de peso específicos de la edad se analizaron con un modelo mixto lineal que incluyó efectos fijos del genotipo de SNP, así como del sexo. Con base en el método del valor q para el control de descubrimiento falso, para los camellos Marecha, cinco SNP en q<0.01 y 96 en q<0.05 se asociaron significativamente con los rasgos de peso considerados, mientras que se identificaron tres (q<0.01) y siete (q<0.05) asociaciones de SNP para los camellos Lassi. Se descubrieron varios genes candidatos que albergan estos SNP. Estos resultados ayudarán a comprender mejor la arquitectura genética del crecimiento, incluida la forma en que estos genes se expresan en diferentes fases de su vida. Esto servirá para sentar las bases de los programas de cría aplicada de camellos al permitir la selección genética de animales superiores.

Files

ab-22-0181.pdf.pdf

Files (1.8 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b02b2d3b20819ccf538a1cd677a1219d
1.8 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
دراسة ارتباط الجينوم الواسع للنمو في الجمال الباكستانية باستخدام التنميط الجيني حسب التسلسل
Translated title (French)
Étude d'association à l'échelle du génome pour la croissance chez les dromadaires pakistanais à l'aide du génotypage par séquençage
Translated title (Spanish)
Estudio de asociación de todo el genoma para el crecimiento en camellos dromedarios paquistaníes utilizando genotipado por secuenciación

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4309043738
DOI
10.5713/ab.22.0181

Is supplement to
https://openalex.org/W2970780691 (Other)
https://openalex.org/W2936024166 (Other)
https://openalex.org/W2490112399 (Other)
https://openalex.org/W2374819724 (Other)
https://openalex.org/W2329658823 (Other)
https://openalex.org/W2202951024 (Other)
https://openalex.org/W2104756498 (Other)
https://openalex.org/W2060802262 (Other)
https://openalex.org/W2029035130 (Other)
https://openalex.org/W1508523048 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1750037983
  • https://openalex.org/W1818820887
  • https://openalex.org/W1964895626
  • https://openalex.org/W1990494775
  • https://openalex.org/W2014539950
  • https://openalex.org/W2072641511
  • https://openalex.org/W2072880350
  • https://openalex.org/W2078055797
  • https://openalex.org/W2107887286
  • https://openalex.org/W2193546062
  • https://openalex.org/W2325946159
  • https://openalex.org/W2533057226
  • https://openalex.org/W2805833918
  • https://openalex.org/W2916063435
  • https://openalex.org/W2952113787
  • https://openalex.org/W3000296540
  • https://openalex.org/W3011364743
  • https://openalex.org/W3027335754
  • https://openalex.org/W3113258937