Published March 8, 2024 | Version v1
Publication Open

Integrated analysis of transcriptome and genome variations in pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia: data from north Indian tertiary care center

Creators

  • 1. Post Graduate Institute of Medical Education and Research

Description

Abstract Introduction T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is a genetically heterogeneous disease with poor prognosis and inferior outcome. Although multiple studies have been perform on genomics of T-ALL, data from Indian sub-continent is scarce. Methods In the current study we aimed to identify the genetic variability of T-ALL in an Indian cohort of pediatric (age ≤ 12 years) T-ALL patients ( n = 25) by whole transcriptome sequencing along with whole exome sequencing and correlated the findings with clinical characteristics and disease outcome. Results The median age was 7 years (range 3 -12 years). RNA sequencing revealed a definitive fusion event in 14 cases (56%) (including a novel fusions) with STIL::TAL1 in 4 (16%), followed by NUP21::ABL1, TCF7::SPI1, ETV6::HDAC8, LMO1::RIC3, DIAPH1::JAK2, SETD2::CCDC12 and RCBTB2::LPAR6 in 1 (4%) case each. Significant aberrant expression was noted in RAG1 (64%), RAG2 (80%), MYCN (52%), NKX3-1 (52%), NKX3-2 (32%), TLX3 (28%), LMO1 (20%) and MYB (16%) genes. WES data showed frequent mutations in NOTCH1 (35%) followed by WT1 (23%), FBXW7 (12%), KRAS (12%), PHF6 (12%) and JAK3 (12%). Nearly 88.2% of cases showed a deletion of CDKN2A/CDKN2B/MTAP genes. Clinically significant association of a better EFS and OS ( p =0.01) was noted with RAG2 over-expression at a median follow up of 22 months, while a poor EFS ( p =0.041) and high relapse rate ( p =0.045) was observed with MYB over-expression. Conclusion Overall, the present study demonstrates the frequencies of transcriptomic and genetic alterations from Indian cohort of pediatric T-ALL and is a salient addition to current genomics data sets available in T-ALL.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

مقدمة مجردة سرطان الدم الليمفاوي الحاد للخلايا التائية (T - ALL) هو مرض غير متجانس وراثيًا مع سوء التشخيص والنتيجة الرديئة. على الرغم من إجراء دراسات متعددة على علم الجينوم لـ T - ALL، إلا أن البيانات من شبه القارة الهندية نادرة. الأساليب في الدراسة الحالية، استهدفنا تحديد التباين الجيني لـ T - ALL في مجموعة هندية من مرضى T - ALL للأطفال (سن 12 عامًا) ( العدد = 25) من خلال تسلسل النسخ الكامل جنبًا إلى جنب مع تسلسل الإكسوم الكامل وربط النتائج بالخصائص السريرية ونتائج المرض. النتائج كان متوسط العمر 7 سنوات (النطاق 3-12 سنة). كشف تسلسل الحمض النووي الريبي عن حدث اندماج نهائي في 14 حالة (56 ٪) (بما في ذلك الانصهار الجديد) مع STIL:: TAL1 في 4 (16 ٪)، تليها NUP21:: ABL1، TCF7:: SPI1، ETV6:: HDAC8، LMO1::RIC3، DIAPH1::JAK2، SETD2:: CCDC12 و RCBTB2:: LPAR6 في 1 (4 ٪) حالة لكل منهما. لوحظ تعبير شاذ كبير في الجينات RAG1 (64 ٪) و RAG2 (80 ٪) و MYCN (52 ٪) و NKX3 -1 (52 ٪) و NKX3 -2 (32 ٪) و TLX3 (28 ٪) و LMO1 (20 ٪) و MYB (16 ٪). أظهرت بيانات WES طفرات متكررة في NOTCH1 (35 ٪) تليها WT1 (23 ٪)، FBXW7 (12 ٪)، KRAS (12 ٪)، PHF6 (12 ٪) و JAK3 (12 ٪). أظهر ما يقرب من 88.2 ٪ من الحالات حذف جينات CDKN2A/CDKN2B/MTAP. ولوحظ وجود ارتباط مهم سريريًا بين EFS و OS أفضل ( p =0.01) مع الإفراط في التعبير عن Rag2 بمتابعة متوسطة مدتها 22 شهرًا، في حين لوحظ ضعف EFS ( p =0.041) وارتفاع معدل الانتكاس ( p =0.045) مع الإفراط في التعبير عن MYB. الخلاصة بشكل عام، توضح هذه الدراسة ترددات التغيرات النصية والجينية من المجموعة الهندية من T - ALL للأطفال وهي إضافة بارزة إلى مجموعات بيانات الجينوم الحالية المتاحة في T - ALL.

Translated Description (French)

Résumé Introduction La leucémie lymphoblastique aiguë à cellules T (LAL-T) est une maladie génétiquement hétérogène avec un mauvais pronostic et des résultats inférieurs. Bien que plusieurs études aient été réalisées sur la génomique de la T-ALL, les données du sous-continent indien sont rares. Méthodes Dans la présente étude, nous avons cherché à identifier la variabilité génétique de la LAL-T dans une cohorte indienne de patients pédiatriques (âge ≤ 12 ans) atteints de LAL-T ( n = 25) par séquençage du transcriptome entier ainsi que par séquençage de l'exome entier et avons corrélé les résultats avec les caractéristiques cliniques et les résultats de la maladie. Résultats L'âge médian était de 7 ans (intervalle de 3 à 12 ans). Le séquençage de l'ARN a révélé un événement de fusion définitif dans 14 cas (56 %) (y compris une nouvelle fusion) avec STIL : :TAL1 dans 4 cas (16 %), suivi de NUP21 : : ABL1, TCF7 : : SPI1, ETV6 : : HDAC8, LMO1 : : RIC3, DIAPH1 : :JAK2, SETD2 : : CCDC12 et RCBTB2 : : : LPAR6 dans 1 cas (4 %) chacun. Une expression aberrante significative a été notée dans les gènes RAG1 (64%), RAG2 (80%), MYCN (52%), NKX3-1 (52%), NKX3-2 (32%), TLX3 (28%), LMO1 (20%) et MYB (16%). Les données WES ont montré des mutations fréquentes dans NOTCH1 (35%) suivies de WT1 (23%), FBXW7 (12%), KRAS (12%), PHF6 (12%) et JAK3 (12%). Près de 88,2 % des cas ont montré une délétion des gènes CDKN2A/CDKN2B/MTAP. Une association cliniquement significative d'une meilleure SSE et SG ( p =0,01) a été observée avec une surexpression de RAG2 à un suivi médian de 22 mois, tandis qu'une SSE médiocre ( p =0,041) et un taux de rechute élevé ( p =0,045) ont été observés avec une surexpression de MYB. Conclusion Dans l'ensemble, la présente étude démontre les fréquences des altérations transcriptomiques et génétiques de la cohorte indienne de T-ALL pédiatrique et constitue un ajout important aux ensembles de données génomiques actuels disponibles dans T-ALL.

Translated Description (Spanish)

Resumen Introducción La leucemia linfoblástica aguda de células T (LLA-T) es una enfermedad genéticamente heterogénea con mal pronóstico y resultado inferior. Aunque se han realizado múltiples estudios sobre la genómica de la T-ALL, los datos del subcontinente indio son escasos. Métodos En el estudio actual, nuestro objetivo fue identificar la variabilidad genética de la LLA-T en una cohorte india de pacientes pediátricos (edad ≤ 12 años) con LLA-T ( n = 25) mediante la secuenciación del transcriptoma completo junto con la secuenciación del exoma completo y correlacionamos los hallazgos con las características clínicas y el resultado de la enfermedad. Resultados La mediana de edad fue de 7 años (rango 3 -12 años). La secuenciación de ARN reveló un evento de fusión definitivo en 14 casos (56%) (incluyendo una fusión novedosa) con STIL::TAL1 en 4 (16%), seguido de NUP21::ABL1, TCF7::SPI1, ETV6::HDAC8, LMO1::RIC3, DIAPH1::JAK2, SETD2:: CCDC12 y RCBTB2:: LPAR6 en 1 (4%) caso cada uno. Se observó una expresión aberrante significativa en los genes RAG1 (64%), RAG2 (80%), MYCN (52%), NKX3-1 (52%), NKX3-2 (32%), TLX3 (28%), LMO1 (20%) Y MYB (16%). Los datos de WES mostraron mutaciones frecuentes en NOTCH1 (35%) seguido de WT1 (23%), FBXW7 (12%), KRAS (12%), PHF6 (12%) y JAK3 (12%). Casi el 88,2% de los casos mostraron una deleción de los genes CDKN2A/CDKN2B/MTAP. Se observó una asociación clínicamente significativa de una mejor SSC y SG ( p =0,01) con la sobreexpresión de RAG2 en una mediana de seguimiento de 22 meses, mientras que se observó una mala SSC ( p =0,041) y una alta tasa de recaída ( p =0,045) con la sobreexpresión DE MYB. Conclusión En general, el presente estudio demuestra las frecuencias de alteraciones transcriptómicas y genéticas de la cohorte india de T-ALL pediátrica y es una adición destacada a los conjuntos de datos genómicos actuales disponibles en T-ALL.

Files

s12885-024-12063-6.pdf

Files (2.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2a5670858adeb5aa70b7bd3b1987f71b
2.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل متكامل لاختلافات النسخ والجينوم في سرطان الدم الليمفاوي الحاد للخلايا التائية للأطفال: بيانات من مركز الرعاية الثالثية في شمال الهند
Translated title (French)
Analyse intégrée des variations du transcriptome et du génome dans la leucémie lymphoblastique aiguë à lymphocytes T pédiatriques : données du centre de soins tertiaires du nord de l'Inde
Translated title (Spanish)
Análisis integrado de las variaciones del transcriptoma y el genoma en la leucemia linfoblástica aguda de células T pediátricas: datos del centro de atención terciaria del norte de la India

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4392586027
DOI
10.1186/s12885-024-12063-6

Is supplement to
https://openalex.org/W4389729033 (Other)
https://openalex.org/W4387826160 (Other)
https://openalex.org/W4386800613 (Other)
https://openalex.org/W4385623635 (Other)
https://openalex.org/W4379279831 (Other)
https://openalex.org/W4368360105 (Other)
https://openalex.org/W2887906820 (Other)
https://openalex.org/W2744607430 (Other)
https://openalex.org/W2104329186 (Other)
https://openalex.org/W2002235770 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1960663070
  • https://openalex.org/W1970262650
  • https://openalex.org/W1981915151
  • https://openalex.org/W1994791278
  • https://openalex.org/W1997565067
  • https://openalex.org/W2082648548
  • https://openalex.org/W2105435030
  • https://openalex.org/W2108525773
  • https://openalex.org/W2111606093
  • https://openalex.org/W2115073099
  • https://openalex.org/W2117891233
  • https://openalex.org/W2137042680
  • https://openalex.org/W2137797307
  • https://openalex.org/W2158240777
  • https://openalex.org/W2169498754
  • https://openalex.org/W2337195173
  • https://openalex.org/W2339658711
  • https://openalex.org/W2417227387
  • https://openalex.org/W2498191157
  • https://openalex.org/W2515158720
  • https://openalex.org/W2529608519
  • https://openalex.org/W2733265822
  • https://openalex.org/W2775226525
  • https://openalex.org/W2781406817
  • https://openalex.org/W2791595674
  • https://openalex.org/W2810825815
  • https://openalex.org/W2884701259
  • https://openalex.org/W2895411945
  • https://openalex.org/W2984568024
  • https://openalex.org/W3009881142
  • https://openalex.org/W3024722852
  • https://openalex.org/W3080260203
  • https://openalex.org/W3113354123
  • https://openalex.org/W3120279246
  • https://openalex.org/W3187599439
  • https://openalex.org/W4210295748
  • https://openalex.org/W4224064463
  • https://openalex.org/W4294001352