Published December 22, 2022
| Version v1
Publication
Open
Homozygous GRHPR C.494G>A mutation is deleterious that causes early onset of nephrolithiasis in West Bengal, India
Creators
- 1. University of Calcutta
- 2. Vidyasagar University
- 3. Institute of Post Graduate Medical Education and Research
- 4. Indian Statistical Institute
- 5. KPC Medical College and Hospital
- 6. Virus Unit
Description
Pediatric nephrolithiasis (NL) or Kidney stone disease (KSD) is an untethered topic in Asian population. In Western countries, the annual incidence of paediatric NL is around 6-10%. Here, we present data from West Bengal, India, on lower age (LA, 0-20 years) NL and its prevalence for the first time. To discover the mutations associated with KSD, twenty-four (18 + 6) rare LA-NL patients were selected for Whole Exome Sequencing (WES) and Sanger sequencing, respectively. It was found that GRHPR c. 494G>A mutation (MZ826703) is predominant in our study cohort. This specific homozygous mutation is functionally studied for the first time directly from human peripheral mononuclear cell (PBMC) samples. Using expression study with biochemical activity and computational analysis we assumed that the mutation is pathogenic with loss of function. Moreover, three genes, AGXT, HOGA1 and GRHPR with Novel variants known to cause hyperoxaluria were found frequently in the study cohort. Our study analyses the genes and variations that cause LA-NL, as well as the molecular function of the GRHPR mutation, which may serve as a clinical marker in the population of West Bengal, Eastern India.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تحص كلوي للأطفال (NL) أو مرض حصوات الكلى (KSD) هو موضوع غير مرتبط بالسكان الآسيويين. في الدول الغربية، يبلغ معدل الإصابة السنوي بسرطان الأطفال حوالي 6-10 ٪. هنا، نقدم بيانات من غرب البنغال، الهند، عن انخفاض العمر (لوس أنجلوس، 0-20 سنة) وانتشاره لأول مرة. لاكتشاف الطفرات المرتبطة بمرض الكلى المزمن، تم اختيار أربعة وعشرين (18 + 6) مريضًا نادرًا من LA - NL لتسلسل الإكسوم الكامل (WES) وتسلسل سانجر، على التوالي. تبين أن GRHPR c. 494G>طفرة (MZ826703) سائدة في مجموعة دراستنا. تتم دراسة هذه الطفرة متماثلة الزيجوت المحددة وظيفياً لأول مرة مباشرة من عينات الخلايا أحادية النواة المحيطية البشرية (PBMC). باستخدام دراسة التعبير مع النشاط الكيميائي الحيوي والتحليل الحسابي، افترضنا أن الطفرة مسببة للأمراض مع فقدان الوظيفة. علاوة على ذلك، تم العثور على ثلاثة جينات، AGXT و HOGA1 و GRHPR مع متغيرات جديدة معروفة بأنها تسبب فرط الأكسال في البول بشكل متكرر في مجموعة الدراسة. تحلل دراستنا الجينات والاختلافات التي تسبب LA - NL، بالإضافة إلى الوظيفة الجزيئية لطفرة GRHPR، والتي قد تكون بمثابة علامة سريرية في سكان غرب البنغال، شرق الهند.Translated Description (French)
La néphrolithiase pédiatrique (NL) ou maladie des calculs rénaux (KSD) est un sujet non attaché dans la population asiatique. Dans les pays occidentaux, l'incidence annuelle des TA pédiatriques est d'environ 6 à 10 %. Ici, nous présentons des données du Bengale occidental, en Inde, sur l'âge inférieur (LA, 0-20 ans) NL et sa prévalence pour la première fois. Pour découvrir les mutations associées à la KSD, vingt-quatre (18 + 6) patients LA-NL rares ont été sélectionnés pour le séquençage de l'exome entier (WES) et le séquençage de Sanger, respectivement. Il a été constaté que GRHPR c. 494G>Une mutation (MZ826703) est prédominante dans notre cohorte d'étude. Cette mutation homozygote spécifique est étudiée fonctionnellement pour la première fois directement à partir d'échantillons de cellules mononucléées périphériques humaines (PBMC). En utilisant l'étude de l'expression avec l'activité biochimique et l'analyse computationnelle, nous avons supposé que la mutation est pathogène avec perte de fonction. De plus, trois gènes, AGXT, HOGA1 et GRHPR avec de nouveaux variants connus pour provoquer une hyperoxalurie ont été trouvés fréquemment dans la cohorte de l'étude. Notre étude analyse les gènes et les variations qui causent LA-NL, ainsi que la fonction moléculaire de la mutation GRHPR, qui peut servir de marqueur clinique dans la population du Bengale occidental, en Inde orientale.Translated Description (Spanish)
La nefrolitiasis pediátrica (NL) o enfermedad de cálculos renales (KSD) es un tema sin ataduras en la población asiática. En los países occidentales, la incidencia anual de NL pediátrico es de alrededor del 6-10%. Aquí, presentamos datos de Bengala Occidental, India, sobre NL de menor edad (LA, 0-20 años) y su prevalencia por primera vez. Para descubrir las mutaciones asociadas con KSD, se seleccionaron veinticuatro (18 + 6) pacientes con LA-NL rara para la secuenciación del exoma completo (WES) y la secuenciación de Sanger, respectivamente. Se encontró que GRHPR c. 494G>Una mutación (MZ826703) es predominante en nuestra cohorte de estudio. Esta mutación homocigótica específica se estudia funcionalmente por primera vez directamente a partir de muestras de células mononucleares periféricas humanas (PBMC). Usando el estudio de expresión con actividad bioquímica y análisis computacional, asumimos que la mutación es patógena con pérdida de función. Además, tres genes, AGXT, HOGA1 y GRHPR con nuevas variantes conocidas por causar hiperoxaluria se encontraron con frecuencia en la cohorte de estudio. Nuestro estudio analiza los genes y las variaciones que causan LA-NL, así como la función molecular de la mutación GRHPR, que puede servir como marcador clínico en la población de Bengala Occidental, India Oriental.Files
pdf.pdf
Files
(3.2 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:ece1adb0637bb239f366fa2512231f25
|
3.2 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- GRHPR C.494G متماثل الزيجوت >طفرة ضارة تسبب بداية مبكرة من تحص كلوي في غرب البنغال، الهند
- Translated title (French)
- Homozygote GRHPR C.494G>Une mutation est délétère et provoque l'apparition précoce de la néphrolithiase au Bengale occidental, en Inde
- Translated title (Spanish)
- GRHPR homocigótico C.494G>Una mutación es perjudicial que causa la aparición temprana de nefrolitiasis en Bengala Occidental, India
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4312187072
- DOI
- 10.3389/fmolb.2022.1049620
References
- https://openalex.org/W1532073640
- https://openalex.org/W167542058
- https://openalex.org/W1763302066
- https://openalex.org/W1803102843
- https://openalex.org/W1806462495
- https://openalex.org/W1896254721
- https://openalex.org/W1945490319
- https://openalex.org/W1962857761
- https://openalex.org/W1975528985
- https://openalex.org/W1982530125
- https://openalex.org/W1991169902
- https://openalex.org/W1997873534
- https://openalex.org/W2020197763
- https://openalex.org/W2037312364
- https://openalex.org/W2060248529
- https://openalex.org/W2063459677
- https://openalex.org/W2064347932
- https://openalex.org/W2069663555
- https://openalex.org/W2088619826
- https://openalex.org/W2092561197
- https://openalex.org/W2099922409
- https://openalex.org/W2108135980
- https://openalex.org/W2109644074
- https://openalex.org/W2112480941
- https://openalex.org/W2114570899
- https://openalex.org/W2116240218
- https://openalex.org/W2116375742
- https://openalex.org/W2131900949
- https://openalex.org/W2132421073
- https://openalex.org/W2136513422
- https://openalex.org/W2151460035
- https://openalex.org/W2162202711
- https://openalex.org/W2167852161
- https://openalex.org/W2180760460
- https://openalex.org/W2225287204
- https://openalex.org/W2235346569
- https://openalex.org/W2580887223
- https://openalex.org/W2602785815
- https://openalex.org/W2606350284
- https://openalex.org/W2607128961
- https://openalex.org/W2746155660
- https://openalex.org/W2753472685
- https://openalex.org/W2780482362
- https://openalex.org/W2786597035
- https://openalex.org/W2797124082
- https://openalex.org/W2804822363
- https://openalex.org/W2888728741
- https://openalex.org/W2900949667
- https://openalex.org/W2912320302
- https://openalex.org/W2920023179
- https://openalex.org/W2936956377
- https://openalex.org/W2941435820
- https://openalex.org/W2946701114
- https://openalex.org/W2950001158
- https://openalex.org/W2969441616
- https://openalex.org/W3120871208
- https://openalex.org/W3124206636
- https://openalex.org/W4247524928
- https://openalex.org/W808077827
- https://openalex.org/W954754213