Peer Review #2 of "Outline of an experimental design aimed to detect protein A mirror image in solution (v0.1)"
- 1. Centro Científico Tecnológico - San Luis
- 2. Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences
- 3. Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine
- 4. Cornell University
Description
There is abundant theoretical evidence indicating that a mirror image of Protein A may occur during the protein folding process.However, as to whether such mirror image exists in solution is an unsolved issue.Here we provide outline of an experimental design aimed to detect the mirror image of Protein A in solution.The proposal is based on computational simulations indicating that the use of a mutant of protein A, namely Q10H, could be used to detect the mirror image conformation in solution.Our results indicate that the native conformation of the protein A should have a pKa, for the Q10H mutant, at ≈6.2, while the mirror-image conformation should have a pKa close to ≈7.3.Naturally, if all the population is in the native state for the Q10H mutant, the pKa should be ≈6.2,while, if all are in the mirror-image state, it would be ≈7.3,and, if it is a mixture, the pKa should be larger than 6.2, presumably in proportion to the mirror population.In addition, evidence is provided indicating the tautomeric distribution of H10 must also change between the native and mirror conformations.Although this may not be completely relevant for the purpose of determining whether the protein A mirror image exists in solution, it could provide valuable information to validate the pKa findings.We hope this proposal will foster experimental work on this problem either by direct application of our proposed experimental design or serving as inspiration and motivation for other experiments.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
هناك أدلة نظرية وفيرة تشير إلى أن صورة معكوسة للبروتين (أ) قد تحدث أثناء عملية طي البروتين. ومع ذلك، فيما يتعلق بما إذا كانت صورة المرآة هذه موجودة في المحلول هي مشكلة لم يتم حلها. نقدم هنا مخططًا تفصيليًا لتصميم تجريبي يهدف إلى اكتشاف صورة مرآة البروتين (أ) في المحلول. يعتمد الاقتراح على عمليات محاكاة حسابية تشير إلى أنه يمكن استخدام طفرة البروتين (أ)، وهي Q10H، للكشف عن تكوين صورة المرآة في المحلول. تشير نتائجنا إلى أن التشكل الأصلي للبروتين (أ) في المحلول يجب أن يكون للبروتين A pKa، بالنسبة لمتحول Q10H، عند ≈6.2، بينما يجب أن يكون لتشكيل صورة المرآة pKa بالقرب من ≈ 7.3. وبطبيعة الحال، إذا كان جميع السكان في الحالة الأصلية لمتحول Q10H، فيجب أن يكون pKa ≈6.2،بينما، إذا كان الجميع في حالة صورة المرآة، فسيكون ≈7.3، وإذا كان خليطًا، فيجب أن يكون pKa أكبر من 6.2، ويفترض أنه يتناسب مع عدد المرآة. بالإضافة إلى ذلك، يتم تقديم أدلة تشير إلى يجب أن يتغير التوزيع الصوتي لـ H10 أيضًا بين التطابقات الأصلية والمرآة. على الرغم من أن هذا قد لا يكون مناسبًا تمامًا لغرض تحديد ما إذا كانت صورة المرآة للبروتين A موجودة في المحلول، إلا أنه يمكن أن يوفر معلومات قيمة للتحقق من صحة نتائج pKa. نأمل أن يعزز هذا الاقتراح العمل التجريبي بشأن هذه المشكلة إما عن طريق التطبيق المباشر لتصميمنا التجريبي المقترح أو أن يكون مصدر إلهام وتحفيز لتجارب أخرى.Translated Description (French)
Il existe de nombreuses preuves théoriques indiquant qu'une image miroir de la protéine A peut se produire pendant le processus de repliement des protéines.Toutefois, la question de savoir si une telle image miroir existe en solution n'est pas résolue.Nous présentons ici les grandes lignes d'un plan expérimental visant à détecter l'image miroir de la protéine A en solution.La proposition est basée sur des simulations informatiques indiquant que l'utilisation d'un mutant de la protéine A, à savoir Q10H, pourrait être utilisée pour détecter la conformation de l'image miroir en solution.Nos résultats indiquent que la conformation native de la protéine A devrait avoir un pKa, pour le mutant Q10H, à ≈6,2, tandis que la conformation d'image miroir devrait avoir un pKa proche de ≈ 7,3. Naturellement, si toute la population est à l'état natif pour le mutant Q10H, le pKa devrait être ≈6,2,alors que, si tous sont à l'état d'image miroir, il serait ≈7,3,et, s'il s'agit d'un mélange, le pKa devrait être supérieur à 6,2, probablement en proportion de la population miroir. En outre, des preuves sont fournies indiquant le la distribution tautomérique de H10 doit également changer entre les conformations native et miroir. Bien que cela ne soit pas complètement pertinent pour déterminer si l'image miroir de la protéine A existe en solution, cela pourrait fournir des informations précieuses pour valider les résultats de pKa. Nous espérons que cette proposition favorisera le travail expérimental sur ce problème soit par l'application directe de notre conception expérimentale proposée, soit en servant d'inspiration et de motivation pour d'autres expériences.Translated Description (Spanish)
Existe abundante evidencia teórica que indica que puede ocurrir una imagen especular de la Proteína A durante el proceso de plegamiento de la proteína. Sin embargo, si dicha imagen especular existe en solución es un problema sin resolver. Aquí proporcionamos un esquema de un diseño experimental destinado a detectar la imagen especular de la Proteína A en solución. La propuesta se basa en simulaciones computacionales que indican que el uso de un mutante de la proteína A, a saber, Q10H, podría usarse para detectar la conformación de la imagen especular en solución. Nuestros resultados indican que la conformación nativa de la proteína A debe tener un pKa, para el mutante Q10H, en ≈6.2, mientras que la conformación de imagen especular debe tener un pKa cercano a ≈ 7.3. Naturalmente, si toda la población está en el estado nativo para el mutante Q10H, el pKa debe ser ≈6.2,mientras que, si todos están en el estado de imagen especular, sería ≈7.3,y, si es una mezcla, el pKa debe ser mayor que 6.2, presumiblemente en proporción a la población especular. Además, se proporciona evidencia que indica el la distribución tautomérica de H10 también debe cambiar entre las conformaciones nativa y especular. Aunque esto puede no ser completamente relevante para determinar si la proteína A especular existe en solución, podría proporcionar información valiosa para validar los hallazgos de pKa. Esperamos que esta propuesta fomente el trabajo experimental sobre este problema, ya sea mediante la aplicación directa de nuestro diseño experimental propuesto o sirviendo de inspiración y motivación para otros experimentos.Files
submission.pdf
Files
(1.0 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:36333e8225b559fe9744315353b75e34
|
1.0 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مراجعة الأقران رقم2 من "مخطط تصميم تجريبي يهدف إلى اكتشاف البروتين صورة طبق الأصل في المحلول (v0.1 )"
- Translated title (French)
- Examen par les pairs n °2 de « Aperçu d'un plan expérimental visant à détecter l'image miroir de la protéine A dans la solution (v0.1) »
- Translated title (Spanish)
- Revisión por pares n .º2 de "Esquema de un diseño experimental destinado a detectar la imagen especular de la proteína A en solución (v0.1)"
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4242607543
- DOI
- 10.7287/peerj-pchem.2v0.1/reviews/2