Published September 2, 2022 | Version v1
Publication Open

A metagenomic insight into the Yangtze finless porpoise virome

Creators

  • 1. Anqing Normal University
  • 2. Bahria University
  • 3. Islamia University of Bahawalpur
  • 4. Institute of Hydrobiology
  • 5. Chinese Academy of Sciences
  • 6. University of Veterinary and Animal Sciences
  • 7. Nanjing Agricultural University

Description

The Yangtze finless porpoise (Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis) inhabiting the Yantze River, China is critically endangered because of the influences of infectious disease, human activity, and water contamination. Viral diseases are one of the crucial factors that threatening the health of Yangtze finless porpoise. However, there are few studies which elaborate the viral diversity of Yangtze finless. Therefore, this study was performed to investigate the viral diversity of Yangtze finless by metagenomics. Results indicated that a total of 12,686,252 high-quality valid sequences were acquired and 2,172 virus reads were recognized. Additionally, we also obtained a total of 10,600 contigs. Phages was the most abundant virus in the samples and the ratio of DNA and RNA viruses were 69.75 and 30.25%, respectively. Arenaviridae, Ackermannviridae and Siphoviridae were the three most predominant families in all the samples. Moreover, the majority of viral genus were Mammarenavirus, Limestonevirus and Lambdavirus. The results of gene prediction indicated that these viruses play vital roles in biological process, cellular component, molecular function, and disease. To the best of our knowledge, this is the first report on the viral diversity of Yangtze finless porpoise, which filled the gaps in its viral information. Meanwhile, this study can also provide a theoretical basis for the establishment of the prevention and protection system for virus disease of Yangtze finless porpoise.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

إن خنزير البحر اليانغتسي الخالي من الزعانف (Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis) الذي يسكن نهر اليانغتسي في الصين مهدد بالانقراض بشكل خطير بسبب تأثيرات الأمراض المعدية والنشاط البشري وتلوث المياه. الأمراض الفيروسية هي واحدة من العوامل الحاسمة التي تهدد صحة خنزير البحر الخالي من الزعانف في نهر اليانغتسى. ومع ذلك، هناك عدد قليل من الدراسات التي توضح التنوع الفيروسي في يانغتسي بلا زعانف. لذلك، أجريت هذه الدراسة للتحقيق في التنوع الفيروسي لليانغتسي بدون زعانف بواسطة الميتاجينوميات. أشارت النتائج إلى أنه تم الحصول على ما مجموعه 12,686,252 تسلسلًا صالحًا عالي الجودة وتم التعرف على 2,172 قراءة للفيروسات. بالإضافة إلى ذلك، حصلنا أيضًا على ما مجموعه 10600 وحدة متصلة. كانت العاثيات هي الفيروس الأكثر وفرة في العينات وكانت نسبة فيروسات الحمض النووي الريبي (DNA) والحمض النووي الريبي (RNA) 69.75 ٪ و 30.25 ٪ على التوالي. كانت فيروسات أرينا، فيروسات أكرمان، فيروسات سيفو هي أكثر ثلاث عائلات سائدة في جميع العينات. علاوة على ذلك، كانت غالبية الأجناس الفيروسية هي فيروس الثدييات وفيروس الحجر الجيري وفيروس الحمل. أشارت نتائج التنبؤ الجيني إلى أن هذه الفيروسات تلعب أدوارًا حيوية في العملية البيولوجية والمكون الخلوي والوظيفة الجزيئية والمرض. على حد علمنا، هذا هو التقرير الأول عن التنوع الفيروسي لخنزير البحر الخالي من الزعانف في نهر اليانغتسى، والذي ملأ الفجوات في معلوماته الفيروسية. وفي الوقت نفسه، يمكن أن توفر هذه الدراسة أيضًا أساسًا نظريًا لإنشاء نظام الوقاية والحماية من مرض فيروس خنزير البحر الخالي من الزعانف في نهر اليانغتسي.

Translated Description (French)

Le marsouin sans nageoires du Yangtsé (Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis) qui habite la rivière Yantze, en Chine, est gravement menacé en raison des influences des maladies infectieuses, de l'activité humaine et de la contamination de l'eau. Les maladies virales sont l'un des facteurs cruciaux qui menacent la santé des marsouins sans nageoires du Yangtsé. Cependant, peu d'études élaborent la diversité virale du Yangtsé sans nageoires. Par conséquent, cette étude a été réalisée pour étudier la diversité virale du Yangtsé sans nageoires par la métagénomique. Les résultats ont indiqué qu'un total de 12 686 252 séquences valides de haute qualité ont été acquises et 2 172 lectures de virus ont été reconnues. De plus, nous avons également obtenu un total de 10 600 contigs. Les phages étaient le virus le plus abondant dans les échantillons et le ratio de virus à ADN et à ARN était de 69,75 et 30,25 %, respectivement. Arenaviridae, Ackermannviridae et Siphoviridae étaient les trois familles les plus prédominantes dans tous les échantillons. De plus, la majorité des genres viraux étaient le Mammarenavirus, le Limestonevirus et le Lambdavirus. Les résultats de la prédiction génique ont indiqué que ces virus jouent un rôle vital dans le processus biologique, la composante cellulaire, la fonction moléculaire et la maladie. À notre connaissance, il s'agit du premier rapport sur la diversité virale du marsouin sans nageoires du Yangtsé, qui a comblé les lacunes de son information virale. En attendant, cette étude peut également fournir une base théorique pour la mise en place du système de prévention et de protection contre la maladie virale du marsouin sans nageoires du Yangtsé.

Translated Description (Spanish)

La marsopa sin aleta del Yangtze (Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis) que habita en el río Yantze, China, está en peligro crítico debido a las influencias de las enfermedades infecciosas, la actividad humana y la contaminación del agua. Las enfermedades virales son uno de los factores cruciales que amenazan la salud de la marsopa sin aleta del Yangtsé. Sin embargo, hay pocos estudios que elaboren la diversidad viral del Yangtze sin aletas. Por lo tanto, este estudio se realizó para investigar la diversidad viral de Yangtze sin aletas mediante metagenómica. Los resultados indicaron que se adquirieron un total de 12.686.252 secuencias válidas de alta calidad y se reconocieron 2.172 lecturas de virus. Adicionalmente, también obtuvimos un total de 10.600 cóntigos. Los fagos fueron los virus más abundantes en las muestras y la proporción de virus de ADN y ARN fue de 69,75 y 30,25%, respectivamente. Arenaviridae, Ackermannviridae y Siphoviridae fueron las tres familias más predominantes en todas las muestras. Además, la mayoría de los géneros virales fueron Mammarenavirus, Limestonevirus y Lambdavirus. Los resultados de la predicción génica indicaron que estos virus desempeñan un papel vital en el proceso biológico, el componente celular, la función molecular y la enfermedad. Hasta donde sabemos, este es el primer informe sobre la diversidad viral de la marsopa sin aleta del Yangtze, que llenó los vacíos en su información viral. Mientras tanto, este estudio también puede proporcionar una base teórica para el establecimiento del sistema de prevención y protección para la enfermedad viral de la marsopa sin aleta del Yangtze.

Files

pdf.pdf

Files (785.8 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:7b8ed433d344e759380fb7ef44f5ef9b
785.8 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
رؤية ميتاجينية لفيروم خنزير البحر الخالي من الزعانف في نهر اليانغتسى
Translated title (French)
Un aperçu métagénomique du virome de marsouin sans ailerons du Yangtsé
Translated title (Spanish)
Una visión metagenómica del viroma de la marsopa sin aleta del Yangtze

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4294204433
DOI
10.3389/fvets.2022.922623

Is supplement to
https://openalex.org/W4313305812 (Other)
https://openalex.org/W4293040420 (Other)
https://openalex.org/W4220807255 (Other)
https://openalex.org/W3216950677 (Other)
https://openalex.org/W3182597671 (Other)
https://openalex.org/W3133222449 (Other)
https://openalex.org/W2888410834 (Other)
https://openalex.org/W2519363532 (Other)
https://openalex.org/W2289294330 (Other)
https://openalex.org/W2254157384 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W1421794735
  • https://openalex.org/W1978796227
  • https://openalex.org/W1995614275
  • https://openalex.org/W1996639554
  • https://openalex.org/W1999113425
  • https://openalex.org/W2011751694
  • https://openalex.org/W2016519966
  • https://openalex.org/W201727952
  • https://openalex.org/W2026652699
  • https://openalex.org/W2033027453
  • https://openalex.org/W2044458835
  • https://openalex.org/W2044530165
  • https://openalex.org/W2050783903
  • https://openalex.org/W2055601403
  • https://openalex.org/W2056379010
  • https://openalex.org/W2070685117
  • https://openalex.org/W2079706758
  • https://openalex.org/W2080583581
  • https://openalex.org/W2131079520
  • https://openalex.org/W2131859867
  • https://openalex.org/W2153177156
  • https://openalex.org/W2154678942
  • https://openalex.org/W2157049398
  • https://openalex.org/W2157930702
  • https://openalex.org/W2159808296
  • https://openalex.org/W2255583880
  • https://openalex.org/W2416930609
  • https://openalex.org/W2514983714
  • https://openalex.org/W2564814218
  • https://openalex.org/W2616941696
  • https://openalex.org/W2801905545
  • https://openalex.org/W2891745722
  • https://openalex.org/W2894422883
  • https://openalex.org/W2896401613
  • https://openalex.org/W2897008569
  • https://openalex.org/W2902664755
  • https://openalex.org/W2913714888
  • https://openalex.org/W2943455132
  • https://openalex.org/W2986915216
  • https://openalex.org/W2989601020
  • https://openalex.org/W2990884630
  • https://openalex.org/W3003599119
  • https://openalex.org/W3016026882
  • https://openalex.org/W3021222815
  • https://openalex.org/W3021602560
  • https://openalex.org/W3025523568
  • https://openalex.org/W3034096763
  • https://openalex.org/W3035430931
  • https://openalex.org/W3036433085
  • https://openalex.org/W3036521213
  • https://openalex.org/W3037300493
  • https://openalex.org/W3037330423
  • https://openalex.org/W3037685137
  • https://openalex.org/W3040618373
  • https://openalex.org/W3040778153
  • https://openalex.org/W3041363155
  • https://openalex.org/W3199084538
  • https://openalex.org/W4211177539
  • https://openalex.org/W613405609