Published July 16, 2008
| Version v1
Publication
Open
Evaluation of BRCA1 and BRCA2 mutations and risk-prediction models in a typical Asian country (Malaysia) with a relatively low incidence of breast cancer
Creators
- 1. Cancer Research Malaysia
- 2. Subang Jaya Medical Centre
- 3. University Malaya Medical Centre
Description
The cost of genetic testing and the limited knowledge about the BRCA1 and BRCA2 genes in different ethnic groups has limited its availability in medium- and low-resource countries, including Malaysia. In addition, the applicability of many risk-assessment tools, such as the Manchester Scoring System and BOADICEA (Breast and Ovarian Analysis of Disease Incidence and Carrier Estimation Algorithm) which were developed based on mutation rates observed primarily in Caucasian populations using data from multiplex families, and in populations where the rate of breast cancer is higher, has not been widely tested in Asia or in Asians living elsewhere. Here, we report the results of genetic testing for mutations in the BRCA1 or BRCA2 genes in a series of families with breast cancer in the multi-ethnic population (Malay, Chinese and Indian) of Malaysia.A total of 187 breast cancer patients with either early-onset breast cancer (at age </= 40 years) or a personal and/or family history of breast or ovarian cancer were comprehensively tested by full sequencing of both BRCA1 and BRCA2. Two algorithms to predict the presence of mutations, the Manchester Scoring System and BOADICEA, were evaluated.Twenty-seven deleterious mutations were detected (14 in BRCA1 and 13 in BRCA2), only one of which was found in two unrelated individuals (BRCA2 490 delCT). In addition, 47 variants of uncertain clinical significance were identified (16 in BRCA1 and 31 in BRCA2). Notably, many mutations are novel (13 of the 30 BRCA1 mutations and 24 of the 44 BRCA2). We report that while there were an equal proportion of BRCA1 and BRCA2 mutations in the Chinese population in our study, there were significantly more BRCA2 mutations among the Malays. In addition, we show that the predictive power of the BOADICEA risk-prediction model and the Manchester Scoring System was significantly better for BRCA1 than BRCA2, but that the overall sensitivity, specificity and positive-predictive value was lower in this population than has been previously reported in Caucasian populations.Our study underscores the need for larger collaborative studies among non-Caucasian populations to validate the role of genetic testing and the use of risk-prediction models in ensuring that the other populations in the world may also benefit from the genomics and genetics era.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
أدت تكلفة الاختبارات الجينية والمعرفة المحدودة بجينات BRCA1 و BRCA2 في مجموعات عرقية مختلفة إلى الحد من توافرها في البلدان ذات الموارد المتوسطة والمنخفضة، بما في ذلك ماليزيا. بالإضافة إلى ذلك، لم يتم اختبار قابلية تطبيق العديد من أدوات تقييم المخاطر، مثل نظام تسجيل مانشستر و BOADICEA (تحليل الثدي والمبيض لحدوث المرض وخوارزمية تقدير الناقل) التي تم تطويرها بناءً على معدلات الطفرات التي لوحظت في المقام الأول في السكان القوقازيين باستخدام بيانات من عائلات متعددة، وفي السكان الذين يكون معدل الإصابة بسرطان الثدي أعلى، على نطاق واسع في آسيا أو في الآسيويين الذين يعيشون في أماكن أخرى. هنا، نبلغ عن نتائج الاختبارات الجينية للطفرات في جينات BRCA1 أو BRCA2 في سلسلة من العائلات المصابة بسرطان الثدي في السكان متعددي الأعراق (الملايو والصينيين والهنود) في ماليزيا. تم اختبار ما مجموعه 187 مريضًا بسرطان الثدي يعانون من سرطان الثدي المبكر (في سن </= 40 عامًا) أو تاريخ شخصي و/أو عائلي لسرطان الثدي أو المبيض بشكل شامل من خلال التسلسل الكامل لكل من BRCA1 و BRCA2. تم تقييم خوارزميتين للتنبؤ بوجود طفرات، نظام تسجيل مانشستر و BOADICEA. تم اكتشاف سبعة وعشرين طفرة ضارة (14 في BRCA1 و 13 في BRCA2)، تم العثور على واحدة فقط منها في فردين غير مرتبطين (BRCA2 490 delCT). بالإضافة إلى ذلك، تم تحديد 47 متغيرًا من الأهمية السريرية غير المؤكدة (16 في BRCA1 و 31 في BRCA2). والجدير بالذكر أن العديد من الطفرات جديدة (13 من أصل 30 طفرة في BRCA1 و 24 من أصل 44 طفرة في BRCA2). نفيد أنه في حين كانت هناك نسبة متساوية من طفرات BRCA1 و BRCA2 في السكان الصينيين في دراستنا، كان هناك المزيد من طفرات BRCA2 بين الملايو. بالإضافة إلى ذلك، نظهر أن القوة التنبؤية لنموذج التنبؤ بالمخاطر BOADICEA ونظام تسجيل مانشستر كانت أفضل بكثير لـ BRCA1 من BRCA2، ولكن الحساسية العامة والخصوصية والقيمة التنبؤية الإيجابية كانت أقل في هذه الفئة مما تم الإبلاغ عنه سابقًا في السكان القوقازيين. تؤكد دراستنا على الحاجة إلى دراسات تعاونية أكبر بين السكان غير القوقازيين للتحقق من صحة دور الاختبارات الجينية واستخدام نماذج التنبؤ بالمخاطر في ضمان أن السكان الآخرين في العالم قد يستفيدون أيضًا من عصر الجينوم وعلم الوراثة.Translated Description (French)
Le coût des tests génétiques et les connaissances limitées sur les gènes BRCA1 et BRCA2 dans différents groupes ethniques ont limité leur disponibilité dans les pays à ressources moyennes et faibles, y compris la Malaisie. En outre, l'applicabilité de nombreux outils d'évaluation des risques, tels que le Manchester Scoring System et BOADICEA (Breast and Ovarian Analysis of Disease Incidence and Carrier Estimation Algorithm), qui ont été développés sur la base des taux de mutation observés principalement dans les populations caucasiennes à l'aide de données provenant de familles multiplexes, et dans les populations où le taux de cancer du sein est plus élevé, n'a pas été largement testée en Asie ou chez les Asiatiques vivant ailleurs. Ici, nous rapportons les résultats de tests génétiques pour des mutations dans les gènes BRCA1 ou BRCA2 dans une série de familles atteintes d'un cancer du sein dans la population multiethnique (malaise, chinoise et indienne) de Malaisie. Un total de 187 patientes atteintes d'un cancer du sein à début précoce (à l'âge de </= 40 ans) ou ayant des antécédents personnels et/ou familiaux de cancer du sein ou de l'ovaire ont été testées de manière exhaustive par séquençage complet de BRCA1 et BRCA2. Deux algorithmes pour prédire la présence de mutations, le Manchester Scoring System et BOADICEA, ont été évalués. Vingt-sept mutations délétères ont été détectées (14 chez BRCA1 et 13 chez BRCA2), dont une seule a été trouvée chez deux individus non apparentés (BRCA2 490 delCT). De plus, 47 variants de signification clinique incertaine ont été identifiés (16 dans BRCA1 et 31 dans BRCA2). Notamment, de nombreuses mutations sont nouvelles (13 des 30 mutations BRCA1 et 24 des 44 mutations BRCA2). Nous rapportons que, bien qu'il y ait eu une proportion égale de mutations BRCA1 et BRCA2 dans la population chinoise dans notre étude, il y avait significativement plus de mutations BRCA2 chez les Malais. En outre, nous montrons que le pouvoir prédictif du modèle de prédiction des risques BOADICEA et du système de notation de Manchester était significativement meilleur pour BRCA1 que pour BRCA2, mais que la sensibilité globale, la spécificité et la valeur prédictive positive étaient plus faibles dans cette population que ce qui a été précédemment rapporté dans les populations caucasiennes. Notre étude souligne la nécessité d'études collaboratives plus importantes parmi les populations non caucasiennes pour valider le rôle des tests génétiques et l'utilisation de modèles de prédiction des risques pour garantir que les autres populations du monde puissent également bénéficier de l'ère de la génomique et de la génétique.Translated Description (Spanish)
El costo de las pruebas genéticas y el conocimiento limitado sobre los genes BRCA1 y BRCA2 en diferentes grupos étnicos ha limitado su disponibilidad en países de recursos medios y bajos, incluida Malasia. Además, la aplicabilidad de muchas herramientas de evaluación de riesgos, como el Sistema de Puntuación de Manchester y BOADICEA (Breast and Ovarian Analysis of Disease Incidence and Carrier Estimation Algorithm), que se desarrollaron en función de las tasas de mutación observadas principalmente en poblaciones caucásicas utilizando datos de familias múltiples, y en poblaciones donde la tasa de cáncer de mama es más alta, no se ha probado ampliamente en Asia o en asiáticos que viven en otros lugares. Aquí, informamos los resultados de las pruebas genéticas para detectar mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2 en una serie de familias con cáncer de mama en la población multiétnica (malaya, china e india) de Malasia. Un total de 187 pacientes con cáncer de mama de inicio temprano (a la edad </= 40 años) o con antecedentes personales y/o familiares de cáncer de mama u ovario se probaron exhaustivamente mediante la secuenciación completa de BRCA1 y BRCA2. Se evaluaron dos algoritmos para predecir la presencia de mutaciones, el Manchester Scoring System y BOADICEA. Se detectaron veintisiete mutaciones deletéreas (14 en BRCA1 y 13 en BRCA2), de las cuales solo una se encontró en dos individuos no relacionados (BRCA2 490 delCT). Además, se identificaron 47 variantes de significación clínica incierta (16 en BRCA1 y 31 en BRCA2). En particular, muchas mutaciones son novedosas (13 de las 30 mutaciones BRCA1 y 24 de las 44 BRCA2). Informamos que, si bien hubo una proporción igual de mutaciones de BRCA1 y BRCA2 en la población china en nuestro estudio, hubo significativamente más mutaciones de BRCA2 entre los malayos. Además, mostramos que el poder predictivo del modelo de predicción de riesgo BOADICEA y el Sistema de Puntuación de Manchester fue significativamente mejor para BRCA1 que para BRCA2, pero que la sensibilidad general, la especificidad y el valor predictivo positivo fueron más bajos en esta población de lo que se había informado anteriormente en poblaciones caucásicas. Nuestro estudio subraya la necesidad de estudios colaborativos más amplios entre poblaciones no caucásicas para validar el papel de las pruebas genéticas y el uso de modelos de predicción de riesgo para garantizar que las otras poblaciones del mundo también puedan beneficiarse de la era de la genómica y la genética.Files
bcr2118.pdf
Files
(433.7 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:1c689cf13a385c661b721e6e4f919c2f
|
433.7 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تقييم طفرات BRCA1 و BRCA2 ونماذج التنبؤ بالمخاطر في بلد آسيوي نموذجي (ماليزيا) مع انخفاض نسبي في معدل الإصابة بسرطان الثدي
- Translated title (French)
- Évaluation des mutations BRCA1 et BRCA2 et modèles de prédiction des risques dans un pays asiatique typique (Malaisie) avec une incidence relativement faible de cancer du sein
- Translated title (Spanish)
- Evaluación de mutaciones BRCA1 y BRCA2 y modelos de predicción de riesgo en un país asiático típico (Malasia) con una incidencia relativamente baja de cáncer de mama
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2148230151
- DOI
- 10.1186/bcr2118
References
- https://openalex.org/W1568615316
- https://openalex.org/W1599768519
- https://openalex.org/W1966662414
- https://openalex.org/W1986533928
- https://openalex.org/W2000789151
- https://openalex.org/W2009759387
- https://openalex.org/W2012506200
- https://openalex.org/W2021743139
- https://openalex.org/W2022940750
- https://openalex.org/W2024824366
- https://openalex.org/W2027511263
- https://openalex.org/W2027605814
- https://openalex.org/W2034421645
- https://openalex.org/W2042645676
- https://openalex.org/W2045470750
- https://openalex.org/W2050420787
- https://openalex.org/W2055449612
- https://openalex.org/W2057628057
- https://openalex.org/W2061976541
- https://openalex.org/W2062568878
- https://openalex.org/W2071605517
- https://openalex.org/W2080382519
- https://openalex.org/W2084400260
- https://openalex.org/W2090557471
- https://openalex.org/W2093241284
- https://openalex.org/W2095598928
- https://openalex.org/W2108503292
- https://openalex.org/W2112187879
- https://openalex.org/W2115164128
- https://openalex.org/W2117977192
- https://openalex.org/W2121500031
- https://openalex.org/W2126170418
- https://openalex.org/W2130572301
- https://openalex.org/W2132595749
- https://openalex.org/W2132752562
- https://openalex.org/W2141069009
- https://openalex.org/W2141660008
- https://openalex.org/W2142509184
- https://openalex.org/W2147406390
- https://openalex.org/W2158097747