Published May 18, 2023 | Version v1
Publication Open

Development and validation of a selenium metabolism regulators associated prognostic model for hepatocellular carcinoma

Creators

  • 1. Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
  • 2. Peking Union Medical College Hospital
  • 3. Sichuan Academy of Medical Sciences & Sichuan Provincial People's Hospital
  • 4. University of Electronic Science and Technology of China
  • 5. Beijing Tongren Hospital
  • 6. Capital Medical University
  • 7. National Institute for Communicable Disease Control and Prevention

Description

Selenium metabolism has been implicated in human health. This study aimed to identify a selenium metabolism regulator-based prognostic signature for hepatocellular carcinoma (HCC) and validate the role of INMT in HCC.Transcriptome sequencing data and clinical information related to selenium metabolism regulators in TCGA liver cancer dataset were analysed. Next, a selenium metabolism model was constructed by multiple machine learning algorithms, including univariate, least absolute shrinkage and selection operator, and multivariate Cox regression analyses. Then, the potential of this model for predicting the immune landscape of different risk groups was evaluated. Finally, INMT expression was examined in different datasets. After knockdown of INMT, cell proliferation and colony formation assays were conducted.A selenium metabolism model containing INMT and SEPSECS was established and shown to be an independent predictor of prognosis. The survival time of low-risk patients was significantly longer than that of high-risk patients. These two groups had different immune environments. In different datasets, including TCGA, GEO, and our PUMCH dataset, INMT was significantly downregulated in HCC tissues. Moreover, knockdown of INMT significantly promoted HCC cell proliferation.The current study established a risk signature of selenium metabolism regulators for predicting the prognosis of HCC patients. INMT was identified as a biomarker for poor prognosis of HCC.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

وقد تورط استقلاب السيلينيوم في صحة الإنسان. هدفت هذه الدراسة إلى تحديد توقيع تنبؤي قائم على منظم استقلاب السيلينيوم لسرطان الكبد (HCC) والتحقق من صحة دور INMT في HCC. تم تحليل بيانات تسلسل Transcriptome والمعلومات السريرية المتعلقة بمنظمي استقلاب السيلينيوم في مجموعة بيانات سرطان الكبد TCGA. بعد ذلك، تم بناء نموذج استقلاب السيلينيوم بواسطة خوارزميات متعددة للتعلم الآلي، بما في ذلك عامل الانكماش والاختيار الأحادي، والأقل انكماشًا مطلقًا، وتحليلات انحدار كوكس متعددة المتغيرات. بعد ذلك، تم تقييم إمكانات هذا النموذج للتنبؤ بالمناظر الطبيعية المناعية لمجموعات المخاطر المختلفة. أخيرًا، تم فحص تعبير INMT في مجموعات بيانات مختلفة. بعد هزيمة INMT، تم إجراء فحوصات تكاثر الخلايا وتشكيل المستعمرة. تم إنشاء نموذج استقلاب السيلينيوم الذي يحتوي على INMT و SEPSECS وتبين أنه مؤشر مستقل للتنبؤ بالتكهن. كان وقت البقاء على قيد الحياة للمرضى ذوي المخاطر المنخفضة أطول بكثير من المرضى ذوي المخاطر العالية. كان لهاتين المجموعتين بيئات مناعية مختلفة. في مجموعات البيانات المختلفة، بما في ذلك TCGA و GEO ومجموعة بيانات PUMCH الخاصة بنا، تم تقليل INMT بشكل كبير في أنسجة مركز رأس المال البشري. علاوة على ذلك، عززت الضربة القاضية لـ INMT بشكل كبير من تكاثر خلايا سرطان الكبد. أنشأت الدراسة الحالية توقيع خطر لمنظمي استقلاب السيلينيوم للتنبؤ بتوقعات تشخيص مرضى سرطان الكبد. تم تحديد INMT كمؤشر حيوي لسوء تشخيص سرطان الكبد.

Translated Description (French)

Le métabolisme du sélénium a été impliqué dans la santé humaine. Cette étude visait à identifier une signature pronostique basée sur les régulateurs du métabolisme du sélénium pour le carcinome hépatocellulaire (CHC) et à valider le rôle de l'INMT dans le CHC. Les données de séquençage du transcriptome et les informations cliniques relatives aux régulateurs du métabolisme du sélénium dans l'ensemble de données sur le cancer du foie TCGA ont été analysées. Ensuite, un modèle de métabolisme du sélénium a été construit par plusieurs algorithmes d'apprentissage automatique, y compris un opérateur de rétrécissement et de sélection univarié, le moins absolu, et des analyses de régression de Cox multivariées. Ensuite, le potentiel de ce modèle pour prédire le paysage immunitaire de différents groupes à risque a été évalué. Enfin, l'expression INMT a été examinée dans différents ensembles de données. Après l'inactivation de l'INMT, des tests de prolifération cellulaire et de formation de colonies ont été effectués. Un modèle de métabolisme du sélénium contenant l'INMT et le SEPSECS a été établi et s'est avéré être un prédicteur indépendant du pronostic. La durée de survie des patients à faible risque était significativement plus longue que celle des patients à haut risque. Ces deux groupes avaient des environnements immunitaires différents. Dans différents ensembles de données, y compris TCGA, GEO et notre ensemble de données PUMCH, l'INMT a été significativement régulé à la baisse dans les tissus CHC. De plus, l'inactivation de l'INMT a considérablement favorisé la prolifération des cellules du CHC. L'étude actuelle a établi une signature de risque des régulateurs du métabolisme du sélénium pour prédire le pronostic des patients atteints de CHC. L'INMT a été identifié comme un biomarqueur d'un mauvais pronostic du CHC.

Translated Description (Spanish)

El metabolismo del selenio ha sido implicado en la salud humana. Este estudio tuvo como objetivo identificar una firma pronóstica basada en el regulador del metabolismo del selenio para el carcinoma hepatocelular (CHC) y validar el papel del INMT en el CHC. Se analizaron los datos de secuenciación del transcriptoma y la información clínica relacionada con los reguladores del metabolismo del selenio en el conjunto de datos de cáncer de hígado TCGA. A continuación, se construyó un modelo de metabolismo del selenio mediante múltiples algoritmos de aprendizaje automático, incluidos los análisis de regresión de Cox univariante, de reducción y selección menos absoluta y multivariante. A continuación, se evaluó el potencial de este modelo para predecir el panorama inmune de diferentes grupos de riesgo. Finalmente, se examinó la expresión del INMT en diferentes conjuntos de datos. Después de la inactivación de INMT, se realizaron ensayos de proliferación celular y formación de colonias. Se estableció un modelo de metabolismo del selenio que contenía INMT y SEPSECS y se demostró que era un predictor independiente del pronóstico. El tiempo de supervivencia de los pacientes de bajo riesgo fue significativamente más largo que el de los pacientes de alto riesgo. Estos dos grupos tenían diferentes entornos inmunitarios. En diferentes conjuntos de datos, incluidos TCGA, GEO y nuestro conjunto de datos PUMCH, INMT se reguló significativamente a la baja en los tejidos de CHC. Además, la anulación del INMT promovió significativamente la proliferación de células de CHC. El estudio actual estableció una firma de riesgo de los reguladores del metabolismo del selenio para predecir el pronóstico de los pacientes con CHC. El INMT se identificó como un biomarcador para el mal pronóstico del CHC.

Files

s12885-023-10944-w.pdf

Files (11.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:31b4e82333e9de840511c749694f0982
11.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تطوير والتحقق من صحة منظمات استقلاب السيلينيوم المرتبطة بالنموذج النذير لسرطان الخلايا الكبدية
Translated title (French)
Développement et validation d'un modèle pronostique associé aux régulateurs du métabolisme du sélénium pour le carcinome hépatocellulaire
Translated title (Spanish)
Desarrollo y validación de un modelo de pronóstico asociado a reguladores del metabolismo del selenio para el carcinoma hepatocelular

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4377095084
DOI
10.1186/s12885-023-10944-w

Is supplement to
https://openalex.org/W3121881699 (Other)
https://openalex.org/W2889939530 (Other)
https://openalex.org/W2748838164 (Other)
https://openalex.org/W2399195672 (Other)
https://openalex.org/W2122079181 (Other)
https://openalex.org/W2066015000 (Other)
https://openalex.org/W2049578243 (Other)
https://openalex.org/W2000145235 (Other)
https://openalex.org/W1985848810 (Other)
https://openalex.org/W1828158523 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W2002490399
  • https://openalex.org/W2012339972
  • https://openalex.org/W2013131201
  • https://openalex.org/W2026393494
  • https://openalex.org/W2028433016
  • https://openalex.org/W2037949612
  • https://openalex.org/W2047765480
  • https://openalex.org/W2050752508
  • https://openalex.org/W2057210916
  • https://openalex.org/W2066810394
  • https://openalex.org/W2093338540
  • https://openalex.org/W2110762028
  • https://openalex.org/W2114588641
  • https://openalex.org/W2117692326
  • https://openalex.org/W2125672083
  • https://openalex.org/W2136725886
  • https://openalex.org/W2140573957
  • https://openalex.org/W2157962154
  • https://openalex.org/W2168433858
  • https://openalex.org/W2234115940
  • https://openalex.org/W2323299577
  • https://openalex.org/W2335134869
  • https://openalex.org/W2533508881
  • https://openalex.org/W2603111769
  • https://openalex.org/W2605833545
  • https://openalex.org/W2792376809
  • https://openalex.org/W2794359971
  • https://openalex.org/W2804116577
  • https://openalex.org/W2809237207
  • https://openalex.org/W2884150692
  • https://openalex.org/W2900651216
  • https://openalex.org/W2904905250
  • https://openalex.org/W2907190362
  • https://openalex.org/W2946657092
  • https://openalex.org/W2969477092
  • https://openalex.org/W2971029723
  • https://openalex.org/W2983058656
  • https://openalex.org/W2991478885
  • https://openalex.org/W3038671590
  • https://openalex.org/W3048285910
  • https://openalex.org/W3049495096
  • https://openalex.org/W3092045619
  • https://openalex.org/W3094172744
  • https://openalex.org/W3113691894
  • https://openalex.org/W3128646645
  • https://openalex.org/W3134656802
  • https://openalex.org/W3138843356
  • https://openalex.org/W3152534107
  • https://openalex.org/W3186245679
  • https://openalex.org/W3188239157
  • https://openalex.org/W3197996035
  • https://openalex.org/W3200353571
  • https://openalex.org/W3202636754
  • https://openalex.org/W3204333168
  • https://openalex.org/W3205490225
  • https://openalex.org/W3217589610
  • https://openalex.org/W4200024702
  • https://openalex.org/W4213125582
  • https://openalex.org/W4213417398
  • https://openalex.org/W4281736564
  • https://openalex.org/W4281739780
  • https://openalex.org/W4285006390
  • https://openalex.org/W4307947108