Published October 31, 2019 | Version v1
Publication Open

Implementation of Case-Based Surveillance and Real-time Polymerase Chain Reaction to Monitor Bacterial Meningitis Pathogens in Chad

Creators

  • 1. Centers for Disease Control and Prevention
  • 2. University of N'Djamena
  • 3. National Center for Immunization and Respiratory Diseases

Description

Meningococcal serogroup A conjugate vaccine (MACV) was introduced in Chad during 2011-2012. Meningitis surveillance has been conducted nationwide since 2003, with case-based surveillance (CBS) in select districts from 2012. In 2016, the MenAfriNet consortium supported Chad to implement CBS in 4 additional districts and real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) at the national reference laboratory (NRL) to improve pathogen detection. We describe analysis of bacterial meningitis cases during 3 periods: pre-MACV (2010-2012), pre-MenAfriNet (2013-2015), and post-MenAfriNet (2016-2018).National surveillance targeted meningitis cases caused by Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae. Cerebrospinal fluid specimens, inoculated trans-isolate media, and/or isolates from suspected meningitis cases were tested via culture, latex, and/or rt-PCR; confirmed bacterial meningitis was defined by a positive result on any test. We calculated proportion of suspected cases with a specimen received by period, and proportion of specimens with a bacterial meningitis pathogen identified, by period, pathogen, and test.The NRL received specimens for 6.8% (876/12813), 46.4% (316/681), and 79.1% (787/995) of suspected meningitis cases in 2010-2012, 2013-2015, and 2016-2018, respectively, with a bacterial meningitis pathogen detected in 33.6% (294/876), 27.8% (88/316), and 33.2% (261/787) of tested specimens. The number of N. meningitidis serogroup A (NmA) among confirmed bacterial meningitis cases decreased from 254 (86.4%) during 2010-2012 to 2 (2.3%) during 2013-2015, with zero NmA cases detected after 2014. In contrast, proportional and absolute increases were seen between 2010-2012, 2013-2015, and 2016-2018 in cases caused by S. pneumoniae (5.1% [15/294], 65.9% [58/88], and 52.1% [136/261]), NmX (0.7% [2/294], 1.1% [1/88], and 22.2% [58/261]), and Hib (0.3% [1/294], 11.4% [10/88], and 14.9% [39/261]). Of specimens received at the NRL, proportions tested during the 3 periods were 47.7% (418), 53.2% (168), and 9.0% (71) by latex; 81.4% (713), 98.4% (311), and 93.9% (739) by culture; and 0.0% (0), 0.0% (0), and 90.5% (712) by rt-PCR, respectively. During the post-MenAfriNet period (2016-2018), 86.1% (678) of confirmed cases were tested by both culture and rt-PCR, with 12.5% (85) and 32.4% (220) positive by culture and rt-PCR, respectively.CBS implementation was associated with increased specimen referral. Increased detection of non-NmA cases could reflect changes in incidence or increased sensitivity of case detection with rt-PCR. Continued surveillance with the use of rt-PCR to monitor changing epidemiology could inform the development of effective vaccination strategies.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم إدخال اللقاح المتقارن (MACV) للمجموعة المصلية للمكورات السحائية A في تشاد خلال الفترة 2011-2012. تم إجراء مراقبة التهاب السحايا في جميع أنحاء البلاد منذ عام 2003، مع المراقبة القائمة على الحالات (CBS) في مناطق مختارة من عام 2012. في عام 2016، دعم اتحاد MenAfriNet تشاد لتنفيذ CBS في 4 مقاطعات إضافية والتفاعل المتسلسل للبوليميراز في الوقت الفعلي (RT - PCR) في المختبر المرجعي الوطني (NRL) لتحسين الكشف عن مسببات الأمراض. وصفنا تحليل حالات التهاب السحايا الجرثومي خلال 3 فترات: ما قبل MACV (2010-2012)، ما قبل MenAfriNet (2013-2015)، وما بعد MenAfriNet (2016-2018). استهدفت المراقبة الوطنية حالات التهاب السحايا الناجمة عن التهاب السحايا النيسرية، المستدمية النزلية، والمكورات العقدية الرئوية. تم اختبار عينات السائل الدماغي الشوكي، ووسائط العزل الملقحة، و/أو العزلات من حالات التهاب السحايا المشتبه بها عن طريق الاستنبات، و/أو اللاتكس، و/أو RT - PCR ؛ تم تحديد التهاب السحايا الجرثومي المؤكد من خلال نتيجة إيجابية في أي اختبار. قمنا بحساب نسبة الحالات المشتبه بها مع عينة تم تلقيها حسب الدورة الشهرية، ونسبة العينات التي تحتوي على مسببات مرض التهاب السحايا البكتيري التي تم تحديدها، حسب الدورة الشهرية، ومسببات المرض، والاختبار. تلقت NRL عينات بنسبة 6.8 ٪ (876/12813)، و 46.4 ٪ (316/681)، و 79.1 ٪ (787/995) من حالات التهاب السحايا المشتبه بها في 2010-2012، و 2013-2015، و 2016-2018، على التوالي، مع اكتشاف مسببات مرض التهاب السحايا البكتيري في 33.6 ٪ (294/876)، و 27.8 ٪ (88/316)، و 33.2 ٪ (261/787) من العينات المختبرة. انخفض عدد N. meningitidis serogroup A (NmA) بين حالات التهاب السحايا الجرثومي المؤكدة من 254 (86.4 ٪) خلال الفترة 2010-2012 إلى 2 (2.3 ٪) خلال الفترة 2013-2015، مع اكتشاف صفر من حالات NmA بعد عام 2014. في المقابل، لوحظت زيادات نسبية ومطلقة بين 2010-2012، 2013-2015، و 2016-2018 في الحالات التي تسببها S. pneumoniae (5.1 ٪ [15/294]، 65.9 ٪ [58/88]، و 52.1 ٪ [136/261])، NmX (0.7 ٪ [2/294]، 1.1 ٪ [1/88]، و 22.2 ٪ [58/261])، و Hib (0.3 ٪ [1/294]، 11.4 ٪ [10/88]، و 14.9 ٪ [39/261]). من العينات التي تم تلقيها في NRL، كانت النسب التي تم اختبارها خلال الفترات الثلاث 47.7 ٪ (418) و 53.2 ٪ (168) و 9.0 ٪ (71) بواسطة اللاتكس ؛ 81.4 ٪ (713) و 98.4 ٪ (311) و 93.9 ٪ (739) حسب المزرعة ؛ و 0.0 ٪ (0) و 0.0 ٪ (0) و 90.5 ٪ (712) بواسطة RT - PCR، على التوالي. خلال فترة ما بعد MenAfriNet (2016-2018)، تم اختبار 86.1 ٪ (678) من الحالات المؤكدة من خلال كل من الاستزراع و rt - PCR، مع 12.5 ٪ (85) و 32.4 ٪ (220) إيجابية من خلال الاستزراع و rt - PCR، على التوالي. ارتبط تنفيذ BCBS بزيادة إحالة العينة. يمكن أن تعكس زيادة الكشف عن الحالات التي لا تحتوي على NmA تغيرات في الإصابة أو زيادة حساسية اكتشاف الحالة باستخدام RT - PCR. يمكن أن تساعد المراقبة المستمرة باستخدام RT - PCR لرصد تغير علم الأوبئة في وضع استراتيجيات تطعيم فعالة.

Translated Description (French)

Le vaccin conjugué contre le méningocoque du sérogroupe A (MACV) a été introduit au Tchad en 2011-2012. La surveillance de la méningite est menée à l'échelle nationale depuis 2003, avec une surveillance basée sur les cas (CBS) dans certains districts à partir de 2012. En 2016, le consortium MenAfriNet a aidé le Tchad à mettre en œuvre la SBC dans 4 districts supplémentaires et la réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (rt-PCR) au laboratoire national de référence (LNR) pour améliorer la détection des agents pathogènes. Nous décrivons l'analyse des cas de méningite bactérienne au cours de 3 périodes : pré-MACV (2010-2012), pré-MenAfriNet (2013-2015) et post-MenAfriNet (2016-2018) .La surveillance nationale a ciblé les cas de méningite causés par Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae. Des échantillons de liquide céphalorachidien, des milieux trans-isolés inoculés et/ou des isolats de cas suspects de méningite ont été testés par culture, latex et/ou rt-PCR ; la méningite bactérienne confirmée a été définie par un résultat positif à tout test. Nous avons calculé la proportion de cas suspects avec un échantillon reçu par période et la proportion d'échantillons avec un agent pathogène bactérien de la méningite identifié, par période, agent pathogène et test. Le LNR a reçu des échantillons pour 6,8 % (876/12813), 46,4 % (316/681) et 79,1 % (787/995) des cas suspects de méningite en 2010-2012, 2013-2015 et 2016-2018, respectivement, avec un agent pathogène bactérien de la méningite détecté dans 33,6 % (294/876), 27,8 % (88/316) et 33,2 % (261/787) des échantillons testés. Le nombre de N. meningitidis sérogroupe A (NmA) parmi les cas confirmés de méningite bactérienne est passé de 254 (86,4 %) en 2010-2012 à 2 (2,3 %) en 2013-2015, avec zéro cas de NmA détecté après 2014. En revanche, des augmentations proportionnelles et absolues ont été observées entre 2010-2012, 2013-2015 et 2016-2018 dans les cas causés par S. pneumoniae (5,1% [15/294], 65,9% [58/88] et 52,1% [136/261]), NmX (0,7% [2/294], 1,1% [1/88] et 22,2% [58/261]) et Hib (0,3% [1/294], 11,4% [10/88] et 14,9% [39/261]). Parmi les échantillons reçus au LNR, les proportions testées au cours des 3 périodes étaient de 47,7 % (418), 53,2 % (168) et 9,0 % (71) par latex ; 81,4 % (713), 98,4 % (311) et 93,9 % (739) par culture ; et 0,0 % (0), 0,0 % (0) et 90,5 % (712) par rt-PCR, respectivement. Au cours de la période post-MenAfriNet (2016-2018), 86,1 % (678) des cas confirmés ont été testés à la fois par culture et par rt-PCR, avec 12,5 % (85) et 32,4 % (220) positifs par culture et rt-PCR, respectivement. La mise en œuvre du SCB a été associée à une augmentation du référencement des échantillons. Une détection accrue des cas non NmA pourrait refléter des changements dans l'incidence ou une sensibilité accrue de la détection des cas avec la rt-PCR. La surveillance continue avec l'utilisation de la rt-PCR pour surveiller l'évolution de l'épidémiologie pourrait éclairer l'élaboration de stratégies de vaccination efficaces.

Translated Description (Spanish)

La vacuna conjugada contra el meningococo del serogrupo A (MACV) se introdujo en Chad durante 2011-2012. La vigilancia de la meningitis se ha llevado a cabo en todo el país desde 2003, con vigilancia basada en casos (CBS) en distritos seleccionados desde 2012. En 2016, el consorcio MenAfriNet apoyó a Chad para implementar CBS en 4 distritos adicionales y la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (rt-PCR) en el laboratorio nacional de referencia (NRL) para mejorar la detección de patógenos. Describimos el análisis de los casos de meningitis bacteriana durante 3 períodos: pre-MACV (2010-2012), pre-MenAfriNet (2013-2015) y post-MenAfriNet (2016-2018). La vigilancia nacional se dirigió a los casos de meningitis causados por Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae y Streptococcus pneumoniae. Las muestras de líquido cefalorraquídeo, los medios de transaislamiento inoculados y/o los aislados de casos sospechosos de meningitis se analizaron mediante cultivo, látex y/o rt-PCR; la meningitis bacteriana confirmada se definió por un resultado positivo en cualquier prueba. Calculamos la proporción de casos sospechosos con una muestra recibida por período y la proporción de muestras con un patógeno de meningitis bacteriana identificado, por período, patógeno y prueba. El NRL recibió muestras para el 6,8% (876/12813), el 46,4% (316/681) y el 79,1% (787/995) de casos sospechosos de meningitis en 2010-2012, 2013-2015 y 2016-2018, respectivamente, con un patógeno de meningitis bacteriana detectado en el 33,6% (294/876), el 27,8% (88/316) y el 33,2% (261/787) de las muestras analizadas. El número de N. meningitidis serogrupo A (NmA) entre los casos confirmados de meningitis bacteriana disminuyó de 254 (86,4%) durante 2010-2012 a 2 (2,3%) durante 2013-2015, con cero casos de NmA detectados después de 2014. Por el contrario, se observaron aumentos proporcionales y absolutos entre 2010-2012, 2013-2015 y 2016-2018 en los casos causados por S. pneumoniae (5,1% [15/294], 65,9% [58/88] y 52,1% [136/261]), NmX (0,7% [2/294], 1,1% [1/88] y 22,2% [58/261]) e Hib (0,3% [1/294], 11,4% [10/88] y 14,9% [39/261]). De las muestras recibidas en el NRL, las proporciones analizadas durante los 3 períodos fueron 47.7% (418), 53.2% (168) y 9.0% (71) por látex; 81.4% (713), 98.4% (311) y 93.9% (739) por cultivo; y 0.0% (0), 0.0% (0) y 90.5% (712) por rt-PCR, respectivamente. Durante el período posterior a MenAfriNet (2016-2018), el 86.1% (678) de los casos confirmados se analizaron tanto por cultivo como por rt-PCR, con un 12.5% (85) y 32.4% (220) positivos por cultivo y rt-PCR, respectivamente. La implementación de CBS se asoció con una mayor derivación de muestras. El aumento de la detección de casos no NmA podría reflejar cambios en la incidencia o una mayor sensibilidad de la detección de casos con rt-PCR. La vigilancia continua con el uso de rt-PCR para monitorear el cambio epidemiológico podría informar el desarrollo de estrategias de vacunación efectivas.

Files

jiz366.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تنفيذ المراقبة على أساس الحالة ورد فعل سلسلة البلمرة في الوقت الحقيقي لمراقبة مسببات أمراض التهاب السحايا البكتيري في تشاد
Translated title (French)
Mise en œuvre d'une surveillance basée sur les cas et d'une réaction en chaîne de la polymérase en temps réel pour surveiller les agents pathogènes de la méningite bactérienne au Tchad
Translated title (Spanish)
Implementación de la vigilancia basada en casos y la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para monitorear los patógenos de la meningitis bacteriana en Chad

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2984563745
DOI
10.1093/infdis/jiz366

Is supplement to
https://openalex.org/W2471614716 (Other)
https://openalex.org/W2411743857 (Other)
https://openalex.org/W2351083638 (Other)
https://openalex.org/W2170851179 (Other)
https://openalex.org/W2129643164 (Other)
https://openalex.org/W2121938862 (Other)
https://openalex.org/W2101347921 (Other)
https://openalex.org/W2096228389 (Other)
https://openalex.org/W2026514246 (Other)
https://openalex.org/W1997440245 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Chad

References

  • https://openalex.org/W1702452676
  • https://openalex.org/W1932294717
  • https://openalex.org/W1991290798
  • https://openalex.org/W2108054631
  • https://openalex.org/W2111911446
  • https://openalex.org/W2154706083
  • https://openalex.org/W2190393136
  • https://openalex.org/W2271232531
  • https://openalex.org/W2357368212
  • https://openalex.org/W2470386557
  • https://openalex.org/W2592051728
  • https://openalex.org/W2617317579
  • https://openalex.org/W2762354746
  • https://openalex.org/W2766586532
  • https://openalex.org/W2984471933
  • https://openalex.org/W2985866490
  • https://openalex.org/W2989011435
  • https://openalex.org/W4210805384
  • https://openalex.org/W4250532645
  • https://openalex.org/W4299632514