Published August 16, 2021
| Version v1
Publication
CONTENT -- Multi-context genetic modeling TWAS summary statistics
Creators
- 1. UCLA Health
- 2. Universidad Católica de Santa Fe
Description
We provide the summary statistics of running CONTENT, the context-by-context approach, and UTMOST on over 22 phenotypes. The phenotypes are listed in the manuscript, and their respective studies and sample size can be found in a table under the supplementary section of the manuscript. All 3 methods were trained on GTEx v7 as well as CLUES, a single-cell RNA sequencing dataset of PBMCs. The data include the gene name, model, cross-validated R^2, prediction pvalue, TWAS p value, TWAS Z score, and a column titled "hFDR" indicating whether the association was statistically significant while employing hierarchical FDR. The benefits of employing such an approach for all methods can be found in the manuscript.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
نحن نقدم إحصاءات موجزة للمحتوى الجاري، ونهج السياق حسب السياق، وأقصى ما يمكن على أكثر من 22 نمطًا ظاهريًا. يتم سرد الأنماط الظاهرية في المخطوطة، ويمكن العثور على دراساتها وحجم العينة في جدول تحت القسم التكميلي من المخطوطة. تم تدريب جميع الطرق الثلاث على GTEx v7 بالإضافة إلى CLUES، وهي مجموعة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادية الخلية من PBMCs. تتضمن البيانات اسم الجين، والنموذج، و R^2 الذي تم التحقق منه بشكل متقاطع، وقيمة التنبؤ، وقيمة TWAS p، ودرجة TWAS Z، وعمودًا بعنوان "hFDR" يشير إلى ما إذا كان الارتباط ذا دلالة إحصائية أثناء استخدام FDR الهرمي. يمكن العثور على فوائد استخدام مثل هذا النهج لجميع الأساليب في المخطوطة.Translated Description (French)
Nous fournissons les statistiques sommaires du CONTENU en cours d'exécution, l'approche contexte par contexte et le MAXIMUM sur plus de 22 phénotypes. Les phénotypes sont énumérés dans le manuscrit, et leurs études respectives et la taille de l'échantillon peuvent être trouvées dans un tableau sous la section supplémentaire du manuscrit. Les 3 méthodes ont été formées sur GTEx v7 ainsi que sur CLUES, un ensemble de données de séquençage d'ARN unicellulaire de PBMC. Les données comprennent le nom du gène, le modèle, le R^2 validé de manière croisée, la valeur p de prédiction, la valeur TWAS p, le score TWAS Z et une colonne intitulée « hFDR » indiquant si l'association était statistiquement significative tout en utilisant le FDR hiérarchique. Les avantages d'utiliser une telle approche pour toutes les méthodes se trouvent dans le manuscrit.Translated Description (Spanish)
Proporcionamos las estadísticas resumidas del CONTENIDO en ejecución, el enfoque contexto por contexto y el MÁXIMO en más de 22 fenotipos. Los fenotipos se enumeran en el manuscrito, y sus respectivos estudios y tamaño de la muestra se pueden encontrar en una tabla en la sección complementaria del manuscrito. Los 3 métodos se entrenaron en GTEx v7, así como en CLUES, un conjunto de datos de secuenciación de ARN unicelular de PBMC. Los datos incluyen el nombre del gen, el modelo, el R^2 validado de forma cruzada, el valor p de predicción, el valor p de TWAS, la puntuación Z de TWAS y una columna titulada "hFDR" que indica si la asociación fue estadísticamente significativa al emplear FDR jerárquico. Los beneficios de emplear tal enfoque para todos los métodos se pueden encontrar en el manuscrito.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- المحتوى - إحصائيات ملخص TWAS للنمذجة الجينية متعددة السياقات
- Translated title (French)
- CONTENU -- Modélisation génétique multi-contexte Statistiques récapitulatives TWAS
- Translated title (Spanish)
- CONTENIDO -- Modelado genético multicontexto Estadísticas resumidas de TWAS
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4393720937
- DOI
- 10.5281/zenodo.5209239