Published January 1, 2023 | Version v1
Publication Metadata-only

Genetic risk and gastric cancer: polygenic risk scores in population-based case-control study

Creators

  • 1. Zhongda Hospital Southeast University
  • 2. Fifth Hospital In Wuhan
  • 3. Sichuan University
  • 4. Xinjiang Medical University
  • 5. Tongji University
  • 6. Wuhan University
  • 7. Guangdong Province Women and Children Hospital
  • 8. Yunnan Academy of Forestry
  • 9. Hubei University of Science and Technology
  • 10. University of Science and Technology of China
  • 11. Tianjin University of Science and Technology
  • 12. Peking University
  • 13. Sun Yat-sen University
  • 14. Xiamen University
  • 15. Capital University
  • 16. Capital Medical University
  • 17. Beijing Tian Tan Hospital
  • 18. Nanjing Medical University
  • 19. Zhejiang University
  • 20. Northwest A&F University
  • 21. Chinese Center For Disease Control and Prevention
  • 22. Air Force Medical University
  • 23. Hunan Agricultural University
  • 24. Nanchang University
  • 25. Nanjing Agricultural University
  • 26. Southern Medical University
  • 27. Ruijin Hospital
  • 28. Zhongnan Hospital of Wuhan University
  • 29. First Affiliated Hospital of Chengdu Medical College
  • 30. Second Affiliated Hospital & Yuying Children's Hospital of Wenzhou Medical University
  • 31. Wenzhou Medical University
  • 32. Guizhou University
  • 33. Hubei University of Medicine
  • 34. First Affiliated Hospital of Wannan Medical College
  • 35. Karolinska Institutet
  • 36. University of Bristol
  • 37. Ghent University Hospital
  • 38. Guizhou Provincial People's Hospital
  • 39. Jiangsu Province Hospital
  • 40. Shanghai Veterinary Research Institute
  • 41. Chinese Academy of Medical Sciences Dermatology Hospital
  • 42. First Affiliated Hospital of Xi'an Jiaotong University
  • 43. The First People's Hospital of Xiaoshan District, Hangzhou

Description

This study aimed to screen and identify common variants and long noncoding RNA (lncRNA) single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with gastric cancer risk, and construct prediction models based on polygenic risk score (PRS). The risk factors associated with gastric cancer were screened following meta-analysis and bioinformatics, verified by population-based case-control study. We constructed PRS and weighted genetic risk scores (wGRS) derived from the validation data set. Net reclassification improvement (NRI), integrated discrimination improvement (IDI), Akaike information criterion (AIC) and Bayesian information criterion (BIC) were used to evaluate model. The PRS was divided into 10 quantiles, with the 40–60% quantile as a reference. A risk gradient was revealed across quantile of the PRS, the risk of gastric cancer in the highest 10 quantile of PRS was 3.24-fold higher than that in control population (OR = 3.24, 95%CI: 2.07, 5.06). For NRI and IDI, PRS combinations were significantly improved compared to wGRS model combinations (P < 0.001). The model of PRS combined with lncRNA SNPs, smoking, drinking and Helicobacter pylori infection was the best-fitting model (AIC = 117.23, BIC = 122.31). The model based on PRS combined with lncRNA SNPs, H. pylori infection, smoking, and drinking had the optimal predictive ability for gastric cancer risk, which was helpful to distinguish high-risk groups.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تهدف هذه الدراسة إلى فحص وتحديد المتغيرات الشائعة وتعدد أشكال النوكليوتيدات أحادية النواة الطويلة غير المشفرة (lncRNA) المرتبطة بخطر الإصابة بسرطان المعدة، وبناء نماذج التنبؤ بناءً على درجة المخاطر متعددة الجينات (PRS). تم فحص عوامل الخطر المرتبطة بسرطان المعدة بعد التحليل التلوي والمعلوماتية الحيوية، والتي تم التحقق منها من خلال دراسة الحالة القائمة على السكان. أنشأنا درجة المخاطر متعددة الجينات ودرجات المخاطر الجينية المرجحة (wGRS) المستمدة من مجموعة بيانات التحقق من الصحة. تم استخدام تحسين إعادة التصنيف الصافي (NRI)، وتحسين التمييز المتكامل (IDI)، ومعيار معلومات أكايكي (AIC) ومعيار معلومات بايزي (BIC) لتقييم النموذج. تم تقسيم استراتيجية الحد من الفقر إلى 10 كوانتيلات، مع كوانتيل 40-60 ٪ كمرجع. تم الكشف عن تدرج خطر عبر كمية من درجة المخاطر متعددة الجينات، وكان خطر الإصابة بسرطان المعدة في أعلى 10 كمية من درجة المخاطر متعددة الجينات أعلى 3.24مرة من تلك الموجودة في المجموعة الضابطة (OR = 3.24، 95 ٪CI: 2.07، 5.06). بالنسبة لـ NRI و IDI، تم تحسين مجموعات PRS بشكل كبير مقارنة بمجموعات نموذج WGRS (P < 0.001). كان نموذج PRS جنبًا إلى جنب مع lncRNA SNPs والتدخين والشرب وعدوى الملوية البوابية هو النموذج الأنسب (AIC = 117.23، BIC = 122.31). كان للنموذج القائم على PRS جنبًا إلى جنب مع lncRNA SNPs، وعدوى الملوية البوابية، والتدخين، والشرب القدرة التنبؤية المثلى لمخاطر سرطان المعدة، والتي كانت مفيدة للتمييز بين المجموعات عالية الخطورة.

Translated Description (French)

Cette étude visait à dépister et à identifier les variants communs et les longs polymorphismes mononucléotidiques (SNP) d'ARN non codant (lncRNA) associés au risque de cancer gastrique, et à construire des modèles de prédiction basés sur le score de risque polygénique (PRS). Les facteurs de risque associés au cancer gastrique ont été dépistés à la suite d'une méta-analyse et d'une bioinformatique, vérifiées par une étude cas-témoins basée sur la population. Nous avons construit le PRS et les scores de risque génétique pondérés (wGRS) dérivés de l'ensemble de données de validation. L'amélioration de la reclassification nette (NRI), l'amélioration de la discrimination intégrée (IDI), le critère d'information d'Akaike (AIC) et le critère d'information bayésien (BIC) ont été utilisés pour évaluer le modèle. Le PRS a été divisé en 10 quantiles, avec le quantile de 40–60% comme référence. Un gradient de risque a été révélé à travers le quantile de la PRS, le risque de cancer gastrique dans le quantile 10 le plus élevé de la PRS était 3,24fois plus élevé que celui de la population témoin (OR = 3,24, IC à 95 % : 2,07, 5,06). Pour le NRI et l'IDI, les combinaisons PRS ont été significativement améliorées par rapport aux combinaisons de modèles wGRS (P < 0,001). Le modèle de la SRP combiné aux SNP à ARN lnc, au tabagisme, à la consommation d'alcool et à l'infection à Helicobacter pylori était le modèle le mieux adapté (AIC = 117,23, BIC = 122,31). Le modèle basé sur la PRS combinée aux SNP à ARN lnc, à l'infection à H. pylori, au tabagisme et à la consommation d'alcool avait la capacité prédictive optimale pour le risque de cancer gastrique, ce qui était utile pour distinguer les groupes à haut risque.

Translated Description (Spanish)

Este estudio tuvo como objetivo detectar e identificar variantes comunes y polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de ARN largo no codificante (lncRNA) asociados con el riesgo de cáncer gástrico, y construir modelos de predicción basados en la puntuación de riesgo poligénico (PRS). Los factores de riesgo asociados con el cáncer gástrico se examinaron después del metanálisis y la bioinformática, verificados por un estudio de casos y controles basado en la población. Construimos PRS y puntuaciones de riesgo genético ponderado (wGRS) derivadas del conjunto de datos de validación. Para evaluar el modelo se utilizaron la mejora de la reclasificación neta (NRI), la mejora de la discriminación integrada (IDI), el criterio de información de Akaike (AIC) y el criterio de información bayesiana (BIC). El PRS se dividió en 10 cuantiles, con el cuantil 40–60% como referencia. Se reveló un gradiente de riesgo en el cuantil de la PRS, el riesgo de cáncer gástrico en el cuantil 10 más alto de la PRS fue 3.24veces mayor que en la población de control (OR = 3.24, IC del 95%: 2.07, 5.06). Para NRI e IDI, las combinaciones de PRS mejoraron significativamente en comparación con las combinaciones de modelos wGRS (P < 0.001). El modelo de PRS combinado con SNP de ARNlnc, tabaquismo, consumo de alcohol e infección por Helicobacter pylori fue el modelo más adecuado (AIC = 117,23, BIC = 122,31). El modelo basado en PRS combinado con SNP de lncRNA, infección por H. pylori, tabaquismo y consumo de alcohol tuvo la capacidad predictiva óptima para el riesgo de cáncer gástrico, lo que fue útil para distinguir los grupos de alto riesgo.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المخاطر الوراثية وسرطان المعدة: درجات المخاطر متعددة الجينات في دراسة الحالة القائمة على السكان
Translated title (French)
Risque génétique et cancer gastrique : scores de risque polygénique dans une étude cas-témoins basée sur la population
Translated title (Spanish)
Riesgo genético y cáncer gástrico: puntuaciones de riesgo poligénico en un estudio de casos y controles basado en la población

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4394199610
DOI
10.6084/m9.figshare.22698380

Is supplement to
https://openalex.org/W4391484048 (Other)
https://openalex.org/W4391483779 (Other)
https://openalex.org/W4391375266 (Other)
https://openalex.org/W4296849779 (Other)
https://openalex.org/W3214513703 (Other)
https://openalex.org/W3080892935 (Other)
https://openalex.org/W2966784606 (Other)
https://openalex.org/W2925191670 (Other)
https://openalex.org/W2580377516 (Other)
https://openalex.org/W2289483373 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China