Published March 23, 2018
| Version v1
Publication
Open
Lack of evidence supporting a role of TMC4-rs641738 missense variant—MBOAT7- intergenic downstream variant—in the Susceptibility to Nonalcoholic Fatty Liver Disease
Creators
- 1. University of Buenos Aires
- 2. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
- 3. Hospital El Cruce
Description
Abstract Current knowledge on the genetic basis of nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) suggests that variants contributing not only to the disease predisposition but histological severity as well are located in genes that regulate lipid metabolism. We explored the role of rs641738 C/T located in TMC4 (transmembrane channel-like 4) exon 1 (p.Gly17Glu) and 500 bases- downstream of MBOAT7 gene ( TMC4 / MBOAT7) , in the genetic risk for developing NAFLD in a case-control study. Our sample included 634 individuals (372 patients with NAFLD diagnosed by liver biopsy and 262 control subjects); genotyping was performed by a Taqman assay. Genotype frequencies in controls (CC: 84, CT: 137, TT: 41) and patients (CC: 134, CT: 178, TT: 60) were in Hardy-Weinberg equilibrium; minor allele frequency 40.8%. Our sample had 84–99% power if an additive genetic model is assumed for estimated odds ratios of 1.3–1.5, respectively. We found no evidence of association between rs641738 and either NAFLD (Cochran-Armitage test for trend, p = 0.529) or the disease severity ( p = 0.61). Low levels of MBOAT7 protein expression were found in the liver of patients with NAFLD, which were unrelated to the rs641738 genotypes. In conclusion, the role of rs641738 in the pathogenesis of NAFLD is inconclusive.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
ملخص تشير المعرفة الحالية على الأساس الجيني لمرض الكبد الدهني غير الكحولي (NAFLD) إلى أن المتغيرات التي تساهم ليس فقط في الاستعداد للمرض ولكن الشدة النسيجية أيضًا توجد في الجينات التي تنظم عملية التمثيل الغذائي للدهون. استكشفنا دور rs641738 C/T الموجود في TMC4 (مثل القناة عبر الغشاء 4) exon 1 (p.Gly17Glu) و 500 قاعدة - أسفل مجرى جين MBOAT7 (TMC4/MBOAT7) ، في الخطر الجيني لتطوير NAFLD في دراسة مراقبة الحالة. شملت عينتنا 634 فردًا (372 مريضًا يعانون من NAFLD تم تشخيصهم عن طريق خزعة الكبد و 262 شخصًا خاضعًا للمراقبة) ؛ تم إجراء التنميط الجيني بواسطة اختبار تقمان. كانت ترددات النمط الجيني في عناصر التحكم (CC: 84، CT: 137، TT: 41) والمرضى (CC: 134، CT: 178، TT: 60) في توازن هاردي واينبرغ ؛ تردد الأليل الطفيف 40.8 ٪. كانت عيّنتنا تتمتع بقوة 84-99 ٪ إذا تم افتراض نموذج وراثي مضاف لنسب الاحتمالات المقدرة من 1.3–1.5، على التوالي. لم نجد أي دليل على وجود ارتباط بين rs641738 وإما NAFLD (اختبار كوكران- أرميتاج للاتجاه، p = 0.529) أو شدة المرض ( p = 0.61). تم العثور على مستويات منخفضة من تعبير البروتين MBOAT7 في كبد المرضى الذين يعانون من NAFLD، والتي لا علاقة لها بالأنماط الجينية rs641738. في الختام، دور rs641738 في التسبب في NAFLD غير حاسم.Translated Description (French)
Résumé Les connaissances actuelles sur la base génétique de la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) suggèrent que les variants contribuant non seulement à la prédisposition à la maladie, mais également à la gravité histologique, sont situés dans des gènes qui régulent le métabolisme des lipides. Nous avons exploré le rôle de rs641738 C/T situé dans TMC4 (transmembrane channel-like 4) exon 1 (p.Gly17Glu) et 500 bases- en aval du gène MBOAT7 ( TMC4 / MBOAT7) , dans le risque génétique de développer une NAFLD dans une étude cas-témoins. Notre échantillon comprenait 634 personnes (372 patients atteints de NAFLD diagnostiqués par biopsie hépatique et 262 sujets témoins) ; le génotypage a été effectué par un test Taqman. Les fréquences génotypiques chez les témoins (CC : 84, CT : 137, TT : 41) et les patients (CC : 134, CT : 178, TT : 60) étaient en équilibre de Hardy-Weinberg ; fréquence allèle mineure 40,8 %. Notre échantillon avait une puissance de 84 à 99 % si un modèle génétique additif est supposé pour des rapports de cotes estimés de 1,3 à 1,5, respectivement. Nous n'avons trouvé aucune preuve d'association entre rs641738 et la NAFLD (test Cochran-Armitage pour la tendance, p = 0,529) ou la gravité de la maladie ( p = 0,61). De faibles niveaux d'expression de la protéine MBOAT7 ont été trouvés dans le foie des patients atteints de NAFLD, qui n'étaient pas liés aux génotypes rs641738. En conclusion, le rôle de rs641738 dans la pathogenèse de la NAFLD n'est pas concluant.Translated Description (Spanish)
Resumen El conocimiento actual sobre la base genética de la enfermedad del hígado graso no alcohólico (EHGNA) sugiere que las variantes que contribuyen no solo a la predisposición a la enfermedad, sino también a la gravedad histológica, se encuentran en los genes que regulan el metabolismo de los lípidos. Exploramos el papel de rs641738 C/T ubicado en TMC4 (canal transmembrana similar a 4) exón 1 (p.Gly17Glu) y 500 bases aguas abajo del gen MBOAT7 (TMC4 / MBOAT7) , en el riesgo genético de desarrollar NAFLD en un estudio de casos y controles. Nuestra muestra incluyó 634 individuos (372 pacientes con NAFLD diagnosticados por biopsia hepática y 262 sujetos de control); el genotipado se realizó mediante un ensayo Taqman. Las frecuencias de genotipo en controles (CC: 84, CT: 137, TT: 41) y pacientes (CC: 134, CT: 178, TT: 60) estaban en equilibrio de Hardy-Weinberg; frecuencia de alelo menor 40.8%. Nuestra muestra tenía un poder del 84–99% si se asume un modelo genético aditivo para odds ratios estimados de 1.3–1.5, respectivamente. No encontramos evidencia de asociación entre rs641738 y NAFLD (prueba de Cochran-Armitage para la tendencia, p = 0.529) o la gravedad de la enfermedad ( p = 0.61). Se encontraron bajos niveles de expresión de la proteína MBOAT7 en el hígado de pacientes con NAFLD, que no estaban relacionados con los genotipos rs641738. En conclusión, el papel de rs641738 en la patogénesis de NAFLD no es concluyente.Files
s41598-018-23453-9.pdf.pdf
Files
(2.2 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e28b437415c252d065d9d47e8c9c375c
|
2.2 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- عدم وجود أدلة تدعم دور TMC4 - rs641738 المتغير الخاطئ - MBOAT7 - المتغير المصب بين الجينات - في القابلية للإصابة بمرض الكبد الدهني غير الكحولي
- Translated title (French)
- Manque de preuves à l'appui d'un rôle du variant faux-sens TMC4-rs641738-MBOAT7- variant intergénique en aval-dans la sensibilité à la maladie du foie gras non alcoolique
- Translated title (Spanish)
- Falta de evidencia que respalde el papel de la variante de sentido erróneo TMC4-rs641738-MBOAT7, variante intergénica aguas abajo, en la Susceptibilidad a la Enfermedad del Hígado Graso No Alcohólico
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2805781284
- DOI
- 10.1038/s41598-018-23453-9
References
- https://openalex.org/W1533942137
- https://openalex.org/W1848828990
- https://openalex.org/W1966549856
- https://openalex.org/W2011455194
- https://openalex.org/W2013654496
- https://openalex.org/W2017511982
- https://openalex.org/W2030379010
- https://openalex.org/W2038831349
- https://openalex.org/W2054311777
- https://openalex.org/W2067740038
- https://openalex.org/W2071991978
- https://openalex.org/W2099540722
- https://openalex.org/W2116674797
- https://openalex.org/W2117081136
- https://openalex.org/W2138788803
- https://openalex.org/W2140126911
- https://openalex.org/W2164061579
- https://openalex.org/W2262495123
- https://openalex.org/W2462695711
- https://openalex.org/W2472052306
- https://openalex.org/W2488598394
- https://openalex.org/W2519761119
- https://openalex.org/W2567603921
- https://openalex.org/W2572084995
- https://openalex.org/W2607779679
- https://openalex.org/W2622454291
- https://openalex.org/W2679248272
- https://openalex.org/W2769586378
- https://openalex.org/W2781897398
- https://openalex.org/W2785687799
- https://openalex.org/W90736706