Published September 1, 2017 | Version v1
Publication Metadata-only

Sequence analysis and typing of Saprolegnia strains isolated from freshwater fish from Southern Chinese regions

Creators

  • 1. Shanghai Ocean University
  • 2. Chinese Academy of Fishery Sciences
  • 3. Jimei University

Description

Saprolegniasis, caused by Saprolegnia infection, is one of the most common diseases in freshwater fish. Our study aimed to determine the epidemiological characteristics of saprolegniasis in Chinese regions of high incidence. Saprolegnia were isolated and identified by morphological and molecular methods targeting the internal transcribed spacer (ITS) ribosomal DNA (rDNA) and building neighbor-joining (NJ) and maximum parsimony (MP) phylogenetic trees. The ITS sequences of eight isolated strains were compared with GenBank sequences and all strains fell into three clades: CLADE1 (02, LP, 04 and 14), CLADE2 (S1), and CLADE3 (CP, S2, L5 and the reference ATCC200013). Isolates 02 and LP shared 80% sequence similarity with S. diclina, S. longicaulis, S. ferax, S. mixta, and S. anomalies. Further, isolates 04 and 14 shared 80% similarity with S. bulbosa and S. oliviae. Finally, extremely high ITS sequence similarities were identified between isolates S1 and S. australis (100%); CP and S. hypogyna (96%); and S2, L5, ATCC200013 and S. salmonis (98%). This research provides insights into the identification, prevention and control of saprolegniasis pathogens and the potential development of effective drugs.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعد داء الرمل، الناجم عن عدوى الرمل، أحد أكثر الأمراض شيوعًا في أسماك المياه العذبة. هدفت دراستنا إلى تحديد الخصائص الوبائية لداء النسغ في المناطق الصينية ذات الانتشار المرتفع. تم عزل Saprolegnia وتحديدها من خلال الطرق المورفولوجية والجزيئية التي تستهدف الحمض النووي الريبوسومي الفاصل الداخلي (RDNA) وبناء الجوار (NJ) والحد الأقصى من أشجار النشوء والتطور (MP). تمت مقارنة تسلسلات ITS من ثماني سلالات معزولة مع تسلسلات بنك الجينات وسقطت جميع السلالات في ثلاثة فروع: CLADE1 (02، LP، 04 و 14)، CLADE2 (S1)، و CLADE3 (CP، S2، L5 والمرجع ATCC200013). يشترك كل من Isolates 02 و LP في تشابه تسلسلي بنسبة 80 ٪ مع S. diclina و S. longicaulis و S. ferax و S. mixta و S. unomalies. علاوة على ذلك، تشترك العازلتان 04 و 14 في تشابه بنسبة 80 ٪ مع S. bulbosa و S. oliviae. أخيرًا، تم تحديد أوجه تشابه تسلسل عالية للغاية بين العزلات S1 و S. australis (100 ٪) ؛ CP و S. hypogyna (96 ٪) ؛ و S2 و L5 و ATCC200013 و S. salmonis (98 ٪). يقدم هذا البحث رؤى حول تحديد مسببات أمراض الرملية والوقاية منها ومكافحتها والتطوير المحتمل للأدوية الفعالة.

Translated Description (French)

La saprolegnose, causée par l'infection à Saprolegnia, est l'une des maladies les plus courantes chez les poissons d'eau douce. Notre étude visait à déterminer les caractéristiques épidémiologiques de la saprolegnose dans les régions chinoises à forte incidence. Les saprolegnies ont été isolées et identifiées par des méthodes morphologiques et moléculaires ciblant l'espaceur interne transcrit (ITS), l'ADN ribosomique (ADNr) et les arbres phylogénétiques à jonction de voisinage (NJ) et à parcimonie maximale (MP). Les séquences ITS de huit souches isolées ont été comparées aux séquences GenBank et toutes les souches se sont réparties en trois clades : CLADE1 (02, LP, 04 et 14), CLADE2 (S1) et CLADE3 (CP, S2, L5 et la référence ATCC200013). Les isolats 02 et LP partageaient 80% de similarité de séquence avec S. diclina, S. longicaulis, S. ferax, S. mixta et S. anomalies. De plus, les isolats 04 et 14 partageaient 80 % de similitude avec S. bulbosa et S. oliviae. Enfin, des similitudes de séquence ITS extrêmement élevées ont été identifiées entre les isolats S1 et S. australis (100%) ; CP et S. hypogyna (96%) ; et S2, L5, ATCC200013 et S. salmonis (98%). Cette recherche fournit des informations sur l'identification, la prévention et le contrôle des agents pathogènes de la saprolegnose et sur le développement potentiel de médicaments efficaces.

Translated Description (Spanish)

La saprolegniasis, causada por la infección por Saprolegnia, es una de las enfermedades más comunes en los peces de agua dulce. Nuestro estudio tuvo como objetivo determinar las características epidemiológicas de la saprolegniasis en regiones chinas de alta incidencia. Las saprolegnias se aislaron e identificaron mediante métodos morfológicos y moleculares dirigidos al ADN ribosómico del espaciador transcrito interno (ITS) (ADNr) y la construcción de árboles filogenéticos de unión de vecinos (NJ) y parsimonia máxima (MP). Las secuencias ITS de ocho cepas aisladas se compararon con las secuencias de GenBank y todas las cepas se dividieron en tres clados: CLADE1 (02, LP, 04 y 14), CLADE2 (S1) y CLADE3 (CP, S2, L5 y la referencia ATCC200013). Los aislados 02 y LP compartieron un 80% de similitud de secuencia con S. diclina, S. longicaulis, S. ferax, S. mixta y S. anomalías. Además, los aislados 04 y 14 compartieron un 80% de similitud con S. bulbosa y S. oliviae. Finalmente, se identificaron similitudes de secuencia ITS extremadamente altas entre los aislados S1 y S. australis (100%); CP y S. hypogyna (96%); y S2, L5, ATCC200013 y S. salmonis (98%). Esta investigación proporciona información sobre la identificación, prevención y control de los patógenos de la saprolegniasis y el desarrollo potencial de fármacos eficaces.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل التسلسل وطباعة سلالات Saprolegnia المعزولة عن أسماك المياه العذبة من مناطق جنوب الصين
Translated title (French)
Analyse de séquence et typage de souches de Saprolegnia isolées à partir de poissons d'eau douce des régions du sud de la Chine
Translated title (Spanish)
Análisis de secuencia y tipificación de cepas de Saprolegnia aisladas de peces de agua dulce de regiones del sur de China

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2763846919
DOI
10.1016/j.aaf.2017.09.002

Is supplement to
https://openalex.org/W935200234 (Other)
https://openalex.org/W4289236780 (Other)
https://openalex.org/W3151102804 (Other)
https://openalex.org/W2639406310 (Other)
https://openalex.org/W2394236990 (Other)
https://openalex.org/W2383830938 (Other)
https://openalex.org/W2381971355 (Other)
https://openalex.org/W2316760078 (Other)
https://openalex.org/W2014940338 (Other)
https://openalex.org/W1988584192 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1930866390
  • https://openalex.org/W1969005460
  • https://openalex.org/W1970875138
  • https://openalex.org/W1980012046
  • https://openalex.org/W1982090121
  • https://openalex.org/W1983805164
  • https://openalex.org/W1984468216
  • https://openalex.org/W1991111934
  • https://openalex.org/W1997023990
  • https://openalex.org/W1997539117
  • https://openalex.org/W1998161466
  • https://openalex.org/W2004608642
  • https://openalex.org/W2007723285
  • https://openalex.org/W2015595750
  • https://openalex.org/W2018377678
  • https://openalex.org/W2033690576
  • https://openalex.org/W2080937907
  • https://openalex.org/W2089825993
  • https://openalex.org/W2089979499
  • https://openalex.org/W2143337246
  • https://openalex.org/W2146396346
  • https://openalex.org/W2150104024
  • https://openalex.org/W2150140283
  • https://openalex.org/W2153376489
  • https://openalex.org/W2249280402