Published June 1, 2024 | Version v1
Publication Open

Genetic Detection and Analysis of Porcine Norovirus in Pigs Farmed in North Vietnam

Creators

  • 1. Vietnam National University of Agriculture
  • 2. Kasetsart University

Description

Norovirus (NoV) causing gastroenteritis symptoms, which has been reported in several hosts, including humans, pigs, and rats. This study was conducted to identify porcine viral infection and to characterize NoV strains from pigs in some provinces in north Vietnam. Totally, 102 fecal samples from diarrheal pigs on farms in six cities and provinces in northern Vietnam during July 2022 to March 2023 were collected. Polymerase chain reaction was used to identify the viral genome. Positive samples were used for nucleotide sequencing of the partial RNA-dependent RNA polymerase gene sequence. Five (4.9%) positive stool samples were detected from animals farmed in five different farms, with one positive animal identified in each farm. Genetic analysis indicated that nucleotide identity was in the range 97.77–99.62% among the 5 NoVs in this study. Phylogenetic analysis pointed out that the five NoVs were Genotype II.19 viruses. Genetically, these strains were closely related to porcine NoV strains that were reported in China in 2009.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يسبب فيروس نوروفيروس (NOV) أعراض التهاب المعدة والأمعاء، والتي تم الإبلاغ عنها في العديد من المضيفين، بما في ذلك البشر والخنازير والجرذان. تم إجراء هذه الدراسة لتحديد العدوى الفيروسية للخنازير وتمييز سلالات NOV من الخنازير في بعض المقاطعات في شمال فيتنام. تم جمع 102 عينة براز من خنازير الإسهال في المزارع في ست مدن ومقاطعات في شمال فيتنام خلال الفترة من يوليو 2022 إلى مارس 2023. تم استخدام تفاعل سلسلة البلمرة لتحديد الجينوم الفيروسي. تم استخدام عينات إيجابية لتسلسل النيوكليوتيدات لتسلسل جين بوليميراز الحمض النووي الريبوزي الجزئي المعتمد على الحمض النووي الريبوزي. تم الكشف عن خمس عينات براز إيجابية (4.9 ٪) من الحيوانات التي تم تربيتها في خمس مزارع مختلفة، مع تحديد حيوان إيجابي واحد في كل مزرعة. أشار التحليل الجيني إلى أن هوية النيوكليوتيدات كانت في النطاق 97.77-99.62 ٪ بين 5 NOVs في هذه الدراسة. أشار التحليل الوراثي إلى أن فيروسات المستجدات الخمسة كانت فيروسات النمط الجيني II.19. من الناحية الوراثية، كانت هذه السلالات مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بسلالات الخنازير التي تم الإبلاغ عنها في الصين في عام 2009.

Translated Description (French)

Norovirus (NoV) causant des symptômes de gastro-entérite, qui ont été rapportés chez plusieurs hôtes, y compris les humains, les porcs et les rats. Cette étude a été menée pour identifier l'infection virale porcine et pour caractériser les souches de NoV provenant de porcs dans certaines provinces du nord du Vietnam. Au total, 102 échantillons fécaux de porcs diarrhéiques dans des fermes de six villes et provinces du nord du Vietnam entre juillet 2022 et mars 2023 ont été collectés. La réaction en chaîne de la polymérase a été utilisée pour identifier le génome viral. Des échantillons positifs ont été utilisés pour le séquençage nucléotidique de la séquence partielle du gène de l'ARN polymérase ARN-dépendante. Cinq (4,9 %) échantillons de selles positifs ont été détectés chez des animaux élevés dans cinq fermes différentes, avec un animal positif identifié dans chaque ferme. L'analyse génétique a indiqué que l'identité nucléotidique était comprise entre 97,77 et 99,62 % parmi les 5 NoV de cette étude. L'analyse phylogénétique a montré que les cinq NoV étaient des virus de génotype II.19. Sur le plan génétique, ces souches étaient étroitement liées aux souches porcines de NoV qui ont été signalées en Chine en 2009.

Translated Description (Spanish)

Norovirus (NoV) que causa síntomas de gastroenteritis, que se ha informado en varios huéspedes, incluidos humanos, cerdos y ratas. Este estudio se realizó para identificar la infección viral porcina y para caracterizar las cepas NoV de cerdos en algunas provincias del norte de Vietnam. En total, se recolectaron 102 muestras fecales de cerdos diarreicos en granjas en seis ciudades y provincias del norte de Vietnam durante julio de 2022 a marzo de 2023. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa para identificar el genoma viral. Se utilizaron muestras positivas para la secuenciación de nucleótidos de la secuencia del gen de la ARN polimerasa dependiente de ARN parcial. Se detectaron cinco (4.9%) muestras de heces positivas de animales criados en cinco granjas diferentes, con un animal positivo identificado en cada granja. El análisis genético indicó que la identidad de nucleótidos estaba en el rango de 97.77-99.62% entre los 5 NoV en este estudio. El análisis filogenético señaló que los cinco NoV eran virus del genotipo II.19. Genéticamente, estas cepas estaban estrechamente relacionadas con las cepas de NoV porcino que se informaron en China en 2009.

Files

pdf.pdf

Files (16.0 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:323b5f643eed4839e2107404e9d0f940
16.0 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الكشف الوراثي وتحليل فيروس نوروفيروس الخنازير في الخنازير المستزرعة في فيتنام الشمالية
Translated title (French)
Détection et analyse génétiques du norovirus porcin chez les porcs élevés dans le nord du Vietnam
Translated title (Spanish)
Detección y análisis genético del norovirus porcino en cerdos criados en Vietnam del Norte

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4399107885
DOI
10.1016/j.heliyon.2024.e31946

Is supplement to
https://openalex.org/W4233352775 (Other)
https://openalex.org/W4221098081 (Other)
https://openalex.org/W4211086989 (Other)
https://openalex.org/W3082289690 (Other)
https://openalex.org/W2331569540 (Other)
https://openalex.org/W2184364559 (Other)
https://openalex.org/W2143455008 (Other)
https://openalex.org/W2115332438 (Other)
https://openalex.org/W2033031000 (Other)
https://openalex.org/W1489966340 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W1483247593
  • https://openalex.org/W1527844245
  • https://openalex.org/W1899218980
  • https://openalex.org/W1905605105
  • https://openalex.org/W1988095525
  • https://openalex.org/W1989588291
  • https://openalex.org/W1998237767
  • https://openalex.org/W2010853854
  • https://openalex.org/W2020042607
  • https://openalex.org/W2035042417
  • https://openalex.org/W2035190038
  • https://openalex.org/W2046308841
  • https://openalex.org/W2046559127
  • https://openalex.org/W2051230923
  • https://openalex.org/W2051879962
  • https://openalex.org/W2055378930
  • https://openalex.org/W2055741127
  • https://openalex.org/W2059225720
  • https://openalex.org/W2061642665
  • https://openalex.org/W2066128679
  • https://openalex.org/W2071854200
  • https://openalex.org/W2072069067
  • https://openalex.org/W2077560769
  • https://openalex.org/W2088371820
  • https://openalex.org/W2092297793
  • https://openalex.org/W2092384529
  • https://openalex.org/W2095655760
  • https://openalex.org/W2098473443
  • https://openalex.org/W2106882534
  • https://openalex.org/W2111517065
  • https://openalex.org/W2114943238
  • https://openalex.org/W2120320225
  • https://openalex.org/W2127901039
  • https://openalex.org/W2130423445
  • https://openalex.org/W2152146729
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2396052848
  • https://openalex.org/W2945116118
  • https://openalex.org/W2947123853
  • https://openalex.org/W2975573382
  • https://openalex.org/W3018582737
  • https://openalex.org/W3019959466