Published January 1, 2006
| Version v1
Publication
Open
CTL epitope distribution patterns in the Gag and Nef proteins of HIV-1 from subtype A infected subjects in Kenya: use of multiple peptide sets increases the detectable breadth of the CTL response.
Creators
- 1. Armed Forces Research Institute of Medical Science
Description
Subtype A is a major strain in the HIV-1 pandemic in eastern Europe, central Asia and in certain regions of east Africa, notably in rural Kenya. While considerable effort has been focused upon mapping and defining immunodominant CTL epitopes in HIV-1 subtype B and subtype C infections, few epitope mapping studies have focused upon subtype A.We have used the IFN-gamma ELIspot assay and overlapping peptide pools to show that the pattern of CTL recognition of the Gag and Nef proteins in subtype A infection is similar to that seen in subtypes B and C. The p17 and p24 proteins of Gag and the central conserved region of Nef were targeted by CTL from HIV-1-infected Kenyans. Several epitope/HLA associations commonly seen in subtype B and C infection were also observed in subtype A infections. Notably, an immunodominant HLA-C restricted epitope (Gag 296-304; YL9) was observed, with 8/9 HLA-CW0304 subjects responding to this epitope. Screening the cohort with peptide sets representing subtypes A, C and D (the three most prevalent HIV-1 subtypes in east Africa), revealed that peptide sets based upon an homologous subtype (either isolate or consensus) only marginally improved the capacity to detect CTL responses. While the different peptide sets detected a similar number of responses (particularly in the Gag protein), each set was capable of detecting unique responses not identified with the other peptide sets.Hence, screening with multiple peptide sets representing different sequences, and by extension different epitope variants, can increase the detectable breadth of the HIV-1-specific CTL response. Interpreting the true extent of cross-reactivity may be hampered by the use of 15-mer peptides at a single concentration and a lack of knowledge of the sequence that primed any given CTL response. Therefore, reagent choice and knowledge of the exact sequences that prime CTL responses will be important factors in experimentally defining cross-reactive CTL responses and their role in HIV-1 disease pathogenesis and validating vaccines aimed at generating broadly cross-reactive CTL responses.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
النوع الفرعي أ هو سلالة رئيسية في جائحة فيروس نقص المناعة البشرية -1 في أوروبا الشرقية وآسيا الوسطى وفي مناطق معينة من شرق أفريقيا، ولا سيما في المناطق الريفية في كينيا. في حين تم تركيز جهد كبير على رسم خرائط وتحديد حواتم CTL السائدة مناعيًا في عدوى فيروس نقص المناعة البشرية من النوع الفرعي B والنوع الفرعي C، فقد ركز عدد قليل من دراسات رسم خرائط الحواتم على النوع الفرعي A. لقد استخدمنا اختبار IFN - gamma ELIspot وبرك الببتيد المتداخلة لإظهار أن نمط التعرف على CTL لبروتينات GAG و NEF في عدوى النوع الفرعي A مشابه لذلك الذي شوهد في النوعين الفرعيين B و C. تم استهداف بروتينات p17 و p24 من GAG والمنطقة المركزية المحفوظة من NEF بواسطة CTL من الكينيين المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية -1. كما لوحظت العديد من ارتباطات الحواتم/HLA الشائعة في عدوى النوع الفرعي B و C في عدوى النوع الفرعي A. والجدير بالذكر أنه لوحظ وجود حاتمة مقيدة HLA - C مهيمنة مناعيًا (GAG 296-304 ؛ YL9)، مع 8/9 مشاركين HLA - CW0304 يستجيبون لهذه الحاتمة. كشف فحص الفوج بمجموعات الببتيد التي تمثل الأنواع الفرعية A و C و D (الأنواع الفرعية الثلاثة الأكثر انتشارًا لفيروس نقص المناعة البشرية -1 في شرق إفريقيا) أن مجموعات الببتيد القائمة على نوع فرعي متماثل (إما عزل أو إجماع) تحسن بشكل طفيف فقط القدرة على اكتشاف استجابات CTL. في حين أن مجموعات الببتيد المختلفة اكتشفت عددًا مشابهًا من الاستجابات (خاصة في بروتين الكمامة)، كانت كل مجموعة قادرة على اكتشاف استجابات فريدة لم يتم تحديدها مع مجموعات الببتيد الأخرى. يمكن أن يؤدي الفحص باستخدام مجموعات ببتيد متعددة تمثل تسلسلات مختلفة، وبالتالي متغيرات الحواتم المختلفة، إلى زيادة الاتساع القابل للكشف لاستجابة CTL الخاصة بفيروس نقص المناعة البشرية -1. قد يعوق تفسير المدى الحقيقي للتفاعل التبادلي استخدام ببتيدات 15 - mer بتركيز واحد ونقص المعرفة بالتسلسل الذي يهيئ أي استجابة CTL معينة. لذلك، فإن اختيار الكاشف ومعرفة التسلسل الدقيق لاستجابات CTL الرئيسية ستكون عوامل مهمة في التحديد التجريبي لاستجابات CTL المتفاعلة ودورها في التسبب في مرض فيروس نقص المناعة البشرية (HIV -1) والتحقق من صحة اللقاحات التي تهدف إلى توليد استجابات CTL متفاعلة على نطاق واسع.Translated Description (French)
Le sous-type A est une souche majeure de la pandémie de VIH-1 en Europe de l'Est, en Asie centrale et dans certaines régions d'Afrique de l'Est, notamment dans les zones rurales du Kenya. Bien que des efforts considérables aient été consacrés à la cartographie et à la définition des épitopes CTL immunodominants dans les infections à VIH-1 de sous-type B et de sous-type C, peu d'études de cartographie des épitopes se sont concentrées sur le sous-type A. Nous avons utilisé le test ELIspot IFN-gamma et les pools peptidiques chevauchants pour montrer que le modèle de reconnaissance CTL des protéines Gag et Nef dans l'infection de sous-type A est similaire à celui observé dans les sous-types B et C. Les protéines p17 et p24 de Gag et la région centrale conservée de Nef ont été ciblées par CTL chez les Kenyans infectés par le VIH-1. Plusieurs associations épitope/HLA couramment observées dans les infections de sous-type B et C ont également été observées dans les infections de sous-type A. Notamment, un épitope immunodominant HLA-C restreint (Gag 296-304 ; YL9) a été observé, avec 8/9 sujets HLA-CW0304 répondant à cet épitope. Le dépistage de la cohorte avec des ensembles de peptides représentant les sous-types A, C et D (les trois sous-types de VIH-1 les plus répandus en Afrique de l'Est) a révélé que les ensembles de peptides basés sur un sous-type homologue (isolat ou consensus) n'amélioraient que marginalement la capacité à détecter les réponses CTL. Alors que les différents ensembles de peptides ont détecté un nombre similaire de réponses (en particulier dans la protéine Gag), chaque ensemble était capable de détecter des réponses uniques non identifiées avec les autres ensembles de peptides. Par conséquent, le criblage avec plusieurs ensembles de peptides représentant différentes séquences et, par extension, différents variants d'épitopes, peut augmenter l'ampleur détectable de la réponse CTL spécifique du VIH-1. L'interprétation de la véritable étendue de la réactivité croisée peut être entravée par l'utilisation de peptides 15-mer à une seule concentration et par un manque de connaissance de la séquence qui a amorcé une réponse CTL donnée. Par conséquent, le choix des réactifs et la connaissance des séquences exactes des réponses CTL primaires seront des facteurs importants dans la définition expérimentale des réponses CTL réactives croisées et de leur rôle dans la pathogenèse de la maladie à VIH-1 et dans la validation des vaccins visant à générer des réponses CTL largement réactives croisées.Translated Description (Spanish)
El subtipo A es una cepa importante en la pandemia del VIH-1 en Europa oriental, Asia central y en ciertas regiones de África oriental, especialmente en las zonas rurales de Kenia. Si bien se han realizado esfuerzos considerables para mapear y definir epítopos de CTL inmunodominantes en infecciones por VIH-1 subtipo B y subtipo C, pocos estudios de mapeo de epítopos se han centrado en el subtipo A. Hemos utilizado el ensayo ELIspot de IFN-gamma y los grupos de péptidos superpuestos para mostrar que el patrón de reconocimiento de CTL de las proteínas Gag y Nef en la infección por subtipo A es similar al observado en los subtipos B y C. Las proteínas p17 y p24 de Gag y la región conservada central de Nef fueron atacadas por CTL de kenianos infectados por VIH-1. También se observaron varias asociaciones de epítopo/HLA comúnmente observadas en la infección de subtipo B y C en las infecciones de subtipo A. En particular, se observó un epítopo restringido por HLA-C inmunodominante (Gag 296-304; YL9), con 8/9 sujetos HLA-CW0304 que respondieron a este epítopo. El cribado de la cohorte con conjuntos de péptidos que representan los subtipos A, C y D (los tres subtipos de VIH-1 más prevalentes en África oriental), reveló que los conjuntos de péptidos basados en un subtipo homólogo (ya sea aislado o consenso) solo mejoraron marginalmente la capacidad de detectar respuestas de CTL. Si bien los diferentes conjuntos de péptidos detectaron un número similar de respuestas (particularmente en la proteína Gag), cada conjunto fue capaz de detectar respuestas únicas no identificadas con los otros conjuntos de péptidos. Por lo tanto, el cribado con múltiples conjuntos de péptidos que representan diferentes secuencias y, por extensión, diferentes variantes de epítopos, puede aumentar la amplitud detectable de la respuesta de CTL específica del VIH-1. La interpretación del verdadero alcance de la reactividad cruzada puede verse obstaculizada por el uso de péptidos 15-meros a una sola concentración y una falta de conocimiento de la secuencia que cebó cualquier respuesta de CTL dada. Por lo tanto, la elección de reactivos y el conocimiento de las secuencias exactas que ceban las respuestas de CTL serán factores importantes para definir experimentalmente las respuestas de CTL de reacción cruzada y su papel en la patogénesis de la enfermedad del VIH-1 y validar las vacunas destinadas a generar respuestas de CTL de reacción cruzada amplia.Files
1471-2172-7-8.pdf
Files
(657.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:103f002a1a36a54e91ca23edd564dc9a
|
657.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- أنماط توزيع اللاصقة CTL في بروتينات Gag و Nef لفيروس نقص المناعة البشرية -1 من الأشخاص المصابين بالنوع الفرعي A في كينيا: يزيد استخدام مجموعات الببتيد المتعددة من الاتساع القابل للكشف لاستجابة CTL.
- Translated title (French)
- Modèles de distribution des épitopes CTL dans les protéines Gag et Nef du VIH-1 de sujets infectés par le sous-type A au Kenya : l'utilisation de plusieurs ensembles de peptides augmente l'étendue détectable de la réponse CTL.
- Translated title (Spanish)
- Patrones de distribución de epítopos de CTL en las proteínas Gag y Nef del VIH-1 de sujetos infectados por el subtipo A en Kenia: el uso de múltiples conjuntos de péptidos aumenta la amplitud detectable de la respuesta de CTL.
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2159013694
- DOI
- 10.1186/1471-2172-7-8
References
- https://openalex.org/W1534881087
- https://openalex.org/W1565230971
- https://openalex.org/W156869398
- https://openalex.org/W1627654352
- https://openalex.org/W1655510925
- https://openalex.org/W1674854702
- https://openalex.org/W1964799973
- https://openalex.org/W1967974486
- https://openalex.org/W1970572484
- https://openalex.org/W1978351757
- https://openalex.org/W1980922763
- https://openalex.org/W1982939816
- https://openalex.org/W1983787657
- https://openalex.org/W1995836422
- https://openalex.org/W1998987175
- https://openalex.org/W2000591768
- https://openalex.org/W2000766146
- https://openalex.org/W2001342405
- https://openalex.org/W2003576753
- https://openalex.org/W2019840211
- https://openalex.org/W2032763482
- https://openalex.org/W2034207391
- https://openalex.org/W2034536416
- https://openalex.org/W2038599188
- https://openalex.org/W2039751597
- https://openalex.org/W2044332532
- https://openalex.org/W2045551237
- https://openalex.org/W2049073405
- https://openalex.org/W2063455830
- https://openalex.org/W2063998825
- https://openalex.org/W2070632074
- https://openalex.org/W2072815680
- https://openalex.org/W2089968073
- https://openalex.org/W2092368847
- https://openalex.org/W2102159102
- https://openalex.org/W2103182811
- https://openalex.org/W2112341438
- https://openalex.org/W2128830055
- https://openalex.org/W2135322737
- https://openalex.org/W2142838880
- https://openalex.org/W2151651155
- https://openalex.org/W2153163225
- https://openalex.org/W2155228203
- https://openalex.org/W2165639106
- https://openalex.org/W2171178977