Published April 1, 2015 | Version v1
Publication Open

Reassortant Avian Influenza A(H9N2) Viruses in Chickens in Retail Poultry Shops, Pakistan, 2009–2010

Creators

  • 1. University of Veterinary and Animal Sciences
  • 2. University of Edinburgh
  • 3. Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie
  • 4. University of Bristol

Description

Phylogenetic analysis of influenza viruses collected during December 2009-February 2010 from chickens in live poultry retail shops in Lahore, Pakistan, showed influenza A(H9N2) lineage polymerase and nonstructural genes generate through inter-and intrasubtypic reassortments.Many amino acid signatures observed were characteristic of human isolates; hence, their circulation could enhance interor intrasubtypic reassortment.T he first outbreak of illness caused by avian influenza A(H9N2) virus in Pakistan was reported in 1998; isolates showed a close relationship to subtype H9N2 avian influenza viruses (AIVs) circulating in Hong Kong, China during 1997 that were grouped within the G1 lineage (1).In recent years, H9N2 genes have reassorted extensively, generating novel genotypes on the Indian subcontinent.Widespread co-circulation of H9N2 with other AIVs (e.g., highly pathogenic AIVs H5N1 and H7N3) could instigate the generation of novel variant and reassorted viruses, possibly with increased zoonotic potential (2).No information was available about the genetic makeup of AIVs circulating in live poultry retail shops (LPRSs) in Pakistan.This study was conducted to genetically characterize AIVs in LPRSs in Lahore District, Pakistan.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

أظهر التحليل الوراثي لفيروسات الأنفلونزا التي تم جمعها خلال الفترة من ديسمبر 2009 إلى فبراير 2010 من الدجاج في متاجر بيع الدواجن الحية بالتجزئة في لاهور، باكستان، أن بوليميراز سلالة الأنفلونزا A(H9N2) والجينات غير الهيكلية تتولد من خلال عمليات إعادة التشكيل بين الأنواع وبين الأنواع الفرعية. كانت العديد من توقيعات الأحماض الأمينية التي تمت ملاحظتها مميزة للعزلات البشرية ؛ وبالتالي، يمكن أن يؤدي تداولها إلى تعزيز إعادة التشكيل داخل الأنواع. تم الإبلاغ عن أول تفشي للمرض الناجم عن فيروس أنفلونزا الطيور A(H9N2) في باكستان في عام 1998 ؛ أظهرت العزلة علاقة وثيقة مع فيروسات أنفلونزا الطيور من النوع الفرعي H9N2 (AIVs) المنتشرة في هونغ كونغ، الصين خلال عام 1997 التي تم تجميعها ضمن سلالة G1 (1). في السنوات الأخيرة، أعادت جينات H9N2 تجميعها على نطاق واسع، مما أدى إلى توليد أنماط وراثية جديدة في شبه القارة الهندية. يمكن أن يؤدي الانتشار المشترك الواسع النطاق لـ H9N2 مع AIVs الأخرى (على سبيل المثال، AIVs H5N1 و H7N3 عالية الإمراض) إلى تحفيز توليد فيروسات جديدة ومتنوعة، ربما مع زيادة الإمكانات الحيوانية (2). لم تتوفر معلومات حول التركيب الجيني لـ AIVs المنتشرة في متاجر بيع الدواجن الحية بالتجزئة (LPRSs) في باكستان. أجريت هذه الدراسة لتوصيف AIVs وراثيًا في LPRSs في مقاطعة لاهور، باكستان.

Translated Description (French)

L'analyse phylogénétique des virus de la grippe collectés entre décembre 2009 et février 2010 chez des poulets dans des magasins de volaille vivants à Lahore, au Pakistan, a montré que la polymérase de la lignée A(H9N2) et les gènes non structuraux sont générés par des réassortiments inter et intrasubtypiques. De nombreuses signatures d'acides aminés observées étaient caractéristiques des isolats humains ; par conséquent, leur circulation pourrait améliorer le réassortissement inter ou intrasubtypique. La première épidémie de maladie causée par le virus de la grippe aviaire A(H9N2) au Pakistan a été signalée en 1998 ; les isolats ont montré une relation étroite avec le sous-type H9N2 de virus de la grippe aviaire (IVA) circulant à Hong Kong, Chine en 1997 qui ont été regroupés dans la lignée G1 (1). Au cours des dernières années, les gènes H9N2 ont largement réassemblé, générant de nouveaux génotypes sur le sous-continent indien. La co-circulation généralisée de H9N2 avec d'autres AIV (par exemple, les AIV hautement pathogènes H5N1 et H7N3) pourrait inciter à la génération de nouveaux virus variants et réassortis, éventuellement avec un potentiel zoonotique accru (2). Aucune information n'était disponible sur la composition génétique des AIV circulant dans les magasins de volaille vivante (LPRS) au Pakistan. Cette étude a été menée pour caractériser génétiquement les AIV dans les LPRS dans le district de Lahore, au Pakistan.

Translated Description (Spanish)

El análisis filogenético de los virus de la influenza recolectados durante diciembre de 2009 a febrero de 2010 de pollos en tiendas minoristas de aves de corral vivas en Lahore, Pakistán, mostró que la polimerasa del linaje de la influenza A(H9N2) y los genes no estructurales se generan a través de reordenamientos inter e intrasubtípicos. Muchas firmas de aminoácidos observadas eran características de aislados humanos; por lo tanto, su circulación podría mejorar el reordenamiento inter o intrasubtípico. El primer brote de enfermedad causado por el virus de la influenza aviar A(H9N2) en Pakistán se informó en 1998; los aislados mostraron una estrecha relación con los virus de la influenza aviar (AIV) del subtipo H9N2 que circulan en Hong Kong, China durante 1997 que se agruparon dentro del linaje G1 (1). En los últimos años, los genes H9N2 se han reorganizado ampliamente, generando nuevos genotipos en el subcontinente indio. La cocirculación generalizada de H9N2 con otros AIV (por ejemplo, AIV altamente patógenos H5N1 y H7N3) podría instigar la generación de nuevos virus variantes y reorganizados, posiblemente con mayor potencial zoonótico (2). No se disponía de información sobre la composición genética de los AIV que circulan en tiendas minoristas de aves de corral vivas (LPRS) en Pakistán. Este estudio se realizó para caracterizar genéticamente los AIV en LPRS en el distrito de Lahore, Pakistán.

Files

14-1570.pdf.pdf

Files (2.3 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:0f224a348996709b83bbc43039d1807a
2.3 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
إعادة تصنيف فيروسات إنفلونزا الطيور A(H9N2) في الدجاج في محلات بيع الدواجن بالتجزئة، باكستان، 2009–2010
Translated title (French)
Réassortiment des virus de la grippe aviaire A(H9N2) chez les poulets dans les magasins de volaille, Pakistan, 2009–2010
Translated title (Spanish)
Reagrupación de virus de la influenza aviar A(H9N2) en pollos en tiendas minoristas de aves de corral, Pakistán, 2009–2010

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2032887442
DOI
10.3201/eid2104.141570

Is supplement to
https://openalex.org/W4387744460 (Other)
https://openalex.org/W4293724111 (Other)
https://openalex.org/W2952199890 (Other)
https://openalex.org/W2901821037 (Other)
https://openalex.org/W2138426702 (Other)
https://openalex.org/W2131755589 (Other)
https://openalex.org/W2055149792 (Other)
https://openalex.org/W1977560840 (Other)
https://openalex.org/W1783971409 (Other)
https://openalex.org/W1593136542 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Pakistan

References

  • https://openalex.org/W2002775222
  • https://openalex.org/W2022439632
  • https://openalex.org/W2035874468
  • https://openalex.org/W2044291613
  • https://openalex.org/W2059334667
  • https://openalex.org/W2081010527
  • https://openalex.org/W2082816502
  • https://openalex.org/W2094005687
  • https://openalex.org/W2106173155
  • https://openalex.org/W2125121305
  • https://openalex.org/W2128932527
  • https://openalex.org/W2129003712
  • https://openalex.org/W2143262622
  • https://openalex.org/W2152429253
  • https://openalex.org/W2166582607