Published November 3, 2019
| Version v1
Publication
Open
miR-590-3p and Its Downstream Target Genes in HCC Cell Lines
Description
miRNAs are small non-coding RNA sequences of 18-25 nucleotides. They can regulate different cellular pathways by acting on tumor suppressors, oncogenes, or both. miRNAs are mostly tissue-specific, and their expression varies depending on the cancer or the tissue in which they are found. hsa-miR-590-3p was found to be involved in several types of cancers. In this study, we identified potential downstream target genes of hsa-miR-590-3p computationally. Several bioinformatics tools and more than one approach were used to identify potential downstream target genes of hsa-miR-590-3p. CX3CL1, SOX2, N-cadherin, E-cadherin, and FOXA2 were utilized as potential downstream target genes of hsa-miR-590-3p. SNU449 and HepG2, hepatocellular carcinoma cell lines, were used to carry out various molecular techniques to further validate our in silico results. mRNA and protein expression levels of these genes were detected using RT-PCR and western blotting, respectively. Co-localization of hsa-miR-590-3p and its candidate downstream target gene, SOX2, was carried out using a miRNA in situ hybridization combined with immunohistochemistry staining through anti-SOX2. The results show that there is an inverse correlation between hsa-miR-590-3p expression and SOX2 protein expression in SNU449. Subsequently, we suggest that SOX2 can be a direct downstream target of has-miR-590-3p indicating that it may have a role in the self-renewal and self-maintenance of cancer cells. We also suggest that CX3CL1, E-cadherin, N-cadherin, and FOXA2 show a lot of potential as downstream target genes of hsa-miR-590-3p signifying its role in epithelial-mesenchymal transition. Studying the expression of hsa-miR-590-3p downstream targets can enrich our understanding of the cancer pathogenesis and how it can be used as a therapeutic tool.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
miRNAs هي متواليات RNA صغيرة غير مشفرة من 18-25 نيوكليوتيدات. يمكنها تنظيم المسارات الخلوية المختلفة من خلال العمل على مثبطات الورم أو الجينات المسرطنة أو كليهما. الحمض النووي الريبوزي المنقوص الأكسجين (miRNA) في الغالب خاص بالأنسجة، ويختلف تعبيرها اعتمادًا على السرطان أو الأنسجة التي توجد فيها. تم العثور على hsa - miR -590-3 p متورطة في عدة أنواع من السرطانات. في هذه الدراسة، حددنا الجينات المستهدفة المحتملة لـ hsa - miR -590-3 p من الناحية الحسابية. تم استخدام العديد من أدوات المعلوماتية الحيوية وأكثر من نهج واحد لتحديد الجينات المستهدفة المحتملة لـ hsa - miR -590-3 p. تم استخدام CX3CL1 و Sox2 و N - cadherin و E - cadherin و FOXA2 كجينات مستهدفة محتملة لـ hsa - miR -590-3 p. تم استخدام SNU449 و HepG2، خطوط خلايا سرطان الخلايا الكبدية، لتنفيذ تقنيات جزيئية مختلفة لزيادة التحقق من صحة نتائجنا في السيليكو. تم الكشف عن mRNA ومستويات التعبير البروتيني لهذه الجينات باستخدام RT - PCR والنشف الغربي، على التوالي. تم إجراء التوطين المشترك لـ hsa - miR -590-3 p ومرشحه الجين المستهدف النهائي، Sox2، باستخدام تهجين miRNA في الموقع جنبًا إلى جنب مع تلطيخ الكيمياء النسيجية المناعية من خلال مضادات SOX2. تظهر النتائج وجود علاقة عكسية بين تعبير hsa - miR -590-3 p وتعبير بروتين Sox2 في SNU449. في وقت لاحق، نقترح أن SOX2 يمكن أن يكون هدفًا مباشرًا في اتجاه مجرى النهر لـ HAS - MiR -590-3 p مما يشير إلى أنه قد يكون له دور في التجديد الذاتي والصيانة الذاتية للخلايا السرطانية. نقترح أيضًا أن CX3CL1 و E - cadherin و N - cadherin و FOXA2 تظهر الكثير من الإمكانات كجينات مستهدفة أسفل المجرى لـ hsa - miR -590-3 p مما يدل على دورها في الانتقال الظهاري المتوسط. يمكن أن تثري دراسة التعبير عن أهداف المصب hsa - miR -590-3 p فهمنا لمسببات السرطان وكيف يمكن استخدامها كأداة علاجية.Translated Description (French)
les miARN sont de petites séquences d'ARN non codantes de 18 à 25 nucléotides. Ils peuvent réguler différentes voies cellulaires en agissant sur les suppresseurs de tumeurs, les oncogènes ou les deux. les miARN sont principalement spécifiques aux tissus, et leur expression varie en fonction du cancer ou du tissu dans lequel ils se trouvent. hsa-miR-590-3p s'est avéré être impliqué dans plusieurs types de cancers. Dans cette étude, nous avons identifié des gènes cibles potentiels en aval de hsa-miR-590-3p par calcul. Plusieurs outils bioinformatiques et plus d'une approche ont été utilisés pour identifier les gènes cibles potentiels en aval de hsa-miR-590-3p. CX3CL1, SOX2, N-cadhérine, E-cadhérine et FOXA2 ont été utilisés comme gènes cibles potentiels en aval de hsa-miR-590-3p. SNU449 et HepG2, lignées cellulaires de carcinome hépatocellulaire, ont été utilisés pour effectuer diverses techniques moléculaires afin de valider davantage nos résultats in silico. Les niveaux d'expression de l'ARNm et des protéines de ces gènes ont été détectés à l'aide de la RT-PCR et du Western blot, respectivement. La co-localisation de hsa-miR-590-3p et de son gène cible candidat en aval, SOX2, a été réalisée en utilisant une hybridation in situ de miARN combinée à une coloration immunohistochimique par anti-SOX2. Les résultats montrent qu'il existe une corrélation inverse entre l'expression de hsa-miR-590-3p et l'expression de la protéine SOX2 dans SNU449. Par la suite, nous suggérons QUE SOX2 peut être une cible directe en aval de has-miR-590-3p, ce qui indique qu'il peut jouer un rôle dans l'auto-renouvellement et l'auto-entretien des cellules cancéreuses. Nous suggérons également que CX3CL1, E-cadhérine, N-cadhérine et FOXA2 montrent beaucoup de potentiel en tant que gènes cibles en aval de hsa-miR-590-3p, ce qui signifie son rôle dans la transition épithélio-mésenchymateuse. L'étude de l'expression des cibles aval hsa-miR-590-3p peut enrichir notre compréhension de la pathogenèse du cancer et de la façon dont elle peut être utilisée comme outil thérapeutique.Translated Description (Spanish)
los miARN son pequeñas secuencias de ARN no codificantes de 18-25 nucleótidos. Pueden regular diferentes vías celulares actuando sobre supresores tumorales, oncogenes o ambos. Los miARN son en su mayoría específicos de tejido y su expresión varía según el cáncer o el tejido en el que se encuentran. Se descubrió que hsa-miR-590-3p está involucrado en varios tipos de cáncer. En este estudio, identificamos los posibles genes diana posteriores de hsa-miR-590-3p computacionalmente. Se utilizaron varias herramientas bioinformáticas y más de un enfoque para identificar posibles genes diana posteriores de hsa-miR-590-3p. Se utilizaron CX3CL1, SOX2, N-cadherina, E-cadherina y FOXA2 como posibles genes diana aguas abajo de hsa-miR-590-3p. SNU449 y HepG2, líneas celulares de carcinoma hepatocelular, se utilizaron para llevar a cabo diversas técnicas moleculares para validar aún más nuestros resultados in silico. Los niveles de expresión de ARNm y proteínas de estos genes se detectaron mediante RT-PCR y transferencia Western, respectivamente. La colocalización de hsa-miR-590-3p y su gen diana candidato aguas abajo, SOX2, se llevó a cabo utilizando una hibridación in situ de miARN combinada con tinción inmunohistoquímica a través de anti-SOX2. Los resultados muestran que existe una correlación inversa entre la expresión de hsa-miR-590-3p y la expresión de la proteína SOX2 en SNU449. Posteriormente, sugerimos que SOX2 puede ser un objetivo directo aguas abajo de has-miR-590-3p, lo que indica que puede tener un papel en la autorrenovación y el automantenimiento de las células cancerosas. También sugerimos que CX3CL1, E-cadherina, N-cadherina y FOXA2 muestran mucho potencial como genes diana aguas abajo de hsa-miR-590-3p, lo que significa su papel en la transición epitelial-mesenquimal. Estudiar la expresión de los objetivos posteriores de hsa-miR-590-3p puede enriquecer nuestra comprensión de la patogénesis del cáncer y cómo se puede utilizar como herramienta terapéutica.Files
3234812.pdf.pdf
Files
(16.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:81d82c8e17fede62d6cd7b4398ece1a9
|
16.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- miR -590-3 p وجيناته المستهدفة النهائية في خطوط خلايا HCC
- Translated title (French)
- miR-590-3p et ses gènes cibles en aval dans les lignées cellulaires HCC
- Translated title (Spanish)
- miR-590-3p y sus genes diana posteriores en líneas celulares de CHC
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2983412005
- DOI
- 10.1155/2019/3234812
References
- https://openalex.org/W1803870220
- https://openalex.org/W1963634341
- https://openalex.org/W1971056409
- https://openalex.org/W1995319698
- https://openalex.org/W1995940697
- https://openalex.org/W2000438778
- https://openalex.org/W2004994160
- https://openalex.org/W2006440909
- https://openalex.org/W2010040849
- https://openalex.org/W2010905055
- https://openalex.org/W2013171299
- https://openalex.org/W2041509376
- https://openalex.org/W2050271685
- https://openalex.org/W2052105831
- https://openalex.org/W2052670919
- https://openalex.org/W2064273803
- https://openalex.org/W2077327925
- https://openalex.org/W2079494666
- https://openalex.org/W2083251977
- https://openalex.org/W2083381199
- https://openalex.org/W2090610948
- https://openalex.org/W2092132603
- https://openalex.org/W2105044604
- https://openalex.org/W2110458715
- https://openalex.org/W2121061902
- https://openalex.org/W2123250471
- https://openalex.org/W2128686282
- https://openalex.org/W2134629862
- https://openalex.org/W2135531976
- https://openalex.org/W2138769440
- https://openalex.org/W2148268378
- https://openalex.org/W2154818381
- https://openalex.org/W2156802024
- https://openalex.org/W2162098634
- https://openalex.org/W2167279371
- https://openalex.org/W2337379458
- https://openalex.org/W2351075837
- https://openalex.org/W2415200245
- https://openalex.org/W2515042873
- https://openalex.org/W2567535005
- https://openalex.org/W2600155138
- https://openalex.org/W2613629789
- https://openalex.org/W2618584271
- https://openalex.org/W2767546566
- https://openalex.org/W2769591387
- https://openalex.org/W2789929278
- https://openalex.org/W2796531147
- https://openalex.org/W2799294403
- https://openalex.org/W2801494164
- https://openalex.org/W2952935356
- https://openalex.org/W2989796090
- https://openalex.org/W3146969409