Published March 14, 2013
| Version v1
Publication
Open
Molecular characterization of influenza A(H1N1)pdm09 virus circulating during the 2009 outbreak in Thua Thien Hue, Vietnam
Creators
- 1. Hue University
- 2. University of Sassari
Description
The influenza A(H1N1)pdm09 virus arrived in Vietnam in May 2009 via the United States and rapidly spread throughout the country. This study provides data on the viral diagnosis and molecular epidemiology of influenza A(H1N1)pdm09 virus isolated in Thua Thien Hue Province, central Vietnam.Nasopharyngeal swabs and throat swabs from 53 clinically infected patients in the peak of the outbreak were processed for viral diagnosis by culture and RT-PCR. Sequencing of entire HA and NA genes of representative isolates and molecular epidemiological analysis were performed.A total of 32 patients were positive for influenza A virus by virus culture and/or RT-PCR; of these 22 were positive both by viral isolation and RT-PCR, 2 only by virus culture and 8 only by RT-PCR. The novel subtype of influenza A(H1N1)pdm09 was present in 93.4% of the isolates. Phylogenetic analysis of the HA and NA gene sequences showed identities higher than 99.50% in both genes. They were also similar to reference isolates in HA sequences (>99% identity) and in NA sequences (>98.50% identity). Amino acid sequences predicted for the HA gene were highly identical to reference strains. The NA amino acid substitutions identified did not include the oseltamivir-resistant H275Y substitution.viral isolation and RT-PCR together were useful for diagnosis of the influenza A(H1N1)pdm09 virus. Variations in HA and NA sequences are similar to those identified in worldwide reference isolates and no drug resistance was found.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
وصل فيروس الأنفلونزا A(H1N1) pdm09 إلى فيتنام في مايو 2009 عبر الولايات المتحدة وانتشر بسرعة في جميع أنحاء البلاد. توفر هذه الدراسة بيانات عن التشخيص الفيروسي وعلم الأوبئة الجزيئية لفيروس الأنفلونزا A(H1N1) pdm09 المعزول في مقاطعة ثوا ثين هوي، وسط فيتنام. تمت معالجة مسحات البلعوم الأنفي ومسحات الحلق من 53 مريضًا مصابًا سريريًا في ذروة تفشي المرض للتشخيص الفيروسي عن طريق الزراعة و RT - PCR. تم إجراء تسلسل كامل لجينات HA و NA للعزلات التمثيلية والتحليل الوبائي الجزيئي. كان ما مجموعه 32 مريضًا إيجابيًا لفيروس الأنفلونزا A عن طريق مزرعة الفيروس و/أو RT - PCR ؛ من بين هؤلاء 22 كانوا إيجابيين عن طريق العزل الفيروسي و RT - PCR، 2 فقط عن طريق مزرعة الفيروس و 8 فقط عن طريق RT - PCR. كان النوع الفرعي الجديد من الأنفلونزا A(H1N1) pdm09 موجودًا في 93.4 ٪ من العزلات. أظهر التحليل الوراثي لتسلسلات جينات HA و NA هويات أعلى من 99.50 ٪ في كلا الجينين. كما كانت مشابهة للعزلات المرجعية في متواليات HA (>99 ٪ هوية) وفي متواليات NA (>98.50 ٪ هوية). كانت متواليات الأحماض الأمينية المتوقعة لجين HA متطابقة للغاية مع السلالات المرجعية. لم تتضمن بدائل الأحماض الأمينية التي تم تحديدها استبدال H275Y المقاوم للأوسيلتاميفير. كان العزل الفيروسي و RT - PCR معًا مفيدين لتشخيص فيروس الأنفلونزا A(H1N1) pdm09. تتشابه الاختلافات في تسلسلات HA و NA مع تلك المحددة في العزلات المرجعية العالمية ولم يتم العثور على مقاومة للأدوية.Translated Description (French)
Le virus de la grippe A(H1N1)pdm09 est arrivé au Vietnam en mai 2009 via les États-Unis et s'est rapidement propagé dans tout le pays. Cette étude fournit des données sur le diagnostic viral et l'épidémiologie moléculaire du virus de la grippe A(H1N1)pdm09 isolé dans la province de Thua Thien Hue, au centre du Vietnam. Les écouvillons du nasopharynx et de la gorge de 53 patients infectés cliniquement au plus fort de l'épidémie ont été traités pour le diagnostic viral par culture et RT-PCR. Le séquençage de gènes HA et NA entiers d'isolats représentatifs et une analyse épidémiologique moléculaire ont été effectués. Au total, 32 patients étaient positifs pour le virus de la grippe A par culture virale et/ou RT-PCR ; parmi ceux-ci, 22 étaient positifs à la fois par isolement viral et RT-PCR, 2 uniquement par culture virale et 8 uniquement par RT-PCR. Le nouveau sous-type de grippe A(H1N1)pdm09 était présent dans 93,4 % des isolats. L'analyse phylogénétique des séquences des gènes HA et NA a montré des identités supérieures à 99,50 % dans les deux gènes. Ils étaient également similaires aux isolats de référence dans les séquences HA (>99 % d'identité) et dans les séquences NA (>98,50 % d'identité). Les séquences d'acides aminés prédites pour le gène HA étaient très identiques aux souches de référence. Les substitutions d'acides aminés NA identifiées n'incluaient pas la substitution H275Y résistante à l'oseltamivir. L'isolement viral et la RT-PCR combinés étaient utiles pour le diagnostic du virus de la grippe A(H1N1)pdm09. Les variations dans les séquences HA et NA sont similaires à celles identifiées dans les isolats de référence dans le monde entier et aucune résistance aux médicaments n'a été trouvée.Translated Description (Spanish)
El virus de la influenza A(H1N1)pdm09 llegó a Vietnam en mayo de 2009 a través de los Estados Unidos y se extendió rápidamente por todo el país. Este estudio proporciona datos sobre el diagnóstico viral y la epidemiología molecular del virus de la influenza A(H1N1)pdm09 aislado en la provincia de Thua Thien Hue, en el centro de Vietnam. Los hisopos nasofaríngeos y los hisopos de garganta de 53 pacientes clínicamente infectados en el pico del brote se procesaron para el diagnóstico viral mediante cultivo y RT-PCR. Se realizó la secuenciación de genes HA y NA completos de aislados representativos y el análisis epidemiológico molecular. Un total de 32 pacientes dieron positivo para el virus de la influenza A por cultivo de virus y/o RT-PCR; de estos 22 fueron positivos tanto por aislamiento viral como por RT-PCR, 2 solo por cultivo de virus y 8 solo por RT-PCR. El nuevo subtipo de influenza A(H1N1)pdm09 estaba presente en el 93,4% de los aislados. El análisis filogenético de las secuencias génicas HA y NA mostró identidades superiores al 99,50% en ambos genes. También fueron similares a los aislados de referencia en las secuencias de HA (>99% de identidad) y en las secuencias de NA (> 98,50% de identidad). Las secuencias de aminoácidos predichas para el gen HA fueron altamente idénticas a las cepas de referencia. Las sustituciones de aminoácidos NA identificadas no incluyeron la sustitución H275Y resistente al oseltamivir. El aislamiento viral y la RT-PCR juntos fueron útiles para el diagnóstico del virus de la influenza A(H1N1)pdm09. Las variaciones en las secuencias de HA y NA son similares a las identificadas en aislados de referencia mundial y no se encontró resistencia a los fármacos.Files
845.pdf
Files
(249 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:82061ade461fc5c7c525acf8edfa5484
|
249 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التوصيف الجزيئي لفيروس الأنفلونزا A(H1N1)pdm09 الذي انتشر خلال تفشي 2009 في ثوا ثين هوي، فيتنام
- Translated title (French)
- Caractérisation moléculaire du virus de la grippe A(H1N1)pdm09 circulant lors de l'épidémie de 2009 à Thua Thien Hue, Vietnam
- Translated title (Spanish)
- Caracterización molecular del virus de la influenza A(H1N1)pdm09 que circuló durante el brote de 2009 en Thua Thien Hue, Vietnam
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W1987353784
- DOI
- 10.3855/jidc.2883
References
- https://openalex.org/W1521320051
- https://openalex.org/W1981090797
- https://openalex.org/W1981449605
- https://openalex.org/W1991510386
- https://openalex.org/W2005311912
- https://openalex.org/W2016592339
- https://openalex.org/W2132632499
- https://openalex.org/W2143355539
- https://openalex.org/W2153708508
- https://openalex.org/W2158645259
- https://openalex.org/W2186228309
- https://openalex.org/W2187166456
- https://openalex.org/W2415165346