Published December 2, 2013
| Version v1
Publication
Open
A First Insight into Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 Transcriptome
- 1. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
- 2. University of Buenos Aires
Description
Fungi of the genus Pycnoporus are white-rot basidiomycetes widely studied because of their ability to synthesize high added-value compounds and enzymes of industrial interest. Here we report the sequencing, assembly and analysis of the transcriptome of Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 grown at stationary phase, in media supplemented with copper sulfate. Using the 454 pyrosequencing platform we obtained a total of 226,336 reads (88,779,843 bases) that were filtered and de novo assembled to generate a reference transcriptome of 7,303 transcripts. Putative functions were assigned for 4,732 transcripts by searching similarities of six-frame translated sequences against a customized protein database and by the presence of conserved protein domains. Through the analysis of translated sequences we identified transcripts encoding 178 putative carbohydrate active enzymes, including representatives of 15 families with roles in lignocellulose degradation. Furthermore, we found many transcripts encoding enzymes related to lignin hydrolysis and modification, including laccases and peroxidases, as well as GMC oxidoreductases, copper radical oxidases and other enzymes involved in the generation of extracellular hydrogen peroxide and iron homeostasis. Finally, we identified the transcripts encoding all of the enzymes involved in terpenoid backbone biosynthesis pathway, various terpene synthases related to the biosynthesis of sesquiterpenoids and triterpenoids precursors, and also cytochrome P450 monooxygenases, glutathione S-transferases and epoxide hydrolases with potential functions in the biodegradation of xenobiotics and the enantioselective biosynthesis of biologically active drugs. To our knowledge this is the first report of a transcriptome of genus Pycnoporus and a resource for future molecular studies in P. sanguineus.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الفطريات من جنس Pycnoporus هي الفطريات القاعدية ذات العفن الأبيض التي تمت دراستها على نطاق واسع بسبب قدرتها على تصنيع مركبات ذات قيمة مضافة عالية وإنزيمات ذات أهمية صناعية. هنا نبلغ عن تسلسل وتجميع وتحليل ترانسكريبتوم Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 المزروع في مرحلة ثابتة، في وسائط مكملة بكبريتات النحاس. باستخدام منصة التسلسل الحراري 454، حصلنا على ما مجموعه 226،336 قراءة (88،779،843 قاعدة) تم تصفيتها وتجميعها من جديد لإنشاء نسخة مرجعية من 7،303 نسخة. تم تعيين وظائف افتراضية لـ 4732 نسخة من خلال البحث عن أوجه التشابه بين التسلسلات المترجمة سداسية الأطر مقابل قاعدة بيانات بروتينية مخصصة ووجود نطاقات بروتينية محفوظة. من خلال تحليل التسلسلات المترجمة، حددنا النصوص التي تشفر 178 إنزيمًا نشطًا مفترضًا للكربوهيدرات، بما في ذلك ممثلو 15 عائلة لها أدوار في تدهور السليلوز. علاوة على ذلك، وجدنا العديد من النصوص التي تشفر الإنزيمات المتعلقة بتحلل اللجنين المائي وتعديله، بما في ذلك اللاكاسات والبيروكسيداز، بالإضافة إلى إنزيمات الاختزال التأكسدي GMC، وإنزيمات الأكسدة الجذرية النحاسية والإنزيمات الأخرى المشاركة في توليد بيروكسيد الهيدروجين خارج الخلية والتوازن الحديدي. أخيرًا، حددنا النصوص التي تشفر جميع الإنزيمات المشاركة في مسار التخليق الحيوي للعمود الفقري التربيعي، ومختلف مركبات التربين المرتبطة بالتخليق الحيوي لسلائف sesquiterpenoids و triterpenoids، وأيضًا السيتوكروم P450 أحادي الأكسجين، و glutathione S - transferases و hydrolases الإيبوكسيد مع وظائف محتملة في التحلل الحيوي للأكسينوبيوتيك والتخليق الحيوي الانتقائي للأدوية النشطة بيولوجيًا. على حد علمنا، هذا هو التقرير الأول لنسخة من جنس Pycnoporus ومورد للدراسات الجزيئية المستقبلية في P. sanguineus.Translated Description (French)
Les champignons du genre Pycnoporus sont des basidiomycètes de la pourriture blanche largement étudiés en raison de leur capacité à synthétiser des composés à haute valeur ajoutée et des enzymes d'intérêt industriel. Nous rapportons ici le séquençage, l'assemblage et l'analyse du transcriptome de Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 cultivé en phase stationnaire, dans des milieux supplémentés en sulfate de cuivre. En utilisant la plate-forme de pyroséquençage 454, nous avons obtenu un total de 226 336 lectures (88 779 843 bases) qui ont été filtrées et assemblées de novo pour générer un transcriptome de référence de 7 303 transcriptions. Des fonctions putatives ont été attribuées pour 4 732 transcrits en recherchant des similitudes de séquences traduites en six trames par rapport à une base de données de protéines personnalisée et par la présence de domaines protéiques conservés. Grâce à l'analyse des séquences traduites, nous avons identifié des transcrits codant pour 178 enzymes supposées actives en glucides, y compris des représentants de 15 familles jouant un rôle dans la dégradation de la lignocellulose. En outre, nous avons trouvé de nombreux transcrits codant pour des enzymes liées à l'hydrolyse et à la modification de la lignine, y compris les laccases et les peroxydases, ainsi que les oxydoréductases GMC, les oxydases radicalaires du cuivre et d'autres enzymes impliquées dans la génération de peroxyde d'hydrogène extracellulaire et l'homéostasie du fer. Enfin, nous avons identifié les transcrits codant pour toutes les enzymes impliquées dans la voie de biosynthèse du squelette terpénoïde, diverses terpènes synthases liées à la biosynthèse des sesquiterpénoïdes et des précurseurs triterpénoïdes, ainsi que les monooxygénases du cytochrome P450, les glutathion S-transférases et les époxyde hydrolases ayant des fonctions potentielles dans la biodégradation des xénobiotiques et la biosynthèse énantiosélective des médicaments biologiquement actifs. À notre connaissance, il s'agit du premier rapport d'un transcriptome du genre Pycnoporus et d'une ressource pour de futures études moléculaires chez P. sanguineus.Translated Description (Spanish)
Los hongos del género Pycnoporus son basidiomicetos de podredumbre blanca ampliamente estudiados debido a su capacidad para sintetizar compuestos de alto valor añadido y enzimas de interés industrial. Aquí informamos la secuenciación, ensamblaje y análisis del transcriptoma de Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 cultivado en fase estacionaria, en medios complementados con sulfato de cobre. Utilizando la plataforma de pirosecuenciación 454 obtuvimos un total de 226.336 lecturas (88.779.843 bases) que fueron filtradas y ensambladas de novo para generar un transcriptoma de referencia de 7.303 transcripciones. Se asignaron funciones putativas para 4,732 transcritos mediante la búsqueda de similitudes de secuencias traducidas de seis marcos contra una base de datos de proteínas personalizada y por la presencia de dominios de proteínas conservados. A través del análisis de secuencias traducidas, identificamos transcritos que codifican 178 enzimas putativas activas en carbohidratos, incluidos representantes de 15 familias con papeles en la degradación de la lignocelulosa. Además, encontramos muchos transcritos que codifican enzimas relacionadas con la hidrólisis y modificación de la lignina, incluidas lacasas y peroxidasas, así como oxidorreductasas de GMC, oxidasas de radicales de cobre y otras enzimas involucradas en la generación de peróxido de hidrógeno extracelular y homeostasis del hierro. Finalmente, identificamos los transcritos que codifican todas las enzimas involucradas en la vía de biosíntesis del esqueleto terpenoide, varias terpeno sintasas relacionadas con la biosíntesis de sesquiterpenoides y precursores de triterpenoides, y también citocromo P450 monooxigenasas, glutatión S-transferasas y epóxido hidrolasas con funciones potenciales en la biodegradación de xenobióticos y la biosíntesis enantioselectiva de fármacos biológicamente activos. Hasta donde sabemos, este es el primer informe de un transcriptoma del género Pycnoporus y un recurso para futuros estudios moleculares en P. sanguineus.Files
journal.pone.0081033&type=printable.pdf
Files
(905.4 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:77f080753044f2796bb21962875b7e5c
|
905.4 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- نظرة ثاقبة أولى على Pycnoporus sanguineus BAFC 2126 Transcriptome
- Translated title (French)
- Un premier aperçu du transcriptome de Pycnoporus sanguineus BAFC 2126
- Translated title (Spanish)
- Una primera visión del transcriptoma de Pycnoporus sanguineus BAFC 2126
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2046603707
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0081033
References
- https://openalex.org/W1507254226
- https://openalex.org/W1521349197
- https://openalex.org/W1623035322
- https://openalex.org/W1812995498
- https://openalex.org/W1895818537
- https://openalex.org/W1925046886
- https://openalex.org/W1963981965
- https://openalex.org/W1967034374
- https://openalex.org/W1967796434
- https://openalex.org/W1972165536
- https://openalex.org/W1973047225
- https://openalex.org/W1973561696
- https://openalex.org/W1978898887
- https://openalex.org/W1979531270
- https://openalex.org/W1979870045
- https://openalex.org/W1982390665
- https://openalex.org/W1982708190
- https://openalex.org/W1985406759
- https://openalex.org/W1988199321
- https://openalex.org/W1990070941
- https://openalex.org/W1990102720
- https://openalex.org/W1992162772
- https://openalex.org/W1996744678
- https://openalex.org/W1996974192
- https://openalex.org/W1998685667
- https://openalex.org/W1999569531
- https://openalex.org/W2003212340
- https://openalex.org/W2004541539
- https://openalex.org/W2004669425
- https://openalex.org/W2007958980
- https://openalex.org/W2013648413
- https://openalex.org/W2017549153
- https://openalex.org/W2022432353
- https://openalex.org/W2024077087
- https://openalex.org/W2024979637
- https://openalex.org/W2027904700
- https://openalex.org/W2030784415
- https://openalex.org/W2032553790
- https://openalex.org/W2033303128
- https://openalex.org/W2041287140
- https://openalex.org/W2044207871
- https://openalex.org/W2044930768
- https://openalex.org/W2049007935
- https://openalex.org/W2049400911
- https://openalex.org/W2054142654
- https://openalex.org/W2063079650
- https://openalex.org/W2066273154
- https://openalex.org/W2066806843
- https://openalex.org/W2068454143
- https://openalex.org/W2071601662
- https://openalex.org/W2072431472
- https://openalex.org/W2073254834
- https://openalex.org/W2080595183
- https://openalex.org/W2083985111
- https://openalex.org/W2090790079
- https://openalex.org/W2091591204
- https://openalex.org/W2091704708
- https://openalex.org/W2091971903
- https://openalex.org/W2098356410
- https://openalex.org/W2098740721
- https://openalex.org/W2100450322
- https://openalex.org/W2103896911
- https://openalex.org/W2108105119
- https://openalex.org/W2108166985
- https://openalex.org/W2110330154
- https://openalex.org/W2114423361
- https://openalex.org/W2118067388
- https://openalex.org/W2122900876
- https://openalex.org/W2129577900
- https://openalex.org/W2130695937
- https://openalex.org/W2131168694
- https://openalex.org/W2132583370
- https://openalex.org/W2133579817
- https://openalex.org/W2141367747
- https://openalex.org/W2142087914
- https://openalex.org/W2142097673
- https://openalex.org/W2142587131
- https://openalex.org/W2144479163
- https://openalex.org/W2150227862
- https://openalex.org/W2150874975
- https://openalex.org/W2152727526
- https://openalex.org/W2155632794
- https://openalex.org/W2160051628
- https://openalex.org/W2161244119
- https://openalex.org/W2164154943
- https://openalex.org/W2165193399
- https://openalex.org/W2165876708
- https://openalex.org/W2168506412
- https://openalex.org/W2187298155
- https://openalex.org/W2189780307
- https://openalex.org/W335690363
- https://openalex.org/W4232427180
- https://openalex.org/W4237887594
- https://openalex.org/W55254896