Published January 22, 2015 | Version v1
Publication Open

Construction of cytogenetic map of Gossypium herbaceum chromosome 1 and its integration with genetic maps

Creators

  • 1. Cotton Research Institute
  • 2. Anyang Institute of Technology

Description

Cytogenetic map can provide not only information of the genome structure, but also can build a solid foundation for genetic research. With the developments of molecular and cytogenetic studies in cotton (Gossypium), the construction of cytogenetic map is becoming more and more imperative. A cytogenetic map of chromosome 1 (A101) of Gossypium herbaceum (A1) which includes 10 bacterial artificial chromosome (BAC) clones was constructed by using fluorescent in situ hybridization (FISH). Meanwhile, comparison and analysis were made for the cytogenetic map of chromosome 1 (A101) of G. herbaceum with four genetic linkage maps of chromosome 1 (Ah01) of G. hirsutum ((AD)1) and one genetic linkage map of chromosome 1 of (A101) G. arboreum (A2). The 10 BAC clones were also used to be localized on G. raimondii (D5) chromosome 1 (D501), and 2 of them showed clear unique hybridized signals. Furthermore, these 2 BAC clones were also shown localized on chromosome 1 of both A sub-genome and D sub-genome of G. hirsutum. The comparison of the cytogenetic map with genetic linkage maps showed that most of the identified marker-tagged BAC clones appearing same orders in different maps except three markers showing different positions, which might indicate chromosomal segmental rearrangements. The positions of the 2 BAC clones which were localized on Ah01 and Dh01 chromosomes were almost the same as that on A101 and D501 chromosomes. The corresponding anchored SSR markers of these 2 BAC clones were firstly found to be localized on chromosome D501 (Dh01) as they were not seen mapped like this in any genetic map reported.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لا يمكن أن توفر الخريطة الوراثية الخلوية معلومات عن بنية الجينوم فحسب، بل يمكنها أيضًا بناء أساس متين للبحوث الوراثية. مع تطورات الدراسات الجزيئية والوراثية الخلوية في القطن (Gossypium)، أصبح بناء الخريطة الوراثية الخلوية أكثر إلحاحًا. تم إنشاء خريطة وراثية خلوية للكروموسوم 1 (A101) من عشبة القوسيبيوم (A1) والتي تتضمن 10 نسخ من الكروموسوم الاصطناعي البكتيري (BAC) باستخدام التهجين الفلوري في الموقع (FISH). وفي الوقت نفسه، أجريت مقارنة وتحليل للخريطة الوراثية الخلوية للكروموسوم 1 (A101) من عشبة G. مع أربع خرائط ربط وراثي للكروموسوم 1 (Ah01) من G. hirsutum ((AD)1) وخريطة ربط وراثي واحدة للكروموسوم 1 من (A101) G. arboreum (A2). تم استخدام نسخ BAC العشرة أيضًا لتكون موضعية على كروموسوم G. raimondii (D5) 1 (D501)، وأظهر اثنان منهم إشارات هجينة فريدة واضحة. علاوة على ذلك، تم عرض هاتين النسختين من BAC أيضًا على الكروموسوم 1 من كل من الجينوم الفرعي A والجينوم الفرعي D من G. hirsutum. أظهرت مقارنة الخريطة الوراثية الخلوية مع خرائط الربط الوراثي أن معظم استنساخات BAC التي تم تحديدها بعلامات تظهر نفس الترتيب في خرائط مختلفة باستثناء ثلاث علامات تظهر مواضع مختلفة، مما قد يشير إلى إعادة ترتيب القطاعات الكروموسومية. كانت مواضع المستنسخين BAC التي تم توطينها على الكروموسومات Ah01 و Dh01 هي نفسها تقريبًا على الكروموسومات A101 و D501. تم العثور أولاً على علامات SSR المثبتة المقابلة لهاتين النسختين من BAC موضعية على الكروموسوم D501 (Dh01) حيث لم يتم رؤيتها على هذا النحو في أي خريطة وراثية تم الإبلاغ عنها.

Translated Description (French)

La carte cytogénétique peut non seulement fournir des informations sur la structure du génome, mais peut également constituer une base solide pour la recherche génétique. Avec le développement des études moléculaires et cytogénétiques sur le coton (Gossypium), la construction d'une carte cytogénétique devient de plus en plus impérative. Une carte cytogénétique du chromosome 1 (A101) de Gossypium herbaceum (A1) qui comprend 10 clones de chromosomes artificiels bactériens (BAC) a été construite en utilisant l'hybridation in situ fluorescente (FISH). Pendant ce temps, la comparaison et l'analyse ont été faites pour la carte cytogénétique du chromosome 1 (A101) de G. herbaceum avec quatre cartes de liaison génétique du chromosome 1 (Ah01) de G. hirsutum ((AD)1) et une carte de liaison génétique du chromosome 1 de (A101) G. arboreum (A2). Les 10 clones bac ont également été utilisés pour être localisés sur le chromosome 1 (D501) de G. raimondii (D5), et 2 d'entre eux ont montré des signaux hybridés uniques clairs. De plus, ces 2 clones bac ont également été montrés localisés sur le chromosome 1 du sous-génome A et du sous-génome D de G. hirsutum. La comparaison de la carte cytogénétique avec les cartes de liaison génétique a montré que la plupart des clones bac identifiés marqués au marqueur apparaissant dans les mêmes ordres sur différentes cartes, à l'exception de trois marqueurs montrant des positions différentes, ce qui pourrait indiquer des réarrangements segmentaires chromosomiques. Les positions des 2 clones bac localisés sur les chromosomes Ah01 et Dh01 étaient presque les mêmes que sur les chromosomes A101 et D501. Les marqueurs SSR ancrés correspondants de ces 2 clones bac ont d'abord été trouvés localisés sur le chromosome D501 (Dh01) car ils n'ont pas été vus cartographiés comme cela dans aucune carte génétique rapportée.

Translated Description (Spanish)

El mapa citogenético puede proporcionar no solo información de la estructura del genoma, sino que también puede construir una base sólida para la investigación genética. Con el desarrollo de estudios moleculares y citogenéticos en algodón (Gossypium), la construcción del mapa citogenético es cada vez más imperativa. Se construyó un mapa citogenético del cromosoma 1 (A101) de Gossypium herbaceum (A1) que incluye 10 clones de cromosomas artificiales bacterianos (BAC) mediante el uso de hibridación fluorescente in situ (FISH). Mientras tanto, se realizaron comparaciones y análisis para el mapa citogenético del cromosoma 1 (A101) de G. herbaceum con cuatro mapas de ligamiento genético del cromosoma 1 (Ah01) de G. hirsutum ((AD)1) y un mapa de ligamiento genético del cromosoma 1 de (A101) G. arboreum (A2). Los 10 clones de BAC también se utilizaron para localizarse en el cromosoma 1 (D501) de G. raimondii (D5), y 2 de ellos mostraron señales hibridadas únicas claras. Además, estos 2 clones de BAC también se mostraron localizados en el cromosoma 1 tanto del subgenoma A como del subgenoma D de G. hirsutum. La comparación del mapa citogenético con los mapas de ligamiento genético mostró que la mayoría de los clones de BAC etiquetados con marcadores identificados aparecen en los mismos órdenes en diferentes mapas, excepto tres marcadores que muestran diferentes posiciones, lo que podría indicar reordenamientos segmentarios cromosómicos. Las posiciones de los 2 clones de BAC que se localizaron en los cromosomas Ah01 y Dh01 fueron casi las mismas que en los cromosomas A101 y D501. En primer lugar, se descubrió que los marcadores SSR anclados correspondientes de estos 2 clones BAC estaban localizados en el cromosoma D501 (Dh01), ya que no se observaron mapeados de esta manera en ningún mapa genético informado.

Files

s13039-015-0106-y.pdf

Files (3.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b84f58f55226cc199d177ed3288e4e73
3.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
بناء خريطة وراثية خلوية لكروموسوم جوسيبيوم العشبي 1 وتكامله مع الخرائط الجينية
Translated title (French)
Construction de la carte cytogénétique du chromosome 1 de Gossypium herbaceum et son intégration aux cartes génétiques
Translated title (Spanish)
Construcción de mapa citogenético del cromosoma 1 de Gossypium herbaceum y su integración con mapas genéticos

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2132846992
DOI
10.1186/s13039-015-0106-y

Is supplement to
https://openalex.org/W3151841136 (Other)
https://openalex.org/W2136034509 (Other)
https://openalex.org/W2111135859 (Other)
https://openalex.org/W2059623813 (Other)
https://openalex.org/W2047510187 (Other)
https://openalex.org/W2038159732 (Other)
https://openalex.org/W2036077725 (Other)
https://openalex.org/W2005884602 (Other)
https://openalex.org/W1967407772 (Other)
https://openalex.org/W1531474743 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1824450759
  • https://openalex.org/W1914787445
  • https://openalex.org/W1969056051
  • https://openalex.org/W1971766765
  • https://openalex.org/W1973405988
  • https://openalex.org/W1986980583
  • https://openalex.org/W1987716622
  • https://openalex.org/W1994073284
  • https://openalex.org/W1995189416
  • https://openalex.org/W1997928813
  • https://openalex.org/W1998553352
  • https://openalex.org/W1999686080
  • https://openalex.org/W2000525795
  • https://openalex.org/W2008941723
  • https://openalex.org/W2010910744
  • https://openalex.org/W2013021903
  • https://openalex.org/W2013701608
  • https://openalex.org/W2021701303
  • https://openalex.org/W2023768920
  • https://openalex.org/W2028910150
  • https://openalex.org/W2045043944
  • https://openalex.org/W2049670427
  • https://openalex.org/W2053962456
  • https://openalex.org/W2059839127
  • https://openalex.org/W2061649512
  • https://openalex.org/W2069289445
  • https://openalex.org/W2071868311
  • https://openalex.org/W2073512111
  • https://openalex.org/W2080491819
  • https://openalex.org/W2101851879
  • https://openalex.org/W2102049511
  • https://openalex.org/W2105455965
  • https://openalex.org/W2106096973
  • https://openalex.org/W2106656600
  • https://openalex.org/W2108511932
  • https://openalex.org/W2111189798
  • https://openalex.org/W2112868831
  • https://openalex.org/W2113480835
  • https://openalex.org/W2114988967
  • https://openalex.org/W2119116567
  • https://openalex.org/W2120107466
  • https://openalex.org/W2120539463
  • https://openalex.org/W2123918430
  • https://openalex.org/W2124343195
  • https://openalex.org/W2127615349
  • https://openalex.org/W2128018453
  • https://openalex.org/W2135318558
  • https://openalex.org/W2143063275
  • https://openalex.org/W2143501226
  • https://openalex.org/W2144430955
  • https://openalex.org/W2166901690
  • https://openalex.org/W2167425882
  • https://openalex.org/W2171536529
  • https://openalex.org/W2172029885
  • https://openalex.org/W310190929
  • https://openalex.org/W4231700003
  • https://openalex.org/W4254248707
  • https://openalex.org/W63995287