Published July 23, 2019 | Version v1
Publication Open

Spatial analysis of pneumococcal meningitis in São Paulo in the pre- and post-immunization era

Creators

  • 1. Universidade Federal de Pelotas
  • 2. Departamento de Epidemiología
  • 3. Universidade de São Paulo
  • 4. Faculdade de Tecnologia e Ciências

Description

To analyze the pneumococcal meningitis incidence rates in the State of São Paulo, Brazil, by age group, municipalities and micro-regions, as well as the spatial distribution of pneumococcal meningitis incidence rates among children under 5 years old in the pre- (2005-2009) and post-vaccination (2011-2013) periods and its associations with socioeconomic variables and vaccination coverage.The data source was the Brazilian Notifiable Diseases Information System. For the pre- and post-vaccination periods, thematic maps were built for pneumococcal meningitis incidence in under-5 children, by São Paulo state micro-regions, vaccination coverage and socioeconomic variables, using QGIS 2.6.1 software. Scan statistics performed by the SatScan 9.2 software were used to analyze spatial and spatiotemporal clusters in São Paulo municipalities and micro-regions. A Bayesian inference for latent Gaussian model with zero-inflated Poisson model through the integrated nested Laplace approximation was used in the spatial analysis to evaluate associations between pneumococcal meningitis incidence rates and socioeconomic variables of interest in São Paulo micro-regions.From 2005 to 2013, 3,963 pneumococcal meningitis cases were reported in São Paulo. Under-5 children were the most affected in the whole period. In the post-vaccination period, pneumococcal meningitis incidence rates decreased among this population, particularly among infants (from 4.17/100,000 in 2005 to 2.54/100,000 in 2013). Two clusters were found in pre-vaccination - one of low risk for pneumococcal meningitis, in the northwest of the state (OR = 0.45, p = 0.0003); and another of high risk in the southeast (OR = 1.62, p = 0.0000). In the post-vaccination period, only a high-risk cluster remained, in the southeast (RR = 1.97, p = 0.0570). In Bayesian analysis, wealth was the only variable positively associated to pneumococcal meningitis (RR = 1.026, 95%CI 1.002-1.052).Pneumococcal meningitis is probably underdiagnosed and underreported in São Paulo. Differentiated rates of pneumococcal meningitis diagnosis and reporting in each microregion, according to the São Paulo Index of Social Responsibility, might explain our results.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لتحليل معدلات الإصابة بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية في ولاية ساو باولو، البرازيل، حسب الفئة العمرية والبلديات والمناطق الصغيرة، وكذلك التوزيع المكاني لمعدلات الإصابة بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية بين الأطفال دون سن الخامسة في فترتي ما قبل (2005-2009) وما بعد التطعيم (2011-2013) وارتباطاتها بالمتغيرات الاجتماعية والاقتصادية وتغطية التطعيم. كان مصدر البيانات هو نظام معلومات الأمراض البرازيلية المبلغ عنها. بالنسبة لفترات ما قبل التطعيم وما بعده، تم بناء خرائط مواضيعية لحدوث التهاب السحايا بالمكورات الرئوية لدى الأطفال دون سن الخامسة، من قبل المناطق الصغيرة في ولاية ساو باولو، وتغطية التطعيم والمتغيرات الاجتماعية والاقتصادية، باستخدام برنامج QGIS 2.6.1. تم استخدام إحصائيات المسح التي أجراها برنامج SatScan 9.2 لتحليل المجموعات المكانية والزمانية المكانية في بلديات ومناطق ساو باولو الصغيرة. تم استخدام الاستدلال البايزي لنموذج غاوسي الكامن مع نموذج بواسون صفر النفخ من خلال تقريب لابلاس المتداخل المتكامل في التحليل المكاني لتقييم الارتباطات بين معدلات الإصابة بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية والمتغيرات الاجتماعية والاقتصادية ذات الاهتمام في مناطق ساو باولو الصغيرة. من 2005 إلى 2013، تم الإبلاغ عن 3963 حالة التهاب سحايا بالمكورات الرئوية في ساو باولو. كان الأطفال دون سن الخامسة هم الأكثر تضررًا خلال الفترة بأكملها. في فترة ما بعد التطعيم، انخفضت معدلات الإصابة بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية بين هؤلاء السكان، لا سيما بين الرضع (من 4.17/100000 في عام 2005 إلى 2.54/100000 في عام 2013). تم العثور على مجموعتين في مرحلة ما قبل التطعيم - إحداهما منخفضة الخطورة للإصابة بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية، في شمال غرب الولاية (OR = 0.45، p = 0.0003 )؛ والأخرى عالية الخطورة في الجنوب الشرقي (OR = 1.62، p = 0.0000). في فترة ما بعد التطعيم، لم يبق سوى مجموعة عالية الخطورة، في الجنوب الشرقي (RR = 1.97، p = 0.0570). في التحليل البايزي، كانت الثروة هي المتغير الوحيد المرتبط بشكل إيجابي بالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية (RR = 1.026، 95 ٪CI 1.002-1.052). ربما يكون التهاب السحايا بالمكورات الرئوية غير مشخص وغير مبلغ عنه في ساو باولو. قد تفسر المعدلات المتباينة لتشخيص التهاب السحايا بالمكورات الرئوية والإبلاغ عنه في كل منطقة صغيرة، وفقًا لمؤشر ساو باولو للمسؤولية الاجتماعية، نتائجنا.

Translated Description (French)

Analyser les taux d'incidence de la méningite à pneumocoque dans l'État de São Paulo, au Brésil, par groupe d'âge, municipalités et microrégions, ainsi que la distribution spatiale des taux d'incidence de la méningite à pneumocoque chez les enfants de moins de 5 ans dans les périodes pré (2005-2009) et post-vaccination (2011-2013) et ses associations avec les variables socio-économiques et la couverture vaccinale. La source de données était le Système brésilien d'information sur les maladies à déclaration obligatoire. Pour les périodes pré et post-vaccinales, des cartes thématiques ont été construites pour l'incidence de la méningite à pneumocoque chez les enfants de moins de 5 ans, par les microrégions de l'État de São Paulo, la couverture vaccinale et les variables socio-économiques, à l'aide du logiciel QGIS 2.6.1. Les statistiques de scan effectuées par le logiciel SatScan 9.2 ont été utilisées pour analyser les grappes spatiales et spatio-temporelles dans les municipalités et les microrégions de São Paulo. Une inférence bayésienne pour le modèle gaussien latent avec un modèle de Poisson gonflé à zéro grâce à l'approximation de Laplace imbriquée intégrée a été utilisée dans l'analyse spatiale pour évaluer les associations entre les taux d'incidence de la méningite à pneumocoque et les variables socio-économiques d'intérêt dans les microrégions de São Paulo. De 2005 à 2013, 3 963 cas de méningite à pneumocoque ont été signalés à São Paulo. Les enfants de moins de 5 ans ont été les plus touchés de toute la période. Après la vaccination, les taux d'incidence de la méningite à pneumocoque ont diminué dans cette population, en particulier chez les nourrissons (de 4,17/100 000 en 2005 à 2,54/100 000 en 2013). Deux grappes ont été trouvées dans la pré-vaccination - l'une à faible risque de méningite à pneumocoque, dans le nord-ouest de l'État (OR = 0,45, p = 0,0003) ; et une autre à risque élevé dans le sud-est (OR = 1,62, p = 0,0000). Dans la période post-vaccination, il ne restait qu'un groupe à haut risque, dans le sud-est (RR = 1,97, p = 0,0570). Dans l'analyse bayésienne, la richesse était la seule variable positivement associée à la méningite à pneumocoque (RR = 1,026, IC à 95 % 1,002-1,052). La méningite à pneumocoque est probablement sous-diagnostiquée et sous-déclarée à São Paulo. Des taux différenciés de diagnostic et de déclaration de la méningite à pneumocoque dans chaque microrégion, selon l'indice de responsabilité sociale de São Paulo, pourraient expliquer nos résultats.

Translated Description (Spanish)

Analizar las tasas de incidencia de meningitis neumocócica en el Estado de São Paulo, Brasil, por grupo de edad, municipios y microrregiones, así como la distribución espacial de las tasas de incidencia de meningitis neumocócica entre niños menores de 5 años en los períodos pre (2005-2009) y posvacunación (2011-2013) y sus asociaciones con variables socioeconómicas y cobertura de vacunación. La fuente de datos fue el Sistema Brasileño de Información sobre Enfermedades de Notificación Obligatoria. Para los períodos previos y posteriores a la vacunación, se construyeron mapas temáticos para la incidencia de meningitis neumocócica en niños menores de 5 años, por microrregiones del estado de São Paulo, cobertura de vacunación y variables socioeconómicas, utilizando el software QGIS 2.6.1. Las estadísticas de escaneo realizadas por el software SatScan 9.2 se utilizaron para analizar los clústeres espaciales y espaciotemporales en los municipios y microrregiones de São Paulo. Se utilizó una inferencia bayesiana para el modelo gaussiano latente con modelo de Poisson inflado cero a través de la aproximación de Laplace anidada integrada en el análisis espacial para evaluar las asociaciones entre las tasas de incidencia de meningitis neumocócica y las variables socioeconómicas de interés en las microrregiones de São Paulo. De 2005 a 2013, se informaron 3.963 casos de meningitis neumocócica en São Paulo. Los niños menores de 5 años fueron los más afectados en todo el periodo. En el período posterior a la vacunación, las tasas de incidencia de meningitis neumocócica disminuyeron entre esta población, especialmente entre los lactantes (de 4,17/100.000 en 2005 a 2,54/100.000 en 2013). Se encontraron dos conglomerados en la prevacunación: uno de bajo riesgo de meningitis neumocócica, en el noroeste del estado (OR = 0.45, p = 0.0003); y otro de alto riesgo en el sureste (OR = 1.62, p = 0.0000). En el periodo posvacunación, solo se mantuvo un conglomerado de alto riesgo, en el sureste (RR = 1.97, p = 0.0570). En el análisis bayesiano, la riqueza fue la única variable asociada positivamente a la meningitis neumocócica (RR = 1,026; IC del 95%: 1,002-1,052). La meningitis neumocócica probablemente esté infradiagnosticada y subestimada en São Paulo. Las tasas diferenciadas de diagnóstico y notificación de meningitis neumocócica en cada microrregión, según el Índice de Responsabilidad Social de São Paulo, podrían explicar nuestros resultados.

Files

154528.pdf

Files (1.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:543dfc6273b391eabff1a71435a21817
1.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التحليل المكاني لالتهاب السحايا بالمكورات الرئوية في ساو باولو في فترة ما قبل التحصين وما بعده
Translated title (French)
Analyse spatiale de la méningite à pneumocoque à São Paulo avant et après la vaccination
Translated title (Spanish)
Análisis espacial de la meningitis neumocócica en São Paulo en la era previa y posterior a la inmunización

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2961262882
DOI
10.11606/s1518-8787.2019053001183

Is supplement to
https://openalex.org/W99269497 (Other)
https://openalex.org/W3018972206 (Other)
https://openalex.org/W3011412630 (Other)
https://openalex.org/W2963060457 (Other)
https://openalex.org/W2616625480 (Other)
https://openalex.org/W2413647221 (Other)
https://openalex.org/W2356107458 (Other)
https://openalex.org/W2171675135 (Other)
https://openalex.org/W2106385528 (Other)
https://openalex.org/W2047478690 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Guatemala

References

  • https://openalex.org/W1970143540
  • https://openalex.org/W1981338304
  • https://openalex.org/W1989122451
  • https://openalex.org/W2014459303
  • https://openalex.org/W2020278497
  • https://openalex.org/W2031161044
  • https://openalex.org/W2051453885
  • https://openalex.org/W2086767598
  • https://openalex.org/W2089606432
  • https://openalex.org/W2091290003
  • https://openalex.org/W2092915795
  • https://openalex.org/W2099033918
  • https://openalex.org/W2116811626
  • https://openalex.org/W2127699766
  • https://openalex.org/W2150252438
  • https://openalex.org/W2154941458
  • https://openalex.org/W2157583453
  • https://openalex.org/W2163480358
  • https://openalex.org/W2194514727
  • https://openalex.org/W2281100928
  • https://openalex.org/W2285890775
  • https://openalex.org/W2337436182
  • https://openalex.org/W2343785966
  • https://openalex.org/W2559766601
  • https://openalex.org/W2622815131
  • https://openalex.org/W2772238222
  • https://openalex.org/W2916797413