Published December 1, 2017
| Version v1
Publication
Open
The complete chloroplast genome sequence of Asian Palmyra palm (Borassus flabellifer)
Creators
- 1. Kasetsart University
Description
Borassus flabellifer or Asian Palmyra palm is widely distributed in South and Southeast Asia and is horticultural and economic importance for its fruit and palm sugar production. However, its population is in rapid decline, and only a few genetic data are available. We sequenced the complete chloroplast (cp) genome of B. flabellifer to provide its genetic data for further utilization.The cp genome was obtained by Illumina sequencing and manual gap fillings providing 160,021 bp in length containing a pair of inverted repeats (IRs) with 27,256 bp. These IRs divide the genome into a large single copy region 87,444 bp and a small single copy region 18,065 bp. In total, 113 unique genes, 134 SSRs and 47 large repeats were identified. This is the first complete cp genome reported in the genus Borassus. A comparative analysis among members of the Borasseae tribe revealed that the B. flabellifer cp genome is, so far, the largest and the cp genomes of this tribe have a similar structure, gene number and gene arrangement. A phylogenetic tree reconstructed based on 74 protein-coding genes from 70 monocots demonstrates short branch lengths indicating slow evolutionary rates of cp genomes in family Arecaceae.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
ينتشر نخيل بوراسوس فلابيليفر أو نخيل تدمر الآسيوي على نطاق واسع في جنوب وجنوب شرق آسيا وله أهمية بستانية واقتصادية لإنتاج الفواكه وسكر النخيل. ومع ذلك، فإن عدد سكانها في انخفاض سريع، ولا يتوفر سوى عدد قليل من البيانات الوراثية. قمنا بتسلسل جينوم البلاستيدات الخضراء الكامل (cp) لـ B. flabellifer لتوفير بياناته الوراثية لمزيد من الاستخدام. تم الحصول على جينوم cp عن طريق تسلسل Illumina وحشوات الفجوة اليدوية التي توفر 160،021 نقطة أساس في الطول تحتوي على زوج من التكرارات المقلوبة (IRs) مع 27،256 نقطة أساس. تقسم هذه IRs الجينوم إلى منطقة نسخة واحدة كبيرة 87,444 نقطة أساس ومنطقة نسخة واحدة صغيرة 18,065 نقطة أساس. في المجموع، تم تحديد 113 جينًا فريدًا و 134 SSRs و 47 تكرارًا كبيرًا. هذا هو أول جينوم cp كامل تم الإبلاغ عنه في جنس البوراسوس. كشف تحليل مقارن بين أعضاء قبيلة البوراس أن جينوم B. flabellifer cp هو، حتى الآن، الأكبر وجينوم cp لهذه القبيلة له بنية مماثلة ورقم جيني وترتيب جيني. تظهر شجرة تطور السلالات التي أعيد بناؤها بناءً على 74 جينًا مشفرًا للبروتين من 70 مونوكوت أطوال فروع قصيرة تشير إلى معدلات تطورية بطيئة لجينوم cp في عائلة Arecaceae.Translated Description (French)
Borassus flabellifer ou palmier Palmyre asiatique est largement distribué en Asie du Sud et du Sud-Est et revêt une importance horticole et économique pour sa production de fruits et de sucre de palme. Cependant, sa population est en déclin rapide et seules quelques données génétiques sont disponibles. Nous avons séquencé le génome chloroplastique complet (cp) de B. flabellifer pour fournir ses données génétiques en vue d'une utilisation ultérieure. Le génome cp a été obtenu par séquençage des illumines et par obturations manuelles fournissant 160 021 bp de longueur contenant une paire de répétitions inversées (IR) avec 27 256 bp. Ces IR divisent le génome en une grande région de copie unique de 87 444 pb et une petite région de copie unique de 18 065 pb. Au total, 113 gènes uniques, 134 SSR et 47 grandes répétitions ont été identifiés. Il s'agit du premier génome complet de cp rapporté dans le genre Borassus. Une analyse comparative entre les membres de la tribu Borasseae a révélé que le génome de B. flabellifer cp est, jusqu'à présent, le plus grand et que les génomes cp de cette tribu ont une structure, un numéro de gène et un arrangement génique similaires. Un arbre phylogénétique reconstruit sur la base de 74 gènes codant pour des protéines à partir de 70 monocotylédones démontre des longueurs de branches courtes indiquant des taux d'évolution lents des génomes cp dans la famille des Arecaceae.Translated Description (Spanish)
La palma de Borassus flabellifer o palma asiática se distribuye ampliamente en el sur y sudeste de Asia y tiene importancia hortícola y económica por su producción de fruta y azúcar de palma. Sin embargo, su población está en rápido declive y solo se dispone de unos pocos datos genéticos. Secuenciamos el genoma completo del cloroplasto (cp) de B. flabellifer para proporcionar sus datos genéticos para su posterior utilización. El genoma de cp se obtuvo mediante secuenciación Illumina y rellenos de huecos manuales que proporcionan 160.021 pb de longitud que contienen un par de repeticiones invertidas (IR) con 27.256 pb. Estos IR dividen el genoma en una región de copia única grande de 87 444 pb y una región de copia única pequeña de 18 065 pb. En total, se identificaron 113 genes únicos, 134 SSR y 47 repeticiones grandes. Este es el primer genoma completo de cp reportado en el género Borassus. Un análisis comparativo entre los miembros de la tribu Borasseae reveló que el genoma cp de B. flabellifer es, hasta ahora, el más grande y los genomas cp de esta tribu tienen una estructura, número de genes y disposición de genes similares. Un árbol filogenético reconstruido en base a 74 genes codificantes de proteínas de 70 monocotiledóneas demuestra longitudes de rama cortas que indican tasas evolutivas lentas de genomas de cp en la familia Arecaceae.Files
s13104-017-3077-8.pdf
Files
(1.8 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b51e6dd1aebbfd8f55d341c1c16a787a
|
1.8 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تسلسل جينوم البلاستيدات الخضراء الكامل لنخيل تدمر الآسيوي (Borassus flabellifer)
- Translated title (French)
- La séquence complète du génome chloroplastique du palmier asiatique de Palmyre (Borassus flabellifer)
- Translated title (Spanish)
- La secuencia completa del genoma del cloroplasto de la palma asiática de Palmira (Borassus flabellifer)
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2773007174
- DOI
- 10.1186/s13104-017-3077-8
References
- https://openalex.org/W1972536416
- https://openalex.org/W1986665889
- https://openalex.org/W1992840604
- https://openalex.org/W2027448315
- https://openalex.org/W2033713984
- https://openalex.org/W2035740033
- https://openalex.org/W2056647393
- https://openalex.org/W2065155050
- https://openalex.org/W2072623734
- https://openalex.org/W2076410625
- https://openalex.org/W2081273484
- https://openalex.org/W2081561808
- https://openalex.org/W2103651180
- https://openalex.org/W2124281279
- https://openalex.org/W2129156298
- https://openalex.org/W2131271579
- https://openalex.org/W2136436332
- https://openalex.org/W2139229065
- https://openalex.org/W2147096538
- https://openalex.org/W2164238022
- https://openalex.org/W2511089141
- https://openalex.org/W2761154308
- https://openalex.org/W2762884142
- https://openalex.org/W9670576