Published January 1, 2014 | Version v1
Publication Open

O Serogroup-Specific Touchdown-Multiplex Polymerase Chain Reaction for Detection and Identification of<i>Vibrio cholerae</i>O1, O139, and Non-O1/Non-O139

Creators

  • 1. Mahidol University
  • 2. University of Phayao
  • 3. Hokkaido University
  • 4. Suratthani Rajabhat University
  • 5. Thammasat University

Description

A novel, sensitive locus-specific touchdown-multiplex polymerase chain reaction (TMPCR), which is based on two-stage amplification pertaining to multiplex PCR and conditional touchdown strategy, was used in detecting and differentiating Vibrio cholerae serogroups. A panel of molecular marker-based TMPCR method generates reproducible profiles of V. cholerae-specific (588 bp) amplicons derived from ompW gene encoding the outer membrane protein and serogroup-specific amplicons, 364 bp for the O1 and 256 bp for the O139, authentically copied from rfb genes responsible for the lipopolysaccharide biosynthesis. The TMPCR amplification efficiency yields either equally or unequally detectable duplex DNA bands of the O1 (588 and 364 bp) and O139 (588 and 256 bp) or a DNA fragment of non-O1/non-O139 (588 bp) while providing no false positive identifications using the genomic DNA templates of the other vibrios and Enterobacteriaceae. The reciprocal analysis of two-template combinations demonstrated that, using V. cholerae O1, O139, or equally mixed O1 and O139, the TMPCR had a detection limit of as low as 100 pg of the O1, O139, or non-O1/non-O139 in reactions containing unequally or equally mixed gDNAs. In addition, the O serogroup-specific TMPCR method had 100% agreement with the serotyping method when examined for the serotyped V. cholerae reference strains and those recovered from clinical samples. The potential benefit of using this TMPCR tool would augment the serotyping method used in epidemiological surveillance and monitoring of V. cholerae serogroups, O1, O139, and non-O1/non-O139 present in clinical and environmental samples.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم استخدام تفاعل سلسلة بوليميراز متعدد البلمرة جديد وحساس لموضع معين (TMPCR)، والذي يعتمد على تضخيم على مرحلتين يتعلق باستراتيجية تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد واستراتيجية الهبوط الشرطي، في اكتشاف وتمييز مجموعات الضمة الكوليرية المصلية. تولد لوحة من طريقة TMPCR القائمة على العلامات الجزيئية ملفات تعريف قابلة للتكرار لأمبيليكونات خاصة بالكوليرا (588 نقطة أساس) مشتقة من جين ompW الذي يشفر بروتين الغشاء الخارجي وأمبيليكونات خاصة بالمجموعة المصلية، 364 نقطة أساس لـ O1 و 256 نقطة أساس لـ O139، تم نسخها بشكل أصلي من جينات rfb المسؤولة عن التخليق الحيوي لعديد السكاريد الشحمي. تنتج كفاءة تضخيم TMPCR إما بشكل متساوٍ أو غير قابل للكشف بشكل متساوٍ عن نطاقات الحمض النووي المزدوج لـ O1 (588 و 364 نقطة أساس) و O139 (588 و 256 نقطة أساس) أو جزء من الحمض النووي لغير O1/غير O139 (588 نقطة أساس) مع عدم تقديم أي تعريفات إيجابية خاطئة باستخدام قوالب الحمض النووي الجينومية للذبذبات الأخرى والبكتيريا المعوية. أظهر التحليل المتبادل للتوليفات ثنائية القالب أنه باستخدام V. cholerae O1 أو O139 أو O1 مختلطة بالتساوي و O139، كان لـ TMPCR حد اكتشاف منخفض يصل إلى 100 جزء من الغرام من O1 أو O139 أو غير O1/non - O139 في التفاعلات التي تحتوي على حمض نووي عالمي مختلط بشكل غير متساوٍ أو متساوٍ. بالإضافة إلى ذلك، كانت طريقة TMPCR الخاصة بالمجموعة المصلية O متفقة بنسبة 100 ٪ مع طريقة التنميط المصلي عند فحص السلالات المرجعية لـ V. الكوليرا وتلك التي تم استردادها من العينات السريرية. من شأن الفائدة المحتملة لاستخدام أداة TMPCR هذه أن تزيد من طريقة التنميط المصلي المستخدمة في المراقبة الوبائية ومراقبة مجموعات الكوليرا المصلية، O1، O139، وغير O1/non - O139 الموجودة في العينات السريرية والبيئية.

Translated Description (French)

Une nouvelle réaction en chaîne par polymérase (TMPCR) sensible et spécifique au locus, basée sur une amplification en deux étapes relative à la PCR multiplexe et à la stratégie de toucher conditionnel, a été utilisée pour détecter et différencier les sérogroupes de Vibrio cholerae. Un panel de méthodes TMPCR basées sur des marqueurs moléculaires génère des profils reproductibles d'amplicons spécifiques de V. cholerae (588 pb) dérivés du gène ompW codant pour la protéine de la membrane externe et des amplicons spécifiques du sérogroupe, 364 pb pour l'O1 et 256 pb pour l'O139, authentiquement copiés à partir des gènes rfb responsables de la biosynthèse des lipopolysaccharides. L'efficacité de l'amplification TMPCR donne des bandes d'ADN duplex détectables de manière égale ou inégale des O1 (588 et 364 pb) et O139 (588 et 256 pb) ou un fragment d'ADN de non-O1/non-O139 (588 pb) tout en ne fournissant aucune identification faussement positive à l'aide des modèles d'ADN génomique des autres vibrios et Enterobacteriaceae. L'analyse réciproque des combinaisons à deux modèles a démontré que, en utilisant V. cholerae O1, O139 ou O1 et O139 également mélangés, le TMPCR avait une limite de détection aussi basse que 100 pg de O1, O139 ou non-O1/non-O139 dans les réactions contenant des ADNg inégalement ou également mélangés. De plus, la méthode TMPCR spécifique au sérogroupe O était en accord à 100% avec la méthode de sérotypage lorsqu'elle était examinée pour les souches de référence sérotypées de V. cholerae et celles récupérées à partir d'échantillons cliniques. L'avantage potentiel de l'utilisation de cet outil TMPCR augmenterait la méthode de sérotypage utilisée dans la surveillance épidémiologique et la surveillance des sérogroupes de V. cholerae, O1, O139 et non-O1/non-O139 présents dans les échantillons cliniques et environnementaux.

Translated Description (Spanish)

Para detectar y diferenciar los serogrupos de Vibrio cholerae se utilizó una nueva reacción en cadena de la polimerasa múltiplex de toma de contacto (TMPCR) específica del locus, que se basa en la amplificación en dos etapas relacionada con la PCR múltiple y la estrategia de toma de contacto condicional. Un panel de métodos de TMPCR basados en marcadores moleculares genera perfiles reproducibles de amplicones específicos de V. cholerae (588 pb) derivados del gen ompW que codifica la proteína de la membrana externa y los amplicones específicos del serogrupo, 364 pb para el O1 y 256 pb para el O139, auténticamente copiados de los genes rfb responsables de la biosíntesis de lipopolisacáridos. La eficiencia de amplificación de TMPCR produce bandas de ADN dúplex detectables de manera igual o desigual de O1 (588 y 364 pb) y O139 (588 y 256 pb) o un fragmento de ADN de no O1/no O139 (588 pb) mientras que no proporciona identificaciones de falsos positivos utilizando las plantillas de ADN genómico de los otros vibrios y Enterobacteriaceae. El análisis recíproco de combinaciones de dos plantillas demostró que, usando V. cholerae O1, O139 o O1 y O139 igualmente mezclados, la TMPCR tenía un límite de detección de tan solo 100 pg de O1, O139 o no O1/no O139 en reacciones que contenían ADNg desigual o igualmente mezclados. Además, el método TMPCR específico del serogrupo O tuvo un 100% de acuerdo con el método de serotipado cuando se examinó para las cepas de referencia de V. cholerae serotipadas y las recuperadas de muestras clínicas. El beneficio potencial del uso de esta herramienta de TMPCR aumentaría el método de serotipificación utilizado en la vigilancia epidemiológica y el monitoreo de los serogrupos de V. cholerae, O1, O139 y no O1/no O139 presentes en muestras clínicas y ambientales.

Files

295421.pdf.pdf

Files (15.8 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:bf99e23f76840d6a8bd83fede7f6377d
15.8 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تفاعل سلسلة البلمرة متعددة الإرسال الخاصة بالمجموعة المصلية للكشف عن<i>الضمة الكوليرية</i> O1 و O139 و Non - O1/Non - O139 وتحديدها
Translated title (French)
O Réaction en chaîne de la polymérase multiple par toucher spécifique au sérogroupe pour la détection et l'identification de<i>Vibrio cholerae</i>O1, O139 et Non-O1/Non-O139
Translated title (Spanish)
O Reacción en cadena de la polimerasa múltiple de toma de contacto específica de serogrupo para la detección e identificación de<i>Vibrio cholerae</i>O1, O139 y no O1/no O139

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2164533989
DOI
10.1155/2014/295421

Is supplement to
https://openalex.org/W2367685784 (Other)
https://openalex.org/W2365936718 (Other)
https://openalex.org/W2113143881 (Other)
https://openalex.org/W2083048402 (Other)
https://openalex.org/W2066005224 (Other)
https://openalex.org/W2022342056 (Other)
https://openalex.org/W2005692745 (Other)
https://openalex.org/W1975323116 (Other)
https://openalex.org/W1943019319 (Other)
https://openalex.org/W1585187208 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1536969345
  • https://openalex.org/W1575958183
  • https://openalex.org/W1579119280
  • https://openalex.org/W1581370790
  • https://openalex.org/W1598064331
  • https://openalex.org/W1604954435
  • https://openalex.org/W1608772322
  • https://openalex.org/W1749898789
  • https://openalex.org/W1972753109
  • https://openalex.org/W1973512615
  • https://openalex.org/W1997580064
  • https://openalex.org/W2009197833
  • https://openalex.org/W2017552723
  • https://openalex.org/W2039421020
  • https://openalex.org/W2041781524
  • https://openalex.org/W2058253288
  • https://openalex.org/W2062374917
  • https://openalex.org/W2079489537
  • https://openalex.org/W2082647603
  • https://openalex.org/W2083996077
  • https://openalex.org/W2100329192
  • https://openalex.org/W2102789355
  • https://openalex.org/W2108301297
  • https://openalex.org/W2110269877
  • https://openalex.org/W2111409242
  • https://openalex.org/W2116771891
  • https://openalex.org/W2119470061
  • https://openalex.org/W2141107702
  • https://openalex.org/W2144887251
  • https://openalex.org/W2145447900
  • https://openalex.org/W2155445530
  • https://openalex.org/W2157238139
  • https://openalex.org/W2161325592
  • https://openalex.org/W2172056505
  • https://openalex.org/W4244240372
  • https://openalex.org/W4391337645
  • https://openalex.org/W626121201