Published February 18, 2016 | Version v1
Publication Open

Study on LOC426217 as a candidate gene for beak deformity in chicken

Creators

  • 1. Chinese Academy of Agricultural Sciences

Description

Background: The beak deformity (crossed beaks) was found in some indigenous chickens of China, such as Beijing-You (BJY), Qingyuan Partridge, and Huxu Chickens.Birds with deformed beaks have reduced feed intake and drinking, impeded growth rate, and poor production performance.Beak deformity reduces the economy of poultry industry and affects animal welfare as well.The genetic basis of this malformation remains incompletely understood.LOC426217, also named claw keratin-like, was the most up-regulated gene in the deformed beaks from a previous digital gene expression (DGE) analysis and was selected as an important candidate gene for further analysis.Results: In the present study, quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was firstly performed to determine the expression pattern of LOC426217 gene in deformed and normal beaks to verify the DGE results.Tissue-specific expression profile of this gene in 14 tissues was also determined using qRT-PCR.The LOC426217 was amplified from the genomic DNA of 171 deformed and 164 normal beaks, and sequenced to detect the single nucleotide polymorphisms (SNPs).The results showed that LOC426217 was significantly high-expressed in the deformed beaks, which was in good agreement with the DGE results.This gene was specifically high-expressed in beaks than other tissues.Eight SNPs were detected in LOC426217: -62G > T, 24 T > C, 36G > C, 192A > T, 204C > T, 222 T > C, 285G > T, and 363 T > C. Genotype frequency of G-62 T, T24C, G36C, T222C, and T363C loci was significant different between deformed and normal beaks.Haplotype analysis revealed one block with SNPs T24C and G36C, and one block with SNPs A192T, C204T, T222C, and G285T in normal birds, while the block with SNPs G36C and A192T in deformed ones.Conclusions: It was concluded from these results that the over-expression of LOC426217 in the beak maybe related to the malformation.The polymorphisms of LOC426217 gene were associated with the beak deformity trait where the SNPs of G-62 T, T24C, G36C, T222C, and T363C loci maybe used as markers.The specific haplotype block in deformed birds may be a potential linkage marker for this trait.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

معلومات أساسية: تم العثور على تشوه المنقار (المناقير المتقاطعة) في بعض الدجاج الأصلي في الصين، مثل بكين- يو (BJY)، وتشينغيوان بارتريدج، ودجاج هوكسو. قللت الطيور ذات المناقير المشوهة من تناول الأعلاف وشربها، وأعاقت معدل النمو، وضعفت أداء الإنتاج. يقلل تشوه المنقار من اقتصاد صناعة الدواجن ويؤثر على رفاهية الحيوان أيضًا. لا يزال الأساس الجيني لهذا التشوه غير مفهوم تمامًا. LOC426217، المسمى أيضًا بمخلب الكيراتين، كان الجين الأكثر تنظيمًا في المناقير المشوهة من تعبير جيني رقمي سابق (DGE) تحليل وتم اختياره كجين مرشح مهم لمزيد من التحليل .النتائج: في هذه الدراسة، تم إجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الفعلي (qRT - PCR) أولاً لتحديد نمط التعبير عن الجين LOC426217 في المناقير المشوهة والطبيعية للتحقق من نتائج DGE. كما تم تحديد ملف تعريف التعبير الخاص بالأنسجة لهذا الجين في 14 نسيجًا باستخدام qRT - PCR. تم تضخيم LOC426217 من الحمض النووي الجيني لـ 171 من المناقير المشوهة و 164 من المناقير العادية، وتم تسلسله للكشف عن تعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة (SNPs). أظهرت النتائج أن LOC426217 تم التعبير عنه بشكل كبير في المناقير المشوهة، والتي تم تضخيمها في اتفاق جيد مع نتائج DGE. كان هذا الجين مرتفعًا على وجه التحديد في المناقير أكثر من الأنسجة الأخرى. تم اكتشاف ثمانية مواقع SNPs في LOC426217: -62G > T، 24 T > C، 36G > C، 192A > T، 204C > T، 222 T > C، 285G > T، و 363 T > C. تردد النمط الجيني لـ G -62 T، T24C، G36C، T222C، و T363C كان مختلفًا اختلافًا كبيرًا بين المناقير المشوهة والطبيعية. كشف تحليل النمط الفردي عن كتلة واحدة مع SNPs T24C و G36C، وكتلة واحدة مع SNPs A192T، و C204T، و T222C، و G285T في الطيور العادية، في حين أن الكتلة مع SNPs G36C و A192T في علامات مشوهة. قد تكون النتائج: تم استنتاج من هذه النتائج أن الإفراط في التعبير عن LOC4267 في تشوه ربما يكون مرتبطًا بتعدد الأشكال. ارتبطت LOC267 مع تشوه الجينات الجينات في TPs T362C، و T362C، و T362C، و T362C في علامات تشوه محددة.

Translated Description (French)

Contexte : La déformation du bec (becs croisés) a été trouvée chez certains poulets indigènes de Chine, tels que les poulets Beijing-You (BJY), Qingyuan Partridge et Huxu.Les oiseaux avec des becs déformés ont une consommation et une consommation d'aliments réduites, un taux de croissance entravé et de mauvaises performances de production.La déformation du bec réduit l'économie de l'industrie avicole et affecte également le bien-être des animaux.La base génétique de cette malformation reste incomplètement comprise.LOC426217, également appelé claw keratin-like, était le gène le plus régulé à la hausse dans les becs déformés d'une expression génique numérique précédente (DGE) analyse et a été sélectionné comme un gène candidat important pour une analyse plus approfondie.Résultats : Dans la présente étude, une PCR quantitative en temps réel (qRT-PCR) a d'abord été réalisée pour déterminer le modèle d'expression du gène LOC426217 dans les becs déformés et normaux afin de vérifier les résultats de la DGE.Le profil d'expression spécifique des tissus de ce gène dans 14 tissus a également été déterminé à l'aide de la qRT-PCR.Le LOC426217 a été amplifié à partir de l'ADN génomique de 171 becs déformés et 164 becs normaux, et séquencé pour détecter les polymorphismes nucléotidiques uniques (SNP). Les résultats ont montré que le LOC426217 était significativement fortement exprimé dans les becs déformés, ce qui a été en bon accord avec les résultats de la DGE. Ce gène était spécifiquement fortement exprimé dans les becs que dans d'autres tissus. Huit SNP ont été détectés dans LOC426217 : -62G > T, 24 T > C, 36G > C, 192A > T, 204C > T, 222 T > C, 285G > T et 363 T > C. La fréquence génotypique des locus G-62 T, T24C, G36C, T222C et T363C était significativement différente entre les becs déformés et normaux. L'analyse des haplotypes a révélé un bloc avec les SNP T24C et G36C et un bloc avec les SNP A192T, C204T, T222C et G285T chez les oiseaux normaux, tandis que le bloc avec les SNP G36C et A192T chez les oiseaux déformés. Conclusions : Il a été conclu de ces résultats que la surexpression de LOC426217 dans le bec était peut-être liée à la malformation. Les polymorphismes du gène LOC426217 peuvent être associés au trait de déformation du bec où les SNP de G-62, T24C, G36C, T222C et T363C peuvent être utilisés comme marqueurs. Les haplotypes spécifiques dans le bec peuvent être liés à ce trait de liaison potentiel.

Translated Description (Spanish)

Antecedentes: La deformidad del pico (picos cruzados) se encontró en algunos pollos indígenas de China, como los pollos Beijing-You (BJY), Qingyuan Partridge y Huxu. Las aves con picos deformados han reducido la ingesta y el consumo de alimentos, han impedido la tasa de crecimiento y han tenido un rendimiento de producción deficiente. La deformidad del pico reduce la economía de la industria avícola y también afecta el bienestar animal. La base genética de esta malformación sigue siendo incompleta. LOC426217, también llamada similar a la queratina de la garra, fue el gen más regulado al alza en los picos deformados de una expresión génica digital (DGE) anterior. análisis y se seleccionó como un gen candidato importante para un análisis adicional. Resultados: En el presente estudio, se realizó en primer lugar una PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) para determinar el patrón de expresión del gen LOC426217 en picos deformados y normales para verificar los resultados de DGE. El perfil de expresión específico de tejido de este gen en 14 tejidos también se determinó utilizando qRT-PCR.El LOC426217 se amplificó a partir del ADN genómico de 171 picos deformados y 164 picos normales, y se secuenció para detectar los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). Los resultados mostraron que LOC426217 se expresó significativamente en los picos deformados, que fue en buena concordancia con los resultados de DGE. Este gen se expresó específicamente alto en los picos que en otros tejidos. Se detectaron ocho SNP en LOC426217: -62G > T, 24 T > C, 36G > C, 192A > T, 204C > T, 222 T > C, 285G > T y 363 T > C. La frecuencia del genotipo de los loci G-62 T, T24C, G36C, T222C y T363C fue significativamente diferente entre los picos deformados y normales. El análisis del haplotipo reveló un bloque con los SNP T24C y G36C, y un bloque con los SNP A192T, C204T, T222C y G285T en aves normales, mientras que el bloque con los SNP G36C y A192T en los deformados. Conclusiones: Se concluyó a partir de estos resultados que la sobreexpresión de LOC426217 en el pico puede estar relacionada con la malformación. Los polimorfismos del gen LOC426217 se asociaron con el rasgo de deformidad del pico donde los SNP de G-62, T24C, G36C, T222C y T363C tal vez se usaron como marcadores de loci. El haplotipo específico en aves deformadas puede ser un marcador de trait.

Files

s12863-016-0353-x.pdf

Files (1.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:957e9f4dd981d0935fea26ba584f6a81
1.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
دراسة على LOC426217 كجين مرشح لتشوه المنقار في الدجاج
Translated title (French)
Étude sur le LOC426217 en tant que gène candidat pour la déformation du bec chez le poulet
Translated title (Spanish)
Estudio sobre LOC426217 como gen candidato para la deformidad del pico en pollos

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2284111312
DOI
10.1186/s12863-016-0353-x

Is supplement to
https://openalex.org/W860817473 (Other)
https://openalex.org/W2410452464 (Other)
https://openalex.org/W2377221997 (Other)
https://openalex.org/W2327017833 (Other)
https://openalex.org/W2283861756 (Other)
https://openalex.org/W2077555454 (Other)
https://openalex.org/W2072704524 (Other)
https://openalex.org/W1967429441 (Other)
https://openalex.org/W1966708416 (Other)
https://openalex.org/W1901150897 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1957167348
  • https://openalex.org/W1965610100
  • https://openalex.org/W2005272871
  • https://openalex.org/W2015171578
  • https://openalex.org/W2035168188
  • https://openalex.org/W2036303174
  • https://openalex.org/W2046108663
  • https://openalex.org/W2065276461
  • https://openalex.org/W2068834392
  • https://openalex.org/W2070534356
  • https://openalex.org/W2074067714
  • https://openalex.org/W2083877599
  • https://openalex.org/W2084754778
  • https://openalex.org/W2091846413
  • https://openalex.org/W2092769703
  • https://openalex.org/W2095606032
  • https://openalex.org/W2096335633
  • https://openalex.org/W2099789305
  • https://openalex.org/W2101074588
  • https://openalex.org/W2107277218
  • https://openalex.org/W2135732313
  • https://openalex.org/W2138270253
  • https://openalex.org/W2145203699
  • https://openalex.org/W2148158431
  • https://openalex.org/W2152664025
  • https://openalex.org/W2155345348
  • https://openalex.org/W2160792303
  • https://openalex.org/W2162530578
  • https://openalex.org/W2162798237
  • https://openalex.org/W2166738478
  • https://openalex.org/W2166860313
  • https://openalex.org/W2171065783
  • https://openalex.org/W2192080449
  • https://openalex.org/W276079806
  • https://openalex.org/W4235741716
  • https://openalex.org/W597079536