Published September 1, 2012 | Version v1
Publication Open

Low selection rate of HLA-anchor escape mutations in HIV after transmission of subtype B and recombinants BF strains patients from Argentina

Creators

  • 1. Fundación Huésped

Description

Background The immune response of HIV-infected individuals shapes the evolution of the virus by selecting escape mutation. After transmission to a new host, the HLA-mediated immune pressure changes. The objective of our study was to characterize the dynamics of HLA-anchor escape mutations after transmission. Methods We studied 6 transmission events between members of serodiscordant couples collecting blood samples from the donor and the previously seronegative-partner at the moment of seroconversion, and a second sample at least 6 months post-infection. HLA-I typing was performed by the SSOP-PCR method. The viral gene gag was amplified by RT-PCR and cloned into the pGEM-T vector for viral quasiespecies analysis. Transmitted strain was identified by phylogenetic analysis. Escape mutation was defined as viral polimorphisms located in HLA-anchor position that eliminate an epitope predicted by the NetMHC (CBS Prediction Server). Significant variations in the number

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

خلفية تشكل الاستجابة المناعية للأفراد المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية تطور الفيروس عن طريق اختيار طفرة الهروب. بعد الانتقال إلى مضيف جديد، يتغير الضغط المناعي بوساطة HLA. كان الهدف من دراستنا هو توصيف ديناميكيات طفرات هروب مرساة HLA بعد الانتقال. الطرق درسنا 6 أحداث انتقال بين أفراد من الأزواج غير المتوافقين مع المصل يجمعون عينات الدم من المتبرع والشريك السلبي المصل سابقًا في لحظة انقلاب المصل، وعينة ثانية بعد 6 أشهر على الأقل من العدوى. تم إجراء كتابة HLA - I بواسطة طريقة SSOP - PCR. تم تضخيم الكمامة الجينية الفيروسية بواسطة RT - PCR واستنساخها في ناقل pGEM - T لتحليل أشباه الأنواع الفيروسية. تم تحديد السلالة المنقولة عن طريق التحليل الوراثي. تم تعريف طفرة الهروب على أنها تعدد الأشكال الفيروسية الموجودة في موضع مرساة HLA التي تقضي على الحاتمة التي تنبأ بها NetMHC (خادم التنبؤ CBS). اختلافات كبيرة في العدد

Translated Description (French)

Contexte La réponse immunitaire des personnes infectées par le VIH façonne l'évolution du virus en sélectionnant la mutation d'échappement. Après transmission à un nouvel hôte, la pression immunitaire médiée par HLA change. L'objectif de notre étude était de caractériser la dynamique des mutations d'échappement HLA-ancre après transmission. Méthodes Nous avons étudié 6 événements de transmission entre les membres de couples sérodiscordants prélevant des échantillons de sang du donneur et du partenaire précédemment séronégatif au moment de la séroconversion, et un deuxième échantillon au moins 6 mois après l'infection. Le typage HLA-I a été effectué par la méthode SSOP-PCR. Le gène viral gag a été amplifié par RT-PCR et cloné dans le vecteur pGEM-T pour l'analyse de la quasi-espèce virale. La souche transmise a été identifiée par analyse phylogénétique. La mutation d'échappement a été définie comme des polimorphismes viraux situés en position d'ancrage HLA qui éliminent un épitope prédit par le NetMHC (CBS Prediction Server). Variations significatives du nombre

Translated Description (Spanish)

Antecedentes La respuesta inmune de los individuos infectados por el VIH da forma a la evolución del virus mediante la selección de la mutación de escape. Después de la transmisión a un nuevo huésped, la presión inmune mediada por HLA cambia. El objetivo de nuestro estudio fue caracterizar la dinámica de las mutaciones de escape del anclaje HLA después de la transmisión. Métodos Estudiamos 6 eventos de transmisión entre miembros de parejas serodiscordantes recolectando muestras de sangre del donante y de la pareja previamente seronegativa en el momento de la seroconversión, y una segunda muestra al menos 6 meses después de la infección. La tipificación de HLA-I se realizó mediante el método SSOP-PCR. El gen viral gag se amplificó mediante RT-PCR y se clonó en el vector pGEM-T para el análisis de cuasiespecies virales. La cepa transmitida se identificó mediante análisis filogenético. La mutación de escape se definió como polimorfismos virales ubicados en la posición de anclaje de HLA que eliminan un epítopo predicho por el NetMHC (CBS Prediction Server). Variaciones significativas en el número

Files

1742-4690-9-S2-P140.pdf

Files (203.5 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:736e0415d2b9fd1e7e308ebf84bfc5c9
203.5 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
انخفاض معدل اختيار طفرات الهروب من مرساة HLA في فيروس نقص المناعة البشرية بعد انتقال النوع الفرعي B والمواد المؤتلفة BF يجهد المرضى من الأرجنتين
Translated title (French)
Faible taux de sélection des mutations d'échappement de l'ancre HLA dans le VIH après transmission de souches de sous-type B et de recombinants BF provenant d'Argentine
Translated title (Spanish)
Baja tasa de selección de mutaciones de escape de anclaje HLA en VIH después de la transmisión de pacientes con cepas de subtipo B y recombinantes BF de Argentina

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2047641428
DOI
10.1186/1742-4690-9-s2-p140

Is supplement to
https://openalex.org/W3036615648 (Other)
https://openalex.org/W2408448169 (Other)
https://openalex.org/W2363997565 (Other)
https://openalex.org/W2182598264 (Other)
https://openalex.org/W2075879923 (Other)
https://openalex.org/W203802859 (Other)
https://openalex.org/W2021824670 (Other)
https://openalex.org/W2009867644 (Other)
https://openalex.org/W1981120125 (Other)
https://openalex.org/W1979044599 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina