Published August 3, 2012
| Version v1
Publication
Open
Characterization of Transposable Elements in the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor
Creators
- 1. Interactions Arbres-Microorganismes
- 2. Institut National de la Recherche Agronomique du Niger
- 3. Oak Ridge National Laboratory
Description
The publicly available Laccaria bicolor genome sequence has provided a considerable genomic resource allowing systematic identification of transposable elements (TEs) in this symbiotic ectomycorrhizal fungus. Using a TE-specific annotation pipeline we have characterized and analyzed TEs in the L. bicolor S238N-H82 genome.TEs occupy 24% of the 60 Mb L. bicolor genome and represent 25,787 full-length and partial copy elements distributed within 171 families. The most abundant elements were the Copia-like. TEs are not randomly distributed across the genome, but are tightly nested or clustered. The majority of TEs exhibits signs of ancient transposition except some intact copies of terminal inverted repeats (TIRS), long terminal repeats (LTRs) and a large retrotransposon derivative (LARD) element. There were three main periods of TE expansion in L. bicolor: the first from 57 to 10 Mya, the second from 5 to 1 Mya and the most recent from 0.5 Mya ago until now. LTR retrotransposons are closely related to retrotransposons found in another basidiomycete, Coprinopsis cinerea.This analysis 1) represents an initial characterization of TEs in the L. bicolor genome, 2) contributes to improve genome annotation and a greater understanding of the role TEs played in genome organization and evolution and 3) provides a valuable resource for future research on the genome evolution within the Laccaria genus.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
وقد وفر تسلسل جينوم لاكاريا ثنائي اللون المتاح للجمهور موردًا جينوميًا كبيرًا يسمح بتحديد منهجي للعناصر القابلة للنقل في هذه الفطريات التكافلية الجذرية. باستخدام خط أنابيب التعليق التوضيحي الخاص بـ TE، قمنا بتمييز وتحليل TEs في جينوم L. bicolor S238N - H82. تحتل TEs 24 ٪ من جينوم 60 Mb L. bicolor وتمثل 25,787 عنصرًا كامل الطول وعناصر نسخة جزئية موزعة داخل 171 عائلة. كانت العناصر الأكثر وفرة هي العناصر الشبيهة بكوبيا. لا يتم توزيع TEs عشوائيًا عبر الجينوم، ولكنها متداخلة أو متجمعة بإحكام. تُظهر غالبية TEs علامات تبديل قديمة باستثناء بعض النسخ السليمة من التكرارات المقلوبة الطرفية (TIRS) والتكرارات الطرفية الطويلة (LTRs) وعنصر مشتق كبير من الناقلة الخلفية (LARD). كانت هناك ثلاث فترات رئيسية من توسع TE في L. bicolor: الأولى من 57 إلى 10 مليون سنة مضت، والثانية من 5 إلى 1 مليون سنة مضت، والأحدث من 0.5 مليون سنة مضت حتى الآن. ترتبط الناقلات الرجعية LTR ارتباطًا وثيقًا بالنقلات الرجعية الموجودة في فطر قاعدي آخر، Coprinopsis cinerea.This التحليل 1) يمثل توصيفًا أوليًا لـ TEs في جينوم L. bicolor، 2) يساهم في تحسين شرح الجينوم وفهم أكبر للدور الذي لعبته TEs في تنظيم الجينوم وتطوره و 3) يوفر موردًا قيمًا للبحوث المستقبلية حول تطور الجينوم داخل جنس Laccaria.Translated Description (French)
La séquence du génome de Laccaria bicolor, accessible au public, a fourni une ressource génomique considérable permettant l'identification systématique des éléments transposables (TE) dans ce champignon ectomycorhizien symbiotique. À l'aide d'un pipeline d'annotation spécifique à l'ET, nous avons caractérisé et analysé les ET dans le génome de L. bicolor S238N-H82. Les ET occupent 24 % du génome de L. bicolor de 60 Mb et représentent 25 787 éléments de copie complète et partielle répartis dans 171 familles. Les éléments les plus abondants étaient les Copia-like. Les ET ne sont pas distribués au hasard dans le génome, mais sont étroitement imbriqués ou regroupés. La majorité des TE présentent des signes de transposition ancienne, à l'exception de quelques copies intactes de répétitions terminales inversées (TIRS), de répétitions terminales longues (LTR) et d'un grand élément dérivé de rétrotransposon (LARD). Il y a eu trois périodes principales d'expansion de TE chez L. bicolor : la première de 57 à 10 Mya, la seconde de 5 à 1 Mya et la plus récente d'il y a 0,5 Mya jusqu'à maintenant. Les rétrotransposons LTR sont étroitement liés aux rétrotransposons trouvés dans un autre basidiomycète, Coprinopsis cinerea.Cette analyse 1) représente une caractérisation initiale des ET dans le génome de L. bicolor, 2) contribue à améliorer l'annotation du génome et une meilleure compréhension du rôle des ET dans l'organisation et l'évolution du génome et 3) fournit une ressource précieuse pour les recherches futures sur l'évolution du génome dans le genre Laccaria.Translated Description (Spanish)
La secuencia del genoma de Laccaria bicolor disponible públicamente ha proporcionado un recurso genómico considerable que permite la identificación sistemática de elementos transponibles (TE) en este hongo ectomicorrízico simbiótico. Utilizando una tubería de anotación específica de TE, hemos caracterizado y analizado los TE en el genoma de L. bicolor S238N-H82. Los TE ocupan el 24% del genoma bicolor de L. de 60 Mb y representan 25 787 elementos de copia completa y parcial distribuidos en 171 familias. Los elementos más abundantes eran los de tipo Copia. Los TE no se distribuyen aleatoriamente en todo el genoma, sino que están estrechamente anidados o agrupados. La mayoría de los TE muestran signos de transposición antigua, excepto algunas copias intactas de repeticiones invertidas terminales (TIRS), repeticiones terminales largas (LTR) y un gran elemento derivado del retrotransposón (LARD). Hubo tres períodos principales de expansión de TE en L. bicolor: el primero de 57 a 10 Mya, el segundo de 5 a 1 Mya y el más reciente desde hace 0,5 Mya hasta ahora. Los retrotransposones LTR están estrechamente relacionados con los retrotransposones que se encuentran en otro basidiomiceto, Coprinopsis cinerea. Este análisis 1) representa una caracterización inicial de los TE en el genoma de L. bicolor, 2) contribuye a mejorar la anotación del genoma y una mayor comprensión del papel que desempeñan los TE en la organización y evolución del genoma y 3) proporciona un recurso valioso para futuras investigaciones sobre la evolución del genoma dentro del género Laccaria.Files
journal.pone.0040197&type=printable.pdf
Files
(913.2 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:2dd06fb8de0d312d0a2b60c3591d6370
|
913.2 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- توصيف العناصر القابلة للانتقال في اللون الثنائي للفطريات اللاكارية ذات الجذور الظاهرية
- Translated title (French)
- Caractérisation des éléments transposables dans le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor
- Translated title (Spanish)
- Caracterización de elementos transponibles en el hongo ectomicorrízico Laccaria bicolor
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2051681748
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0040197
References
- https://openalex.org/W1486939719
- https://openalex.org/W1543846386
- https://openalex.org/W1546626371
- https://openalex.org/W1546639740
- https://openalex.org/W1566597069
- https://openalex.org/W1580719632
- https://openalex.org/W1597884192
- https://openalex.org/W1969079198
- https://openalex.org/W1970623342
- https://openalex.org/W1972151888
- https://openalex.org/W1974856774
- https://openalex.org/W1975170660
- https://openalex.org/W1976569451
- https://openalex.org/W1986010950
- https://openalex.org/W1994500718
- https://openalex.org/W1996203670
- https://openalex.org/W1998671658
- https://openalex.org/W2012694060
- https://openalex.org/W2014329664
- https://openalex.org/W2018312589
- https://openalex.org/W2018483804
- https://openalex.org/W2022414939
- https://openalex.org/W2054170436
- https://openalex.org/W2055159954
- https://openalex.org/W2062361778
- https://openalex.org/W2065461553
- https://openalex.org/W2070573798
- https://openalex.org/W2077252433
- https://openalex.org/W2079247112
- https://openalex.org/W2079308685
- https://openalex.org/W2083697678
- https://openalex.org/W2085708372
- https://openalex.org/W2097382368
- https://openalex.org/W2097706568
- https://openalex.org/W2100311116
- https://openalex.org/W2101183120
- https://openalex.org/W2101844654
- https://openalex.org/W2102208520
- https://openalex.org/W2112544455
- https://openalex.org/W2112814753
- https://openalex.org/W2121004444
- https://openalex.org/W2122111434
- https://openalex.org/W2127705495
- https://openalex.org/W2128460344
- https://openalex.org/W2138739344
- https://openalex.org/W2141878073
- https://openalex.org/W2153217893
- https://openalex.org/W2155235128
- https://openalex.org/W2155562859
- https://openalex.org/W2163960662
- https://openalex.org/W2164799476
- https://openalex.org/W2168547510
- https://openalex.org/W2168909179
- https://openalex.org/W2171242644
- https://openalex.org/W2171787842
- https://openalex.org/W2282993205
- https://openalex.org/W2332197554
- https://openalex.org/W2435054337
- https://openalex.org/W3199943451