Published May 1, 2018 | Version v1
Publication Metadata-only

Diversity analysis and genetic relationships among local Algerian fig cultivars (Ficus carica l.) using SSR markers

Creators

  • 1. University of Batna 1
  • 2. Instituto de Hortofruticultura Subtropical y Mediterránea "La Mayora"

Description

The common fig (Ficus carica L.) is an emblematic fruit tree in Mediterranean basin with complicated misidentification. A good management and conservation of local cultivars involve a prior genetic assessment of the variability presented in germplasm collections. This study characterizes for the first time the genetic variability of Algerian fig cultivars. In total, 34 fig cultivars from a local germplasm collection and a private orchard were analyzed using 24 SSR markers in order to evaluate the genetic diversity and the relationship among local Algerian cultivars. The polymorphic markers amplified a total of 79 fragments with a mean number of 3.59 alleles per locus. The observed heterozygosity ranged from 0.039 to 0.84, with a mean of 0.46. The expected heterozygosity varied from 0.074 to 0.74, with a mean of 0.42. The total value of probability of identity was 3.24 × 10− 8. Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA) cluster analysis showed cases of synonymies and homonymies in the cultivars analyzed and some groups were related to fruit production type. The combination of only three SSR allowed to unequivocally distinguish 13 cultivars. Bayesian analysis showed a subtle genetic structure and depicted an admixture origin for most accessions.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

التين الشائع (Ficus carica L.) هو شجرة فاكهة رمزية في حوض البحر الأبيض المتوسط مع تحديد خاطئ معقد. تتضمن الإدارة الجيدة للأصناف المحلية والحفاظ عليها تقييمًا وراثيًا مسبقًا للتباين المقدم في مجموعات الجبلة الجرثومية. تصف هذه الدراسة لأول مرة التباين الجيني لأصناف التين الجزائرية. في المجموع، تم تحليل 34 من أصناف التين من مجموعة جراثيم محلية وبستان خاص باستخدام 24 علامة SSR من أجل تقييم التنوع الجيني والعلاقة بين الأصناف الجزائرية المحلية. قامت العلامات متعددة الأشكال بتضخيم ما مجموعه 79 شظية بمتوسط عدد 3.59 أليل لكل موضع. تراوح تغاير الزيجوت الملحوظ من 0.039 إلى 0.84، بمتوسط 0.46. تراوح تغاير الزيجوت المتوقع من 0.074 إلى 0.74، بمتوسط 0.42. كانت القيمة الإجمالية لاحتمال الهوية 3.24 × 10− 8. أظهر تحليل مجموعة الأزواج غير المرجحة مع المتوسطات الحسابية (UPGMA) حالات من المرادفات والمتجانسات في الأصناف التي تم تحليلها وكانت بعض المجموعات مرتبطة بنوع إنتاج الفاكهة. سمح الجمع بين ثلاثة SSR فقط بالتمييز بشكل لا لبس فيه بين 13 صنفًا. أظهر التحليل البايزي بنية وراثية دقيقة وصور أصلًا مختلطًا لمعظم عمليات الانضمام.

Translated Description (French)

La figue commune (Ficus carica L.) est un arbre fruitier emblématique du bassin méditerranéen avec une mauvaise identification compliquée. Une bonne gestion et conservation des cultivars locaux implique une évaluation génétique préalable de la variabilité présentée dans les collections de germoplasme. Cette étude caractérise pour la première fois la variabilité génétique des cultivars de figues algériennes. Au total, 34 cultivars de figues provenant d'une collection locale de germoplasme et d'un verger privé ont été analysés à l'aide de 24 marqueurs SSR afin d'évaluer la diversité génétique et la relation entre les cultivars algériens locaux. Les marqueurs polymorphes ont amplifié un total de 79 fragments avec un nombre moyen de 3,59 allèles par locus. L'hétérozygotie observée variait de 0,039 à 0,84, avec une moyenne de 0,46. L'hétérozygotie attendue variait de 0,074 à 0,74, avec une moyenne de 0,42. La valeur totale de la probabilité d'identité était de 3,24 × 10− 8. La méthode des groupes de paires non pondérées avec moyennes arithmétiques (UPGMA) a montré des cas de synonymies et d'homonymies dans les cultivars analysés et certains groupes étaient liés au type de production de fruits. La combinaison de seulement trois SSR a permis de distinguer sans équivoque 13 cultivars. L'analyse bayésienne a montré une structure génétique subtile et a décrit une origine de mélange pour la plupart des accessions.

Translated Description (Spanish)

El higo común (Ficus carica L.) es un árbol frutal emblemático de la cuenca mediterránea con complicada identificación errónea. Un buen manejo y conservación de los cultivares locales implica una evaluación genética previa de la variabilidad presentada en las colecciones de germoplasma. Este estudio caracteriza por primera vez la variabilidad genética de los cultivares de higos argelinos. En total, se analizaron 34 cultivares de higos de una colección local de germoplasma y un huerto privado utilizando 24 marcadores SSR para evaluar la diversidad genética y la relación entre los cultivares argelinos locales. Los marcadores polimórficos amplificaron un total de 79 fragmentos con un número medio de 3,59 alelos por locus. La heterocigosidad observada varió de 0.039 a 0.84, con una media de 0.46. La heterocigosidad esperada varió de 0.074 a 0.74, con una media de 0.42. El valor total de probabilidad de identidad fue de 3.24 × 10− 8. El análisis de grupos de pares no ponderados con promedios aritméticos (UPGMA) mostró casos de sinonimias y homonimias en los cultivares analizados y algunos grupos estaban relacionados con el tipo de producción de fruta. La combinación de solo tres SSR permitió distinguir inequívocamente 13 cultivares. El análisis bayesiano mostró una estructura genética sutil y representó un origen de mezcla para la mayoría de las adhesiones.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل التنوع والعلاقات الجينية بين أصناف التين الجزائرية المحلية (Ficus carica l.) باستخدام علامات SSR
Translated title (French)
Analyse de la diversité et relations génétiques entre les cultivars locaux de figues algériennes (Ficus carica l.) à l'aide de marqueurs SSR
Translated title (Spanish)
Análisis de diversidad y relaciones genéticas entre cultivares locales de higos argelinos (Ficus carica l.) utilizando marcadores SSR

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2801006883
DOI
10.1016/j.sajb.2018.03.015

Is supplement to
https://openalex.org/W644071275 (Other)
https://openalex.org/W4361760802 (Other)
https://openalex.org/W4321609059 (Other)
https://openalex.org/W2391204295 (Other)
https://openalex.org/W2388686998 (Other)
https://openalex.org/W2379949078 (Other)
https://openalex.org/W2374544627 (Other)
https://openalex.org/W2357385872 (Other)
https://openalex.org/W2342323988 (Other)
https://openalex.org/W1992884533 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Algeria

References

  • https://openalex.org/W1485221699
  • https://openalex.org/W1524816133
  • https://openalex.org/W1592715696
  • https://openalex.org/W1803375514
  • https://openalex.org/W1867991976
  • https://openalex.org/W1965102600
  • https://openalex.org/W1974315365
  • https://openalex.org/W1984390786
  • https://openalex.org/W1984406535
  • https://openalex.org/W1988182864
  • https://openalex.org/W1989007265
  • https://openalex.org/W1991394366
  • https://openalex.org/W2035839217
  • https://openalex.org/W2045518901
  • https://openalex.org/W2049872398
  • https://openalex.org/W2051179780
  • https://openalex.org/W2054874451
  • https://openalex.org/W2067415960
  • https://openalex.org/W2072076632
  • https://openalex.org/W2085073117
  • https://openalex.org/W2117876351
  • https://openalex.org/W2119280348
  • https://openalex.org/W2125092464
  • https://openalex.org/W2125819807
  • https://openalex.org/W2131577179
  • https://openalex.org/W2139587673
  • https://openalex.org/W2144949525
  • https://openalex.org/W2154657239
  • https://openalex.org/W2158364367
  • https://openalex.org/W2161339576
  • https://openalex.org/W2172118680
  • https://openalex.org/W2181801642
  • https://openalex.org/W2188988921
  • https://openalex.org/W2197286359
  • https://openalex.org/W2318729847
  • https://openalex.org/W2332202993
  • https://openalex.org/W2332495415
  • https://openalex.org/W4239149238
  • https://openalex.org/W59454489