Published April 1, 2020 | Version v1
Publication Metadata-only

Genomic analysis of Sweet potato feathery mottle virus from East Africa

Creators

  • 1. Gulu University
  • 2. International Livestock Research Institute

Description

Sweet potato feathery mottle virus is a potyvirus that infect sweet potato. The genome of the virus was analysed to understand genetic diversity, evolution and gene flow. Motifs, nucleotide identity and a phylogenetic tree were used to determine phylogroup of the isolates. Gene flow and genetic diversity were tested using DnaSP v.5. Codons evolution were tested using three methods embedded in Datamonkey. The results indicate occurrence of an isolate of phylogroup B within East Africa. Low genetic differentiation was observed between isolates from Kenya and Uganda indicating evidence of gene flow between the two countries. Four genes were found to have positively selected codons bordering or occurring within functional motifs. A motif within P1 gene evolved differently between phylogroup A and B. The evidence of gene flow indicates frequent exchange of the virus between the two countries and P1 gene motif provide a possible marker that can be used for mapping the distribution of the phylogroups.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فيروس موتيل ريشي البطاطا الحلوة هو فيروس بوتي يصيب البطاطا الحلوة. تم تحليل جينوم الفيروس لفهم التنوع الجيني والتطور وتدفق الجينات. تم استخدام الزخارف وهوية النيوكليوتيدات وشجرة تطور السلالات لتحديد مجموعة السلالات للعزلات. تم اختبار تدفق الجينات والتنوع الجيني باستخدام DnaSP v.5. تم اختبار تطور الرموز باستخدام ثلاث طرق مضمنة في Datamonkey. تشير النتائج إلى حدوث عزل لمجموعة فيلوجروب ب داخل شرق إفريقيا. لوحظ انخفاض التمايز الجيني بين المعزولات من كينيا وأوغندا مما يشير إلى وجود دليل على تدفق الجينات بين البلدين. تم العثور على أربعة جينات لها كودونات مختارة بشكل إيجابي تتاخم أو تحدث داخل الزخارف الوظيفية. تطورت فكرة داخل جين P1 بشكل مختلف بين مجموعة السلالات A و B. تشير أدلة تدفق الجينات إلى التبادل المتكرر للفيروس بين البلدين وتوفر فكرة جين P1 علامة محتملة يمكن استخدامها لرسم خرائط توزيع مجموعات السلالات.

Translated Description (French)

Le virus de la marbrure à plumes de la patate douce est un virus de la pomme de terre qui infecte la patate douce. Le génome du virus a été analysé pour comprendre la diversité génétique, l'évolution et le flux génétique. Les motifs, l'identité nucléotidique et un arbre phylogénétique ont été utilisés pour déterminer le phylogroupe des isolats. Le flux génétique et la diversité génétique ont été testés à l'aide de DnaSP v.5. L'évolution des codons a été testée à l'aide de trois méthodes intégrées dans Datamonkey. Les résultats indiquent la présence d'un isolat de phylogroupe B en Afrique de l'Est. Une faible différenciation génétique a été observée entre les isolats du Kenya et de l'Ouganda, ce qui indique l'existence d'un flux génétique entre les deux pays. Quatre gènes se sont avérés avoir des codons sélectionnés positivement à la limite ou présents dans des motifs fonctionnels. Un motif au sein du gène P1 a évolué différemment entre le phylogroupe A et B. La preuve d'un flux de gènes indique un échange fréquent du virus entre les deux pays et le motif du gène P1 fournit un marqueur possible qui peut être utilisé pour cartographier la distribution des phylogroupes.

Translated Description (Spanish)

El virus del moteado plumoso de la batata es un potivirus que infecta la batata. Se analizó el genoma del virus para comprender la diversidad genética, la evolución y el flujo génico. Se utilizaron motivos, identidad de nucleótidos y un árbol filogenético para determinar el filogrupo de los aislados. El flujo génico y la diversidad genética se probaron utilizando DnaSP v.5. La evolución de los codones se probó utilizando tres métodos integrados en Datamonkey. Los resultados indican la aparición de un aislado del filogrupo B dentro de África Oriental. Se observó una baja diferenciación genética entre los aislados de Kenia y Uganda, lo que indica evidencia de flujo de genes entre los dos países. Se encontró que cuatro genes tenían codones seleccionados positivamente que bordeaban u ocurrían dentro de motivos funcionales. Un motivo dentro del gen P1 evolucionó de manera diferente entre los filogrupos A y B. La evidencia del flujo génico indica un intercambio frecuente del virus entre los dos países y el motivo del gen P1 proporciona un posible marcador que se puede utilizar para mapear la distribución de los filogrupos.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التحليل الجيني لفيروس موتيل ريشي البطاطا الحلوة من شرق أفريقيا
Translated title (French)
Analyse génomique du virus de la marbrure à plumes de la patate douce d'Afrique de l'Est
Translated title (Spanish)
Análisis genómico del virus del moteado plumoso de la batata del este de África

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3005888203
DOI
10.1016/j.pmpp.2020.101473

Is supplement to
https://openalex.org/W323441806 (Other)
https://openalex.org/W3152851559 (Other)
https://openalex.org/W3042294939 (Other)
https://openalex.org/W2767677973 (Other)
https://openalex.org/W2413385656 (Other)
https://openalex.org/W2228984437 (Other)
https://openalex.org/W2088342936 (Other)
https://openalex.org/W2081175914 (Other)
https://openalex.org/W2036046436 (Other)
https://openalex.org/W2026462909 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Kenya

References

  • https://openalex.org/W1518988619
  • https://openalex.org/W1997688456
  • https://openalex.org/W2005520994
  • https://openalex.org/W2009558548
  • https://openalex.org/W2012897995
  • https://openalex.org/W2024546302
  • https://openalex.org/W2032222069
  • https://openalex.org/W2042422491
  • https://openalex.org/W2043367944
  • https://openalex.org/W2058395440
  • https://openalex.org/W2059119821
  • https://openalex.org/W2061278150
  • https://openalex.org/W2063131041
  • https://openalex.org/W2064169512
  • https://openalex.org/W2082272565
  • https://openalex.org/W2084893360
  • https://openalex.org/W2085926377
  • https://openalex.org/W2090856210
  • https://openalex.org/W2114790868
  • https://openalex.org/W2118982822
  • https://openalex.org/W2120902911
  • https://openalex.org/W2123564247
  • https://openalex.org/W2131271579
  • https://openalex.org/W2136847298
  • https://openalex.org/W2142678478
  • https://openalex.org/W2143714409
  • https://openalex.org/W2150976564
  • https://openalex.org/W2154845780
  • https://openalex.org/W2170064908
  • https://openalex.org/W2170551349
  • https://openalex.org/W2171126517
  • https://openalex.org/W2233709226
  • https://openalex.org/W2293500247
  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2335261091
  • https://openalex.org/W2339404270
  • https://openalex.org/W2411780855
  • https://openalex.org/W266475097
  • https://openalex.org/W2766208724