Published May 16, 2013
| Version v1
Publication
Open
Genetic diversity of HA1 domain of heammaglutinin gene of influenza A(H1N1)pdm09 in Tunisia
Creators
- 1. Instituto de Salud Carlos III
- 2. Tunis El Manar University
Description
We present major results concerning isolation and determination of the nucleotide sequence of hemagglutinin (HA1) of the pandemic (H1N1)pdm09 influenza viruses found in Tunisia. Amino acid analysis revealed minor amino acid changes in the antigenic or receptor-binding domains. We found mutations that were also present in 1918 pandemic virus, which includes S183P in 4 and S185T mutation in 19 of 27 viruses analyzed from 2011, while none of the 2009 viruses carried these mutations. Also two specific amino acid differences into N-glycosylation sites (N288T and N276H) were detected. The phylogenetic analysis revealed that the majority of the Tunisian isolates clustered with clade A/St. Petersburg/27/2011 viruses characterized by D97N and S185T mutations. However it also reveals a trend of 2010 strains to accumulate amino acid variation and form new phylogenetic clade with three specific amino acid substitutions: V47I, E172K and K308E.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
نقدم نتائج رئيسية تتعلق بالعزلة وتحديد تسلسل النيوكليوتيدات من هيماغلوتينين (HA1) من فيروسات الأنفلونزا الوبائية (H1N1) pdm09 الموجودة في تونس. كشف تحليل الأحماض الأمينية عن تغيرات طفيفة في الأحماض الأمينية في المجالات المستضدية أو المرتبطة بالمستقبلات. وجدنا طفرات كانت موجودة أيضًا في فيروس جائحة عام 1918، والتي تشمل طفرة S183P في طفرة 4 و S185T في 19 من 27 فيروسًا تم تحليلها من عام 2011، في حين لم يحمل أي من فيروسات عام 2009 هذه الطفرات. كما تم الكشف عن اختلافين محددين في الأحماض الأمينية في مواقع N - glycosylation (N288T و N276H). كشف التحليل الوراثي أن غالبية العزلات التونسية تتجمع مع فيروسات CLADE A/SANT PETERSBURG/27/2011 التي تتميز بطفرات D97N و S185T. ومع ذلك، فإنه يكشف أيضًا عن اتجاه سلالات 2010 لتراكم تباين الأحماض الأمينية وتشكيل فرع جديد لتطور السلالات مع ثلاثة بدائل محددة للأحماض الأمينية: V47I و E172K و K308E.Translated Description (French)
Nous présentons des résultats majeurs concernant l'isolement et la détermination de la séquence nucléotidique de l'hémagglutinine (HA1) des virus grippaux pandémiques (H1N1)pdm09 trouvés en Tunisie. L'analyse des acides aminés a révélé des modifications mineures des acides aminés dans les domaines antigéniques ou de liaison aux récepteurs. Nous avons trouvé des mutations qui étaient également présentes dans le virus pandémique de 1918, qui comprend la mutation S183P dans 4 et la mutation S185T dans 19 des 27 virus analysés à partir de 2011, alors qu'aucun des virus de 2009 ne portait ces mutations. De plus, deux différences spécifiques d'acides aminés dans les sites de N-glycosylation (N288T et N276H) ont été détectées. L'analyse phylogénétique a révélé que la majorité des isolats tunisiens étaient groupés avec des virus du clade A/Saint-Pétersbourg/27/2011 caractérisés par des mutations D97N et S185T. Cependant, il révèle également une tendance des souches de 2010 à accumuler des variations d'acides aminés et à former un nouveau clade phylogénétique avec trois substitutions d'acides aminés spécifiques : V47I, E172K et K308E.Translated Description (Spanish)
Presentamos los principales resultados relacionados con el aislamiento y la determinación de la secuencia de nucleótidos de la hemaglutinina (HA1) de los virus de la gripe pandémica (H1N1)pdm09 que se encuentran en Túnez. El análisis de aminoácidos reveló cambios menores de aminoácidos en los dominios antigénicos o de unión al receptor. Encontramos mutaciones que también estaban presentes en el virus pandémico de 1918, que incluye la mutación S183P en 4 y S185T en 19 de los 27 virus analizados a partir de 2011, mientras que ninguno de los virus de 2009 portaba estas mutaciones. También se detectaron dos diferencias específicas de aminoácidos en los sitios de N-glicosilación (N288T y N276H). El análisis filogenético reveló que la mayoría de los aislados tunecinos se agruparon con virus del clado A/San Petersburgo/27/2011 caracterizados por mutaciones D97N y S185T. Sin embargo, también revela una tendencia de las cepas de 2010 a acumular variaciones de aminoácidos y formar un nuevo clado filogenético con tres sustituciones específicas de aminoácidos: V47I, E172K y K308E.Files
1743-422X-10-150.pdf
Files
(633.3 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:ce7dcfd7db038f464dd34cd82f42cb3d
|
633.3 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التنوع الجيني لمجال HA1 لجين الهيماجلوتينين للأنفلونزا A(H1N1)pdm09 في تونس
- Translated title (French)
- Diversité génétique du domaine HA1 du gène de l'hémamaglutinine de la grippe A(H1N1)pdm09 en Tunisie
- Translated title (Spanish)
- Diversidad genética del dominio HA1 del gen de la hemaglutinina de la influenza A(H1N1)pdm09 en Túnez
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2151776346
- DOI
- 10.1186/1743-422x-10-150
References
- https://openalex.org/W108803450
- https://openalex.org/W1551079922
- https://openalex.org/W1963873878
- https://openalex.org/W1965458375
- https://openalex.org/W2006010216
- https://openalex.org/W2010775409
- https://openalex.org/W2038875886
- https://openalex.org/W2041382402
- https://openalex.org/W2041428851
- https://openalex.org/W2045559671
- https://openalex.org/W2050464475
- https://openalex.org/W2059468189
- https://openalex.org/W2062740562
- https://openalex.org/W2065461553
- https://openalex.org/W2095483566
- https://openalex.org/W2102335249
- https://openalex.org/W2125121305
- https://openalex.org/W2127852419
- https://openalex.org/W2154116964
- https://openalex.org/W2338664489