Published November 30, 2021
| Version v1
Publication
Revised nomenclature and SNP barcode for Mycobacterium tuberculosis lineage 2
Creators
- 1. Harvard University
- 2. Mahidol University
- 3. Ministry of Public Health
- 4. Department of Medical Sciences
- 5. Fukujuji Hospital
- 6. Japan Anti Tuberculosis Association
- 7. Prince of Songkla University
- 8. Ministry of Health and Sports
- 9. Guangxi Center for Disease Prevention and Control
- 10. National Science and Technology Development Agency
Description
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) lineage 2 (L2) strains are present globally, contributing to a widespread tuberculosis (TB) burden, particularly in Asia where both prevalence of TB and numbers of drug resistant TB are highest. The increasing availability of whole-genome sequencing (WGS) data worldwide provides an opportunity to improve our understanding of the global genetic diversity of Mtb L2 and its association with the disease epidemiology and pathogenesis. However, existing L2 sublineage classification schemes leave >20 % of the Modern Beijing isolates unclassified. Here, we present a revised SNP-based classification scheme of L2 in a genomic framework based on phylogenetic analysis of >4000 L2 isolates from 34 countries in Asia, Eastern Europe, Oceania and Africa. Our scheme consists of over 30 genotypes, many of which have not been described before. In particular, we propose six main genotypes of Modern Beijing strains, denoted L2.2.M1-L2.2.M6. We also provide SNP markers for genotyping L2 strains from WGS data. This fine-scale genotyping scheme, which can classify >98 % of the studied isolates, serves as a basis for more effective monitoring and reporting of transmission and outbreaks, as well as improving genotype-phenotype associations such as disease severity and drug resistance. This article contains data hosted by Microreact.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
توجد سلالات السل المتفطرة (Mtb) من السل 2 (L2) على مستوى العالم، مما يساهم في انتشار عبء السل (TB) على نطاق واسع، لا سيما في آسيا حيث يكون كل من انتشار السل وأعداد السل المقاوم للأدوية أعلى. يوفر التوافر المتزايد لبيانات تسلسل الجينوم الكامل (WGS) في جميع أنحاء العالم فرصة لتحسين فهمنا للتنوع الجيني العالمي لـ Mtb L2 وارتباطه بعلم الأوبئة المرضية والتسبب في المرض. ومع ذلك، فإن مخططات تصنيف السلالات الفرعية الحالية من المستوى الثاني تترك أكثر من 20 ٪ من عوازل بكين الحديثة غير مصنفة. هنا، نقدم مخطط تصنيف منقح قائم على SNP لـ L2 في إطار جينومي يعتمد على التحليل الوراثي لـ >4000 L2 معزول عن 34 دولة في آسيا وأوروبا الشرقية وأوقيانوسيا وأفريقيا. يتكون مخططنا من أكثر من 30 نمطًا وراثيًا، لم يتم وصف العديد منها من قبل. على وجه الخصوص، نقترح ستة أنماط وراثية رئيسية لسلالات بكين الحديثة، تدل على L2.2.M1-L2.2.M6. كما نقدم علامات SNP لسلالات التنميط الجيني L2 من بيانات WGS. يعمل مخطط التنميط الجيني الدقيق هذا، والذي يمكن أن يصنف أكثر من 98 ٪ من العزلات المدروسة، كأساس لرصد أكثر فعالية والإبلاغ عن انتقال العدوى وتفشيها، بالإضافة إلى تحسين ارتباطات النمط الجيني مثل شدة المرض ومقاومة الأدوية. تحتوي هذه المقالة على بيانات مستضافة بواسطة Microreact.Translated Description (French)
Les souches de la lignée 2 (L2) de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) sont présentes dans le monde entier, contribuant à une charge de tuberculose (TB) généralisée, en particulier en Asie où la prévalence de la tuberculose et le nombre de tuberculose pharmacorésistante sont les plus élevés. La disponibilité croissante des données de séquençage du génome entier (WGS) dans le monde entier offre l'occasion d'améliorer notre compréhension de la diversité génétique mondiale du Mtb L2 et de son association avec l'épidémiologie et la pathogenèse de la maladie. Cependant, les schémas de classification de la sous-lignée L2 existants ne classent pas plus de 20 % des isolats de Beijing moderne. Ici, nous présentons un schéma de classification révisé basé sur le SNP de L2 dans un cadre génomique basé sur l'analyse phylogénétique de >4000 isolats de L2 provenant de 34 pays d'Asie, d'Europe de l'Est, d'Océanie et d'Afrique. Notre schéma se compose de plus de 30 génotypes, dont beaucoup n'ont pas été décrits auparavant. En particulier, nous proposons six génotypes principaux de souches de Pékin moderne, notés L2.2.M1-L2.2.M6. Nous fournissons également des marqueurs SNP pour le génotypage des souches L2 à partir des données WGS. Ce schéma de génotypage à petite échelle, qui peut classer >98 % des isolats étudiés, sert de base à une surveillance et à un signalement plus efficaces de la transmission et des épidémies, ainsi qu'à l'amélioration des associations génotype-phénotype telles que la gravité de la maladie et la résistance aux médicaments. Cet article contient des données hébergées par Microreact.Translated Description (Spanish)
Las cepas del linaje 2 (L2) de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) están presentes en todo el mundo, lo que contribuye a una carga generalizada de tuberculosis (TB), particularmente en Asia, donde tanto la prevalencia de TB como el número de TB resistentes a los medicamentos son más altos. La creciente disponibilidad de datos de secuenciación del genoma completo (WGS) en todo el mundo brinda la oportunidad de mejorar nuestra comprensión de la diversidad genética global de Mtb L2 y su asociación con la epidemiología y la patogénesis de la enfermedad. Sin embargo, los esquemas de clasificación de sublinaje L2 existentes dejan >20 % de los aislamientos de Beijing Moderno sin clasificar. Aquí, presentamos un esquema de clasificación revisado basado en SNP de L2 en un marco genómico basado en el análisis filogenético de >4000 aislados de L2 de 34 países de Asia, Europa del Este, Oceanía y África. Nuestro esquema consta de más de 30 genotipos, muchos de los cuales no se han descrito antes. En particular, proponemos seis genotipos principales de cepas modernas de Beijing, denominadas L2.2.M1-L2.2.M6. También proporcionamos marcadores SNP para genotipar cepas L2 a partir de datos de WGS. Este esquema de genotipado a escala fina, que puede clasificar >98 % de los aislados estudiados, sirve de base para un seguimiento y notificación más eficaces de la transmisión y los brotes, así como para mejorar las asociaciones genotipo-fenotipo, como la gravedad de la enfermedad y la resistencia a los medicamentos. Este artículo contiene datos alojados por Microreact.Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التسميات المنقحة والرمز الشريطي SNP لسلالة السل المتفطرة 2
- Translated title (French)
- Nomenclature révisée et code-barres SNP pour la lignée Mycobacterium tuberculosis 2
- Translated title (Spanish)
- Nomenclatura revisada y código de barras SNP para el linaje de Mycobacterium tuberculosis 2
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3211778090
- DOI
- 10.1099/mgen.0.000697
References
- https://openalex.org/W1816014087
- https://openalex.org/W1991874243
- https://openalex.org/W2012473911
- https://openalex.org/W2019790854
- https://openalex.org/W2045059426
- https://openalex.org/W2058417246
- https://openalex.org/W2066321034
- https://openalex.org/W2070018389
- https://openalex.org/W2071310636
- https://openalex.org/W2072113124
- https://openalex.org/W2095222153
- https://openalex.org/W2106578986
- https://openalex.org/W2118894325
- https://openalex.org/W2123253728
- https://openalex.org/W2126568957
- https://openalex.org/W2131271579
- https://openalex.org/W2135390306
- https://openalex.org/W2147883537
- https://openalex.org/W2150967598
- https://openalex.org/W2155566055
- https://openalex.org/W2157371599
- https://openalex.org/W2158751030
- https://openalex.org/W2161413557
- https://openalex.org/W2168358002
- https://openalex.org/W2275490111
- https://openalex.org/W2285414783
- https://openalex.org/W2472477340
- https://openalex.org/W2550988438
- https://openalex.org/W2558519010
- https://openalex.org/W2574984917
- https://openalex.org/W2614081736
- https://openalex.org/W2749151492
- https://openalex.org/W2768893420
- https://openalex.org/W2770095154
- https://openalex.org/W2784224360
- https://openalex.org/W2803413725
- https://openalex.org/W2805449733
- https://openalex.org/W2896500638
- https://openalex.org/W2898147485
- https://openalex.org/W2898389621
- https://openalex.org/W2903504529
- https://openalex.org/W2906585453
- https://openalex.org/W2943717449
- https://openalex.org/W2951546223
- https://openalex.org/W2951588823
- https://openalex.org/W2955594631
- https://openalex.org/W2974345552
- https://openalex.org/W3005145353
- https://openalex.org/W3005235420
- https://openalex.org/W3024527867
- https://openalex.org/W3030475395
- https://openalex.org/W3111672821
- https://openalex.org/W3211778090