Published October 16, 2013 | Version v1
Publication Open

Emerging Antigenic Variants at the Antigenic Site Sb in Pandemic A(H1N1)2009 Influenza Virus in Japan Detected by a Human Monoclonal Antibody

Creators

  • 1. Osaka University
  • 2. Japan International Cooperation Agency
  • 3. Japan Science and Technology Agency
  • 4. Osaka Prefecture University
  • 5. Medical & Biological Laboratories (Japan)
  • 6. Ministry of Public Health
  • 7. Department of Medical Sciences

Description

The swine-origin pandemic A(H1N1)2009 virus, A(H1N1)pdm09, is still circulating in parts of the human population. To monitor variants that may escape from vaccination specificity, antigenic characterization of circulating viruses is important. In this study, a hybridoma clone producing human monoclonal antibody against A(H1N1)pdm09, designated 5E4, was prepared using peripheral lymphocytes from a vaccinated volunteer. The 5E4 showed viral neutralization activity and inhibited hemagglutination. 5E4 escape mutants harbored amino acid substitutions (A189T and D190E) in the hemagglutinin (HA) protein, suggesting that 5E4 recognized the antigenic site Sb in the HA protein. To study the diversity of Sb in A(H1N1)pdm09, 58 viral isolates were obtained during the 2009/10 and 2010/11 winter seasons in Osaka, Japan. Hemagglutination-inhibition titers were significantly reduced against 5E4 in the 2010/11 compared with the 2009/10 samples. Viral neutralizing titers were also significantly decreased in the 2010/11 samples. By contrast, isolated samples reacted well to ferret anti-A(H1N1)pdm09 serum from both seasons. Nonsynonymous substitution rates revealed that the variant Sb and Ca2 sequences were being positively selected between 2009/10 and 2010/11. In 7,415 HA protein sequences derived from GenBank, variants in the antigenic sites Sa and Sb increased significantly worldwide from 2009 to 2013. These results indicate that the antigenic variants in Sb are likely to be in global circulation currently.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لا يزال فيروس جائحة الخنازير A(H1N1)2009، A(H1N1) pdm09، منتشرًا في أجزاء من السكان البشريين. لمراقبة المتغيرات التي قد تفلت من خصوصية التطعيم، من المهم توصيف المستضدات للفيروسات المنتشرة. في هذه الدراسة، تم تحضير استنساخ الورم الهجين الذي ينتج جسمًا مضادًا أحادي النسيلة ضد A(H1N1) pdm09، المسمى 5E4، باستخدام الخلايا الليمفاوية الطرفية من متطوع تم تطعيمه. أظهر 5E4 نشاط تحييد فيروسي وتثبيط تراص الدم. تحتوي طفرات الهروب 5E4 على بدائل الأحماض الأمينية (A189T و D190E) في بروتين هيماجلوتينين (HA)، مما يشير إلى أن 5E4 تعرف على الموقع المستضدي Sb في بروتين HA. لدراسة تنوع Sb في A(H1N1) pdm09، تم الحصول على 58 عزلًا فيروسيًا خلال مواسم الشتاء 2009/2010 و 2010/2011 في أوساكا، اليابان. تم تقليل عيار تثبيط التراص الدموي بشكل كبير مقابل 5E4 في 2010/2011 مقارنة بعينات 2009/2010. كما انخفضت عيار التحييد الفيروسي بشكل كبير في عينات 2010/2011. على النقيض من ذلك، تفاعلت العينات المعزولة بشكل جيد مع مصل النمس المضاد لـ A(H1N1) pdm09 من كلا الموسمين. كشفت معدلات الاستبدال غير المترادفة أن متواليات Sb و Ca2 المتغيرة تم اختيارها بشكل إيجابي بين 2009/2010 و 2010/2011. في 7415 تسلسل بروتين HA مشتق من GenBank، زادت المتغيرات في مواقع المستضدات Sa و Sb بشكل كبير في جميع أنحاء العالم من 2009 إلى 2013. تشير هذه النتائج إلى أن المتغيرات المستضدية في Sb من المرجح أن تكون في الدورة الدموية العالمية حاليًا.

Translated Description (French)

Le virus de la pandémie d'origine porcine A(H1N1)2009, A(H1N1)pdm09, circule toujours dans certaines parties de la population humaine. Pour surveiller les variants qui peuvent échapper à la spécificité de la vaccination, la caractérisation antigénique des virus en circulation est importante. Dans cette étude, un clone d'hybridome produisant un anticorps monoclonal humain contre A(H1N1)pdm09, désigné 5E4, a été préparé à partir de lymphocytes périphériques provenant d'un volontaire vacciné. Le 5E4 a montré une activité de neutralisation virale et inhibé l'hémagglutination. Les mutants d'échappement 5E4 portaient des substitutions d'acides aminés (A189T et D190E) dans la protéine hémagglutinine (HA), suggérant que 5E4 reconnaissait le site antigénique Sb dans la protéine HA. Pour étudier la diversité de Sb dans A(H1N1)pdm09, 58 isolats viraux ont été obtenus au cours des saisons hivernales 2009/10 et 2010/11 à Osaka, au Japon. Les titres d'inhibition de l'hémagglutination ont été significativement réduits contre 5E4 dans les échantillons de 2010/11 par rapport aux échantillons de 2009/10. Les titres neutralisants viraux ont également été significativement diminués dans les échantillons de 2010/11. En revanche, les échantillons isolés ont bien réagi au sérum anti-A(H1N1)pdm09 de furet des deux saisons. Les taux de substitution non synonymes ont révélé que les séquences Sb et Ca2 variants étaient sélectionnées positivement entre 2009/10 et 2010/11. Dans 7 415 séquences de protéines HA dérivées de GenBank, les variants des sites antigéniques Sa et Sb ont augmenté de manière significative dans le monde de 2009 à 2013. Ces résultats indiquent que les variants antigéniques dans Sb sont susceptibles d'être en circulation mondiale actuellement.

Translated Description (Spanish)

El virus pandémico de origen porcino A(H1N1)2009, A(H1N1)pdm09, sigue circulando en partes de la población humana. Para monitorear las variantes que pueden escapar de la especificidad de la vacunación, es importante la caracterización antigénica de los virus circulantes. En este estudio, se preparó un clon de hibridoma que produce anticuerpo monoclonal humano contra A(H1N1)pdm09, designado 5E4, utilizando linfocitos periféricos de un voluntario vacunado. El 5E4 mostró actividad de neutralización viral e inhibió la hemaglutinación. Los mutantes de escape 5E4 albergaban sustituciones de aminoácidos (A189T y D190E) en la proteína hemaglutinina (HA), lo que sugiere que 5E4 reconoció el sitio antigénico Sb en la proteína HA. Para estudiar la diversidad de Sb en A(H1N1)pdm09, se obtuvieron 58 aislados virales durante las temporadas de invierno 2009/10 y 2010/11 en Osaka, Japón. Los títulos de inhibición de la hemaglutinación se redujeron significativamente contra 5E4 en las muestras 2010/11 en comparación con las muestras 2009/10. Los títulos de neutralización viral también disminuyeron significativamente en las muestras 2010/11. Por el contrario, las muestras aisladas reaccionaron bien al suero anti-A(H1N1)pdm09 de hurón de ambas temporadas. Las tasas de sustitución no sinónimas revelaron que las secuencias variantes de Sb y Ca2 se seleccionaron positivamente entre 2009/10 y 2010/11. En 7.415 secuencias de proteínas HA derivadas de GenBank, las variantes en los sitios antigénicos Sa y Sb aumentaron significativamente en todo el mundo de 2009 a 2013. Estos resultados indican que es probable que las variantes antigénicas en Sb estén en circulación global actualmente.

Files

journal.pone.0077892&type=printable.pdf

Files (1.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:9e2f1599cf050b776cf6c63dee1b0e55
1.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المتغيرات المستضدية الناشئة في موقع المستضد Sb في جائحة A(H1N1)2009 فيروس الأنفلونزا في اليابان المكتشف بواسطة جسم مضاد أحادي النسيلة بشري
Translated title (French)
Variants antigéniques émergents au site antigénique Sb dans le virus grippal pandémique A(H1N1)2009 au Japon détecté par un anticorps monoclonal humain
Translated title (Spanish)
Variantes antigénicas emergentes en el sitio antigénico Sb en el virus de la influenza pandémica A(H1N1)2009 en Japón detectado por un anticuerpo monoclonal humano

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2035759459
DOI
10.1371/journal.pone.0077892

Is supplement to
https://openalex.org/W3165233132 (Other)
https://openalex.org/W2903366468 (Other)
https://openalex.org/W2891501213 (Other)
https://openalex.org/W2418337179 (Other)
https://openalex.org/W2413010980 (Other)
https://openalex.org/W2345833591 (Other)
https://openalex.org/W2061095809 (Other)
https://openalex.org/W2014346706 (Other)
https://openalex.org/W1974267929 (Other)
https://openalex.org/W1811081142 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1598457457
  • https://openalex.org/W1839670155
  • https://openalex.org/W1963573764
  • https://openalex.org/W1966336778
  • https://openalex.org/W1968466425
  • https://openalex.org/W1981172264
  • https://openalex.org/W1988533731
  • https://openalex.org/W1993054962
  • https://openalex.org/W1995875735
  • https://openalex.org/W1996652711
  • https://openalex.org/W1998553011
  • https://openalex.org/W2002109952
  • https://openalex.org/W2011261569
  • https://openalex.org/W2018364479
  • https://openalex.org/W2032378111
  • https://openalex.org/W2041753380
  • https://openalex.org/W2047090744
  • https://openalex.org/W2052332203
  • https://openalex.org/W2054383673
  • https://openalex.org/W2056384440
  • https://openalex.org/W2056597222
  • https://openalex.org/W2061221862
  • https://openalex.org/W2062740562
  • https://openalex.org/W2063997281
  • https://openalex.org/W2078215357
  • https://openalex.org/W2079151025
  • https://openalex.org/W2083799054
  • https://openalex.org/W2087373014
  • https://openalex.org/W2092077288
  • https://openalex.org/W2096810611
  • https://openalex.org/W2097706568
  • https://openalex.org/W2098132813
  • https://openalex.org/W2109723200
  • https://openalex.org/W2119362018
  • https://openalex.org/W2121009566
  • https://openalex.org/W2132632499
  • https://openalex.org/W2134720764
  • https://openalex.org/W2136204157
  • https://openalex.org/W2157116486
  • https://openalex.org/W2158714788
  • https://openalex.org/W2162922414
  • https://openalex.org/W2170731906
  • https://openalex.org/W2170786480
  • https://openalex.org/W2173375845
  • https://openalex.org/W2433238286
  • https://openalex.org/W2460262970